Investigation of alfalfa leaf curl virus (ALCV) by PCR method in Isparta, Hatay and Hakkari provinces

Abstract

Objective: In this study; It is aimed to determine the presence of alfalfa leaf curl virus (ALCV) in the alfalfa production areas of Isparta, Hatay and Hakkari provinces by molecular method. Materials and Methods: The study was carried out with alfalfa samples obtained from the alfalfa application areas of Isparta University of Applied Sciences and Hatay Mustafa Kemal University Faculty of Agriculture and natural areas in Hakkari (Otluca Village) between 2019-2020. 50 leaf samples thought to be infected with ALCV were collected in the study. The presence of ALCV was investigated using the polymerase chain reaction (PCR) method. PCR application was carried out to amplify the 267 nucleotide gene region specific to the coat protein (CP) gene of ALCV. Results: ALCV could not be detected in the samples analyzed as a result of PCR studies.

Keywords

• Alfalfa leaf curl virus
• ALCV
• PCR

Isparta, Hatay ve Hakkâri illerinde yonca yaprak kıvırcıklığı virüsü (alfalfa leaf curl virus; ALCV)’nün PCR yöntemi ile araştırılması

Öz

Amaç: Bu çalışmada; Isparta, Hatay ve Hakkâri illeri yonca üretim alanlarında yonca yaprak kıvırcıklığı virüsü (alfalfa leaf curl virus; ALCV)’nün bulunma durumunun moleküler yöntem ile ortaya konulması amaçlanmıştır. Materyal ve Yöntem: 2019-2020 yılları arasında Isparta Uygulamalı Bilimler Üniversitesi ile Hatay Mustafa Kemal Üniversitesi Ziraat Fakülteleri’nin yonca uygulama alanlarından ve Hakkâri ilinde (Otluca Köyü) bulunan doğal alanlardan temin edilen yonca örnekleri ile çalışma yürütülmüştür. Çalışmada ALCV ile enfekte olduğu düşünülen 50 yaprak örneği toplanmıştır. ALCV’nin varlığı polimeraz zincir reaksiyonu (Polymerase Chain Reaction: PCR) yöntemi kullanılarak araştırılmıştır. PCR uygulaması, ALCV’nin kılıf protein (Coat Protein: CP) genine spesifik 267 nükleotid uzunluğundaki gen bölgesinin çoğaltılması için gerçekleştirilmiştir. Araştırma Bulguları: PCR çalışmaları sonucunda incelenen örneklerde ALCV tespit edilememiştir. Sonuç: Bu çalışma, yonca bitkisinde ALCV’nin araştırılması bakımından ilk çalışma niteliğindedir.

Anahtar Kelimeler

• Yonca yaprak kıvırcıklığı virüsü
• ALCV
• PCR

References

1. Davoodi, Z., Bejerman, N., Richet, C., Filloux, D.,, S.G., Chatzivassiliou, E.K., Galzi, S., Julian, C., Samarfard, S., Trucco, V., Giolitti, F., Fiallo-Olivé, E., Navas-Castillo, J., Asaad, N., Moukahel, A.R, Hijazi, J., Mghandef, S., Heydarnejad, J., Massumi, H., Varsani, A., Dietzgen, R.G., Harkins, G.W. , Martin, D.P. & Roumagnac, P. (2018a). The Westward Journey of Alfalfa Leaf Curl Virus, Viruses, 10, 542; DOI:10.3390/v10100542.
2. Davoodi, Z., Heydarnejad, J., Massumi, H., Richet, C., Galzi, S., Filloux, D. & Roumagnac, P. (2018b). First report of alfalfa leaf curl virus from alfalfa in iran. Plant Dis.; 2385.
3. Bernardo, P., Muhire, B., Francois, S., Deshoux, M., Hartnady, P., Farkas, K., Kraberger, S., Filloux, D., Fernandez, E., Galzi, S., Ferdinand, R., Granier, M., Marais, A., Monge Blasco, P., Candresse, T., Escriu, F., Varsani, A., Harkins, G.W., Martin, D.P. & Roumagnac, P. (2016). Molecular characterization and prevalence of two capulaviruses: alfalfa leaf curl virus from France and euphorbia caputmedusae latent virus from South Africa. Virology, 493: 142-153.