Çanakkale ve Tekirdağ İlleri Kanola Üretim Alanlarında Önemli Virüs Hastalıklarının Tanılanması ve Karakterizasyonu
Öz
Amaç: Bu çalışma Çanakkale ve Tekirdağ illeri kanola üretim alanlarındaki bazı virüs hastalıklarının tespiti ve moleküler karakterizasyonu amacı ile yürütülmüştür.
Materyal ve Metot: Kanola bitkileri görsel olarak incelenmiş, virüs ve virüs-benzeri simptom gösteren bitkilerden örnekler toplanmıştır. Toplanan örnekler turnip mosaic virus (TuMV), cucumber mosaic virus (CMV) ve cauliflower mosaic virus (CaMV)'ün varlığının belirlenmesi amacı ile DAS-ELISA ile testlenmiştir. Enfekteli bulunanlar içerisinden her bir virüs için 2 izolat seçilerek RT-PCR ile istenilen gen bölgeleri çoğaltılmış, klonlanmış ve sekanslanmıştır. Elde edilen sekans dizileri kullanılarak çoklu dizi ve filogenetik analizler gerçekleştirilmiştir.
Bulgular: Testlemeler sonucunda 16 örnek TuMV ile 3 örnek ise CMV ile enfekteli olarak bulunmuştur. Bir örnekte ise CMV ve TuMV karışık enfeksiyonu tespit edilmiştir. Toplanan örneklerin hiçbirisinde CaMV enfeksiyonuna rastlanılmamıştır. İzolatların moleküler karakterizasyonları sonucunda TuMV izolatlarının dünya izolatları ile %78-94 ve 88-98, CMV izolatlarının ise %75-98 ve 80-100 oranında sırası ile nt ve aa düzeyinde benzerlikler gösterdiği tespit edilmiştir. Filogenetik analizler sonucunda ise TuMV izolatlarının Asian BR ve CMV izolatlarının ise IA gruplarında yer aldığı belirlenmiştir.
Sonuç: Gerçekleştirilen bu çalışma ile kanola üretim alanlarında TuMV ve CMV enfeksiyonu tespit edilerek, moleküler olarak karakterize edilmiştir.Anahtar Kelimeler
References
- Anonim 2018. Türkiye İstatistik Kurumu. https://biruni.tuik.gov.tr/bitkiselapp/bitkisel.zul (Erişim tarihi: 10.12.2018).
- Blanc S, Hebrard E, Drucker M, Froissart R. 2001. Moleculer basis of vector transmission cauliflower mosaic virus Cabb-S strainand S Delta II hybridbytwospecies of aphid: Myzus persicae (sulzer) and Brevicoryne brassicae (L.). Res Virol, 141: 677-683.
- Cheng RH, Olson NH, Baker TS. 1992. Cauliflower Mosaic Virus: A 420 subunit (T=7), multi layer structure. Virology, 186: 655-668.
- Clark MF, Adams AN. 1977. Characteristics of the Microplate Method of Enzyme-Linked Immuno Sorbent Assay for the Detection of Plant Viruses. J Gen Virol, 34(3): 475-483.
- Coutts BA, Jones RAC. 2000. Viruses Infecting Canola (Brassica napus) in South-West Australia: Incidence, Distribution, Spread and Infection Reservoir in Wild Radish (Raphanus raphinistrum). Aust J Agric Res, 51: 925-936.
- Çevik B, Pappu SS, Pappu HR, Benscher D, Lee RF, Futch SH, Rucks P, Niblett CL. 1995. Molecular Cloning and Sequencing of Coat Protein Genes of Citrus tristeza virus Isolated from Meyer Lemon and Homely Tangor Trees in Florida. International Organization of Citrus Virologists Conference Proceedings, 13: 47-53.
- Ebrahim-Ghomi M. 2014. Study on Distribution and Detection of Cauliflower mosaic virus (CaMV) in Dezful Regionof Iran. Int J Biosci, 4(11): 271-275.
- Erkan S, Gümüş M, Paylan İC, Duman İ, Ergün M. 2013. İzmir ili ve çevresindeki bazı kışlık sebzelerde görülen viral etmenlerin saptanması. Ege Üniv Ziraat Fak Derg, 50: 311-322.
- Farzadfar S, Pourrrahim R. 2014. Characterization of Turnip mosaic virus from the Asian-BR Population in Iran. J Phytopathol, 162: 824–828.
- Goheen AC. 1988. Diseases caused by virus and virus–like agents. (Compendium of Canola Diseases, American Phytopathological Society, USA: Ed. Pearson RC, Goheen AC) 47-49.