Molecular Characterization of Sicyos Species in Ordu and Giresun Provinces

Abstract

Sicyos spp. which is invasive weed species in crops, roadside and uncultivated area in the Eastern Black Sea Region. The plant is an invasive weed species that is easily adapted to its environment with its clinging and climber structure and which compete with other plants and suppress on them. In this study, population samples of thirty Sicyos spp. collected from different locations of Ordu and Giresun provinces were determined to be genetic diversity by using ribosomal DNA (rDNA) Internal Transcribed Spacer (ITS) gene regions. Analyzes were performed by using Neighbour-Joining (NJ), Maximum-Parsimony (MP) and Maximum-Likelihood (ML) algorithm. According to the results, two haplotypes were found. Haplotype-1 and Haplotype-2 were similar 100% S. davilae Rodr.-Arév. & Lira and S. angulatus L., respectively. A genetic relationship was found 68% and 74% (NJ / MP) between the nine samples and Haplotype-1, respectively. Haplotype-2 was similar to six samples at the rate  69%, 80%, 70% (NJ / MP / ML), respectively for phylogenetic relationship. S. davilae Rodr.-Arév. & Lira is a new species for our country flora.

Keywords

• Sicyos spp.,ITS (Internal Transcribed Spacer),Molecular characterization

Ordu ve Giresun İllerindeki Sicyos Türlerinin Moleküler Karakterizasyonu

Abstract

Sicyos spp. Doğu Karadeniz Bölgesi’nde kültür bitkilerinde, yol kenarlarında ve tarım yapılmayan alanlarda rastlanılan istilacı yabancı otlardandır. Bitki sarılıcı ve tırmanıcı yapısı ile bulunduğu ortama kolayca adapte olan ve diğer bitkilerle rekabete girerek onları baskı altına alan istilacı bir yabancı ot türüdür. Bu çalışmada Ordu ve Giresun illerinin farklı noktalarından alınan otuz Sicyos spp.’nin populasyon örneklerinin genetik karakterizasyonunun belirlenmesinde ribozomal DNA (rDNA) İnternal Transcribed Spacer (ITS) gen bölgeleri kullanılmıştır. Analizler Neighbour-Joining (NJ), Maximum-Parsimony (MP) ve Maximum-Likelihood (ML) algoritması kullanılarak yapılmıştır. Elde edilen sonuçlara göre, iki haplotip bulunmuştur. Haplotip-1 ve Haplotip-2’nin sırasıyla S. davilae Rodr.-Arév. & Lira ve S. angulatus L. ile %100 oranında benzerlik gösterdiği belirlenmiştir. Dokuz örnek ile Haplotip-1 arasında sırasıyla %68 ve %74 (NJ/MP) oranında genetik akrabalık saptanmıştır. Altı örnek ile Haplotip-2 arasında ise sırasıyla %69, %80 ve %70  (NJ/MP/ML) oranında benzerlik bulunmuştur. S. davilae Rodr.-Arév. & Lira ülkemiz florası için yeni bir türdür. 

Keywords

• Sicyos spp.,ITS (İnternal Transcribed Spacer),Moleküler karakterizasyon

References

1. Prof. Dr. Husrev MENNAN
2. Prof. Dr. Saban KORDALI