Çanakkale ili kanola (<em>Brassica napus </em>L.) üretim alanlarındaŞalgam mozaik virüsü (<em>Turnip mosaic virus</em>; TuMV) enfeksiyonunun tanılanması ve karakterizasyonu

Year 2016, Volume: 56 Issue: 2, 0 - 0, 30.06.2016

Ali Karanfil Savaş Korkmaz

Abstract

Bu çalışma 2014 üretim yılı içinde Çanakkale ili kanola üretim alanlarında yürütülmüştür. Bu amaçla kanola tarlalarına arazi çıkışları yapılarak bu bitkiler Şalgam mozaik virüsü (Turnip mosaic virus; TuMV) açısından görsel olarak incelenmiş ve tipik olarak mozaik ve kloroz simptomları gösteren 21 bitkiden örnekler alınmıştır. Toplanan örnekler TuMV’nin varlığını belirlemek amacıyla DAS-ELISA ve RT-PCR yöntemleriyle test edilmiş ve testlemeler sonucunda 21 örnekten 15’i enfekteli bulunmuştur. Hastalıklı olduğu belirlenen izolatlar içerisinden tek bir örnek (CK01) seçilerek bu örneğe ait moleküler karakterizasyon çalışması yapılmıştır. Bu amaçla seçilen örneğe ait NIb+CP geninin bir kısmını içeren 1178 bç’lik RT-PCR ürünleri saflaştırılarak direkt olarak çift yönlü nükleik asit dizilimleri belirlenmiştir.  Sekans analizi yapılan TuMV izolatına özgü NIb+CP genlerinin nükleotid dizilimleri gen bankasında bulunan ve dünyanın farklı üretim bölgelerinden TuMV izolatları ile karşılaştırılmıştır. Bu karşılaştırmalar sonucunda ülkemiz kanola TuMV izolatının nükleotid düzeyinde %88-93 oranında bir benzerliğe sahip olduğu bulunmuştur. Yapılan filogenetik analiz sonucunda ise bu izolatın dünyanın farklı bölgelerindeki izolatlarla farklı düzeylerde genetik ilişki gösterdiği saptanmıştır. Bu çalışma ile ilk defa ülkemizde kanola bitkisinde TuMV’nin varlığı belirlenmiştir.

Keywords

Şalgam mozaik virüsü, kanola; DAS-ELISA; RT-PCR; filogenetik analiz

<p>Identification and characterization of <em>Turnip mosaic virus</em> (TuMV) infection on canola plants (<em>Brassica napus </em>L.) in Çanakkale province</p>

Abstract

This study was carried out in canola plants in Çanakkale province in 2014. For this aim, canola plants showing severe mosaic symptoms were collected from 2 districts (Ezine and Lapseki) of Çanakkale province in Turkey. Collected twenty-one samples were tested by DAS-ELISA with polyclonal antisera (Bioreba, Switzerland) and RT-PCR using gene specific primers containing partial NIb+CP to determine the presence of Turnip mosaic virus (TuMV). DAS-ELISA and RT-PCR test results indicated that 15 sample were infected with TuMV. Corresponding 1178 bp DNA fragment of isolate CK01 chosen randomly was purified and sequenced. The nucleotide sequence of the partial NIb+CP gene of CK01 isolate was compared with TuMV isolates from different parts of the world found in gen bank. Sequence analysis of partial NIb+CP genes showed 88-93% identities among CK01 and world TuMV isolates at nucleotide level. Phylogenetic relationship was determined among CK01 and TuMV isolates from different parts of the world. To our knowledge; although TuMV infections were identified in different plants, this is the first report of TuMV infection on canola plants in Turkey.

Keywords

Turnip mosaic virus, canola; DAS-ELISA; RT-PCR; phylogenetic analysis