Retrospective Evaluation of the Frequency of Respiratory Pathogens in Patients Admitted to Kafkas University Medical Faculty Hospital

Abstract

Objectives: This retrospective study was aimed to identify upper respiratory tract infection (URTI) pathogens in patients admitted to Kafkas University Medical Faculty Hospital between July 2023 and August 2024. Methods: Nasopharyngeal swab samples from 1565 patients were analysed using the Multiplex Real-Time PCR (MRT-PCR) technique. Patient demographics, the month/season of hospital visits, and results of the respiratory agent tests were obtained from hospital archives and subjected to necessary statistical analyses. Chi-square and One-way ANOVA tests were used to analyse categorical and numerical data, respectively by SPSS v21.0. Results: The data showed that 37.7% of the patients tested positive for at least one pathogen, while 62.3% were negative. The most frequently detected viral agents were Influenza B (34.3%), Influenza A (15.7%), and SARS-CoV-2 (14.4%). Streptococcus pyogenes was the most common bacterial pathogen (9.3%). Co-infection was observed in 9.14% of cases, with the most common combination being INF-B and INF-A. The seasonal distribution indicated that 40.3% of the positive cases occurred in the winter months (December 2023 - February 2024), and 39.1% in the spring (March - May 2024). Conclusion: This retrospective study provides important epidemiological data on the identification and distribution of URTI pathogens in the region, contributing to the development of accurate approaches for diagnosis and treatment of infections.

Keywords

• SARS-CoV-2
• multiplex PCR
• viral-bacterial infection
• respiratory tract infection

References

1. 1.Ahmed ZH. Solunum yolu enfeksiyonlarında viralpatojenler ve mevsimsel dağılımı [Yüksek LisansTezi]. Konya: Selçuk Üniversitesi Sağlık BilimleriEnstitüsü; 2016. 95 s.
2. 2.Şirin MC. Isparta ilinde akut solunum yoluenfeksiyonu ön tanısı olan hastalarda multipleksPCR yöntemiyle viral ve bakteriyel etkenlerinsıklığının araştırılması. Süleyman DemirelÜniversitesi Tıp Fakültesi Dergisi. 2022;29(2):171-8.
3. 3.Tekinsoy M. Çocukluk çağında üst solunum yoluenfeksiyonu etkeni virüslerin retrospektif olarakaraştırılması [Uzmanlık Tezi]. Bursa: Bursa UludağÜniversitesi; 2022.
4. 4.Hazır Y, Bozkurt G. Üst solunum yolu enfeksiyonugeçiren çocuklarda tamamlayıcı ve alternatif tedaviuygulamalarının incelenmesi. Dokuz EylülÜniversitesi Hemşirelik Fakültesi ElektronikDergisi. 2020;13(3):117-23.
5. 5.Vallières E, Renaud C. Clinical and economicalimpact of multiplex respiratory virus assays. DiagnMicrobiol Infect Dis. 2013;76(3):255-61.
6. 6.Mahony JB, Blackhouse G, Babwah J, et al. Costanalysis of multiplex PCR testing for diagnosingrespiratory virus infections. J Clin Microbiol.2009;47(9):2812-7.
7. 7.Cicek C, Arslan A, Krakus HS, et al. Akut solunumyolu enfeksiyonu olan hastalarda solunum yoluvirüslerinin yaygınlığı ve mevsimsel dağılımı, 2002-2014. Mikrobiyol Bul. 2015;49(2):188-200.
8. 8.Mahony JB, Petrich A, Smieja M. Moleculardiagnosis of respiratory virus infections. Crit RevClin Lab Sci. 2011;48(5-6):217-49.

9. 9.Appak Ö, Duman M, Belet N, Sayiner AA. Viralrespiratory infections diagnosed by multiplexpolymerase chain reaction in pediatric patients. JMed Virol. 2019;91(5):731-7.
10. 10.Arslan A, Çiçek C, Saz EU, Gülen F, Karakuş HS.Viral solunum yolu enfeksiyonlarının tanısında birmultipleks PCR yönteminin performansınındeğerlendirilmesi. Mikrobiyol Bul. 2016;50(4):159-64.
11. 11.Akçalı S, Yılmaz N, Güler Ö, Şanlıdağ T, Anıl M. Altsolunum yolu enfeksiyonu olan çocuklarda solunumyolu viral etkenlerinin sıklığı. Türk Pediatri Arş.2013;48(3):215-20.
12. 12.Özdamar M, Türkoğlu S. Detection of respiratorypathogens in lower respiratory tract infections bymultiplex real-time PCR in Kocaeli/Istanbul regionin 2015-2017. Medeniyet Med J. 2018;33(3):188-94.
13. 13.UNICEF. Pneumonia in children statistics. 2022Apr 21 [Erişim tarihi: 2024 Dec 14]. Erişim adresi:https://data.unicef.org/topic/child-health/pneumonia/.
14. 14.Ziyade N, Elgormus N, Kara E, Karayel F. Otopsivakalarında viral solunum yolu enfeksiyonuetkenlerinin multipleks PCR yöntemiyleincelenmesi: Beş yıllık bir çalışma. Mikrobiyol Bul.2019;53(2):179-91.
15. 15.Kuşkucu MA, Mete B, Tabak F, Midilli K.Yetişkinlerde solunum yolu viral etkenlerinin 2010-2018 yılları arasındaki prevalansı ve mevsimseldağılımı. Mikrobiyol Bul. 2020;50(1):21-6.
16. 16.Bicer S, Giray T, Çöl D, Erdağ GÇ, Vitrinel A, GürolY, et al. Virological and clinical characterizations ofrespiratory infections in hospitalized children. J Med Virol. 2013;85(3):515-20.
17. 17.Akçalı S, Yılmaz N, Güler Ö, Şanlıdağ T, Anıl M. Altsolunum yolu enfeksiyonu olan çocuklarda solunumyolu viral etkenlerinin sıklığı. Türk Pediatri Arş.2013;48(3):215-20.
18. 18.Zhang D, He Z, Xu L, et al. Epidemiologycharacteristics of respiratory viruses found inchildren and adults with respiratory tract infectionsin southern China. J Med Virol. 2014;86(6):1039-45.
19. 19.Kanberoğlu Gİ, Güdeloğlu E, Bağ Ö, Ecevit Ç. Akutalt solunum yolu enfeksiyonu nedeniyle hastaneyeyatan çocuklarda multipleks PCR ile saptananenfeksiyöz etkenlerin değerlendirilmesi. PediatrMed J. 2021;14(3):604-10.
20. 20.Benet T, Sylla M, Messaoudi M, et al. Etiology andfactors associated with pneumonia in childrenunder 5 years of age in Mali: A prospective case-control study. PLoS One. 2015;10(12):e0145447.
21. 21.Honkinen M, Lahti E, Österback R, Ruuskanen O,Waris M. Viruses and bacteria in sputum samples ofchildren with community-acquired pneumonia. ClinMicrobiol Infect. 2012;18(3):300-7.
22. 22. Hamano-Hasegawa K, Morozumi M, Nakayama E,et al. Comprehensive detection of causativepathogens using real-time PCR to diagnose pediatriccommunity-acquired pneumonia. J Clin Microbiol.2008;46(3):740-7.
23. 23.Göktaş S, Şirin MC. Prevalence and seasonaldistribution of respiratory viruses during the 2014-2015 season in Istanbul. Jundishapur J Microbiol.2016;9(9):e39132.
24. 24.Özdamar M, Türkoğlu S. Detection of respiratorypathogens in lower respiratory tract infections bymultiplex real-time PCR in Kocaeli/Istanbulprovince in 2015-2017. Medeniyet Med J.2018;33(3):188-94.