KLİNİK ÖRNEKLERDEN MİKOBAKTERİ TÜRLERİNİN İZOLASYONUNDA KLASİK TANI YÖNTEMLERİN KARŞILAŞTIRILMASI ve PRİMERANTİTÜBERKÜLOZ İLAÇLARA DUYARLILIKLARININ BELİRLENMESİ

Abstract

Dünyanın pek çok yerinde Mycobacterium tuberculosis’in neden olduğu enfeksiyonların sıklığındaki artış, tüberkülozun tanısı ve ilaç direncinin kısa sürede gösterilmesini zorunlu hale getirmiştir. Bu amaçla çok sayıda yeni yöntem denenmektedir. Bu çalışmada, Mikobakteriyoloji Laboratuvarı’na gelen klinik örneklerde Mycobacterium tuberculosis’in tanısında kullanılan klasik kültür yöntemleriyle tür tayin testlerinin ve duyarlılık testlerinin yapılması amaçlanmıştır.Erciyes Üniversitesi Tıp Fakültesi, Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı Mikobakteriyoloji Laboratuvarı’na tüberküloz tanısı amacıyla gönderilen toplam 50 klinik örnek işleme alındı. Bu örnekler; açlık mide suyu (AMS), bronkoalveolar lavaj (BAL), balgam, apse, idrar, steril vücut sıvıları, beyin omurilik sıvısı (BOS), doku, biyopsi örnekleridir. Klinik örneklerin Ehrlich- Ziehl Neelsen (EZN) boyama ile mikroskobik incelenmesi, L-J (Löwenstein-Jensen) ve BACTEC MGIT 960 yöntemi ile kültürleri yapıldı. İzole edilen suşların tür düzeyinde tanımlanması BACTEC 460 NAP testi (Becton, Dickinson and Company Sparks, Ireland) ve MGIT 960 TBc ID (Becton, Dickinson and Company Sparks, USA) testi ile çalışıldı. Duyarlılık testleri BACTEC MGIT 960 ile yapıldı. Çalışmaya alınan 50 tüberküloz şüpheli klinik örneğin EZN boyama yöntemiyle boyanması sonucunda % 34’ü ARB pozitif; L-J’de % 22 pozitif, BACTEC MGIT 960 kültür yöntemiyle % 26 pozitif, her ikisinde birlikte üreyen Mycobacterium suşlarının pozitiflik oranı ise % 16 olarak bulundu. Kültür pozitif olan klinik örneklerin % 50’si M. tuberculosis complex grubu, % 14’ü MOTT basili olarak bulundu.Kültür yönteminin altın standart kabul edildiği bu çalışmada; ARB mikroskobisinin duyarlılığı % 32, özgüllüğü % 66 olarak bulundu. Kültür bulguları ile ARB bulguları karşılaştırıldığında istatistiksel açıdan fark yoktu ve uyum düşük düzeyde bulundu (kappa:0.04; p>0.05). Bu çalışmada; ilaç duyarlılık testinde, klinik suşların % 60’ı streptomycin, izoniazid, rifampin, etambuthol (SIRE)’e duyarlı bulundu. Mycobacterium tuberculosis’in % 40’ı en az bir ya da daha fazla ilaca karşı dirençli bulundu.Sonuç olarak; bu çalışmada Mycobacterium tuberculosis suşlarının en sıklıkla streptomycine direnç belirlenmesiyle birlikte en az bir ya da daha fazla ilaca karşı dirençli bulunmuştur. M. tuberculosis’in tanısında kullanılan klasik kültür yöntemlerinden ikisi olan; L-J katı kültür sistemi ve MGIT 960 sıvı kültür sistemlerinin birlikte kullanılması gerektiğini, kültür ve ilaç duyarlılık testinde de MGIT 960’ın kullanımı kolay ve güvenilir bir sistem olduğunu belirlenmiştir

Keywords

• Mycobacterium tuberculosis, Ziehl-Neelsen yöntemi, Löwenstein-Jensen, BACTEC MGIT 960, antitüberküloz duyarlılık testleri

Comparısıon of the Conventional Identification Methods in the Isolation of Mycobacteria Strains from the Clinical Samples and Determination of Susceptibilities to Primary Antituberculosis Agents

Abstract

Early diagnosis and demonstration of of drug resistance in patients with tuberculosis has become a necessity because of increasing prevalence of infections caused by Mycobacterium tuberculosis. Numerous new methods are being tested for this purpose. In this study it is aimed to compare conventional culture methods and molecular methods which are used for diagnosis of Mycobacterium tuberculosis in clinical samples accepted by mycobacteriology laboratory. A total of 50 clinical specimens sent for diagnosis of tuberculosis to Erciyes University, Medical Microbiology Department, Mycobacteriology Laboratory were processed. These samples were gastric lavage fluid, bronchoalveolar lavage, sputum, abscess, urine, sterile body fluids, cerebrospinal fluid, tissue and biopsy samples. Microbiological examining was performed with Ehrlich-Ziehl-Neelsen (EZN) staining and cultured in L-J(Löwenstein-Jensen) medium by BACTEC MGIT 960 method. Determination of isolated subspecies at species level was studied with BACTEC 460 NAP test (Becton, Dickinson and Company Sparks, Ireland) MGIT 960 TBc ID (Becton, Dickinson and Company Sparks, USA) test. Susceptibility tests were performed with BACTEC MGIT 960. Smear positive rate of studied 50 tuberculosis suspected clinical specimens were 34 %, with EZN dyeing. L-J and/or MGIT methods also resulted % 64 cultures positive. 50 % of culture positive samples were found Mycobacterium complex group and 14 % were MOTT bacilli.In this study where culture has been considered the gold standard; susceptibility and specificity of smear microscopy were found 32 % and 66 %, respectively. There was no significant statistical difference and low level of the compliance between culture and smear findings (kappa:0.04; p>0.05). In this study; 60 % of clinical samples were found susceptible to SIRE (streptomycin, isoniazide, rifampin, ethambutol) in drug susceptibility test. 40 % of clinical samples were found resistant to at least one or more drug. In conclusion; in this study Mycobacterium tuberculosis strains were found resistant to streptomycin frequently and also resistant to at least one or more drug. These are determined that two traditional culture methods which are used for diagnosis of M.tuberculosis, L-J solid culture system and MGIT 960 liquid culture system must be used together; and MGIT 960 is an easy-to-use and a reliable system for culture and drug susceptibility tests

Keywords

• Mycobacterium tuberculosis, Ziehl-Neelsen Method, Löwenstein-Jensen, BACTEC MGIT 960, anti-tuberculosis susceptibility methods

References

1. WHO. Global Tuberculosis Control: Surveillance, Planning, Financing: WHO Report 2009. WHO, Geneva, Switzerland 2009.
2. WHO. Global Tuberculosis Control. A Short Update to the 2009 Report. WHO, Geneva, Switzerland 2009.
3. Migliori GB, Matteelli A, Cirillo D, Pai M. Diagnosis of multidrug-resistant tuberculosis and extensively drug-resistant tuberculosis: current standards and challenges. Can J Infect Dis Med Microbiol 2008; 19:169-172.
4. Nyendak, M R, Lewinsohn DA, Lewinsohn DM. New diagnostic methods for tuberculosis. Curr Opin Infect Dis 2009; 22:174-182.
5. Mathew P, Kuo YH, Vazirani B, Eng RH, Weinstein MP. Are three sputum acid-fast bacillus smears necessary for discontinuing tuberculosis isolation? J Clin Microbiol 2002;40:3482-3484.
6. Van Kampen SC, Anthony RM, Klatser PR. The realistic performance achievable with mycobacterial automated culture systems in high and low prevalence settings. BMC Infect Dis 2010;10:93.
7. Kim SJ. Drug susceptibility testing in tuberculosis: methods and reliability of results. Eur Respir J 2005;25: 564-569.
8. Arıkan S. Tüberküloz tanısında direkt mikros- kobik inceleme ve kültür. İnfeksiyon Bülteni 1996; 1: 9-12.

9. Rutala WA, Weber DJ. New Disinfection and Sterilization Methods Emerg Infect Dis 2001;7:348-353.
10. Uzun M. Tüberküloz tanısında Erlich-Ziehl- Neelsen, fluorokrom boyama yöntemleri ile BACTEC ve Löwenstein-Jensen kültür yön- temlerinin sonuçlarının degerlendirilmesi. Doktora tezi, İstanbul Tıp Fakültesi 1994.
11. Durupınar B, Birinci A, Günaydın M, et al. Tüberküloz tanısında Auramine-Rhodamine boyama yönteminin güvenilirliği. Mikrobiyol Bült 1997;31:369-374.
12. Eriş FN, Biçmen C, Şenol G ve ark. İzmir Gö- ğüs Hastanesi Mikobakteriyolji Verilerinin Retrospektif Değerlendirilmesi, XXIX. Türk Mikrobiyoloji Kongresi Kitabı. 8–13, Antalya: 2000: 325.
13. Özkütük N, Sürücüoğlu S, Sezgin C, ve ark. Celal Bayar Üniversitesi Tıp Fakültesi Mikobakteriyoloji Verilerinin Değerlendiril- mesi. X. Türk Klinik Mikrobiyoloji ve İnfeksiyon Hastalıkları Kongresi (KLİMİK), Kongre Kitabı. Adana: 2001: 176-177.
14. Pardini M, Varaine F, Bonnet M, et al. Usefulness of the BACTEC MGIT 960 System for Isolation of Mycobacterium tuberculosis from Sputa Subjected to Long-Term Storage. J Clin Microbiol, 2007:45;575-576.
15. Balabanova Y, Drobniewski F, Nikolayevskyy V. et al. An Integrated Approach to Rapid Diagnosis of Tuberculosis and Multidrug Resistance Using Liquid Culture and Moleculer Methods of Russia. PLoSone. 2009; 4: e7129.
16. Leitritz L, Schubert S, Bücherl B. et al. Evaluation of BACTEC MGIT 960 and BACTEC 460 TB Systems for Recovery of Mycobacteria from Clinical Specimens of University Hospital With Low Incidence of Tuberculosis. J Clin Microbiol 2001; 39;3764 -3767.
17. Somoskövi A, Ködmön C, Lantos A. et al. Comparison of Recoveries of Mycobacterium tuberculosis Using the Automated BACTEC MGIT 960 System, the BACTEC 460 TB System, and Löwenstein-Jensen Medium. J Clin Microbiol 2000;38: 2395-2397.
18. Rüsch-Gerdes S, Domehl C, Nardi G et al. Multicenter evaluation of the Mycobacteria Growth Indicator Tube for testing susceptibility Mycobacterium tuberculosis to first line drugs. J Clin Microbiol 1999;37:45- 48.
19. Susceptiblity testing of Mycobacterium tuberculosis to anti-tuberculosis drugs: BACTEC MGIT vs BACTEC 460TB System. 100th General Meeting Los Angeles, California May 2000; pp 21-25.
20. Scarparo C, Ricardi P, Piccoli P. Evaluation of the fully automated BACTEC MGIT 960 System for testing Mycobacterium tuberculosis to pyrazinamid, streptomycin, izoniasid, rifampin, etambutol and comparison the radiometric BACTEC 460 TB method. J Clin Microbiol 2004;42:1109-1114.
21. Adjers Koskela K, Katila ML. Susceptibility testing with the manual MGIT and the MGIT 960 system provides rapid and reliable verification of multidrug resistant tuberculosis. J Clin Microbiol, 2003;41:135- 1239.
22. Saygan MB, Ocak F, Ceyhan, ve ark. Bölge tüberküloz laboratuarlarından gönderilen Mycobacterium tuberculosis suslarının major antitüberküloz ilaçlara duyarlılıkları, Refik Saydam Hıfzısıhha Merkez Baskanlıgı Tüber- küloz Referans ve Arastırma Laboratuvarı, Sıhhiye, Ankara Mikrobiyoloji Bülteni 2007; 41:403-9.
23. Yolsal N, Malat G, Disçi R ve ark. Türkiye’de tüberküloz ilaçlarına direnç sorununun 1984- 1989 ve 1990-1995 yılları için karşılaştırılma- sı: Meta-analiz, Klimik Dergisi 1998; 11: 6-9.