Research Article
BibTex RIS Cite

Muğla ve Kütahya’dan Toplanan Gymnopus ocior (Pers.) Antonin & Noordel ve Gymnopus dryophilus (Bull.) Murrill Türlerine Ait Örneklerin Klasik Sistematik ve ITS Gen Dizileri ile Analizi

Year 2017, Volume: 17 Issue: 2, 366 - 371, 31.08.2017

Bekir Çöl , Ezgin Tırpan Ebru Balcı Hakan Allı Dilek Akkanat İsmail Şen

Abstract

Morfolojik ve mikroskobik karakterlerinin benzerliği nedeniyle, Gymnopus (Pers.) Gray (Basidiomycota, Omphalotaceae) cinsine ait Gymnopus dryophilus (Bull.) Murrill ve Gymnopus ocior (Pers.) Antonín & Noordel türlerinin klasik yöntemlerle ayrımı oldukça zordur. Bu yüzden bu çalışmada, Muğla ve Kütahya’dan toplanan bu iki türe ait örneklerin teşhisinde yardımcı olmak üzere, moleküler sistematik yaklaşımdan yararlanılmıştır. Bunun için, makrofunguslarda evrensel barkod geni olan ITS (Internal Transcribed Spacer) bölgesi tercih edilmiştir. Ülkemizden toplanan söz konusu mantar örneklerinin ITS gen dizileri veri tabanlarına kazandırılmış ve biyoinformatik analizler sonucu filogenetik ağaç oluşturulmuştur. Sonuç olarak, G. ocior ve G. dryophilus örneklerinin ayrımında ITS gen dizi analizinin, tür teşhisinde destekleyici olabileceği gösterilmiştir.

Keywords

Gymnopus ocior Gymnopus dryophilus ITS Barkod Gen.

References

  • Akata, I. and Uzun, Y., 2017. Macrofungi determined in Uzungöl Nature Park (Trabzon). Trakya Unıversity Journal of Natural Sciences 18(1): xx-xx, DOI: 10.23902/trkjnat.295542. Akata, I. 2017. Macrofungal Diversity of Belgrad Forest (İstanbul). Kastamonu Üniversitesi Orman Fakültesi Dergisi 17 (1): 150-164.
  • Afyon, A. and Konuk, M., 2002. A study on macrofungi of Zonguldak District. The Herb Journal of Systematic Botany 9(1): 121-128.
  • Antonin, V. and Noordeloos, M.E., 2010. A monograph of marasmioid and collybioid fungi in Europe. IHW-Verlag.
  • Antonín, V., Sedlák, P. and Tomšovský, M., 2013. Taxonomy and phylogeny of European Gymnopus subsection Levipedes (Basidiomycota, Omphalotaceae). Persoonia 31: 179–187.
  • Baba H., Alkan S., Kaşık G., 2012. Hatay Kent Merkezi (Antakya) ve Habib-i Neccar Dağında Yayılış Gösteren Makromantar Çeşitliliği, 21. Ulusal Biyoloji Kong., 3-7 Eylül 2012, p. 1180, Bornova-İZMİR.
  • Balcı E., 2016. Bazı Stereum hirsutum ve Schizophyllum commune Makrofungus Türlerine ait Örneklerden Misel Üretimi ve RAPD-PCR Analizi ile Genetik Akrabalıklarının Araştırılması. Yüksek lisans tezi, Muğla Sıtkı Koçman Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü, Muğla, 65.
  • Gücin, F., Işıloğlu, M., Solak, M.H. 1995. Macrofungi of Kozak plateau (West Anatolia). XIIth Congress of European Mycologists, Wageningen, 3-7 September. P. 22. Wageningen, The Netherlands. pp: 27.
  • Işıloğlu, M., Solak, M.H., Gücin, F. 1998. The edible macrofungi of northwest Anatolia. 5th International Symposium Plant Life in South-West and Central Asia, Tashkent, 18-22 May 1998. Pp. 88-90. Tashkent.
  • Kaya, A. 2000. New records of Tricholomataceae for the mycoflora of Turkey. Bulletin of Pure and Applied Sciences 19B(2): 77-81.
  • Kaşık, G., Doğan, H.H., Öztürk, C., Aktaş, S., Sabahlar, Ş. 2005. New records of the macrofungi from Turkey. Pakistan Journal of Botany 37 (3): 769-777.
  • Knudsen, H. and Vesterhold, J., 2012. Funga Nordica. Copanhagen: Nordsvamp.
  • Öztürk, C., Kaşık, G. 1996. Macrofungi in Ürgüp District. Selçuk Üniversitesi Fen Edebiyat Fakültesi Fen Dergisi 13: 50-54.
  • Öztürk Ö., Doğan, H.H., Yıldırımlı, Ş. 2010. Macrofungi of Eldivan dağ. (Çankırı), Ot sistematik Botanik Dergisi, 17 (2): 141-154.
  • Pilát, A.A. 1933. Additamenta ad floram Asiae Minoris hymenomycetum pars secunda: Agaricineae. Bulletin Trimestriel Society Mycologie France 49: 283-302.
  • Schoch, C.A., Seifert, K.A., Huhndorf, S., Robert, V., Spouge, J.L., Levesque, C.A., Chen, W. and Fungal Barcoding Consortium, 2012. Nuclear ribosomal internel transcribed spacer (ITS) region as a universal DNA barcode marker for fungi, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 109 (16): 6241-6246.
  • Sesli, E., Denchev, C.M. 2014. Checklists of the myxomycetes, larger ascomycetes, and larger basidiomycetes in Turkey. 6th edn. Mycotaxon Checklists Online (http://www.mycotaxon.com/resources/checklists/sesli-v106-checklist.pdf): 1–136.
  • Solak, M.H., Işıloğlu, M., Kalmış, E. and Allı, H., 2015. Macrofungi of Turkey, Checklist Vol. 2. İzmir Üniversiteliler Ofset.
  • Taşkın, H. 2011. Türkiye florasında yetişen kuzugöbeği mantarlarının moleküler karakterizasyonu. Yüksek Lisans Tezi, Çukurova Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü, Adana, 167.
  • Tamura, K., Stecher, G., Peterson, D., Filipski A.,3 and Kumar S., 2013. MEGA6: Molecular Evolutionary Genetics Analysis Version 6.0, Oxford University, Molecular Biology and Evolution, 30(12):2725–2729.
  • Vizzini, A., Antonin, V., Sesli, E. and Contu, M., 2015. Gymnopus trabzonensis sp. nov. (Omphalotaceae) and Tricholoma virgatum var. fulvoumbonatum var. nov. (Tricholomataceae), two new white-spored agarics from Turkey. Phytotaxa. 226(2):119-130.
  • Watling, R. and Gregory, N.M. 1977. Larger fungi from Turkey, Iran and neighbouring countries. Karstenia 17: 59-72.
  • Webster, J. and Weber, R.W.S., 2007. Introduction to Fungi, 3, Cambridge University Press, Newyork.
  • 1-http://www.mbio.ncsu.edu/bioedit/bioedit.html, (05.01.2017)

Year 2017, Volume: 17 Issue: 2, 366 - 371, 31.08.2017

Bekir Çöl , Ezgin Tırpan Ebru Balcı Hakan Allı Dilek Akkanat İsmail Şen

Abstract

References

  • Akata, I. and Uzun, Y., 2017. Macrofungi determined in Uzungöl Nature Park (Trabzon). Trakya Unıversity Journal of Natural Sciences 18(1): xx-xx, DOI: 10.23902/trkjnat.295542. Akata, I. 2017. Macrofungal Diversity of Belgrad Forest (İstanbul). Kastamonu Üniversitesi Orman Fakültesi Dergisi 17 (1): 150-164.
  • Afyon, A. and Konuk, M., 2002. A study on macrofungi of Zonguldak District. The Herb Journal of Systematic Botany 9(1): 121-128.
  • Antonin, V. and Noordeloos, M.E., 2010. A monograph of marasmioid and collybioid fungi in Europe. IHW-Verlag.
  • Antonín, V., Sedlák, P. and Tomšovský, M., 2013. Taxonomy and phylogeny of European Gymnopus subsection Levipedes (Basidiomycota, Omphalotaceae). Persoonia 31: 179–187.
  • Baba H., Alkan S., Kaşık G., 2012. Hatay Kent Merkezi (Antakya) ve Habib-i Neccar Dağında Yayılış Gösteren Makromantar Çeşitliliği, 21. Ulusal Biyoloji Kong., 3-7 Eylül 2012, p. 1180, Bornova-İZMİR.
  • Balcı E., 2016. Bazı Stereum hirsutum ve Schizophyllum commune Makrofungus Türlerine ait Örneklerden Misel Üretimi ve RAPD-PCR Analizi ile Genetik Akrabalıklarının Araştırılması. Yüksek lisans tezi, Muğla Sıtkı Koçman Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü, Muğla, 65.
  • Gücin, F., Işıloğlu, M., Solak, M.H. 1995. Macrofungi of Kozak plateau (West Anatolia). XIIth Congress of European Mycologists, Wageningen, 3-7 September. P. 22. Wageningen, The Netherlands. pp: 27.
  • Işıloğlu, M., Solak, M.H., Gücin, F. 1998. The edible macrofungi of northwest Anatolia. 5th International Symposium Plant Life in South-West and Central Asia, Tashkent, 18-22 May 1998. Pp. 88-90. Tashkent.
  • Kaya, A. 2000. New records of Tricholomataceae for the mycoflora of Turkey. Bulletin of Pure and Applied Sciences 19B(2): 77-81.
  • Kaşık, G., Doğan, H.H., Öztürk, C., Aktaş, S., Sabahlar, Ş. 2005. New records of the macrofungi from Turkey. Pakistan Journal of Botany 37 (3): 769-777.
  • Knudsen, H. and Vesterhold, J., 2012. Funga Nordica. Copanhagen: Nordsvamp.
  • Öztürk, C., Kaşık, G. 1996. Macrofungi in Ürgüp District. Selçuk Üniversitesi Fen Edebiyat Fakültesi Fen Dergisi 13: 50-54.
  • Öztürk Ö., Doğan, H.H., Yıldırımlı, Ş. 2010. Macrofungi of Eldivan dağ. (Çankırı), Ot sistematik Botanik Dergisi, 17 (2): 141-154.
  • Pilát, A.A. 1933. Additamenta ad floram Asiae Minoris hymenomycetum pars secunda: Agaricineae. Bulletin Trimestriel Society Mycologie France 49: 283-302.
  • Schoch, C.A., Seifert, K.A., Huhndorf, S., Robert, V., Spouge, J.L., Levesque, C.A., Chen, W. and Fungal Barcoding Consortium, 2012. Nuclear ribosomal internel transcribed spacer (ITS) region as a universal DNA barcode marker for fungi, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 109 (16): 6241-6246.
  • Sesli, E., Denchev, C.M. 2014. Checklists of the myxomycetes, larger ascomycetes, and larger basidiomycetes in Turkey. 6th edn. Mycotaxon Checklists Online (http://www.mycotaxon.com/resources/checklists/sesli-v106-checklist.pdf): 1–136.
  • Solak, M.H., Işıloğlu, M., Kalmış, E. and Allı, H., 2015. Macrofungi of Turkey, Checklist Vol. 2. İzmir Üniversiteliler Ofset.
  • Taşkın, H. 2011. Türkiye florasında yetişen kuzugöbeği mantarlarının moleküler karakterizasyonu. Yüksek Lisans Tezi, Çukurova Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü, Adana, 167.
  • Tamura, K., Stecher, G., Peterson, D., Filipski A.,3 and Kumar S., 2013. MEGA6: Molecular Evolutionary Genetics Analysis Version 6.0, Oxford University, Molecular Biology and Evolution, 30(12):2725–2729.
  • Vizzini, A., Antonin, V., Sesli, E. and Contu, M., 2015. Gymnopus trabzonensis sp. nov. (Omphalotaceae) and Tricholoma virgatum var. fulvoumbonatum var. nov. (Tricholomataceae), two new white-spored agarics from Turkey. Phytotaxa. 226(2):119-130.
  • Watling, R. and Gregory, N.M. 1977. Larger fungi from Turkey, Iran and neighbouring countries. Karstenia 17: 59-72.
  • Webster, J. and Weber, R.W.S., 2007. Introduction to Fungi, 3, Cambridge University Press, Newyork.
  • 1-http://www.mbio.ncsu.edu/bioedit/bioedit.html, (05.01.2017)
There are 23 citations in total.

Details

Primary Language Turkish
Journal Section Articles
Authors

Bekir Çöl

Ezgin Tırpan This is me

Ebru Balcı This is me

Hakan Allı This is me

Dilek Akkanat This is me

İsmail Şen This is me

Publication Date August 31, 2017
Submission Date January 12, 2017
Published in Issue Year 2017 Volume: 17 Issue: 2

Cite

APA Çöl, B., Tırpan, E., Balcı, E., Allı, H., et al. (2017). Muğla ve Kütahya’dan Toplanan Gymnopus ocior (Pers.) Antonin & Noordel ve Gymnopus dryophilus (Bull.) Murrill Türlerine Ait Örneklerin Klasik Sistematik ve ITS Gen Dizileri ile Analizi. Afyon Kocatepe Üniversitesi Fen Ve Mühendislik Bilimleri Dergisi, 17(2), 366-371.
AMA Çöl B, Tırpan E, Balcı E, Allı H, Akkanat D, Şen İ. Muğla ve Kütahya’dan Toplanan Gymnopus ocior (Pers.) Antonin & Noordel ve Gymnopus dryophilus (Bull.) Murrill Türlerine Ait Örneklerin Klasik Sistematik ve ITS Gen Dizileri ile Analizi. Afyon Kocatepe Üniversitesi Fen Ve Mühendislik Bilimleri Dergisi. August 2017;17(2):366-371.
Chicago Çöl, Bekir, Ezgin Tırpan, Ebru Balcı, Hakan Allı, Dilek Akkanat, and İsmail Şen. “Muğla Ve Kütahya’dan Toplanan Gymnopus Ocior (Pers.) Antonin & Noordel Ve Gymnopus Dryophilus (Bull.) Murrill Türlerine Ait Örneklerin Klasik Sistematik Ve ITS Gen Dizileri Ile Analizi”. Afyon Kocatepe Üniversitesi Fen Ve Mühendislik Bilimleri Dergisi 17, no. 2 (August 2017): 366-71.
EndNote Çöl B, Tırpan E, Balcı E, Allı H, Akkanat D, Şen İ (August 1, 2017) Muğla ve Kütahya’dan Toplanan Gymnopus ocior (Pers.) Antonin & Noordel ve Gymnopus dryophilus (Bull.) Murrill Türlerine Ait Örneklerin Klasik Sistematik ve ITS Gen Dizileri ile Analizi. Afyon Kocatepe Üniversitesi Fen Ve Mühendislik Bilimleri Dergisi 17 2 366–371.
IEEE B. Çöl, E. Tırpan, E. Balcı, H. Allı, D. Akkanat, and İ. Şen, “Muğla ve Kütahya’dan Toplanan Gymnopus ocior (Pers.) Antonin & Noordel ve Gymnopus dryophilus (Bull.) Murrill Türlerine Ait Örneklerin Klasik Sistematik ve ITS Gen Dizileri ile Analizi”, Afyon Kocatepe Üniversitesi Fen Ve Mühendislik Bilimleri Dergisi, vol. 17, no. 2, pp. 366–371, 2017.
ISNAD Çöl, Bekir et al. “Muğla Ve Kütahya’dan Toplanan Gymnopus Ocior (Pers.) Antonin & Noordel Ve Gymnopus Dryophilus (Bull.) Murrill Türlerine Ait Örneklerin Klasik Sistematik Ve ITS Gen Dizileri Ile Analizi”. Afyon Kocatepe Üniversitesi Fen Ve Mühendislik Bilimleri Dergisi 17/2 (August 2017), 366-371.
JAMA Çöl B, Tırpan E, Balcı E, Allı H, Akkanat D, Şen İ. Muğla ve Kütahya’dan Toplanan Gymnopus ocior (Pers.) Antonin & Noordel ve Gymnopus dryophilus (Bull.) Murrill Türlerine Ait Örneklerin Klasik Sistematik ve ITS Gen Dizileri ile Analizi. Afyon Kocatepe Üniversitesi Fen Ve Mühendislik Bilimleri Dergisi. 2017;17:366–371.
MLA Çöl, Bekir et al. “Muğla Ve Kütahya’dan Toplanan Gymnopus Ocior (Pers.) Antonin & Noordel Ve Gymnopus Dryophilus (Bull.) Murrill Türlerine Ait Örneklerin Klasik Sistematik Ve ITS Gen Dizileri Ile Analizi”. Afyon Kocatepe Üniversitesi Fen Ve Mühendislik Bilimleri Dergisi, vol. 17, no. 2, 2017, pp. 366-71.
Vancouver Çöl B, Tırpan E, Balcı E, Allı H, Akkanat D, Şen İ. Muğla ve Kütahya’dan Toplanan Gymnopus ocior (Pers.) Antonin & Noordel ve Gymnopus dryophilus (Bull.) Murrill Türlerine Ait Örneklerin Klasik Sistematik ve ITS Gen Dizileri ile Analizi. Afyon Kocatepe Üniversitesi Fen Ve Mühendislik Bilimleri Dergisi. 2017;17(2):366-71.