Molecular Characterization of Sicyos Species in Ordu and Giresun Provinces

Year 2019, Volume: 22 Issue: 1, 37 - 44, 04.07.2019

Berna Nur Yeşiltaş Onur Kolören

Abstract

Sicyos spp. which is invasive weed species in crops, roadside and uncultivated
area in the Eastern Black Sea Region. The plant is an invasive weed species
that is easily adapted to its environment with its clinging and climber
structure and which compete with other plants and suppress on them. In this
study, population samples of thirty Sicyos
spp. collected from different locations of Ordu and Giresun provinces were
determined to be genetic diversity by using ribosomal DNA (rDNA) Internal
Transcribed Spacer (ITS) gene regions. Analyzes were performed by using
Neighbour-Joining (NJ), Maximum-Parsimony (MP) and Maximum-Likelihood (ML)
algorithm. According to the results, two haplotypes were found. Haplotype-1 and
Haplotype-2 were similar 100% S. davilae
Rodr.-Arév. & Lira and S. angulatus
L., respectively. A genetic relationship was found 68% and 74% (NJ / MP)
between the nine samples and Haplotype-1, respectively. Haplotype-2 was similar
to six samples at the rate  69%, 80%, 70%
(NJ / MP / ML), respectively for phylogenetic relationship. S. davilae Rodr.-Arév. & Lira is a
new species for our country flora.

Keywords

Sicyos spp., ITS (Internal Transcribed Spacer), Molecular characterization

Ordu ve Giresun İllerindeki Sicyos Türlerinin Moleküler Karakterizasyonu

Abstract

Sicyos spp. Doğu Karadeniz Bölgesi’nde kültür
bitkilerinde, yol kenarlarında ve tarım yapılmayan alanlarda rastlanılan
istilacı yabancı otlardandır. Bitki sarılıcı ve tırmanıcı yapısı ile bulunduğu
ortama kolayca adapte olan ve diğer bitkilerle rekabete girerek onları baskı
altına alan istilacı bir yabancı ot türüdür. Bu çalışmada Ordu ve Giresun
illerinin farklı noktalarından alınan otuz Sicyos
spp.’nin populasyon örneklerinin genetik karakterizasyonunun
belirlenmesinde ribozomal DNA (rDNA) İnternal Transcribed Spacer (ITS) gen
bölgeleri kullanılmıştır. Analizler Neighbour-Joining (NJ), Maximum-Parsimony
(MP) ve Maximum-Likelihood (ML) algoritması kullanılarak yapılmıştır. Elde
edilen sonuçlara göre, iki haplotip bulunmuştur. Haplotip-1 ve Haplotip-2’nin
sırasıyla S. davilae Rodr.-Arév.
& Lira ve S. angulatus L. ile %100
oranında benzerlik gösterdiği belirlenmiştir. Dokuz örnek ile Haplotip-1
arasında sırasıyla %68 ve %74 (NJ/MP) oranında genetik akrabalık saptanmıştır.
Altı örnek ile Haplotip-2 arasında ise sırasıyla %69, %80 ve %70  (NJ/MP/ML) oranında benzerlik bulunmuştur. S. davilae Rodr.-Arév. & Lira
ülkemiz florası için yeni bir türdür. 

Keywords

Sicyos spp., ITS (İnternal Transcribed Spacer), Moleküler karakterizasyon

References

• Prof. Dr. Husrev MENNAN
• Prof. Dr. Saban KORDALI