BAZI ERKEK İNCİR ÇEŞİTLERİNİN RAPD BELİRTEÇLERİ İLE TANIMLANMASI

Yıl 2007, Cilt: 4 Sayı: 1/2, 49 - 58, 01.03.2007

H. OSMAN Mestav ZEYNEL Dalkılıç

Öz

Bu çalışmanın materyalini Aydın ilinden seçilen toplam 23 adet erkek incir (Ficus carica caprificus) çeşidi ve klonları oluşturmuştur. PCR tabanlı RAPD yöntemi ile toplam 30 adet 10 baz dizilimli primer test edilmiştir. Büyüklükleri 250 - 3500 bp arasında değişen toplam 195 adet bant elde edilmiştir. Bu bantlardan 51 adedi polimorfizm gösterirken, 144 adet bant monomorfizm göstermiştir. ‘Şeytan-1’, ‘Yanako-1’ ve ‘Yanako-2’ klonları arasında polimorfizm bulunmuştur. Çeşitlerin bant desenine göre çıkartılan dendrogramında (soy ağacı) bireyler iki grupta toplanmışlardır. Çalışılanlar arasında en yüksek benzerlik (%98.0) ‘Şeytan-1’, ‘Yanako-1’ ve ‘Yanako-2’nin klonları arasında çıkmıştır. En düşük benzerlik ise (%62.2) ‘Yanako-272’ ile 'Karaerkek' çeşitleri arasında çıkmıştır.

Anahtar Kelimeler

Ficus carica caprificus, RAPD, benzerlik matrisi, dendrogram

Identification of Some Male Fig Cultivars with RAPD Markers

Öz

Twenty three male fig (Ficus carica caprificus) cultivars and clones selected at Aydin province were the plant
materials for this research. Total of 30 (10-mer) primers were tested with PCR-based RAPD technique. The total
number of bands obtained was 195 whose molecular weight changed between 250-3500 bp. While
polymorphism was seen 51 of these bands, 144 of which were monomorphic. The polymorphism was observed
among the clones of ‘Şeytan-1’, ‘Yanako-1’, and ‘Yanako-2’. The dendrogram constructed according to the band
patterns of the cultivars and their clones. Among the studied genotypes, the highest similarity ratio (98.0%) was
between ‘Şeytan-1’, and ‘Yanako-1’ and ‘Yanako-2’ clones. The lowest similarity value was 62.2% of ‘Yanako-
272 ’and ‘Karaerkek’cultivars

Anahtar Kelimeler

Ficus carica caprificus, RAPD, similarity matrix, dendrogram

Kaynakça

• A k a - K a ç a r, Y. , A . B . K ü d e n , M . S . Ç e t i n e r. 2 0 0 3 .
• RAPD yönteminin, dominant belirteçler ortaya
• Identification of varietal polymorphism in Ficus carica
• L. by RAPD (Randomly Amplified Polymorphic
• DNA) markers. Acta Hort. 598:167-172.
• radyoaktif madde kullanılmaması gibi olumlu
• yönlerinin bulunduğu bir kez daha gözlenmiştir.
• Şüphelenilen durumun aksine sonuçların tekrar
• edilebilirliği değişik zamanlarda yapılan PCR
• testlerinde ortaya konmuştur. Cabrita,L.F., U.Aksoy, S.Hepaksoy, J.M.Leitao. 2001.
• Suitability of isozyme, RAPD and AFLP markers to
• assess genetic differences and relatedness among fig
• (Ficus carica L.) clones. Sci. Hort. 87:261-273. Condit,I.J. 1955. Fig Varieties: A monograph. Hilgardia 23(11):323-538.
• RAPD yönteminin polimorfizm oranı diğer PCR
• De Masi,L., M.Cipollaro, G.Di Bernardo, U.Galderisi,
• tabanlı yöntemlere göre daha düşüktür. Heterozigot
• dominantı homozigot dominanttan ayırt edemediği
• için AFLP, CAPS, ISSR ve SSR gibi diğer belirteç
• sistemlerinin bu tür çalışmalara dahil edilmesi ve incir
• gen haritalama projesinin başlatılması gerekmektedir.
• Yapılacak çalışmalarla morfolojik, fenolojik ve
• pomolojik özellikleri kontrol eden belirteçler
• belirlenerek istenen özelliklere sahip yeni çeşitlerin
• elde edilmesi için gen aktarımına taban oluşturulabilir.
• G.Galano, A.Cascino, G.Grassi, E.Pavone, A.Simeone.
• Clonal selection and molecular characterisation
• by RAPD analysis of the fıg (Ficus carica L.) "Dottato"
• and "Bianco del Cilento" cultivars in Italy. Acta Hort. 605:65-68. DİE, 2001. Tarımsal yapı (üretim, fiyat, değer). Ankara. Doyle,J.J. and J.L.Doyle. 1990. Isolation of plant DNA from
• fresh tissue. Focus 12:13-15. Elisiario,P.J., M.C.Neto, L.F.Cabrita, J.M.Leitao. 1998
• Isozyme and RAPDs characterisation of a collection of
• fig (Ficus carica L.) traditional varieties. Acta Hort. 480:149-154.
• ve bahçe tesisi konularında ismine doğru fidan
• kullanılması konusundaki hata payı en aza
• indirilebilecektir. Çeşit ismi konusunda şüpheye
• düşülen bireylerin RAPD yöntemiyle çeşide özel
• primerlerle çeşit tanımlaması yapılabilir. Ayrıca
• büyük plantasyonlar kurulmadan önce fidanların,
• belirlenmiş primerlerle test edilmesi ile çeşitlerin
• gerçekten o çeşit olduğu kanıtlanabilecek, üreticiyi yıl
• kaybı ve maddi kayıplardan kurtarabilecektir. Bu da
• ülke ekonomisine büyük katkı sağlayacaktır. Eroğlu,A.Ş. 1982. İncir Araştırmaları Projesi (Islah): İncir seleksiyonu. Erbeyli Zirai Araştırma Enstitüsü
• Müdürlüğü, Aydın, 301 s. FAOSTAT, 2006. http://faostat.fao.org Galderisi,U., M.Cipollaro, G.Di Bernardo, L.De Masi,
• G.Galano, A.Cascino. 1999. Identification of the edible
• fig 'Bianco del Cilento' by Random Amplified
• Polymorphic DNA analysis. HortScience 34(7):1263- 1265. Kabasakal,A. 1990. İncir Yetiştiriciliği, TAV Yay. No:20, Yalova, 96 s. Khadari,B., Ph.Lashermes, F.Kjellberg. 1995. RAPD TEŞEKKÜR
• Çalışmaların yürütülmesi aşamasında yardımda fingerprints for identification and genetic
• characterization of fig (Ficus carica L.) genotypes. J.
• Genet. Breed. 49:77-86.
• bulunan Bahçe Bitkileri Bölüm Başkanı Prof.Dr.
• F.Ekmel TEKİNTAŞ ve diğer bölüm arkadaşlarımıza,
• Erbeyli İncir Araştırma Enstitüsü Müdürü Gıda Müh.
• Ramazan ÖZKAN ve enstitü çalışanlarına, ADÜ
• Bilim ve Teknoloji Araştırma ve Uygulama Merkezi
• Laboratuvar'ı Müdürü Doç.Dr. Serhan SAKARYA ve
• laboratuvar çalışanlarına, PCR optimizasyonu
• sırasındaki yardımlarından dolayı Doç.Dr. Bahattin
• TANYOLAÇ, Yrd.Doç.Dr. Ali Fazıl YENİDÜNYA, Khadari,B., I.Hochu, S.Santoni, F. Kjellberg. 2001.
• Identification and characterization of microsatellite
• loci in the common fig (Ficus carica L.) and
• representative species of the genus Ficus. Molecular
• Ecology Notes 1:191-193. Khadari,B., I.Hochu, S.Santoni, M.Ater, A.Oukabli,
• J.P.Roger, F.Kjellberg. 2003a. Which molecular
• markers are best suited to identify fig cultivars: A
• comparison of RAPD, ISSR and microsatellite markers. Acta Hort. 605:69-75. Geliş Tarihi Kabul Tarihi : 03.08.2007 Khadari,B., I.Hochu, L.Bouzid, S.Santoni, F.Kjellberg,
• J.P.Roger. 2003b. The use of microsatellite markers for
• identification and genetic diversity evaluation of the fig
• collection in CBNMP. Acta Hort. 605:77-86. Khadari,B., A.Oukabli, M.Ater, A.Mamouni, J.P.Roger,
• F.Kjellberg. 2004. Molecular characterization of
• Moroccan fig germplasm using inter simple sequence
• repeat and simple sequence repeat markers to establish
• a reference collection. HortScience 40(1):29-32. Khadari,B., C.Grout, S.Santoni, F.Kjellberg. 2005.
• Contrasted genetic diversity and differentiation among
• Mediterranean populations of Ficus carica L.: A study
• using mtDNA RFLP. Genetic Resources and Crop
• Evolution 52: 97-109. Okuno,K. and S.Fukuoka. 1998. Manual for DNA
• Extraction in Plants: Technical Assistance Activities
• for Genetic Resources Projects, Japan International
• Cooperation Agency, Ref. No. 11, Chuouku, Tokyo, Japan, 42s. Ölçer,T. 1968. Aydın Bölgesi'nin önemli ilek (erkek incir)
• çeşitleri üzerinde çalışmalar. Ege Üniversitesi, Fen
• Bilimleri Enstitüsü, İhtisas Tezi, İzmir, 68s. Öncel,H. 1969. İncir yetiştiriciliğinde ilek ve ilekleme.
• Tarım Bakanlığı, Ziraat İşleri Genel Müdürlüğü
• Yayınları:A-133, İstanbul, 50s. Papadopoulou,K., C.Ehaliotis, M.Tourna, P.Kastani,
• I.Karydis, G. Zervakis, 2002. Genetic relatedness
• among diocious Ficus carica L. cultivars by random
• amplified polymorphic DNA analysis, and evaluation
• of agronomic and morphological characters. Genetics 114:183-194. Parrish,T.L., H.P.Koelewjin, P.J.van Dijk. 2004.
• Identification of a male-specific AFLP marker in a
• functionally dioecious fig, Ficus fulva Reiw. ex Bl.
• (Moraceae). Sex. Plant Reprod. 17:17-22. Rogers,S.O. and A.J.Bendich. 1994. Extraction of total
• cellular DNA from plants, algae and fungi. Plant
• Molecular Biology Manual D1:1-8. Saiki,R.K., S. Scharf, F. Faloona, K.B. Mullis, G.T. Horn,
• H.A. Erlich and N. Arnheim, 1985. Enzymatice
• amplification of -globin genomic sequences and
• restriction site analysis for diagnosis of sickle cell
• anemia. Science 230:1350−1354. Salhi-Hannachi, A., T.Mokhtar, Z.Salwa, H.Jihène,
• M.Messaoud, R.Abdelmajid ve M.Mohemed. 2004.
• Inter-simple sequence repeat fingerprints to assess
• genetic diversity in Tunisian fig (Ficus carica L.)
• germplasm. Genetic Resources and Crop Evolution 51: 269-275. SPSS Inc. 2001. SPSS for Windows release 11.0.0. standart version. Uzun,H.İ., İ.Polat, Ş. Gözlekçi. 2003. Molecular
• identification of Turkish fig cultivars by fruit and leaf
• isozymes. Acta Hort. 605:45-50. Welsh,J. ve M.McClelland. 1990. Fingerprinting genomes
• using PCR with arbitrary primers. Nucleic Acids Res.
• (24):72137218. Williams,J.G.K., A.R.Kubelik, K.J.Livak, J.A.Rafalski,
• S.V.Tingey. 1990. DNA polymorphisms amplified by
• arbitrary primers are useful as genetic markers. Nucleic
• Acids Res. 18(22):65316535. Zeybekoğlu,N,Ş., A.Mısırlı, R.Gülcan. 1998. Researches on
• pollen germination ability of some caprifig varieties.
• Acta Hort. 480:125-128. Düzeltme / Erratum
• BAZI ERKEK İNCİR ÇEŞİTLERİNİN RAPD BELİRTEÇLERİ İLE TANIMLANMASI, ADÜ Ziraat Fakültesi
• Dergisi, 2007, 4(1-2):49-58.
• H.Osman Mestav, Zeynel Dalkılıç
• Yukarıda adı geçen makalede sayfa 53'te yer alan Çizelge 2'de kullanılan uygun miktar Taq DNA polimeraz için 1.0
• µl yerine 0.2 µl (1 ünite), Genomik DNA için 1.0 µl (50 ng/µl), ddH O bileşeni için denenen miktar 8.0 yerine 8.8 µl 2
• olarak düzeltilmesi yazarlar tarafından bildirilmiş ve uygun bulunmuştur. Bu düzeltmeden dolayı
• okuyucularımızdan özür dileriz. Haziran/2009