Öz
Objective: This study evaluates the effect of protein database composition, size, and subcellular specificity on protein identification, peptide coverage, and quantitative accuracy in MS-based proteomic analyses. Methods: Whole proteome analyses were performed using HeLa cells. Label-free quantification (LFQ) analyses of secretome samples were conducted using the breast cell lines MCF-10A and MDA-MB-231 to assess database-related effects on quantification. Nuclear proteome analyses were carried out using raw MS data generated in previous studies. Reviewed, unreviewed, and subcellular proteome–specific databases were systematically analyzed and compared to evaluate the effect of database on LC-MS/MS results. Results: Using unreviewed protein entries did not result in a meaningful increase in protein or peptide identifications. Results showed that using gene name provided more accurate results comparing with accession number. In addition, subcellular proteome–specific databases improved peptide-to-protein assignment consistency and reduced ambiguity. Even modest differences in peptide counts propagated into downstream quantitative analyses, affecting abundance ratios. Conclusion: Results indicate that database choice plays a crucial role in proteomic data clarity, consistency, and quantitative reliability, and that the use of curated, reviewed, and target-specific subcellular databases enhances analytical confidence, emphasizing the importance of careful database selection in MS-based proteomic studies.
Anahtar Kelimeler
Proteomics LC-MS/MS analysis Database selection Protein identification Quantitative proteomics
Etik Beyan
This study did not involve the use of human or animal subjects, and therefore ethics approval was not required
Destekleyen Kurum
Partial financial support for this study was provided by the Scientific Research Projects Coordination Unit of Kocaeli University
Proje Numarası
TSA-2024-3517
Kaynakça
- NK, Thu NQ, Tien NTN, Long NP, Nguyen HT. Advancements in Mass Spectrometry-Based Targeted Metabolomics and Lipidomics: Implications for Clinical Research. Molecules. 2024;29:24. doi:10.3390/molecules29245934.
- Sidira M, Agriopoulou S, Smaoui S, Varzakas T. Omics-Integrated Approach (Metabolomics, Proteomics and Lipidomics) to Assess the Quality Control of Aquatic and Seafood Products. Applied Sciences. 2024;14:22-10755. doi:10.3390/app142210755.
- Xu W, Kang J, Rosing T. A near-storage framework for boosted data preprocessing of mass spectrum clustering. J Proteome Res. 2022:313–318. doi:10.1145/3489517.3530449
- Chen C, Hou J, Tanner JJ, Cheng J. Bioinformatics Methods for Mass Spectrometry-Based Proteomics Data Analysis. Int J Mol Sci. 2020;21:8-2873. doi:10.3390/ijms21082873
- Swaney DL, Villén J. Proteomic Analysis of Protein Posttranslational Modifications by Mass Spectrometry. Cold Spring Harb Protoc. 2016;2016(3):pdb.top077743. doi:10.1101/pdb.top077743
- Gao Y, Wang Y. A method to determine the ionization efficiency change of peptides caused by phosphorylation. J Am Soc Mass Spectrom. 2007;18(11):1973-6. doi:10.1016/j.jasms.2007.08.010
- Fancello L, Burger T. An analysis of proteogenomics and how and when transcriptome-informed reduction of protein databases can enhance eukaryotic proteomics. Genome Biol. 2022;23(1):132. doi:10.1186/s13059-022-02701-2
- McAfee KJ, Duncan DT, Assink M, Link AJ. Analyzing proteomes and protein function using graphical comparative analysis of tandem mass spectrometry results. Mol Cell Proteomics. 2006;5(8):1497-1513. doi:10.1074/mcp.T500027-MCP200
- Reiter L, Claassen M, Schrimpf SP, et al. Protein identification false discovery rates for very large proteomics data sets generated by tandem mass spectrometry. Mol Cell Proteomics. 2009;8(11):2405-17. doi:10.1074/mcp.M900317-MCP200
- Jadot M, Boonen M, Thirion J, et al. Accounting for Protein Subcellular Localization: A Compartmental Map of the Rat Liver Proteome. Mol Cell Proteomics. 2017;16(2):194-212. doi:10.1074/mcp.M116.064527
- Ota M, Gonja H, Koike R, Fukuchi S. Multiple-Localization and Hub Proteins. PLoS One. 2016;11(6):e0156455. doi:10.1371/journal.pone.0156455
- Rencber SF, Yazır Y, Sarıhan M, et al. Endoplasmic reticulum stress of endometrial mesenchymal stem cells in endometriosis. Tissue and Cell. 2024;91:102544. doi:10.1016/j.tice.2024.102544
- Sarihan M, Özen FZ, Kasap M, Akpinar G. A tetracycline-inducible Split TurboID system for specific biotinylation and identification of nuclear proteins from HEK293T cells. Turk J Biol. 2025;49(2):162-174. doi:10.55730/1300-0152.2734
- Sarihan M, Kasap M, Akpinar G. Streamlined Biotinylation, Enrichment and Analysis for Enhanced Plasma Membrane Protein Identification Using TurboID and TurboID-Start Biotin Ligases. J Membr Bio. 2024;257(1-2):91-105. doi:10.1007/s00232-023-00303-y
- Kumar D, Yadav AK, Dash D. Choosing an Optimal Database for Protein Identification from Tandem Mass Spectrometry Data. Methods Mol Biol. 2017;1549:17-29. doi:10.1007/978-1-4939-6740-7_3
- Zhang Y, Fonslow BR, Shan B, Baek MC, Yates JR, 3rd. Protein analysis by shotgun/bottom-up proteomics. Chem Rev. 2013;113(4):2343-94. doi:10.1021/cr3003533
Öz
Amaç: Bu çalışma, MS tabanlı proteomik analizlerde protein tanımlama, peptit kapsamı ve nicel doğruluk üzerindeki protein veri tabanı bileşimi, boyutu ve hücre altı özgüllüğünün etkisini değerlendirmektedir. Yöntem: HeLa hücreleri kullanılarak tüm proteomik analizler gerçekleştirilmiştir. Veri bankası seçiminin miktar tayini analizleri üzerindeki etkilerini değerlendirmek amacıyla, MCF-10A ve MDA-MB-231 meme hücre hatları kullanılarak sekretom analizleri yapılmıştır. Nükleer proteom analizleri, önceki çalışmalarda üretilen ham MS verileri kullanılarak gerçekleştirilmiştir. Gözden geçirilmiş (reviewed), gözden geçirilmemiş (unreviewed) ve hücre altı proteomuna özgü veri bankaları sistematik olarak analiz edilmiş ve veritabınının LC-MS/MS sonuçları üzerindeki etkisini değerlendirmek için karşılaştırılmıştır. Bulgular: Gözden geçirilmemiş protein verilerinin kullanılmasının, protein ve peptit tanımlamalarında anlamlı bir artış sağlamadığı belirlenmiştir. Sonuçlar, protein analizlerinde gen isimlerinin kullanımının erişim (Accession) numaralarına kıyasla daha doğru sonuçlar verdiği göstermiştir. Ayrıca, hücre altı proteomuna özgü veri tabanları kullanımı, peptit ve protein belirlenmesi süreçlerinde güvenilirliği artırmış ve belirsizliği azaltmıştır. Peptit sayılarındaki görece küçük farklılıkların bile, sonraki nicel analizlere yansıyarak yoğunluk ve bulunma oranlarını etkilediği saptanmıştır. Sonuç: Sonuçlar, veri bankası seçiminin proteomik verilerin şeffaflığı, tutarlılığı ve nicel güvenilirliği açısından kritik bir rol oynadığını göstermektedir. Düzenlenmiş, gözden geçirilerek doğrulanmış ve hedefe yönelik hücre altı veri bankalarının kullanımı, analitik güveni artırdığı ve kütle spektrometrisi tabanlı proteomik çalışmalarda doğru veri bankasının seçiminin önemini ortaya konulmuştur.
Anahtar Kelimeler
Proteomik LC-MS/MS analizi Veri tabanı seçimi Protein tanımlama Kantitatif proteomik
Etik Beyan
Çalışma süresince insan veya hayvana ait herhangi bir materyal kullanılmadığı ve yalnızca hücre kültürü çalışmaları gerçekleştirildiği için etik onay gerekliliği bulunmamaktadır.
Destekleyen Kurum
Kocaeli Üniverstiesi Bilimsel Araştırmalar Birimi tarafınadn desteklenen TSA-2024-3517 proje kapsamından kısmi olarak finansal destek sağlanmıştır.
Proje Numarası
TSA-2024-3517
Kaynakça
- NK, Thu NQ, Tien NTN, Long NP, Nguyen HT. Advancements in Mass Spectrometry-Based Targeted Metabolomics and Lipidomics: Implications for Clinical Research. Molecules. 2024;29:24. doi:10.3390/molecules29245934.
- Sidira M, Agriopoulou S, Smaoui S, Varzakas T. Omics-Integrated Approach (Metabolomics, Proteomics and Lipidomics) to Assess the Quality Control of Aquatic and Seafood Products. Applied Sciences. 2024;14:22-10755. doi:10.3390/app142210755.
- Xu W, Kang J, Rosing T. A near-storage framework for boosted data preprocessing of mass spectrum clustering. J Proteome Res. 2022:313–318. doi:10.1145/3489517.3530449
- Chen C, Hou J, Tanner JJ, Cheng J. Bioinformatics Methods for Mass Spectrometry-Based Proteomics Data Analysis. Int J Mol Sci. 2020;21:8-2873. doi:10.3390/ijms21082873
- Swaney DL, Villén J. Proteomic Analysis of Protein Posttranslational Modifications by Mass Spectrometry. Cold Spring Harb Protoc. 2016;2016(3):pdb.top077743. doi:10.1101/pdb.top077743
- Gao Y, Wang Y. A method to determine the ionization efficiency change of peptides caused by phosphorylation. J Am Soc Mass Spectrom. 2007;18(11):1973-6. doi:10.1016/j.jasms.2007.08.010
- Fancello L, Burger T. An analysis of proteogenomics and how and when transcriptome-informed reduction of protein databases can enhance eukaryotic proteomics. Genome Biol. 2022;23(1):132. doi:10.1186/s13059-022-02701-2
- McAfee KJ, Duncan DT, Assink M, Link AJ. Analyzing proteomes and protein function using graphical comparative analysis of tandem mass spectrometry results. Mol Cell Proteomics. 2006;5(8):1497-1513. doi:10.1074/mcp.T500027-MCP200
- Reiter L, Claassen M, Schrimpf SP, et al. Protein identification false discovery rates for very large proteomics data sets generated by tandem mass spectrometry. Mol Cell Proteomics. 2009;8(11):2405-17. doi:10.1074/mcp.M900317-MCP200
- Jadot M, Boonen M, Thirion J, et al. Accounting for Protein Subcellular Localization: A Compartmental Map of the Rat Liver Proteome. Mol Cell Proteomics. 2017;16(2):194-212. doi:10.1074/mcp.M116.064527
- Ota M, Gonja H, Koike R, Fukuchi S. Multiple-Localization and Hub Proteins. PLoS One. 2016;11(6):e0156455. doi:10.1371/journal.pone.0156455
- Rencber SF, Yazır Y, Sarıhan M, et al. Endoplasmic reticulum stress of endometrial mesenchymal stem cells in endometriosis. Tissue and Cell. 2024;91:102544. doi:10.1016/j.tice.2024.102544
- Sarihan M, Özen FZ, Kasap M, Akpinar G. A tetracycline-inducible Split TurboID system for specific biotinylation and identification of nuclear proteins from HEK293T cells. Turk J Biol. 2025;49(2):162-174. doi:10.55730/1300-0152.2734
- Sarihan M, Kasap M, Akpinar G. Streamlined Biotinylation, Enrichment and Analysis for Enhanced Plasma Membrane Protein Identification Using TurboID and TurboID-Start Biotin Ligases. J Membr Bio. 2024;257(1-2):91-105. doi:10.1007/s00232-023-00303-y
- Kumar D, Yadav AK, Dash D. Choosing an Optimal Database for Protein Identification from Tandem Mass Spectrometry Data. Methods Mol Biol. 2017;1549:17-29. doi:10.1007/978-1-4939-6740-7_3
- Zhang Y, Fonslow BR, Shan B, Baek MC, Yates JR, 3rd. Protein analysis by shotgun/bottom-up proteomics. Chem Rev. 2013;113(4):2343-94. doi:10.1021/cr3003533
Ayrıntılar
| Birincil Dil | İngilizce |
|---|---|
| Konular | Proteomik ve Moleküller Arası Etkileşimler |
| Bölüm | Araştırma Makalesi |
| Yazarlar | |
| Proje Numarası | TSA-2024-3517 |
| Gönderilme Tarihi | 30 Aralık 2025 |
| Kabul Tarihi | 28 Ocak 2026 |
| Yayımlanma Tarihi | 27 Şubat 2026 |
| DOI | https://doi.org/10.53446/actamednicomedia.1852149 |
| IZ | https://izlik.org/JA55HN73RT |
| Yayımlandığı Sayı | Yıl 2026 Cilt: 9 |
Amaç ve Kapsam
Yazım Kuralları
YAZARLARA BİLGİ
Yazıların Dergiye Gönderilmesi
Makaleler yalnızca çevrimiçi olarak https://dergipark.org.tr/journal/1126/submission/start adresinden gönderilebilir. Başka bir yolla gönderilen yazılar değerlendirilmez.
Gönderi Dosyaları
• Telif Hakkı ve Yayımcılık Politikası Onay Formu (Zorunlu / Tüm yazarların imzası gerekmektedir.)
• Benzerlik Raporu
• Hakem Öneri Listesi
• Etik Kurul Belgesi (Gerekli ise; insan ve hayvan çalışmaları ile prospektif veya retrospektif klinik araştırmalar)
Yazı Dosyaları
• Başlık Sayfası (Zorunlu / 'Çıkar Çatışması Beyanı')
• Ana Metin (Zorunlu)
• Şekiller (.jpg, .jepg, .tiff, .png, .doc)
Başlık Sayfası
• Gönderilecek dosya .doc uzantılı olmalıdır.
• Yazının Türkçe ve İngilizce başlığı, yazarların adı, akademik unvanı ve kurumu, sorumlu yazarın iletişim bilgileri (adres, telefon ve e-posta adresleri), araştırmayı destekleyen kuruluş varsa kuruluşun adı bulunmalıdır.
• Bir kongrede tebliğ edilmiş ve özeti yayımlanmış çalışmalar için organizasyonun adı, yeri ve tarihi belirtilmelidir.
• Türkçe ve İngilizce kısa başlık en fazla 50 karakter (boşluk dahil) olmalıdır.
• Tüm yazarların ORCID (Open Researcher and Contributor ID) numaraları eklenmelidir.
• Yazarların konuyla ve/veya herhangi başka bir yazar ile ilgili maddi veya manevi bir çıkar çatışması içinde olup olmadıkları açıkça belirtilmelidir.
Ana Metin
• Yazılar çift aralıklı olarak 12 punto büyüklüğünde ve Times New Roman karakteri ile yazılmalıdır. Her sayfanın bütün kenarlarında en az 2,5 cm boşluk bırakılmalıdır.
• Ana metin, yazarların adları ve kurumları hakkında hiçbir bilgi içermemelidir.
• Özgün araştırmalar yapılandırılmış bir Öz (Abstract) içermelidir.
• Öz bölümü; Amaç (Objective), Yöntem (Methods), Bulgular (Results) ve Sonuç (Conclusion) bölümlerinden oluşmalıdır.
• Öz bölümü 250 sözcük ile sınırlandırılmalıdır. Özde kaynaklar, tablolar, atıflar ve açıklanmayan kısaltmalar kullanılmamalıdır.
• Özün bittiği satırın altında sayısı 3-5 arasında olmak üzere anahtar kelime verilmelidir.
• Ondalıklı sayıların belirtilmesinde Türkçe metinlerde virgül işareti (p<0,05), İngilizce metinlerde nokta işareti kullanılmalıdır (p<0.05). Yüzde ile belirtilen sayılarda Türkçe metinlerde sayı önünde (%52), İngilizce metinlerde ise sayı arkasında % işareti kullanılmalıdır (45%).
• Makalede kullanılan tüm kısaltmalar, ilk kullanımda tanımlanmalıdır. Kısaltma, tanımı ardından parantez içinde verilmelidir. Ana metinde bir ilaç, ürün, donanım veya yazılım programından bahsedildiğinde, ürünün adı, ürünün üreticisi, üretim şehri ve üreten şirketin ülkesi de dahil olmak üzere ürün bilgileri (ABD'de ise devlet dahil) parantez içinde verilmelidir.
Özgün Araştırma
En fazla 5000 kelime (öz ve kaynaklar hariç) olmalıdır ve aşağıdaki başlıkları sırasıyla içermelidir:
• Başlık (Türkçe ve İngilizce)
• Öz (Türkçe ve İngilizce)
• Anahtar Kelimeler (Türkçe ve İngilizce)
• Giriş
• Yöntem
• Bulgular
• Tartışma
• Açıklamalar, Etik Standartlara Uygunluk, Çıkar Çatışması, Yazar Katkısı, Finansal Destek
• Kaynaklar (en fazla 50)
• Şekiller ve tablolar (en fazla 5)
Derleme
En fazla 8000 kelime (öz ve kaynaklar hariç) olmalıdır ve aşağıdaki alt başlıkları sırasıyla içermelidir:
• Başlık (Türkçe ve İngilizce)
• Öz (Türkçe ve İngilizce)
• Anahtar Kelimeler (Türkçe ve İngilizce)
• Giriş
• Ana Metin
• Tartışma
• Açıklamalar, Etik Standartlara Uygunluk, Çıkar Çatışması, Yazar Katkısı
• Kaynaklar (en fazla 120)
• Şekil ve tablolar (mevcutsa)
Olgu Sunumu
En fazla 3500 kelime (öz ve kaynaklar hariç) olmalıdır ve aşağıdaki başlıkları sırasıyla içermelidir:
• Başlık (Türkçe ve İngilizce)
• Öz (Türkçe ve İngilizce)
• Anahtar Kelimeler (Türkçe ve İngilizce)
• Giriş
• Olgu sunumu
• Tartışma
• Açıklamalar, Etik Standartlara Uygunluk, Çıkar Çatışması, Yazar Katkısı, Finansal Destek
• Kaynaklar (en fazla 10)
• Şekiller ve tablolar (mevcutsa)
Editöre Mektup
En fazla 2000 kelime (öz ve kaynaklar hariç) olmalıdır ve aşağıdaki alt başlıkları sırasıyla içermelidir:
• Başlık (Türkçe ve İngilizce)
• Anahtar Kelimeler (Türkçe ve İngilizce)
• Ana metin
• Kaynaklar (en fazla 10)
• Açıklamalar, Etik Standartlara Uygunluk, Çıkar Çatışması, Yazar Katkısı, Finansal Destek
• Şekiller ve tablolar (en fazla 2)
Teknik Rapor
En fazla 3500 kelime (öz ve kaynaklar hariç) olmalıdır ve aşağıdaki alt başlıkları sırasıyla içermelidir:
• Başlık (Türkçe ve İngilizce)
• Öz (Türkçe ve İngilizce)
• Anahtar Kelimeler (Türkçe ve İngilizce)
• Giriş
• Ana Metin
• Tartışma
• Açıklamalar, Etik Standartlara Uygunluk, Çıkar Çatışması, Yazar Katkısı, Finansal Destek
• Kaynaklar (en fazla 10 kaynak)
• Şekiller ve tablolar (en fazla 3)
Kısa Rapor
En fazla 3500 kelime (öz ve kaynaklar hariç) olmalıdır ve aşağıdaki alt başlıkları sırasıyla içermelidir:
• Başlık (Türkçe ve İngilizce)
• Öz (Türkçe ve İngilizce)
• Anahtar Kelimeler (Türkçe ve İngilizce)
• Giriş
• Yöntem
• Bulgular
• Tartışma
• Açıklamalar, Etik Standartlara Uygunluk, Çıkar Çatışması, Yazar Katkısı, Finansal Destek
• Kaynaklar (en fazla 30)
• Şekiller ve tablolar (en fazla 3)
Tablolar
• Tüm tablolar, ana metinde art arda tablo numaraları ile birlikte metin içinde geçtiği yerlerde ilgili cümlenin sonunda parantez içinde belirtilmelidir.
• Tablo, tablo başlıkları ve açıklamaları ana metnin sonunda bulunmalıdır.
• Tablolar, tablo başlığının altında ve üstünde, en alt satırın altında yatay kenarlık ve ilk sütunun sağında dikey kenarlık olacak şekilde düzenlenmelidir.
• Varsa sembollerin açıklaması tablonun altında yer almalıdır.
Şekiller
• Şekiller, grafikler ve fotoğraflar ayrı dosyalar halinde yüklenmelidir.
• Şekiller .jpg, .jpeg, .tiff, .png, .doc formatlarından biri ile sunulmalıdır.
• Dijital kamera ile çekilmiş fotoğraflar ve taramalar en az 300 dpi çözünürlükte, 1280x960 piksel boyutunda çekilmiş, .jpg, .jpeg, .png veya .tiff formatlarında kaydedilmiş olmalıdır.
• Şekil başlıkları ana metinde kaynaklar bölümünün sonunda listelenmelidir.
• Varsa sembollerin açıklaması şekillerin altında yer almalıdır.
• Kullanılan herhangi bir fotoğraf için hastadan ve/veya yasal temsilcisinden yazılı aydınlatılmış onam alınmalıdır. Eğer mümkünse, fotoğraf hastanın kimliğini göstermeyecek şekilde düzenlenmelidir.
KAYNAKLAR
• Dergide, kaynak gösteriminde American Medical Association (AMA) stili kullanılmaktadır: http://www.citethisforme.com/citation-generator/ama
• Kaynak yazımında atıf düzenleme programlarının kullanımı tavsiye edilmektedir (EndNote, Mendeley, Zotero vb.).
➢Metin İçinde Kaynak Gösterimi
Kaynaklar, ana metinde geçiş sırasına göre numaralandırılmalıdır ve kaynak numaraları üst simge olarak verilmelidir. Daha önce kullanılmış kaynak aynı numara ile yazılmalıdır.
▪ … belirtilmektedir.8
Birden fazla kaynak var ise aralarına virgül konularak ayrılmalıdır.
▪ … bildirilmektedir.8,13,18
Birbiri ardına dizilenen kaynaklarda, ilk ve son numara “-" ile ayrılarak gösterilmelidir.
▪ … bildirilmektedir.13-16
Birden fazla yazar isminin geçtiği cümlelerde yazarın hemen üstüne kaynak atıfı yapılmalıdır.
▪ … Acar ve ark.7 literatüre göre yüksek bulmuşken Balcı ve ark.12 düşük bulmuştur.
➢ Metin sonunda kaynakların listelenmesi
Yazının sonundaki kaynaklar metindeki ilk sırasına göre numaralandırılarak listelenmelidir. Kaynaktaki yazar sayısı 6 ve altında (≤6) ise tüm yazarlar belirtilmelidir. 6’dan fazla olduğunda sadece ilk 3 isim verilmelidir, devamında İngilizce kaynaklarda “et al.” ve Türkçe kaynaklarda “ve ark.” ibaresi eklenmelidir. Kaynaklar metin sonunda yazar sayılarına göre aşağıdaki şekilde gösterilmelidir.
Tek yazar: Soyadı AA.
İki yazar: Soyadı AA, Soyadı BB.
6 yazar: Soyadı AA, Soyadı BB, Soyadı CC, Soyadı DD, Soyadı EE, Soyadı FF. (Bütün yazar adları açık yazılmalıdır.)
6’dan fazla yazar: Soyadı AA, Soyadı BB, Soyadı CC, ve ark. / et al. (Üç yazar adı açık yazılmalıdır.)
a. Basılı Dergilerde Yayınlanan Makalelerden Yapılan Alıntı
▪ ‘Yazarın Soyadı Yazarın adı(lar)nın baş harfi. Makalenin adı. Derginin italik kısa adı. Basım yılı;Cilt no(sayı no):sayfa numaraları.’
▪ Dergi isimleri Index Medicus/Medline/PubMed’de yer alan dergi kısaltmaları ile uyumlu olarak kısaltılarak italik yazılmalıdır. NLM katalogda yer almayan bir dergi kısaltılmadan yazılmalıdır.
Örnek: Özçelik F, Öztosun M, Gülsün M, Arslan E, Serdar MA. İdiopatik trombositopenik purpura ön tanılı bir olguda EDTA’ya bağlı psödotrombositopeni. Turkish J of Biochem. 2012;37(3):336-339.
▪ Bir derginin ek sayısı (Supplement) kaynak gösterileceği zaman; İngilizce makalelerde (Suppl.) ve Türkçe makalelerde ise (ES) şeklinde gösterilmelidir.
Örnek: McDougle CJ, Stigler KA, Posey DJ. Treatment of aggression in children and adolescents with autism and conduct disorder. J Clin Psychiatry. 2003;64(suppl 4):16-25.
b. Çevrimiçi Dergilerdeki DOI Numarası Bulunan Makalelerden Yapılan Alıntı
▪ Çevrimiçi yayımlanan makalelere varsa doi numarası eklenmelidir.
▪ Sayfa numarası şartı yoktur.
Örnek: Ozcelik F, Oztosun M, Gülsün M, ve ark. İdiopatik trombositopenik purpura ön tanılı bir olguda EDTA’ya bağlı psödotrombositopeni. Turk J Biochem. 2012;37(3):336-339. doi:10.5505/tjb.2012.18209
c. Henüz Yayımlanmamış Makalelerden Alıntı
Örnek: Brown JE. The relation between citations and references. J Med Style. In press (Türkçe makalelerde: ‘Basım aşamasında’ ifadesi kullanılmalıdır).
d. Web Sitesi
Örnek: World Health Organization. Equitable access to essential medicines: a framework for collective action. http://whqlibdoc.who.int/hq/2004/WHO_EDM_2004.4.pdf. Basım Tarihi: Mart 2004. Erişim Tarihi: 6 Aralık 2005.
Örnek: World Health Organization. Equitable access to essential medicines: a framework for collective action. http://whqlibdoc.who.int/hq/2004/WHO_EDM_2004.4.pdf. Published: Mar 2004. Accessed: Dec 6, 2005.
e. Kitap
▪ Kitabın tamamı ise; ‘Yazarın Soyadı Yazarın adı(lar)nın baş harfi. Kitabın adı. Birden çok basımı varsa kaçıncı basım olduğu. Basım yeri: Basımevi; Basım tarihi.’
Örnek: Altuntaş B. Mendile, simite, boyaya, çöpe… Ankara sokaklarında çalışan çocuklar. 1. Baskı. İstanbul, Türkiye: İletişim Yayınları; 2003.
Örnek: Harmening D. Modern Blood Banking & Transfusion Practices. 6th Edition. Philadelphia, PA: F.A. Davis Company; 2012.
f. Kitap bölümü
▪ ‘Bölümün yazarı. Bölümün adı. İçinde: Editör(ler). Kitabın adı. Baskı no. Basım yeri, Şehir: Basımevi; Yıl: Sayfalar’ şeklinde yazılmalıdır.
Örnek: Meltzer H, Lowy M. Neuroendocrin function in psychiatric disorders. İçinde: Berger P, Brodie H, ed. American Handbook of Psychiatry. 2. Baskı. New York, NY: Basic Books Inc; 2019:110-117.
Örnek: Meltzer H, Lowy M. Neuroendocrin function in psychiatric disorders. In: Berger P, Brodie H, ed. American Handbook of Psychiatry. 2nd Edition. New York, NY: Basic Books Inc; 2019:110-117.
g. Çeviri kitaplar:
▪ ‘Kitap yazarının adı. Kitabın çevrilen adı. Çeviri editörü, Çev-ed. Şehir, Ülke: Basımevi; yıl.’ şeklinde gösterilmelidir:
Örnek: Liberman RP. Yetiyitiminden İyileşmeye: Psikiyatrik İyileştirim Elkitabı. Yıldız M, Çev-ed. Ankara, Türkiye: Sosyal Psikiyatri Derneği; 2011.
Örnek: Plato. The Laws. Taylor EA, Trans-ed. London, England: JM Dent & Sons Ltd; 1934:104-105.
h. Konferans Sunumları
▪ Yazar(lar) A. Sunumun adı. Sunulan mekan: Mekan adı; gün. ay. yıl; Şehir, Ülke.
Örnek: Diamond M. Lymphatic system. Lecture presented at: University of California, Berkeley; September 26, 2005; Berkeley, CA.
Örnek: Weber KJ, Lee J, Decresce R, Subjasis M, Prinz R. Intraoperative PTH monitoring in parathyroid hyperplasia requires stricter criteria for success. Paper presented at: 25th Annual American Association of Endocrine Surgeons Meeting; April 6, 2004; Charlottesville, VA.
ı. Tez
▪ Yazar(lar). Başlık [Uzmanlık/Doktora tezi]. Şehir, Ülke: Tez çalışmasının yapıldığı Üniversite/Kurum ismi; Basım Yılı.
Örnek: Fenster SD. Cloning and Characterization of Piccolo, a Novel Component of the Presynaptic Cytoskeletal Matrix [Dissertation]. Birmingham: University of Alabama; 2000.
▪ Yazar(lar). Başlık [Yüksek lisans tezi]. Şehir, Ülke: Tez çalışmasının yapıldığı Üniversite/Kurum ismi; Basım Yılı.
Örnek: Undeman C. Fully Automatic Segmentation of MRI Brain Images Using Probabilistic Diffusion and a Watershed Scale-Space Approach [Master thesis]. Stockholm, Sweden: NADA, Royal Institute of Technology; 2001.
Geri Çekme veya Reddetme
• Gönderilen yazının değerlendirme sürecinde gecikme olması vb. gibi gerekçelerle yazıyı geri çekmek ve başka bir yerde yayımlatmak isteyen yazarlar yazılı bir başvuru ile yazılarını dergiden geri çekebilirler.
• Yayımlanması kabul edilmeyen yazılar, gerekçesi ile geri gönderilir. Ön kontrol aşamasında düzeltme istenen makaleler için 15 gün, değerlendirme sonrası düzeltme istenen yazılar için 30 gün süre verilir, bu sürelerin aşılması halinde yazı reddedilebilir.
Kabul sonrası
• Yazıların kabul edilmesi durumunda, kabul mektubu iki hafta içinde sorumlu yazara gönderilir. Yazının baskıdan önceki son hali yazarın son kontrolüne sunulur.
• Dergi sahibi ve editör kurulu, kabul edilen yazıların derginin hangi sayısında basılacağına karar vermeye yetkilidir.
• Yazarlar, yazılarını kişisel veya kurumsal web sitelerinde, uygun alıntı ve kütüphane kurallarına bağlı kalarak kabul sonrası yayımlayabilirler.
Etik İlkeler ve Yayın Politikası
1. Makale Yükleme
Makaleler dergi sistemine yüklendikten sonra teknik ve editöryel ön değerlendirmeye alınır.
2. Ön Değerlendirme
Bu aşamada çalışmanın derginin yazım kurallarına uygunluğu ve bilimsel içerik açısından asgari yeterliliğe sahip olup olmadığı değerlendirilir.
3. Hakem Sürecine Uygunluk
Ön değerlendirme sonucu hakem değerlendirme sürecine uygun bulunan makaleler için, kabul veya ret sonucuna bakılmaksızın hakem değerlendirme basamağı öncesinde Makale İşlem Ücreti talep edilir.
4. Makale İşlem Ücreti
Hakem değerlendirmesine uygun bulunan tüm makaleler için KDV dâhil 7.500 TL (Yedi Bin Beş Yüz Türk Lirası) Makale İşlem Ücreti alınır.
5. Ödeme Zamanı ve Bildirim
Makale işlem ücretinin, makalenin hakem değerlendirme sürecine başlamasından önce ödenmesi gerekmektedir.
Ödeme talebi, dergi editörlüğü ve hizmet sağlayıcı tarafından yapılan ön değerlendirmenin olumlu sonuçlanmasının ardından, yazarlara dergi sistemi üzerinden e-posta yoluyla bildirilecektir.
6. Ödeme Öncesi Kural
Yazarlara bilgilendirme e-postası gönderilmeden önce herhangi bir ödeme yapılmamalıdır.
7. Dekont Yükleme ve Hakem Süreci
Ödeme dekontunun sisteme yüklenmesinin ardından makale hakem değerlendirme sürecine alınacaktır.
YAYINCILIK İLKELERİ
• Acta Medica Nicomedia, Kocaeli Üniversitesi Tıp Fakültesi’nin bilimsel yayın organıdır.
• Acta Medica Nicomedia; bağımsız, tarafsız, önyargısız ve çift kör akran hakemlik ilkeleri çerçevesinde elektronik ortamda açık erişimli olarak yayımlanır.
• Acta Medica Nicomedia’da; ulusal ve uluslararası standartlara uygun temel ve klinik tıp bilimleri alanında özgün araştırma, derleme, olgu sunumu, teknik rapor, kısa bildiri ve editöre mektup türünde yazılar yayımlanır.
• Acta Medica Nicomedia'nın dili Türkçe ve İngilizcedir.
• Acta Medica Nicomedia’ya gönderilen ve dergide yayımlanan makalelerden KDV dahil 7.500 TL Makale İşlem Ücreti talep edilmektedir.
• Yazarların kimlik bilgileri ve e-posta adresleri hiçbir şekilde başka amaçlar için kullanılmamaktadır.
• Derginin yayın ve editöryal süreçleri Uluslararası Tıp Dergileri Editörler Kurulu (ICMJE) yönergesine göre yürütülmektedir. Dergi, bilimsel süreli yayımların şeffaflık ve mükemmellik ilkelerine uymaktadır (doaj.org/bestpractice).
• Dergimize gönderilen makalelerin daha önce başka bir dergide kabul edilmemiş veya yayınlanmamış olması (400 kelimeyi aşan tam metin poster bildirileri dahil) ve bilimsel ve etik ilkelere uygun olarak hazırlanması gerekmektedir (http://www.icmje.org/about-icmje/faqs/conflict-of-interest-disclosure-forms/). Makalelerde ismi geçen yazarların tümünün çıkar çatışması beyanı vermeleri talep edilir.
• Acta Medica Nicomedia'nın tüm içeriği Creative Commons Attribution-Noncommercial-Share Alike 4.0 uluslararası kamu lisansı altında korunmaktadır.
EDİTÖRYAL İLKELER
• Dergiye gönderilen yazılar, öncelikle yazının dergi kurallarına uygun olarak hazırlanmasını ve sunulmasını sağlayacak ön değerlendirme sürecinden geçer. Editör kurulu, yayın kurallarına uymayan yazıları yayınlamamak, düzeltmek üzere yazara geri göndermek ve biçim olarak yeniden düzenleme yetkisine sahiptir. Gönderilen yazılar en az iki hakem tarafından değerlendirildikten sonra editöryal kurul kararı ile yayımlanır. Dergideki tüm hakem değerlendirmeleri, kör değerlendirme şeklinde yapılır.
• Dergide yayınlanmak üzere gönderilen yazılar, daha önce başka bir yerde yayınlanmamış ve yayınlanmak üzere gönderilmemiş olmalıdır. Dergide yayınlanan makaleler için yazarlara telif ücreti ödenmez. Yazarlar yazının tüm yayın haklarının Acta Medica Nicomedia’ya ait olduğunu kabul ederler. ‘Telif Hakkı Devir Formu’ sorumlu yazar tarafından imzalanması ve makalelerde ismi geçen yazarların tümünün çıkar çatışması beyanı vermeleri talep edilir. Yayımlanan yazıların bilimsel ve hukuki sorumluluğu yazarlara aittir.
• ICMJE Önerileri, yazarlık haklarının şunları gerektirdiğini belirtir: (1) Çalışmanın kavramsallaştırılmasına veya tasarımına veya verilerin edinilmesine, analizine veya yorumlanmasına önemli katkılar sağlanması, (2) Çalışmanın taslağının hazırlanması veya önemli fikri içerik açısından eleştirel olarak revize edilmesi, (3) Yayımlanan sürümün nihai onayı. (4) Çalışmanın herhangi bir bölümünün doğruluğu veya bütünlüğüyle ilgili soruların uygun şekilde araştırılması ve çözülmesini sağlamak için çalışmanın tüm yönlerinden sorumlu olma konusunda anlaşma. Acta Medica Nicomedia'daki yazarlık kriterleri için dört koşulun da karşılanması gerekir.
• Düzeltme ve Yayının Geri Çekilmesi: Yayına kabul edilme aşamasına kadar tüm makaleler sorumlu yazar tarafından geri çekilebilir. Yayına kabul aşamasından sonra yapılacak olan düzeltmeler ve geri çekme talepleri kabul edilmez. Bu durumda sorumlu yazar tarafından dergide Erratum yayınlanma hakkı saklıdır. Dergiye gönderilen Erratumlar, editöryal kurulun bilgisi ve onayı dahilinde yayınlanır.
• Yayıma gönderilen orijinal yazıların etik kurul onayları alınmış ve belgelendirilmiş olmalıdır. Yazar(lar) bu alanda kabul edilen uluslararası kılavuzlara (1964 Helsinki Deklarasyonu ve bunun daha sonraki güncellemeleri) ve T.C. Sağlık Bakanlığı tarafından düzenlenen yönetmeliklerin ilgili hükümlerine uyulduğunu belirtmelidir.
ETİK İLKELER
• Dergide hiçbir koşulda etik ihlale izin verilmez. Bilimsel suistimal şüphesi olan tüm yazılar editöryal kurul tarafından incelenir ve reddedilir.
• WMA Helsinki Bildirgesi'ne uygun olarak araştırma protokollerinin etik komite onayı tüm çalışmalar için gereklidir. Gönderilen her araştırma makalesinde; çalışmanın etik onay aldığına dair bir ifade (veya gerekmediğine dair bir ifade ve nedeni), etik komitenin veya inceleyen kurulun adı, onayın numarası/kimliği ve tarihi; Metot bölümünde ve makalenin sonundaki 'Etik standartlara uyum' başlığı altında belirtilmelidir.
• Retrospektif (katalog) taramalara dayalı yazılarda etik kurul onayı gerekmektedir.
• Prospektif klinik çalışmalar için yönetmeliğe uygun bir şekilde Etik Kurulu onayı alınmalıdır.
• Olgu sunumlarında hastaların gizliliğini korumak, yazarların sorumluluğundadır. Hasta kimliğini ortaya çıkarabilecek fotoğraflar için, hasta ve/veya yasal temsilcileri tarafından imzalanan hasta onam formunun alınması ve yazılı onay alındığının metin içerisinde belirtilmesi gereklidir.
• Committee on Publication Ethics (COPE), Directory of Open Access Journals (DOAJ), Open Access Scholarly Publishers Association (OASPA) ve World Association of Medical Editors (WAME) tarafından geliştirilen yayın etiği ilkeleri ve tavsiyelerine dikkat edilmelidir; Council of Science Editors (CSE), International Committee of Medical Journals (ICJME) kılavuzları takip edilmelidir.
• Dergi İntihal Politikası: Dergiye gönderilen yazılarda yazar(lar) tarafından benzerlik raporunun sisteme yüklenmesi istenir. Dergimize gönderilen tüm yazılar intihal tespit etme programları (iThenticate, Turnitin) ile editöryal kurul tarafından değerlendirilmektedir.
• Derginin Editör Kurulu, tüm itirazları Yayın Etik Komitesi (COPE) kuralları çerçevesinde ele alır. Bu gibi durumlarda, yazarlar şikayetleri ile ilgili olarak editör kuruluyla doğrudan iletişime geçmelidir. Gerektiğinde, dahili olarak çözülemeyen sorunları çözmek için bir ombudsman atanabilir. Baş Editör, tüm temyiz ve şikayetler için karar verme sürecindeki nihai otoritedir.
• Yazarlar, Acta Medica Nicomedia’ya bir makale gönderirken makalelerinin telif hakkını dergiye vermeyi kabul etmiş sayılır. Eğer yazarın çalışmasının basılması reddedilirse, yazının telif hakkı yazarlara geri verilir.
• Acta Medica Nicomedia’ya gönderilen her makale, adı geçen yazarların tümünün imzaladığı ‘Telif Hakkı Devir Formu’ (https://dergipark.org.tr/journal/1126/submission/start) ile birlikte gönderilmelidir.
• Başka kaynaklardan alınan şekiller, tablolar veya hem basılı hem de elektronik ortamdaki diğer materyaller için yazarların telif hakkı sahibinden izin almaları gerekir. Bu husustaki hukuki, mali ve cezai sorumluluk yazarlara aittir.
• Acta Medica Nicomedia’da yayımlanan yazılarda içerikle ilgili nihai sorumluluk yazarlara aittir. Editörler, editör kurulu ve yayıncı, bu yazılar için herhangi bir sorumluluk kabul etmemektedir.
Ücret Politikası
- Kocaeli Üniversitesi, Acta Medica Nicomedia dergisi Makale İşlem Ücreti talep etmektedir.
- Acta Medica Nicomedia Dergisi Açık Erişim olup herhangi bir gelire sahip değildir.
- Derginin editöryel işlemleri, hakem süreçleri yönetimi, dizgi, mizanpaj, yayın ve diğer masraf ve giderlerini karşılayabilmek için bu yayın ücretini tahsil eder.
- Yazar(lara) yayın ücreti iade edilmemektedir.
- 02.02.2026 tarihinden itibaren bu karar uygulanacaktır.
- Makale işlem ücreti olarak 7500 Türk Lirası (TL) tahsil edilmektedir. TL hesaplarına ilişkin detaylar aşağıda yer almaktadır.
Editoryal İşlem Ücreti : 7,500.00 TRY
IBAN: TR350001002726124001415006
Hesap Adı: Kocaeli Üniversitesi Vakfı Bağış Hesabı,
Banka ve Şube Adı: Ziraat Bankası, Kocaeli Üniversitesi/Kocaeli Şubesi
Hesap No: 2726-12400141-5006
(Açıklama Kısmına; Makale ID numarası, Acta Medica Nicomedia yazılması gerekmektedir.)
Yazarlara Bilgilendirme
Makale Değerlendirme ve Makale İşlem Ücreti Süreci
1. Makale Yükleme
Makaleler dergi sistemine yüklendikten sonra teknik ve editöryel ön değerlendirmeye alınır.
2. Ön Değerlendirme
Bu aşamada çalışmanın derginin yazım kurallarına uygunluğu ve bilimsel içerik açısından asgari yeterliliğe sahip olup olmadığı değerlendirilir.
3. Hakem Sürecine Uygunluk
Ön değerlendirme sonucu hakem değerlendirme sürecine uygun bulunan makaleler için, kabul veya ret sonucuna bakılmaksızın hakem değerlendirme basamağı öncesinde Makale İşlem Ücreti talep edilir.
4. Makale İşlem Ücreti
Hakem değerlendirmesine uygun bulunan tüm makaleler için KDV dâhil 7.500 TL (Yedi Bin Beş Yüz Türk Lirası) Makale İşlem Ücreti alınır.
5. Ödeme Zamanı ve Bildirim
Makale işlem ücretinin, makalenin hakem değerlendirme sürecine başlamasından önce ödenmesi gerekmektedir.
Ödeme talebi, dergi editörlüğü ve hizmet sağlayıcı tarafından yapılan ön değerlendirmenin olumlu sonuçlanmasının ardından, yazarlara dergi sistemi üzerinden e-posta yoluyla bildirilecektir.
6. Ödeme Öncesi Kural
Yazarlara bilgilendirme e-postası gönderilmeden önce herhangi bir ödeme yapılmamalıdır.
7. Dekont Yükleme ve Hakem Süreci
Ödeme dekontunun sisteme yüklenmesinin ardından makale hakem değerlendirme sürecine alınacaktır.
“Acta Medica Nicomedia, Üniversiteler Arası Kurul (ÜAK) 2022 Mart Dönemi Doçentlik kriterleri Sıkça Sorulan Sorular 45. Soruda da ifade edildiği gibi, Makale Başvurusu sırasında “Kabul/Ret şartına bağlı olmaksızın” makale işlem ücreti almaktadır.”
Dizinler
Atıf Dizinleri
Dergi Kurulları
Baş Editör
Editör Kurulu
Tıp Fakültesi: Ankara Üni. Tıp Fak.
Uzmanlık: Kocaeli Üni. Tıp Fak.
Doçentlik ve Profesörlük: Kocaeli Üni. Tıp Fak.
2001 - Marmara Üniversitesi Tıp Fakültesi
2007 - Zeynep Kamil Kadın ve Çocuk Hastalıkları Eğitim ve Araştırma Hastanesi
İngilizce Dil Editörü
Biyoistatistik Editörü
Etik Editörü
"Acta Medica Nicomedia" Tıp dergisinde https://dergipark.org.tr/tr/pub/actamednicomedia adresinden yayımlanan makaleler açık erişime sahip olup Creative Commons Atıf-AynıLisanslaPaylaş 4.0 Uluslararası Lisansı (CC BY SA 4.0) ile lisanslanmıştır.