In
this study, we present a new web interface for major bioinformatics algorithms and
introduce a novel approximate string matching algorithm. Our web interface executes
major algorithms on the field for the use of computational biologists, students
or any other interested researchers. In the web interface, algorithms come
under three sections: Sequence alignment, pattern matching and motif finding. In
each section, we introduce algorithms in order to find best fitting one for
specific dataset and problem. The interface introduces execution time, memory
usage and context specific results of algorithms such as alignment score. The
interface utilizes emerging open source languages and tools. In order to
develop light and user-friendly interface, all parts of the interface coded
with Python language. On the other hand, Django is used for web interface. Second
contribution of the study is novel A-BOM algorithm, which is designed for
approximate pattern matching problem. The algorithm is approximate matching variation
of Backward Oracle Matching. We compare our algorithm with popular approximate
string matching algorithms. Results denote that A-BOM introduces %30 to %80 short
runtime improvement when compared to current approximate pattern matching algorithms
on long patterns.
Bu çalışmada temel biyoinformatik algoritmaları
için yeni bir web ara yüzü ve özgün bir yaklaşık desen eşleştirme algoritması
sunmaktayız. Web ara yüzümüz biyologlar, öğrenciler ve ilgili araştırmacılar
için bu alandaki temel algoritmaları çalıştırmaktadır. Web ara yüzünde
algoritmalar üç bölüm altında toplanmaktadır: Dizilim hizalama, desen eşleştirme
ve motif bulma. Her bir bölümde, özgül veri seti ve problemlere en iyi uyan
algoritmanın bulunabilmesi için sonuçlarını karşılaştırabilecekleri algoritmalar
sunulmaktadır. Web ara yüzü çalışma süreleri, hafıza kullanımı ve hizalama
skoru gibi konuya özel sonuçları sunmaktadır. Ara yüz yeni geliştirilen açık
kaynak kodlu dilleri ve araçları kullanmaktadır. Hafif ve kullanıcı dostu bir
ara yüz olması amacıyla ara yüzün tüm kısımları Python dili ile kodlanmıştır.
Diğer yandan web ara yüzü için Django kullanılmıştır. Çalışmanın ikinci
katkısı, yaklaşık desen eşleştirme için tasarlanmış yeni A-BOM algoritmasıdır.
Bu algoritma Backwards Oracle Matching algoritmasının yaklaşık varyasyonudur.
Algoritmamızı popüler yaklaşık desen eşleştirme algoritmaları ile kıyasladık. Sonuçlar,
A-BOM algoritmasını güncel yaklaşık desen eşleştirme algoritmaları ile uzun
desenler üzerinde karşılaştırdığımızda, çalışma süresinde %30 ile %80 arasında kısalma
gelişimi olduğunu göstermektedir.
Birincil Dil | İngilizce |
---|---|
Konular | Mühendislik |
Bölüm | Araştırma Makaleleri |
Yazarlar | |
Yayımlanma Tarihi | 26 Ekim 2018 |
Gönderilme Tarihi | 22 Mayıs 2018 |
Kabul Tarihi | 16 Ekim 2018 |
Yayımlandığı Sayı | Yıl 2018 Cilt: 23 Sayı: 3 |
DUYURU:
30.03.2021- Nisan 2021 (26/1) sayımızdan itibaren TR-Dizin yeni kuralları gereği, dergimizde basılacak makalelerde, ilk gönderim aşamasında Telif Hakkı Formu yanısıra, Çıkar Çatışması Bildirim Formu ve Yazar Katkısı Bildirim Formu da tüm yazarlarca imzalanarak gönderilmelidir. Yayınlanacak makalelerde de makale metni içinde "Çıkar Çatışması" ve "Yazar Katkısı" bölümleri yer alacaktır. İlk gönderim aşamasında doldurulması gereken yeni formlara "Yazım Kuralları" ve "Makale Gönderim Süreci" sayfalarımızdan ulaşılabilir. (Değerlendirme süreci bu tarihten önce tamamlanıp basımı bekleyen makalelerin yanısıra değerlendirme süreci devam eden makaleler için, yazarlar tarafından ilgili formlar doldurularak sisteme yüklenmelidir). Makale şablonları da, bu değişiklik doğrultusunda güncellenmiştir. Tüm yazarlarımıza önemle duyurulur.
Bursa Uludağ Üniversitesi, Mühendislik Fakültesi Dekanlığı, Görükle Kampüsü, Nilüfer, 16059 Bursa. Tel: (224) 294 1907, Faks: (224) 294 1903, e-posta: mmfd@uludag.edu.tr