Afyon Kocatepe Üniversitesi Fen ve Mühendislik Bilimleri Dergisine başvuru yapan çalışmalar için değerlendirme aşamaları aşağıdaki gibidir:

1. Makale Ön İncelemeye düşer.
- Makalenin yazım formatı incelenir ve i-Thenticate (Turnitin) programı ile benzerlik taraması yapılır.
- Makalenin örnek makale şablonuna uygunluğu kontrol edilir.
- Şablona uymayan makaleler yazara bildirilir ve makalenin düzeltilmesi istenir.
- Ön incelemede başvuru yapılan makalenin içeriği editör ve alan editörü tarafından incelenir. Dergi amaç ve kapsamına uygun çalışmalar değerlendirme sürecine dahil edilir.

2. Makale Değerlendirme aşamasına geçer.
Dergimiz, makale değerlendirme sürecinde çift-kör hakemlik sistemini kullanmaktadır. Buna göre değerlendirme sürecinde hakem ve yazarlar birbirlerinin bilgilerini görememektedir. Bu yüzden, yüklenen ön yükleme formatında yazar(ların) isim, adres ve bağlı olduğu kuruluşlar yer almamaktadır.
Makale değerlendirme sürecindeki adımlar aşağıdaki gibidir;
-Makaleye en az 2 hakem olmak üzere hakem atamaları yapılır. Hakem değerlendirme süreci başlar ve uygun süreler içinde tamamlanır. Değerlendirme süreci tamamlanmazsa ek 7 gün süre verilir.
-Makalenin sonucu; ret, düzeltme ya da kabul olabilir. Sonuca göre aşağıdaki madde/maddeler uygulanır:
Bu aşamada alan editörü hakem değerlendirme raporlarını inceler ve
a) Hakem görüşlerinin çoğunluğu doğrultusunda makale ret edilmişse süreç sonlandırılır ve makale reddedilir.
b) Makale için düzeltme istenirse hakem görüşleri doğrultusunda yazarın düzeltmeleri yapması istenir.
c) Hakemler makalenin yayımlanması yönünde olumlu değerlendirmelerde bulunmuşlarsa, alan editörü ve editör tarafından son değerlendirmeler yapılır. Yayınlanmaya uygun bulunan makaleler için mizanpaj ve baskı düzenleme aşamasına geçilir.

3. Makale düzenleme aşamasında sonradan oluşan ya da gözden kaçan bir düzeltme varsa yazardan düzeltmesi istenir. Son okuma işlemleri yapılır.

4. Değerlendirme süreci tamamlanır.
-Yazara bilgilendirme mesajı gönderilir.
(Dergimizde yayınlanmak üzere gönderilen çalışmalar için imzalanan yazar beyan formu ve editöre mektup formu sisteme ilk başvuru esnasında eklenmesi istenir. Çalışmanın kabulü halinde bilgilerin tekrar kontrolü yapılır.)

Tüm revizyonları tamamlanmış, kabul edilmiş makaleleri içeren sayının içeriği ve yayınlanıp yayınlanmayacağına ilişkin karar, derginin yayın kurulu tarafından belirlenir.