Determination of Soil Microfungi in Grapevine Sapling Production Parcel Before and After the Application of Solarization

Year 2018, Volume: 5 Issue: 4, 386 - 395, 18.10.2018

Nurdan Güngör Savaş Davut Soner Akgül Esra Albaz Yüksel Savaş

https://doi.org/10.30910/turkjans.471133

Cited By: 1

Abstract

It was carried out in the area of ​​500 m² of the nursery
parcel of Manisa Viticulture Research Institute for the purpose of
determination of soil microfungi in grapevine nursery production parcel before
and after the application of solarisation. It was determined that after
isolation, done by soil dilution method before the application of solarisation,
there was 99x10³  colony
forming unit (CFU) microfungi per a gram of grapevine soil and these contain in
10 genera that belong to the fungal divisions of Ascomycota . The fungi taxa
determined in the study, according to the order of alphabetic, are as follows; Acremonium, Alternaria, Aspergillus, Cylindrocarpon, Epicoccum, Fusarium, Mortierella, Mucor,
Myrothecium, Penicillium, Rhizopus and
Trichoderma . When considered in
terms of species richness, it was identified that Fusarium, Aspergillus, Trichoderma, Penicillium, Acremonium prominent. When the study is
evaluated in terms of colony numbers, it is understood that Fusarium genera first and it is followed by Aspergillus, Epicoccum, Penicillium and Acremonium. According to this, it has been concluded that in terms
of both species richness and number of colonies, Fusarium is in the first place. In the other phase of the work,
solarisation was applied for 8 weeks in July-August using a transparent
polyethylene cover with a thickness of 0.125 mm. After solarisation
application, isolation was repeated with soil dilution method in the parcel.
After isolation, it was determined that the most common genera were,
respectively, Trichoderma, Penicillium, Aspergillus and Alternaria.
It has been determined that the microfungal taxa and genera grapevine nursery
soils decreased after solarisation application. We believe that the findings of
the study will contribute to the evaluation of the effect of abiotic factors on
soil fungi.

Keywords

Grapevine nursery, soil microfungi, solarization.

Asma Fidanı Üretim Parselinde Solarizasyon Uygulaması Öncesi ve Sonrası Toprak Mikrofunguslarının Belirlenmesi

Abstract

Bu çalışma, asma fidanı
üretim parseli toprağında solarizasyon öncesi ve sonrası mikrofungusların
belirlenmesi amacıyla, Manisa Bağcılık Araştırma Enstitüsü Müdürlüğü fidanlık
parselinin 500 m²’lik alanında 2014 yılında yürütülmüştür. Solarizasyon
uygulaması öncesi toprağı seyreltme yöntemi ile gerçekleştirilen izolasyon
sonrasında; asma fidanlığı toprağının bir gramında 99x10³ koloni
oluşturan birim (KOB) mikrofungus bulunduğu, bunların Ascomycota bölümüne ait
10 cins içerdiği belirlenmiştir. Çalışmada tespit edilen fungus cinsleri,
alfabetik sıraya göre; Acremonium, Alternaria, Aspergillus, Cylindrocarpon,
Epicoccum, Fusarium, Mortierella, Mucor, Myrothecium, Penicillium,
Rhizopus ve Trichoderma olduğu tespit edilmiştir. Tür zenginliği bakımından ele
alındığında; Fusarium, Aspergillus, Trichoderma, Penicillium, Acremonium
cinslerinin öne çıktığı belirlenmiştir. Araştırma, koloni sayıları bakımından
değerlendirildiğinde Fusarium
cinsinin ilk sırayı aldığı, bunu Aspergillus,
Epicoccum, Penicillium ve Acremonium
cinslerinin izlediği anlaşılmıştır. Buna göre, gerek tür zenginliği ve gerekse
koloni sayısı bakımından, Fusarium
cinsinin ilk sırayı aldığı tespit edilmiştir. Çalışmanın diğer aşamasında, temmuz-ağustos
aylarında, 0.125 mm kalınlığında şeffaf polietilen örtü kullanılarak 8 hafta
süreyle solarizasyon uygulaması yapılmıştır. Solarizasyon uygulaması sonrası
parselde toprağı seyreltme yöntemi ile izolasyon çalışmaları tekrarlanmıştır.
İzolasyon sonrası en yaygın cinslerin ise sırasıyla, Trichoderma, Penicillium,
Aspergillus ve Alternaria olduğu belirlenmiştir. Asma fidanlık topraklarında
solarizasyon uygulaması sonrası mikrofungal türlerin ve çeşitliliğinin azaldığı
belirlenmiştir. Çalışma bulgularının, toprak fungusları üzerine abiyotik
faktörlerin etkisinin değerlendirilmesine yönelik çalışmalara katkı
oluşturacağı kanısındayız.

Keywords

Asma fidanlığı, toprak mikrofungusları, solarizasyon.

References

• Anonim, 2016. Meyve ve Asma Fidanı ile Üretim Materyallerinde Bitki Sağlığı Standartları Talimatı. (http://www.fuab.org.tr) (Erişim tarihi: 12.06.2017).
• Anonim, 2017. Bitki ve Toprak Analizleri Ders Notları. Sakarya Üniversitesi. (http://content.lms.sabis.sakarya.edu.tr) (Erişim tarihi:12.06.2017).
• AbdElsalam, K.A., Aly I.N., Abdel-Satar M.A., Khalil M.S., Verreet J.A. 2003. PCR identification of Fusarium genus based on nuclear ribosomal-DNA sequence data. African Journal of Biotechnology, 2(4): 82-85.
• Azaz, A.D. ve Hasenekoğlu, İ. 1997. An investigation into the microfungal flora of field soils in the GAP (Southeastern Anatolia Project) irrigation area of Harran plain. Tr. J.of Botany, 21: 165-172.
• Azaz, A.D. ve Pekel, O. 2002. Comparison of Soil Fungi Flora in Burnt and Unburnt Forest Soils in The Vicinity of Kargicak (Alanya-Turkey). Turk J Bot 26: 409-416.
• Başbülbül, G., Bıyık, H., Kalyoncu, F., Kalmış, E., Oryaşin, E. 2011. Aydın, İzmir ve Manisa illerinde endüstriyel atıksular ile kirlenmiş toprakların mikrofungus florasının belirlenmesi. Ekoloji., 20: 66-73.
• Benlioglu, S., Boz, O., Yildiz, A., Kaskavalci, G., Benlioglu, K. 2005. Alternative soil solarization treatments for the control of soil-borne diseases and weeds of strawberry in the Western Anatolia of Turkey. Journal of Phytopathology 153: 423-430.
• Ben-Yelphet, Y., Shtienberg, D. 1995. Effects of solar radiation and temperature on fusarium wilt in carnation. Phytopathology. 84: 1416-1421.
• Burgess, L.W., Summerell, B.A., Bullock, S., Gott, K., Backhause, D. 1994. Laboratory Manual for Fusarium Research. 3th Edition, Sidney.
• Cenis, J.L. 1992. Rapid extraction of fungal DNA for PCR amplification. Nucleic acid Research, 20(9): 2380.
• Christensen, M. 1981. Species Diversity and Dominancen Fungal Communities, 201-202, Teh Fungal Community, 1ts Organisation and Rolen The Ecosisytem, Edited By Wicklow, D., And Carroll, G., Marcel Dekker, _nc.,Newyork.
• Christensen, M., Frisvad, J.C., Tuthıll, D.E. 2000. Pennicillium Species Diversity in Soil and Same Taxonomik and Ecologycal Notes, 309-320. In Integration of Modern Taksonomic Methods for Penicllium and Aspergillus Clasification, Edited By Samson, R.A. And Pitt,J., Harwood Academic Publishers, Singapore.
• Çığ, A. ve Yılmaz, H. 2004. Bazı orkide türlerinde farklı yöntemlerle izole edilen funguslar. Turkish J. Agric. Res. 1: 24-28 TÜTAD ISSN: 2148-2306. http:///C:/Users/nurdan-pc/Downloads/14-167-2-PB.pdf (Erişim Tarihi: 12.11.2017).
• Elad, Y. ve Baker, R. 1985. The role of competition for iron and carbon in suppression of chlamydospore germination of Fusarium spp. by Pseudomonas spp. Phytopathology 75: 1053- 1059.
• Fang, X.L., Phillips, D., Li, H., Sivasithamparam, K., Barbetti, M.J. 2011. Comparisons of virulence of pathogens associated with crown and root diseases of strawberry in Western Australia with special reference to the effect of temperature. Scientia Horticulturae, 131: 39-48.
• Fidan, Y. ve Yavaş, İ. 1987. Yeni Bağcılığa Geçiş. A.Ü. Ziraat Fak., Ankara.
• Gamliel ve A., Stapleton, J.J. 1993. Effect of soil amendment with chicken compost or ammonium phosphate and solarization on pathogen control, rhizosphere microorganisms and lettuce growth. Plant Dis. 77: 886–891.
• Garbeva, P., Van Veen, J.V., Van Elsas, J.D. 2004. Microbial Diversity In Soil: Selection Of Microbial Populations By Plant and Soil Type and Implications For Disease Suppressiveness. Annu. Rev. Phytopathol. 42: 243–70.
• Halleen, F., Fourie, P.H., Crous, W.C. 2006. A review of black foot disease of grapevines. Phytopathol. Mediterr. 45: 55-S67.
• Hasenekoğlu, İ. 1982. Erzurum et kombinası civarındaki kirlenmiş toprakların mikrofungus populasyonu. Atatürk Üniversitesi, Fen Fakültesi Dergisi, Özel Sayı, 1(1): 409-416.
• Hasenekoğlu, İ. ve Azaz, A.D. 1991. Sarıkamış Civarındaki tıraşlanmış orman alanları topraklarının mikrofungus florası ve bunun normal orman toprakları florası ile karşılaştırılması üzerine bir araştırma. Turkish J. of Bot., 15: 214-226.
• Kalyoncu, F. ve Özer, A. 2017. Tarım Alanlarından izole edilen mikrofungusların benomil duyarlılıklarının belirlenmesi. Türk Tarım, Gıda Bilim ve Teknoloji Dergisi, 5(10): 1184-1188.
• Kara, Ö. 2002. Kuzey Trakya Dağlık Yetişme Ortamı Bölgesinde Kayın, Meşe, Karaçam Ormanlarındaki Toprak Mikrofunguslarının Mevsimsel Dağılımı, İstanbul Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Orman Mühendisliği A.B.D. Doktora Tezi. İstanbul.
• Katan, J., Fishler, G., Grinsten, J. 1983. Short- and long-term effects of soil solarization and crop sequence on Fusarium wilt and yield of cotton in Israel. Phytopathology, 73(8): 1215-1219.
• Katan, J. ve DeVay, J.E. 1991. Soil solarization. CRC Press, Boca Raton, Fla.
• Kirk, P.M., Cannon, P.F., David, J.C., Stalpers, J.A., 2001. Ainsworth & Bisby’s dictionary of the fungi. 9th edition. CABI Publishing, Wallingford.
• Kiss, L. 2003. A Review of Fungal Antagonists of Powdery Mildews and Their Potential as Biocontrol. Pest Management Science, 59: 475-483.
• Klich, M.A. 2002. Biogeography of Aspergillus Species in Soil and Litter. Mycologia, 94(4): 21-27.
• Leslie, F.J., Pearson, C.A.S., Nelsn, P.E., Toussoun, T.A. 1990. Fusarium spp. from corn, sorghum and soybean fields in the Central and Eastern United States. Phytopathology. 80: 343-350.
• Marais, P.G. 1979. Fungi associated with root in vineyards in the Western Cape. Phytophylactica 11: 65-68.
• Oskay, F. ve Şimşek, Z. 2017. Çankırı (Eldivan) Karaçam orman topraklarında saptanan mikrofunguslar. Anadolu Orman Araştırmaları Dergisi, 3(1): 23-38.
• Petit, E. ve Gubler, W.D., 2006. “Influence of Glomus intraradices on black foot disease caused by Cylindrocarpon macrodidymum on Vitis rupestris under controlled conditions”, Plant Dis., 90: 1481-1484.
• Pitt, J.I. 2000. A Laboratory Guide to Common Penicillium Species. Food Science Australia.
• Rai, R.V. ve Mamatha, T. 2005. Seedling diseases of Some Important Forest Tree Species and Their Management. Working Papers of the Finnish Forest Research Institute 11. http://www.metla.fi/julkaisut/workingpapers/2005/mwp011.htm (Erişim tarihi: 16.11.2016). Samson, R.A., Hoekstra, E.S., Frisvad, J.C. 2004. Introduction to Food and Airborne Fungi. CBS Publication, Holland. ISBN: 978-9070351427.
• Savaş, Y., Çobanoğlu, F., Karabat, S. 2013. Asma Fidanı üretiminin teknik ve ekonomik yönden mevcut durumu. 8. Bağcılık ve Teknolojileri Sempozyumu, 25-28 Eylül, Konya.
• Savaş, G.N. ve Yıldız, F. 2015. Control of Alternaria Spp. on Sultanina Seedless Grape Vineyards in Aegean Region. African Journal of Agricultural Science and Technology. 3(12): 527-531.
• Stapleton, J.J. ve DeVay, J.E. 1986. Soil solarization: and nonchemical method for management of plant pathogen and pests; Crop Prot., 5: 190.
• Summers, C.G., Newton, A.S., Mitchell, J.P., Stapleton, J.J. 2010. Population dynamics of arthropods associated with early-season tomato plants as influenced by soil surface microenvironment. Crop Protect. 29: 249-254.
• Úrbez-Torres, J.R., Leavitt, G.M., Voegel, T.M., Gubler, W.D. 2006. Identification and distribution of Botryosphaeria species associated with grapevine cankers in California. Plant Dis 90: 1490-1503.
• Quezado, D.A.M., Henz, G.P., Paz-Lima, M.L., Medeiros, A.R., Miranda, B.E.C., Pfenning, L.H., Reis, A. 2010. New hosts of Myrothecium spp. In Brazil and a preliminary in vitro assay of fungicides. Braz. J. Microbiol. 41: 246-252.
• Vega, F. E., Posada, F., Aime, M.C, Pava-Ripoll, M., Infante, F., Rehner, S.A. 2008. Entomopathogenic fungal endophytes. Biol. Contr., 46: 72-82.
• Waksmann, S.A. 1922. A method for counting the number of fungi in the soil. Nature, Journal of Bacteriology., 7: 339-341.
• White, T.J., Bruns, T., Lee, S., Taylor, J. 1990. Amplification and Direct Esquencing of Fungal Ribosamal RNA Genes for Phylogenetics. In: Innis MA, Gelfand DH, Snisky JJ, White TJ, eds. PCR Protocols: A Guide to Methods and Applications. San Dieogo: Academic Press. 315-322.
• Yücel, S., Özarslandan, A., Can, C. 2015. Örtü Altı Sebze ve Çilek Yetiştiriciliğinde Toprak Dezenfeksiyonu Uygulamaları. Harran Tarım ve Gıda Bilimleri Dergisi 19(3): 144-150.