Bazı çerezlik kabak hatlarında SSR markır analizi

Öz

Bu araştırmada farklı kabak genotiplerinde çalışabilecek SSR primer kombinasyonlarını belirlemek amaçlanmıştır. Çalışmada agronomik özellikler bakımından seçilen 47 çerezlik kabak genotipinde daha önce çeşitli kabakgil türlerinde geliştirilen toplam 79 SSR primer kombinasyonu test edilmiştir. Farklı genotiplerin DNA’larının karıştırılmasıyla elde edilen DNA, bütün primerlerle test edilmiştir. Bütün primerlerden 16 adedinin güvenilir bant verdiği belirlenmiştir. Bu çalışmadan elde edilen bulgular başarılı bulunan primerlerin ilişki haritalaması, safiyet testlemesi ve yeni markır geliştirme çalışmalarında kullanılabileceğini göstermiştir.

Anahtar Kelimeler

• Çerezlik kabak,SSR,moleküler karakterizasyon

References

1. Blagrove, R., Lilley, G. 1980. Characterisation of cucurbitin from various species of the Cucurbitaceae. European Journal of Biochemistry, 103: 577-584.
2. Danin-Poleg, Y., Reis, N., Tzuri, G., Katzir, N. 2001. Development and characterization of microsatellite markers in Cucumis. Theor. Appl. Genet., 102: 61-72.
3. Doyle, J.J., Doyle, J.L. 1990. Isolation of Plant DNA from fresh tissue. Focus. 12: 13-15.
4. Ermiş, S. 2010. Ekolojinin kabuklu ve kabuksuz çekirdek kabak (Cucurbita pepo L.) hatlarında tohum verimi ve çerezlik kalitesine etkisi. Ankara Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü, Bahçe Bitkileri Anabilim Dalı, Ankara, 153 s. (Basılmamış Doktora Tezi).
5. Gong, L., Paris, H.S., Nee, M.H., Stift, G., Pachner, M., Vollmann, J., Lelley, T., 2012. Genetic relationships and evolution in Cucurbita pepo (pumpkin, squash, gourd) as revealed by simple sequence repeat polymorphisms. Theor. Appl. Genet., 124: 875-891.
6. Gupta, P.K., Varshney, R.K. 2000. The Development and Use of Microsatellite Markers for Genetic Analysis and Plant Breeding with Emphasis on Bread Wheat. Euphytica, 163-185.
7. Jarret, R.L., Merrick, L.C., Holms, T., Evans, J., Aradhya, M.K. 1997. Simple Sequence Repeats in Watermelon (Citrullus lanatus (Thunb.) Matsum. & Nakai). Genome, 40(4): 433-441.
8. Katzir, N., Portnoy, V., Yonash, N., Mozes-Daube, N., Tzuri, G., Paris, H.S. 2002. Use of AFLP, ISSR, and SSR marker systems to assess genetic diversity in Cucurbita pepo. In: Plant, Animal and Microbe Genomes Conference X, vol. 10, San Diego, California, 121p.

9. Katzir, N., Tadmor, Y., Tzuri, G., Leshzashen, E., Mozes-Daube, N., Danin-Poleg, Y., Paris, H.S. 2000. Further ISSR and preliminary SSR analysis of relationships among accessions of Cucurbita pepo. In: Katzir, N., Paris, H.S. (Eds.), Proc Cucurbitaceae 2000. Acta. Hortic., 510: 433-439.
10. López-Sesé, A.I., Staub, J., Katzir, N., Gómez-Guillamón, L.S. 2002. Estimation of Between and Within Accession Varation in Selected Spanish Melon Germplasm Using RAPD and SSR Markers to Assess Strategies for Large Collection Evalution. Euphytica ,127: 41-51.
11. Marcone, M. 1999. Biochemical and biophysical properties of plant storage proteins: a current understanding with emphasis on 11S seed globulins. Food Research International, 32: 79-92.
12. Nimmakayala, P., Tomason, R.Y., Jeong, J., Ponniah, K.S., Karunathilake, A., Levi, A., Perumal, R., Reddy, K.U. 2009. Genetic Reticulation and Interrelationships Among Citrullus Species as Revealed by Joint Analysis of Shared AFLPs and Species-Specific SSR Alleles. Plant Genetic Resources Characterization and Utilization, 1-10.
13. Paris, H.S., Yonah, N., Portnoy, V., Mozes-Dauble, N., Tzuri, N., Katzir, N. 2003. Assesment of genetic relationships in Cucurbita pepo (Cucurbitaceae) using DNA markers. Theor. Appl. Genet., 106:971-978.
14. Paris, H.S. 2004. AFLP, ISSR, and SSR polymorphisms are in accordance with botanical and Cultivated plant taxonomies of the highly polymorphic Cucurbita pepo. Acta Hort., 634:167-171.
15. Robinson, R.W., Decker-Walters, D.S. 1997. Cucurbits. In: Crop Production Department of Horticultural Science. Cornell Univ., The Cucurbit Network U.S.A
16. Staub, J.E, Danin-Poleg, Y., Fazio, G., Horejsi, T., Reis, N., Katzir, N. 2000. Comparative Analysis of Cultivated Melon Groups (Cucumis melo L.) Using Random Amplified Polymorphic DNA and Simple Sequence Repeat Markers. Euphytica, 115: 225-241.
17. Szabó, Z., Gyulai, G., Humphreys, M., Horváth, L., Bittansánszky, A., Lágler, R., Heszky, L. 2005. Genetic Variation of Melon (C. melo) Compared to an Extinct Landrace from the Middle Ages (Hungary).I. rDNA, SSR and SNP Analysis of 47 Cultivars. Euphytica, 146: 87-94.
18. Tzitzikas, E.M., Monforte, A.J., Fatihi, A., Kypriotakis, A., Iacovides, T.A., Ioannides, I.M., Kalaitzis, P. 2009. Genetic Diversity and Population Structure of Traditional Greek and Cypriot Melon Cultigens (Cucumis melo L.) Based on Simple Sequence Repeat Variability. HortScience, 44(7): 1820-1824.
19. TÜİK, 2015. Türkiye İstatistik Kurumu bitkisel üretim veritabanları. http://tuikapp.tuik.gov.tr.
20. Watcharawongpaibon, N., Chunwongse, J. 2008. Development and Characterization of Microsatellite Markers from an Enriched Genomic Library of Cucumber (Cucumis sativus). Plant Breeding, 127: 74-81.
21. Yıldırım, A., Kandemir, N. 2001. Genetik markörler ve analiz metodları. Bitki biyoteknolojisi II Genetik Mühendisliği ve Uygulamaları, Ed: Özcan S, Gürel E, Babaoğlu M., Selçuk Üniversitesi Basımevi.