Van İlinde Bulunan Centaurea Cinsine Ait Beş Türün Moleküler Analizi ve Centaurea depressa ’ nın Taksonomik Pozisyonunun Belirlenmesi

Ayten Dızkırıcı; Zeynep Koroglu

doi:10.19113/sdufbed.39508

Van İlinde Bulunan Centaurea Cinsine Ait Beş Türün Moleküler Analizi ve Centaurea depressa’ nın Taksonomik Pozisyonunun Belirlenmesi

Abstract

Bu çalışmada, Van Yüzüncü Yıl Üniversitesi kampüsünde doğal olarak yetişen Centaurea cinsine ait beş farklı türün (C. depressa, C. virgata, C. iberica, C. solstitialis ve C. balsamita) filogenetik ilişkileri çalışılarak taksonomik açıdan akrabalık dereceleri belirlenmeye çalışılmıştır. Ayrıca, bazı araştırmacılar tarafından C. depressa türünün Cyanus cinsi içerisine aktarılmasının moleküler seviyede desteklenip desteklenmediği de tartışılmıştır. Moleküler belirteç olarak, evrimsel çalışmalarda en fazla tercih edilen ve nüklear DNA’da bulunan ITS ve kloroplast DNA’da bulunan matK bölgeleri kullanılmıştır. Çalışılan türlerin teşhisinden emin olmak ve daha önceki çalışılan türlerle olan ilişkilerini de göstermek için NCBI veritabanından ilave sekanslar alınmıştır. ITS bölgesi ITS1, 5.8S ve ITS2 alt bölgelerini kapsamakta olup yaklaşık 630 baz çifti, matK bölgesi ise tamamen ekson bölgesinden oluşan yaklaşık 1200 baz çifti uzunluğundadır. ITS bölgesinde 100’den fazla, matK bölgesinde ise 24 nükleotit varyasyonu görülmüştür. ITS ve matK bölgeleri dizileri birleştirilerek yapılandırılan UPGMA ağacında, Cyanus cinsine transfer edilen C. depressa değil, C. balsamita türü evrimsel olarak uzak konumlanmıştır. Bu sonuçlar dikkate alındığında C. depressa türünün Centaurea cinsten çıkarılarak Cyanus cinsine aktarılması moleküler seviyede desteklenememiştir.

Keywords

Centaurea,ITS; matK; Filogeni

References

[1] Pınar, M.S., 2016. Centaurea sintenisiana Gand. - A New Record for the Family Asteraceae (Compositae) from Turkey. Journal of The Institute of Natural & Applied Sciences, 21 (2), 75-82.
[2] Arif, R., Küpeli, E., Ergun, F. 2004. The biological activity of Centaurea L. species. G. U. J. Science, 17, 149-164.
[3] Baytop, T. 1999. Türkiye’de Bitkilerle Tedavi (Geçmişte ve Bugün), Nobel Tıp Kitabevleri, İstanbul, 2.baskı, 316s.
[4] Karamenderes, C., Khan, S., Tekwani, B.L., Jacob, M.R., Khan, I.A. 2006. Antiprotozoal and antimicrobial activities of Centaurea species growing in Turkey. Pharm. Biol, 44, 534-539.
[5] Koukoulitsa, E., Skaltsa, H., Karioti, A., Demetzos, C., Dimas, K. 2002. Bioactive sequiterpene lactones from Centaurea species and their cytotoxic/cytostatic activity against human cell lines in vitro. Planta Med, 68, 649-652.
[6] Kim, S.H., Shin, K.J., Kim, D., Kim, Y.H., Han, M.S., Lee, T.G., Kim, E., Ryu, S.H., Suh, P.G. 2003. Luteolin inhibits the nuclear factor-κB transcriptional activity in Rat-1 fibroblasts, Biochem. Pharm, 66, 955-963.
[7] Garcia-Jacas, N., Susanna, A., Mozaffarian, V., Ilarslan, R. 2000. The natural delimitation of Centaurea (Asteraceae: Cardueae): ITS sequence analysis of the Centaurea jacea group. Plant Syst Evol, 223, 185- 199.
[8] Greuter, W. 2003. The Euro+Med treatment of Cardueae (Compositae)-generic concepts and required new names. Willdenowia, 33, 49-61.

[9] Garcia-Jacas, N., Uysal, T., Romaschenko, K., Suarez-Santiago, VN., Ertugrul, K., Susanna, A. 2006. Centaurea Revisited. A molecular survey of the Jacea group. Annals ofBotany, 98, 741-753.
[10] Wagenitz, G. 1975. Centaurea L. In: Davis PH, editor. Flora of Turkey and the East Aegean Islands Vol. 5, Edinburgh University Press, Edinburgh, p. 465–585.
[11] Davis, P.H., Mill, R.R., Tan, K. 1988. Flora of Turkey and the East Aegean Islands, Vol. 10, Edinburgh University Press, Edinburgh.
[12] Güner, A., Aslan, S., Ekim, T., Vural, M., Babaç, M. T. 2012. Türkiye Bitkileri Listesi (Damarlı Bitkiler), İstanbul: Nezahat Gökyiğit Botanik Bahçesi ve Flora Araştırmaları Derneği Yayını.
[13] Baldwin, B.G., Sanderson, M.J., Porter, J.M., Wojciechowski, M.F., Campbell, C.S., & Donoghue, M.J. 1995. The ITS region of nuclear ribosomal DNA: a valuable source of evidence on angiosperm phylogeny. Ann. Miss. Bot.l Gard, 82, 247–277.
[14] Wojciechowski, M.F. 2005. Astragalus (Fabaceae): A molecular phylogenetic perspective. Brittonia, 57, 382–396.
[15] Yao, H., Song, J., Liu, C., Luo, K., Han, J., Li, Y., Pang, X., Xu, H., Zhu, Y., Xiao, P., & Chen, S. 2010. Use of ITS2 Region as the Universal DNA Barcode for Plants and Animals. PLOS ONE, 5, e13102.
[16] Young, N.D., & de Pamphilis, C.W. 2000. Purifying selection detected in the plastid gene matK and flanking ribozyme regions within a Group II intron of nonphotosynthetic plants. Mol. Biol. Evol, 17, 1933–1941.
[17] Yang, D.Y., Fushimi, H., Cai, S.Q., & Komatsu, K. 2004. Molecular analysis of Rheum species used as rhei rhizoma based on the chloroplast matK gene sequence and its application for identification. Biol. Pharmac. Bull, 27, 375–383
[18] Selvaraj, D., Sarma, R.K., & Sathishkumar, R. 2008. Phylogenetic analysis of chloroplast matK gene from Zingiberaceae for plant DNA barcoding. Bioinformation, 3, 24–27.
[19] Doyle, J.J., Doyle, J.L., 1987. A rapid DNA isolation procedure for small quantities of fresh leaf tissue, Phytochem. Bull, 19, 11-15.
[20] Hsiao, C., Chatterton, N.J., Asay, K.H., and Jensen, K.B. 1995. Phylogenetic relationships of the monogenomic species of the wheat tribe, Triticeae(Poaceae), inferred from nuclear rDNA (internal transcribed spacer) sequences, Genome, 38, 221-223.
[21] Li, J.H., Bogle, A.L., and Klein, A.S. 1997. Interspecific relationships and genetic divergence of the disjunct genus Liquidambar (Hamamelidaceae), Rhodora, 99, 229-241.
[22] Tamura, K., Peterson, D., Peterson, N., Stecher, G., Nei, M., Kumar, S. 2011. MEGA 5: molecular Evolutionary Genetics Analysis using Maximum Likelihood, Evolutionary Distance, and Maximum Parsimony Methods, Molec Biol Evol, 28, 2731-2739.
[23] Nei, M. & Kumar, S. 2000. Molecular Evolution and Phylogenetics. Oxford University Press, New York.
[24] Felsenstein, J. 1985. Confidence limits on phylogenies: an approach using the bootstrap, Evolution, 39, 783-791.
[25] Uysal, T., Arslan, E., Tugay, O., Ertuğrul, K. 2010. Determination of the relationship between some Centaurea species based on SDS-PAGE. Turk J Biol, 34, 125-131.

Details

Primary Language

Turkish

Subjects

-

Journal Section

-

Authors

Ayten Dızkırıcı

Zeynep Koroglu This is me

Publication Date

April 16, 2018

Submission Date

March 17, 2017

Acceptance Date

-

Published in Issue

Year 2018 Volume: 22 Number: 1

DOI

https://doi.org/10.19113/sdufbed.39508

IZ

https://izlik.org/JA35HG69TA

Cite

RIS / Bibtex

APA

Dızkırıcı, A., & Koroglu, Z. (2018). Van İlinde Bulunan Centaurea Cinsine Ait Beş Türün Moleküler Analizi ve Centaurea depressa’ nın Taksonomik Pozisyonunun Belirlenmesi. Süleyman Demirel Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Dergisi, 22(1), 226-231. https://doi.org/10.19113/sdufbed.39508

AMA

1.Dızkırıcı A, Koroglu Z. Van İlinde Bulunan Centaurea Cinsine Ait Beş Türün Moleküler Analizi ve Centaurea depressa’ nın Taksonomik Pozisyonunun Belirlenmesi. J. Nat. Appl. Sci. 2018;22(1):226-231. doi:10.19113/sdufbed.39508

Chicago

Dızkırıcı, Ayten, and Zeynep Koroglu. 2018. “Van İlinde Bulunan Centaurea Cinsine Ait Beş Türün Moleküler Analizi Ve Centaurea Depressa’ Nın Taksonomik Pozisyonunun Belirlenmesi”. Süleyman Demirel Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Dergisi 22 (1): 226-31. https://doi.org/10.19113/sdufbed.39508.

EndNote

Dızkırıcı A, Koroglu Z (April 1, 2018) Van İlinde Bulunan Centaurea Cinsine Ait Beş Türün Moleküler Analizi ve Centaurea depressa’ nın Taksonomik Pozisyonunun Belirlenmesi. Süleyman Demirel Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Dergisi 22 1 226–231.

IEEE

[1]A. Dızkırıcı and Z. Koroglu, “Van İlinde Bulunan Centaurea Cinsine Ait Beş Türün Moleküler Analizi ve Centaurea depressa’ nın Taksonomik Pozisyonunun Belirlenmesi”, J. Nat. Appl. Sci., vol. 22, no. 1, pp. 226–231, Apr. 2018, doi: 10.19113/sdufbed.39508.

ISNAD

Dızkırıcı, Ayten - Koroglu, Zeynep. “Van İlinde Bulunan Centaurea Cinsine Ait Beş Türün Moleküler Analizi Ve Centaurea Depressa’ Nın Taksonomik Pozisyonunun Belirlenmesi”. Süleyman Demirel Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Dergisi 22/1 (April 1, 2018): 226-231. https://doi.org/10.19113/sdufbed.39508.

JAMA

1.Dızkırıcı A, Koroglu Z. Van İlinde Bulunan Centaurea Cinsine Ait Beş Türün Moleküler Analizi ve Centaurea depressa’ nın Taksonomik Pozisyonunun Belirlenmesi. J. Nat. Appl. Sci. 2018;22:226–231.

MLA

Dızkırıcı, Ayten, and Zeynep Koroglu. “Van İlinde Bulunan Centaurea Cinsine Ait Beş Türün Moleküler Analizi Ve Centaurea Depressa’ Nın Taksonomik Pozisyonunun Belirlenmesi”. Süleyman Demirel Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Dergisi, vol. 22, no. 1, Apr. 2018, pp. 226-31, doi:10.19113/sdufbed.39508.

Vancouver

1.Ayten Dızkırıcı, Zeynep Koroglu. Van İlinde Bulunan Centaurea Cinsine Ait Beş Türün Moleküler Analizi ve Centaurea depressa’ nın Taksonomik Pozisyonunun Belirlenmesi. J. Nat. Appl. Sci. 2018 Apr. 1;22(1):226-31. doi:10.19113/sdufbed.39508

Cited By

Determination of Phylogenetic Relationships of Five Species of Centaurea Genus by Using trnT-L-F cpDNA Region

Cumhuriyet Science Journal

https://doi.org/10.17776/csj.363294

DNA barcoding and phylogenetic analysis of endemic Astragalus nezaketiae and Vicia alpestris subsp. hypoleuca (Fabaceae): Evidence from nrDNA ITS and cpDNA matK and rbcL sequences

Notulae Botanicae Horti Agrobotanici Cluj-Napoca

https://doi.org/10.15835/nbha50312900

Van İlinde Bulunan <i>Centaurea</i> Cinsine Ait Beş Türün Moleküler Analizi ve <i>Centaurea depressa</i>’ nın Taksonomik Pozisyonunun Belirlenmesi