DNA Barcoding of Docotettix cornutus Ribaut, 1948 (Hemiptera: Cicadellidae)

Yıl 2024, Cilt: 21 Sayı: 2, 173 - 176, 31.12.2024

Sema Avtaş Eyyüp Mennan Yıldırım

https://doi.org/10.25308/aduziraat.1487702

Öz

Docotettix cornutus Ribaut 1948 (Hemiptera: Cicadellidae) is a species that can cause economic damage to crops such as tomato, olive, pomegranate, and maize and is distributed worldwide. Since morphological identification is very difficult due to the small size of this pest there is a lack of experts and no record of molecular identification, DNA barcoding was aimed. In this study, D. cornutus was collected from pomegranate orchards in Aydın, İzmir and Manisa provinces (Türkiye) using Japanese umbrellas and suction tubes. After morphological identification of the species, HCO/ LCO universal primers were used to amplify the COI gene region of the specimen, and healthy reads were made between 499 bp (SE05) and 675 bp (SE07). Sequence analysis of the specimen was performed by Triogen Biotechnology (Istanbul-Türkiye). D. cornutus was registered in Genebank for the first time and a GeneBank accession number was obtained. When the specimens were compared with other registered specimens in the BLAST module at NCBI, it was seen that the closest species to D. cornutus was Synophropsis lauri.

Anahtar Kelimeler

COI, DNA barcoding, Docotettix cornutus, Turkiye

Proje Numarası

ADU BAP ZRF-20005

Docotettix cornutus Ribaut, 1948 (Hemiptera:Cicadellidae)’un DNA Barkodlaması

Öz

Docotettix cornutus Ribaut 1948 (Hemiptera: Cicadellidae) domates, zeytin, nar ve mısır gibi bitkiler üzerinde ekonomik zarara neden olabilen ve tüm dünyada yayılış gösteren bir türdür. Morfolojik teşhisi zararlının küçük olması ve uzman eksikliği gibi nedenlerle oldukça zor yapılabilmekte olup, moleküler teşhisi ile ilgili herhangi bir kayıt da bulunmaması nedeniyle DNA barkodlamasının yapılması amaçlanmıştır. Çalışmada D. cornutus; Aydın, İzmir ve Manisa illerinde (Türkiye) nar bahçelerinden japon şemsiyesi ve emgi tüpü yardımıyla toplanmıştır. Morfolojik olarak tür teşhisi yapıldıktan sonra; örneklerin COI gen bölgesinin çoğaltılması için HCO/ LCO evrensel primerler kullanılmış ve 499bç (SE05) ile 675bç (SE07) arasında sağlıklı okuma yapılmıştır. Örneklerin sekans analizi Triogen Biyoteknoloji (İstanbul-Türkiye) tarafından yapılmıştır. D. cornutus ilk kez Genbank’a kaydedilmiş ve Gen Bankası erişim numarası alınmıştır. Örnekler; NCBI’da BLAST modülünde diğer kayıtlı örneklerle karşılaştırıldığında D. cornutus ’a en yakın türün Synophropsis lauri olduğu görülmüştür.

Anahtar Kelimeler

COI, DNA barkodlama, Docotettix cornutus, Türkiye

Destekleyen Kurum

ADÜ BAP

Proje Numarası

ADU BAP ZRF-20005

Teşekkür

We would like to thank Prof. Dr. Hüseyin BAŞPINAR for the identification of the specimens and Dr. Ferhat KİREMİT for his support at every stage of the study

Kaynakça

• Amin S, Scheffer SJ, Lewis ML, Pasha MK, Bhuiya BA (2014) DNA barcoding of the vegetableleafminer Liriomyza sativae Blanchard (Diptera: Agromyzidae) in Bangladesh. DNA Barcodes, 2: 29-33.
• Başpınar H, Yıldırım EM, Xing J (2013) Determination and population fluctuations of Cicadellidae (Hemiptera: Cicadomorpha) species in pomegranate orchards in Aydin Province, Turkey. Türkiye Entomoloji Dergisi, 37(1), 3-11.
• Dayan C, Yıldırım EM (2023) Liriomyza sativae Blanchard, 1938 (Diptera: Agromyzidae)’nin DNA Barkodlaması. Adnan Menderes Üniversitesi Ziraat Fakültesi Dergisi, 20 (1): 167-172. doi:10.25308/aduziraat.1296979
• Demichelis S, Manino A, Sartor C, Cifuentes D, Patetta A (2010) Specific identification of some female Empoascini (Hemiptera: Cicadellidae), using morphological characters of the ovipositor and isozyme and mtCOI sequence analyses. Canadian Journal of Entomology, 142(6), 513-531. https://doi.org/10.4039/n10-008
• Folmer O, Black M, Hoeh W, Lutz R, Vrijenhoek R (1994) DNA primers for amplification of mitichondrial cytochrome c oxidasesubunit I from diversemetazoanın vertebrates. Molecular Marker Biotechnology Journal, 3, 294-299.
• Foottit RG, Maw E, Hebert PDN (2014) DNA barcodes for nearctic Auchenorrhyncha (Insecta: Hemiptera). Journal of Entomological Studies, 9 (7) 101-385.
• Hall TA (1999) BioEdit: A User-Friendly Biological Sequence Alignment Editor and Analysis Program for Windows 95/98/NT. Nucleic Acids Symposium Series, 41, 95-98.
• Komazaki, S., Toda, S., Shigehara, T., Kanazaki, S., Izawa, H., Nakada, K., & Souda, E. (2011). The genetic structure of Aphis gossypii populations in Japanese fruit orchards. Entomologia experimentalis et applicata, 140(2), 171-179.
• Kosovac A, Sciban M, Pancic I, Toth M, Ronkay L, Orosz A (2020) Revealing The Presence Of The East Asian Leafhopper Tautoneura polymutusa (Hemiptera: Auchenorrhyncha: Cicadellidae: Typhlocybinae) In Serbia Through Dna Barcodıng. Serbıa Magazine Ecology, 25(1), 83-86.
• Lin LH, Ji X, Diong CH, Du Y, Lin CX (2010) Phylogeography and population structure of the Reevese's Butterfly Lizard (Leiolepis reevesii) inferred from mitochondrial DNA sequences. Journal of Molecular Phylogenetic Evolution, 56 ( 2 ): 601–607. 10.
• Lodos N (1986) Türkiye Entomolojisi II, Genel, Uygulamalı ve Faunistik. Ege Üniversitesi Ziraat Fakültesi Yayınları, 429, s.580.
• Lodos N, Kalkandelen A (1984) Preliminary list of Auchenorrhyncha with notes on distribution ve importance of species in Turkey. XVI. Family Cicadellidae: Typhlocybinae: Erythroneurini. Türkiye Bitki Koruma Dergisi, 8: 201-210.
• Polat F, Serkan DE, Bingöl G, Kekillioğlu A (2018) Kocaeli’de Yayılış Gösteren Bazı Böcek Türlerinin Mitokondrial Sitokrom Oksidaz Alt Ünite 1 Geni ile Filogenetik Analizi. Kocaeli Üniversitesi Fen Bilimleri Dergisi, 1(2): 62-66.
• Sottile L (2010) Formation and rearrangement of spermatodesms in males of some Orthoptera Tettigoniidae. Journal of Tıssue and Cell Scıence In Entomology,42(1), 18-23.
• Sreejith K, Sebastian C. (2014) Molecular evolutionary analysis of paddy pest, Cofana spectra (Distant) (Hemiptera: Cicadellidae) using partial DNA sequence of cytochrome oxidase subunit I (COI) gene. International Journal of Applied and Natural Sciences, 3: 135 -140.
• Tedeschi R, Alma A (2006) The American Phytopathologia Society, Fieberiella florii (Homoptera: Auchenorrhyncha) as a vector of Candidatus Phytoplasma mali. Journal of Plant Piseases, 90(3), 284-29.