Thlaspiceras sensu Meyer Tür Kompleksinin Plastidik trnQ-5'rps16 Bölgesine Dayalı Filogenisi

Barış Özüdoğru

doi:10.19113/sdufbed.86695

Thlaspiceras sensu Meyer Tür Kompleksinin Plastidik trnQ-5'rps16 Bölgesine Dayalı Filogenisi

Abstract

Brassicaceae familyası içerisinde sistematik anlamda en problemli cinslerden birisi Noccaea Moench cinsidir ve bu cinsin sınırları ile ilgili tartışmalar hala devam etmektedir. Bu çalışmada bazı yazarlar tarafından hala ayrı bir cins olarak değerlendirilen Thlaspiceras tür kompleksine ait 7 tür ve 21 populasyona ait bireyler ilk defa filogenetik anlamda plastidik trnQ-5'rps16 bölgesi kullanılarak değerlendirilmişlerdir. Kullanılan bu genetik belirteç hem filogenetik analizlerde hem de haplotip analizlerinde türleri/popülasyonları sistematik ilişkilerinden ziyade coğrafi yakınlıklarına göre gruplandırmıştır. Bu durumun temel sebebi N. eigii ve N. bovis örneklerinde olduğu gibi, coğrafi olarak aynı bölgelerde yetişen ancak morfolojik olarak ciddi ölçüde farklılaşmış türlerin aynı haplotipleri paylaşmasıdır. Dolayısıyla da çalışılan örneklerde bu genetik belirteç açısından hem haplotip hem de nükteotid çeşitliliği görece düşüktür.

Keywords

Brassicaceae,Noccaea; Filogeni; Thlaspiceras; trnQ-5’rps16

References

[1] Meyer, F. K. 1973. “Conspectus der “Thlaspi”-Arten Europas, Afrikas und Vorderasiens. Feddes Repertorum 84, 449–470.
[2] Meyer, F. K. 1979. Kritische Revision der Thlaspi-Arten Europas, Afrikas und Vorderasiens. I. Geschichte, Morphologie und Chorologie. Feddes Repertorum, 90, 129–154.
[3] Greuter, W., Raus, T. 1983. Med-Checklist notulae 7. Willdenowia, 13, 79–96.
[4] Al-Shehbaz, I. A. 1986. The Genera of Lepidieae (Brassicaceae; Cruciferae) in the Southeastern United States. Journal of the Arnold Arboretum, 67, 265–311.
[5] Greuter, W., Burdet, H. M., Long, G. 1986. Med-Checklist. Vol. 3., Conservatoire et Jarin botaniques de la Ville de Genève.395 s.
[6] Artelari, R. 2002. Thlaspi, Flora Helenica, vol 2. ss 253–261. Strid, A., Tan, K., ed. 2002. Ruggell: A. R. G. Gantner Verlag.
[7] Appel, O., Al-Shehbaz I. A. 2003..Cruciferae, Families and Genera of Vascular Plants, Vol 5. ss 75–174. Kubitzki, K., Bayer, C. ed. 2003. Berlin, Heidelberg: Springer-Verlag.
[8] Al-Shehbaz, I. A. 2012. A Generic and Tribal Synopsis of the Brassicaceae (Cruciferae). Taxon, 61, 931–954.

[9] Mummenhoff, K., Zunk, K. 1991. Should Thlaspi Be Split? Preliminary Evidence From Isoelectric Focusing Analysis of Rubisco. Taxon, 40: 427–434.
[10] Mummenhoff, K., Koch., M. 1994. Chloroplast DNA Restriction Site Variation and Phylogenetic Relationships in the Genus Thlaspi sensu lato (Brassicaceae). Systematic Botany, 19: 73–88.
[11] Mummenhoff, K., Franzke, A., Koch. M. 1997. Molecular Data Reveal Convergence in Fruit Characters Used in the Classification of Thlaspi s.lat. (Brassicaceae). Botanical Journal of the Linnean Society. 125, 183–199.
[12] Koch, M., Mummenhoff, K. 2001. Thlaspi s.str. (Brassicaceae) Versus Thlaspi s.l.: Morphological and Anatomical Characters in the Light of ITS nrDNA Sequence Data. Plant Systematics and Evolution, 227, 209–225.
[13] Koch, M., Al-Shehbaz I.A., 2004. “Taxonomic and phylogenetic evaluation of the American “Thlaspi” species: identity and relationship to the Eurasian genus Noccaea”, Syst. Bot., 29: 375–384.
[14] Al-Shehbaz, I. A. 2014. A Synopsis of The Genus Noccaea (Coluteocarpeae, Brassicaceae). Harvard Papers in Botany, 19 (1), 25-51.
[15] Hedge, I. C. 1965. Thlaspi, Flora of Turkey and the East Aegean Islands. ss 330-341. Davis, P. H. 1965. Edinburgh University Press, Edinburgh, 567 s.
[16] Davis, P. H., Cullen, J., James M., Coode, E. 1988. Flora of Turkey and the east Aegean Islands, Vol. 10, Edinburgh: University Press.590 s.
[17] Meyer, F. K. 2003. Kritische Revision der Thlaspi-Arten Europas, Afrikas und Vorderasiens”, Spezieller Tiel, IV. Thlaspiceras F.K. Mey. Haussknechtia, 9, 61–113.
[18] Shaw, J., Lickey, E.B., Schilling, E.E., Small, R.L. 2007. Comparison of Whole Chloroplast Genome Sequences to Choose Noncoding Regions for Phylogenetic Studies in Angiosperms, the Tortoise and the Hare III. American Journal of Botany, 94, 275-288.
[19] Tamura, K., Stecher, G., Peterson, D., Filipski, A., Kumar, S. 2013. MEGA6: Molecular Evolutionary Genetics Analysis version 6.0, Molecular Biology and Evolution, 30, 2725-2729.
[20] Edgar, R.C. 2004. MUSCLE, Multiple Sequence Alignment with High Accuracy and High Throughput. Nucleic Acids Research, 32, 1792-1797.
[21] Drummond, A. J., Suchard, M. A., Xie, D., Rambaut, A. 2012. Bayesian Phylogenetics with BEAUti and the BEAST 1.7. Molecular Biology And Evolution, 29, 1969-1973.
[22] Rambaut, A., Drummond, A.J., 2007. Tracer v.1.5, http://beast.bio.ed.ac.uk/Tracer (Erişim Tarihi: 17.08.2016)
[23] Librado, P., Rozas, J. 2009. DnaSP v5, a Software for Comprehensive Analysis of DNA Polymorphism Data. Bioinformatics, 25, 1451-1452.
[24] Clement, M., Posada, D., Crandall, K. 2000. TCS: A Computer Program to Estimate Gene Genealogies. Molecular Ecology, 9, 1657-1659.
[25] Allan Wilson Centre. 2017. PopART. http://popart.otago.ac.nz. (Erişim Tarihi: 04.04. 2016).
[26] Timme, R., Kuehl, E. J., Boore, J. L., Jansen, R. K. 2007. A Comparative Analysis of the Lactuca and Helianthus (Asteraceae) Plastid Genomes: Identification of Divergent Regions and Categorization of Shared Repeats. American Journal of Botany 94, 302–313.

Details

Primary Language

Turkish

Subjects

-

Journal Section

-

Authors

Barış Özüdoğru

Publication Date

April 16, 2018

Submission Date

February 23, 2017

Acceptance Date

-

Published in Issue

Year 2018 Volume: 22 Number: 1

DOI

https://doi.org/10.19113/sdufbed.86695

IZ

https://izlik.org/JA89RF93UD

Cite

RIS / Bibtex

APA

Özüdoğru, B. (2018). Thlaspiceras sensu Meyer Tür Kompleksinin Plastidik trnQ-5’rps16 Bölgesine Dayalı Filogenisi. Süleyman Demirel Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Dergisi, 22(1), 186-190. https://doi.org/10.19113/sdufbed.86695

AMA

1.Özüdoğru B. Thlaspiceras sensu Meyer Tür Kompleksinin Plastidik trnQ-5’rps16 Bölgesine Dayalı Filogenisi. J. Nat. Appl. Sci. 2018;22(1):186-190. doi:10.19113/sdufbed.86695

Chicago

Özüdoğru, Barış. 2018. “Thlaspiceras/Sensu/Meyer/Tür/Kompleksinin/Plastidik/trnQ-5’rps16/Bölgesine/Dayalı/Filogenisi”. Süleyman Demirel Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Dergisi 22 (1): 186-90. https://doi.org/10.19113/sdufbed.86695.

EndNote

Özüdoğru B (April 1, 2018) Thlaspiceras sensu Meyer Tür Kompleksinin Plastidik trnQ-5’rps16 Bölgesine Dayalı Filogenisi. Süleyman Demirel Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Dergisi 22 1 186–190.

IEEE

[1]B. Özüdoğru, “Thlaspiceras sensu Meyer Tür Kompleksinin Plastidik trnQ-5’rps16 Bölgesine Dayalı Filogenisi”, J. Nat. Appl. Sci., vol. 22, no. 1, pp. 186–190, Apr. 2018, doi: 10.19113/sdufbed.86695.

ISNAD

Özüdoğru, Barış. “Thlaspiceras/Sensu/Meyer/Tür/Kompleksinin/Plastidik/trnQ-5’rps16/Bölgesine/Dayalı/Filogenisi”. Süleyman Demirel Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Dergisi 22/1 (April 1, 2018): 186-190. https://doi.org/10.19113/sdufbed.86695.

JAMA

1.Özüdoğru B. Thlaspiceras sensu Meyer Tür Kompleksinin Plastidik trnQ-5’rps16 Bölgesine Dayalı Filogenisi. J. Nat. Appl. Sci. 2018;22:186–190.

MLA

Özüdoğru, Barış. “Thlaspiceras/Sensu/Meyer/Tür/Kompleksinin/Plastidik/trnQ-5’rps16/Bölgesine/Dayalı/Filogenisi”. Süleyman Demirel Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Dergisi, vol. 22, no. 1, Apr. 2018, pp. 186-90, doi:10.19113/sdufbed.86695.

Vancouver

1.Barış Özüdoğru. Thlaspiceras sensu Meyer Tür Kompleksinin Plastidik trnQ-5’rps16 Bölgesine Dayalı Filogenisi. J. Nat. Appl. Sci. 2018 Apr. 1;22(1):186-90. doi:10.19113/sdufbed.86695

<i>Thlaspiceras</i> sensu Meyer Tür Kompleksinin Plastidik <i>trnQ-5'rps16</i> Bölgesine Dayalı Filogenisi