Domuz Jelatinine Özgü DNA Aptamerlerinin Seçilimi ve Karakterizasyonu
Abstract
Aptamerler farklı hedeflere yüksek etkin ve özgünlükte bağlanabilen DNA ve RNA moleküllerdir. Bu çalışmada domuz jelatininin algılanmasında kullanılmak üzere DNA aptamerleri geliştirilmiştir. Aptamerlerin seçilimi için tekrarlı, negatif seçilim bulunan bir SELEX metodu takip edilmiş ve kütüphaneler bu yolla zenginleştirilmiştir. Zenginleştirilen kütüphaneler tarafımızca modifiye edilmiş bir metagenomik dizileme metodu kullanılarak yeni nesil dizileme sistemi Miseq ile dizilenmiş ve elde edilen yüksek hacimli veriden aday aptamer dizileri uygun biyoinformatik araçlar kullanılarak belirlenmiştir. Floresan modifiye olarak üretilen aday DNA aptameri domuz jelatinine karşı yüksek afinite göstermekte balık ve sığır jelatinine görece düşük afinite ile bağlanmaktadır. Bu çalışmada geliştirilen aptamer gıda tağşişlerinin belirlenmesi için kullanılacak sensörlerin geliştirilmesinde potansiyel algılama ajanı olarak kullanılabilecektir.
Keywords
References
- [1] Proske, D., Blank, M., Buhmann, R., Resch, A. 2005. Aptamers- basic research, drug development, and clinical applications. Applied Microbial Biotechnology, 69, 367-374.
- [2] Srinivasan, J., Cload, S. T., Hamaguchi, N., Kurz, J., Keene, S., Kurz, M., Boomer, R. M., Blanchard, J., Epstein, D., Wilson, C., Diener, J. L., 2004. ADP-specific sensors enable universal assay of protein kinase activity. Chem Biol., 11(4), 499-508.
- [3] Mann, D., Reinemann, C., Stoltenburg, R., Strehlitz, B. 2005. In vitro selection of DNA aptamers binding ethanolamine. Biochemical and Biophysical Research Communications, 338 (4), 1928–1934.
- [4] Bruno, J. G., Carrillo, M. P., Phillips, T., King, B. 2008. Development of DNA aptamers for cytochemical detection of acetylcholine. In vitro Cellular & Developmental Biology. Animal, 44 (3–4), 63–72.
- [5] Tuerk, C., Gold, L. 1990. Systematic evolution of ligands by exponential enrichment: RNA ligands to bacteriophage T4 DNA polymerase. Science, 249 (4968), 505–510.
- [6] Bock, L. C. Griffin, L. C., Latham, J. A., Vermaas, E.H., Toole, J.J. 1992. Selection of single-stranded DNA molecules that bind and inhibit human thrombin, Nature, 355 (6360), 564–566.
- [7] Bayrac, A. T., Sefah, K., Parekh, P., Bayrac, C., Gulbakan, B., Oktem, H. A., Tan, W. 2011. In Vitro Selection of DNA Aptamers to Glioblastoma Multiforme. ACS Chemical Neuroscience, 2 (3), 175–181.
- [8] Hamula, Camille L.A, Chris, L., Xing-Fang, L. 2011 DNA aptamers binding to multiple prevalent M-types of Streptococcus pyogenes. Analytical chemistry 83(10), 3640-3647.
Details
Primary Language
Turkish
Subjects
-
Journal Section
-
Publication Date
August 15, 2018
Submission Date
May 16, 2017
Acceptance Date
-
Published in Issue
Year 2018 Volume: 22 Number: 2
APA
Bayraç, A. T., & Kandemir, B. B. (2018). Domuz Jelatinine Özgü DNA Aptamerlerinin Seçilimi ve Karakterizasyonu. Süleyman Demirel Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Dergisi, 22(2), 774-778. https://doi.org/10.19113/sdufbed.88900
AMA
1.Bayraç AT, Kandemir BB. Domuz Jelatinine Özgü DNA Aptamerlerinin Seçilimi ve Karakterizasyonu. J. Nat. Appl. Sci. 2018;22(2):774-778. doi:10.19113/sdufbed.88900
Chicago
Bayraç, Abdullah Tahir, and Berke Bilgenur Kandemir. 2018. “Domuz Jelatinine Özgü DNA Aptamerlerinin Seçilimi Ve Karakterizasyonu”. Süleyman Demirel Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Dergisi 22 (2): 774-78. https://doi.org/10.19113/sdufbed.88900.
EndNote
Bayraç AT, Kandemir BB (August 1, 2018) Domuz Jelatinine Özgü DNA Aptamerlerinin Seçilimi ve Karakterizasyonu. Süleyman Demirel Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Dergisi 22 2 774–778.
IEEE
[1]A. T. Bayraç and B. B. Kandemir, “Domuz Jelatinine Özgü DNA Aptamerlerinin Seçilimi ve Karakterizasyonu”, J. Nat. Appl. Sci., vol. 22, no. 2, pp. 774–778, Aug. 2018, doi: 10.19113/sdufbed.88900.
ISNAD
Bayraç, Abdullah Tahir - Kandemir, Berke Bilgenur. “Domuz Jelatinine Özgü DNA Aptamerlerinin Seçilimi Ve Karakterizasyonu”. Süleyman Demirel Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Dergisi 22/2 (August 1, 2018): 774-778. https://doi.org/10.19113/sdufbed.88900.
JAMA
1.Bayraç AT, Kandemir BB. Domuz Jelatinine Özgü DNA Aptamerlerinin Seçilimi ve Karakterizasyonu. J. Nat. Appl. Sci. 2018;22:774–778.
MLA
Bayraç, Abdullah Tahir, and Berke Bilgenur Kandemir. “Domuz Jelatinine Özgü DNA Aptamerlerinin Seçilimi Ve Karakterizasyonu”. Süleyman Demirel Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Dergisi, vol. 22, no. 2, Aug. 2018, pp. 774-8, doi:10.19113/sdufbed.88900.
Vancouver
1.Abdullah Tahir Bayraç, Berke Bilgenur Kandemir. Domuz Jelatinine Özgü DNA Aptamerlerinin Seçilimi ve Karakterizasyonu. J. Nat. Appl. Sci. 2018 Aug. 1;22(2):774-8. doi:10.19113/sdufbed.88900
Cited By
Kök Hücre Üretimi, İzolasyonu ve Tedavide Kullanımı
Veteriner Farmakoloji ve Toksikoloji Derneği Bülteni
https://doi.org/10.38137/vftd.969798SU KAYNAKLARINDA MİKROPLASTİKLERİN VARLIĞI VE İNSAN SAĞLIĞI AÇISINDAN ÖNEMİ
Veteriner Farmakoloji ve Toksikoloji Derneği Bülteni
https://doi.org/10.38137/vftd.922677