Molecular Docking, ADME, toxicity, and flexibility analysis of compounds in Withania somnifera L. for dopamine D2 receptor inhibition
Öz
Withania somnifera L., often referred to as Ashwagandha or Indian ginseng, is a therapeutic herb originating from the Indian subcontinent, where it has been utilized in conventional medicine and Ayurvedic for more than 3,000 years. The dopamine D2 receptor (D2R) is essential for nervous system function, and abnormalities in its activity is linked to conditions like Parkinson's disease, schizophrenia, and substance addiction. However, many drugs targeting D2R can cause severe, sometimes life-threatening side effects because of their non-selective binding to related receptors. The purpose of this study is to examine the inhibitory effects of withaferin A, withanolide A, B, C, D, E, F, withanone, and sitoindoside IX found in W. somnifera on the D2R using molecular docking techniques.
The crystal structure of the D2R (PDB: 6CM4) and the structures of the chemical compounds were procured from the RCSB Protein Data Bank and PubChem database, respectively. The preparation of the target protein and ligands was carried out using UCSF Chimera 1.17.3. Docking simulations were conducted between the D2R and risperidone, an atypical antipsychotic drug used as the reference inhibitor, along with nine compounds from W. somnifera. The Autodock Vina plugin within UCSF Chimera 1.17.3 was used for the docking process with default settings. The results were analyzed using BIOVIA Discovery Studio. Flexibility analysis of protein-ligand complexes obtained from molecular docking was performed using CABS-Flex 2.0.The ProTox 3.0 web server was used to predict the potential toxicological profiles of the compounds.
As a result, the binding energies of all compounds were found to be below -5 kcal/mol. SwissADME analysis confirmed that all of these compounds adhere to Lipinski's Rule of 5 except sitoindoside IX. The findings from this research are anticipated to provide important guidance for future drug development targeting dopamine D2 receptors.
Anahtar Kelimeler
Withania somnifera dopamine D2 receptor (D2R) molecular docking
Etik Beyan
Etik kurul onayı gerekli değildir.
Destekleyen Kurum
-
Proje Numarası
-
Teşekkür
-
Kaynakça
- Missale C, Nash SR, Robinson SW, Jaber M, Caron MG., Dopamine receptors: from structure to function. Physiol. Rev. 1998.
- Rangel-Barajas C, Coronel I, Florán B. Dopamine receptors and neurodegeneration. Aging Dis. 2015;6:349.
- Salmas, RE, Yurtsever M, Durdagi S. Atomistic molecular dynamics simulations of typical and atypical antipsychotic drugs at the dopamine D2 receptor (D2R) elucidates their inhibition mechanism. J. Biomol. Struct. Dyn. 2017;35:738–54.
- Rocereta J, Free RB, Garcia AD, Southall N, Shi L, Lane R, et al. Optimization of a novel D2 dopamine receptor antagonist with unprecedented selectivity as a therapeutic to treat psychosis and other neuropsychiatric disorders. FASEB J. 2020;34:1.
- Wang S, Che T, Levit A, Shoichet BK, Wacker D, Roth BL. Structure of the D2 dopamine receptor bound to the atypical antipsychotic drug risperidone. Nature 2018;555:269–73.
- Vasquez R, Vento J, Costa Franca TC, Cuya T. Ginger (Zingiber officinale) components as alternative for inhibition of the human dopamine receptor D2: a computational approach. Mol. Simul. 2022;48:672–86.
- Budiono B, Pertami SB, Arifah SN, Lestari SR. Molecular docking analysis of Polyscias scutellaria active compounds as inhibitor of dopamine D2 receptors to increase prolactin secretion. In: AIP Conference Proceedings. AIP Publishing; 2021.
- Sharma RK, Jalalpure SS, Chouhan MK, Deshpande S, Acharya R, Hegde S. Decipher the inhibitory potential of phytocompounds from Leptadenia reticulata on dopamine D2 receptor to enhance prolactin secretion. Drug Res. (Stuttg). 2022;72:189–96.
- Dorogan M, Namballa HK, Harding WW. Natural product-inspired dopamine receptor ligands. J. Med. Chem. 2024;67:12463–84.
- Mandlik DS, Namdeo AG. Pharmacological evaluation of Ashwagandha highlighting its healthcare claims, safety, and toxicity aspects. J. Diet. Suppl. 2021;18:183–226.
- Singh N, Yadav SS, Rao AS, Nandal A, Kumar S, Ganaie SA, et al. Review on anticancerous therapeutic potential of Withania somnifera (L.) Dunal. J. Ethnopharmacol. 2021;270:113704.
- Dar NJ, Hamid A, Ahmad M. Pharmacologic overview of Withania somnifera, the Indian Ginseng. Cell. Mol. life Sci. 2015;72:4445–60.
- Mirjalili MH, Moyano E, Bonfill M, Cusido RM, Palazón J. Steroidal lactones from Withania somnifera, an ancient plant for novel medicine. Molecules 2009;14:2373–93.
- Saleem S, Muhammad G, Hussain MA, Altaf M, Bukhari SNA. Withania somnifera L.: Insights into the phytochemical profile, therapeutic potential, clinical trials, and future prospective. Iran. J. Basic Med. Sci. 2020;23:1501.
- Kumar V, Dey A, Hadimani MB, Marcovic T, Emerald M. Chemistry and pharmacology of Withania somnifera: An update. CellMed 2015;5:1.
- Lerose V, Ponticelli M, Benedetto N, Carlucci V, Lela L, Tzvetkov NT, et al. Withania somnifera (L.) Dunal, a potential source of phytochemicals for treating neurodegenerative diseases: A systematic review. Plants 2024;13:771.
- Phukan P, Bawari M, Sengupta M. Promising neuroprotective plants from north-east India. Int J Pharm Pharm Sci 2015;7:28–39.
- Abdelwahed MT, Hegazy MA, Mohamed EH. Major biochemical constituents of Withania somnifera (ashwagandha) extract: A review of chemical analysis. Rev. Anal. Chem. 2023;42:20220055.
- Bashir A, Nabi M, Tabassum N, Afzal S, Ayoub M. An updated review on phytochemistry and molecular targets of Withania somnifera (L.) Dunal (Ashwagandha). Front. Pharmacol. 2023;14:1049334.
- Kim S, Chen J, Cheng T, Gindulyte A, He J, He S, Li Q, Shoemaker BA, Thiessen PA, Yu B, Zaslavsky L, Zhang J, Bolton EE. PubChem 2025 update. Nucleic Acids Res. 2025;53(D1):D1516–D1525.
- Pettersen EF, Goddard TD, Huang CC, Couch GS, Greenblatt DM, Meng EC, et al. UCSF Chimera - A visualization system for exploratory research and analysis. J. Comput. Chem. 2004;25:1605–12.
- Eberhardt J, Santos-Martins D, Tillack AF, Forli S. AutoDock Vina 1.2. 0: New docking methods, expanded force field, and python bindings. J. Chem. Inf. Model. 2021;61:3891–8.
- Trott O, Olson AJ. AutoDock Vina: Improving the speed and accuracy of docking with a new scoring function, efficient optimization, and multithreading. J. Comput. Chem. 2009;31:NA-NA.
- Mejia-Gutierrez M, Vásquez-Paz BD, Fierro L, Maza JR. In silico repositioning of dopamine modulators with possible application to schizophrenia: pharmacophore mapping, molecular docking and molecular dynamics analysis. ACS omega 2021;6:14748–64.
- BIOVIA DS. Discovery Studio, version 24.1. 0.23298. Dassault Systèmes San Diego, CA, USA 2024;
- Kuriata A, Gierut AM, Oleniecki T, Ciemny MP, Kolinski A, Kurcinski M, et al. CABS-flex 2.0: a web server for fast simulations of flexibility of protein structures. Nucleic Acids Res. 2018;46:W338–43.
- Lipinski CA, Lombardo F, Dominy BW, Feeney PJ. Experimental and computational approaches to estimate solubility and permeability in drug discovery and development settings. Adv. Drug Deliv. Rev. 2012;64:4–17.
- Ghose AK, Viswanadhan VN, Wendoloski JJ. A knowledge-based approach in designing combinatorial or medicinal chemistry libraries for drug discovery. 1. A qualitative and quantitative characterization of known drug databases. J. Comb. Chem. 1999;1:55–68.
- Veber DF, Johnson SR, Cheng H-Y, Smith BR, Ward KW, Kopple KD. Molecular properties that influence the oral bioavailability of drug candidates. J. Med. Chem. 2002;45:2615–23.
- Egan WJ, Merz KM, Baldwin JJ. Prediction of drug absorption using multivariate statistics. J. Med. Chem. 2000;43:3867–77.
- Muegge I, Heald SL, Brittelli D. Simple selection criteria for drug-like chemical matter. J. Med. Chem. 2001;44:1841–6.
- Daina A, Michielin O, Zoete V. SwissADME: a free web tool to evaluate pharmacokinetics, drug-likeness and medicinal chemistry friendliness of small molecules. Sci. Rep. 2017;7:42717.
- Banerjee P, Kemmler E, Dunkel M, Preissner R. ProTox 3.0: a webserver for the prediction of toxicity of chemicals. Nucleic Acids Res. 2024;52:W513–20.
- Ahmad A, Alghamdi AA. Molecular docking analysis of PPARγ antagonists for obesity associated diabetes management. Bioinformation 2023;19:633.
- Du X, Li Y, Xia Y-L, Ai S-M, Liang J, Sang P, et al. Insights into protein–ligand interactions: mechanisms, models, and methods. Int. J. Mol. Sci. 2016;17:144.
- Wade RC, Goodford PJ. The role of hydrogen-bonds in drug binding. Prog. Clin. Biol. Res. 1989;289:433–44.
- Alsedfy MY, Ebnalwaled AA, Moustafa M, Said AH. Investigating the binding affinity, molecular dynamics, and ADMET properties of curcumin-IONPs as a mucoadhesive bioavailable oral treatment for iron deficiency anemia. Sci. Rep. 2024;14:22027.
- Sumera, Anwer F, Waseem M, Fatima A, Malik N, Ali A, et al. Molecular docking and molecular dynamics studies reveal secretory proteins as novel targets of temozolomide in glioblastoma multiforme. Molecules 2022;27:7198.
- Hemmerich J, Ecker GF. In silico toxicology: From structure–activity relationships towards deep learning and adverse outcome pathways. Wiley Interdiscip. Rev. Comput. Mol. Sci. 2020;10:e1475.
- Daina A, Michielin O, Zoete V. iLOGP: a simple, robust, and efficient description of n-octanol/water partition coefficient for drug design using the GB/SA approach. J. Chem. Inf. Model. 2014;54:3284–301.
- Cheng T, Zhao Y, Li X, Lin F, Xu Y, Zhang X, et al. Computation of octanol− water partition coefficients by guiding an additive model with knowledge. J. Chem. Inf. Model. 2007;47:2140–8.
- Wildman SA, Crippen GM. Prediction of physicochemical parameters by atomic contributions. J. Chem. Inf. Comput. Sci. 1999;39:868–73.
- Moriguchi I, Hirono S, Liu Q, NAKAGOME I, MATSUSHITA Y. Simple method of calculating octanol/water partition coefficient. Chem. Pharm. Bull. 1992;40:127–30.
- Moriguchi I, Hirono S, Nakagome I, Hirano H. Comparison of reliability of log P values for drugs calculated by several methods. Chem. Pharm. Bull. 1994;42:976–8.
Dopamin D2 reseptör inhibisyonu için Withania somnifera L.'daki bileşenlerin moleküler yerleştirme, ADME, toksisite ve esneklik analizi
Öz
Genellikle Ashwagandha veya Hint ginsengi olarak anılan Withania somnifera L., 3.000 yıldan uzun süredir geleneksel tıpta ve Ayurveda'da kullanılan, Hint alt kıtasından kaynaklanan bir terapötik bitkidir. Dopamin D2 reseptörü (D2R), sinir sistemi işlevi için gereklidir ve aktivitesindeki anormallikler Parkinson hastalığı, şizofreni ve madde bağımlılığı gibi durumlarla bağlantılıdır. Bununla birlikte, D2R'yi hedef alan birçok ilaç, ilgili reseptörlere seçici olmayan bağlanmaları nedeniyle bazen yaşamı tehdit eden ciddi yan etkilere neden olabilir. Bu çalışmanın amacı, W. somnifera'da bulunan withaferin A, withanolid A, B, C, D, E, F, withanone ve sitoindoside IX’un D2R üzerindeki inhibe edici etkilerini moleküler yerleştirme tekniklerini kullanarak incelemektir.
D2R'nin (PDB: 6CM4) kristal yapısı ve kimyasal bileşiklerin yapıları sırasıyla RCSB Protein Veri Bankası ve PubChem veri tabanından elde edildi. Hedef protein ve ligandların hazırlanması UCSF Chimera 1.17.3 kullanılarak gerçekleştirildi. D2R ile referans inhibitör olarak kullanılan atipik bir antipsikotik ilaç olan risperidon ve W. somnifera'dan dokuz bileşen arasında yerleştirme simülasyonları gerçekleştirildi. UCSF Chimera 1.17.3 içindeki Autodock Vina eklentisi varsayılan ayarlarla yerleştirme işlemi için kullanıldı. Yerleştirme sonuçları BIOVIA Discovery Studio Yazılımı kullanılarak analiz edildi. Moleküler yerleştirme ile elde edilen protein-ligand komplekslerinin esneklik analizi CABS-Flex 2.0 kullanılarak gerçekleştirildi. Bileşiklerin potansiyel toksikolojik profillerini tahmin etmek için ProTox 3.0 web sunucusu kullanıldı.
Sonuç olarak, tüm bileşiklerin bağlanma enerjilerinin -5 kcal/mol'ün altında olduğu bulundu. SwissADME analizi, sitoindoside IX dışındaki tüm bileşiklerin Lipinski'nin 5 Kuralı'na uyduğunu doğruladı. Bu araştırmadan elde edilen bulguların, dopamin D2 reseptörlerini hedef alan gelecekteki ilaç geliştirme için önemli rehberlik sağlaması bekleniyor.
Anahtar Kelimeler
Withania somnifera dopamine D2 reseptörü (D2R) Moleküler yerleştirme
Proje Numarası
-
Kaynakça
- Missale C, Nash SR, Robinson SW, Jaber M, Caron MG., Dopamine receptors: from structure to function. Physiol. Rev. 1998.
- Rangel-Barajas C, Coronel I, Florán B. Dopamine receptors and neurodegeneration. Aging Dis. 2015;6:349.
- Salmas, RE, Yurtsever M, Durdagi S. Atomistic molecular dynamics simulations of typical and atypical antipsychotic drugs at the dopamine D2 receptor (D2R) elucidates their inhibition mechanism. J. Biomol. Struct. Dyn. 2017;35:738–54.
- Rocereta J, Free RB, Garcia AD, Southall N, Shi L, Lane R, et al. Optimization of a novel D2 dopamine receptor antagonist with unprecedented selectivity as a therapeutic to treat psychosis and other neuropsychiatric disorders. FASEB J. 2020;34:1.
- Wang S, Che T, Levit A, Shoichet BK, Wacker D, Roth BL. Structure of the D2 dopamine receptor bound to the atypical antipsychotic drug risperidone. Nature 2018;555:269–73.
- Vasquez R, Vento J, Costa Franca TC, Cuya T. Ginger (Zingiber officinale) components as alternative for inhibition of the human dopamine receptor D2: a computational approach. Mol. Simul. 2022;48:672–86.
- Budiono B, Pertami SB, Arifah SN, Lestari SR. Molecular docking analysis of Polyscias scutellaria active compounds as inhibitor of dopamine D2 receptors to increase prolactin secretion. In: AIP Conference Proceedings. AIP Publishing; 2021.
- Sharma RK, Jalalpure SS, Chouhan MK, Deshpande S, Acharya R, Hegde S. Decipher the inhibitory potential of phytocompounds from Leptadenia reticulata on dopamine D2 receptor to enhance prolactin secretion. Drug Res. (Stuttg). 2022;72:189–96.
- Dorogan M, Namballa HK, Harding WW. Natural product-inspired dopamine receptor ligands. J. Med. Chem. 2024;67:12463–84.
- Mandlik DS, Namdeo AG. Pharmacological evaluation of Ashwagandha highlighting its healthcare claims, safety, and toxicity aspects. J. Diet. Suppl. 2021;18:183–226.
- Singh N, Yadav SS, Rao AS, Nandal A, Kumar S, Ganaie SA, et al. Review on anticancerous therapeutic potential of Withania somnifera (L.) Dunal. J. Ethnopharmacol. 2021;270:113704.
- Dar NJ, Hamid A, Ahmad M. Pharmacologic overview of Withania somnifera, the Indian Ginseng. Cell. Mol. life Sci. 2015;72:4445–60.
- Mirjalili MH, Moyano E, Bonfill M, Cusido RM, Palazón J. Steroidal lactones from Withania somnifera, an ancient plant for novel medicine. Molecules 2009;14:2373–93.
- Saleem S, Muhammad G, Hussain MA, Altaf M, Bukhari SNA. Withania somnifera L.: Insights into the phytochemical profile, therapeutic potential, clinical trials, and future prospective. Iran. J. Basic Med. Sci. 2020;23:1501.
- Kumar V, Dey A, Hadimani MB, Marcovic T, Emerald M. Chemistry and pharmacology of Withania somnifera: An update. CellMed 2015;5:1.
- Lerose V, Ponticelli M, Benedetto N, Carlucci V, Lela L, Tzvetkov NT, et al. Withania somnifera (L.) Dunal, a potential source of phytochemicals for treating neurodegenerative diseases: A systematic review. Plants 2024;13:771.
- Phukan P, Bawari M, Sengupta M. Promising neuroprotective plants from north-east India. Int J Pharm Pharm Sci 2015;7:28–39.
- Abdelwahed MT, Hegazy MA, Mohamed EH. Major biochemical constituents of Withania somnifera (ashwagandha) extract: A review of chemical analysis. Rev. Anal. Chem. 2023;42:20220055.
- Bashir A, Nabi M, Tabassum N, Afzal S, Ayoub M. An updated review on phytochemistry and molecular targets of Withania somnifera (L.) Dunal (Ashwagandha). Front. Pharmacol. 2023;14:1049334.
- Kim S, Chen J, Cheng T, Gindulyte A, He J, He S, Li Q, Shoemaker BA, Thiessen PA, Yu B, Zaslavsky L, Zhang J, Bolton EE. PubChem 2025 update. Nucleic Acids Res. 2025;53(D1):D1516–D1525.
- Pettersen EF, Goddard TD, Huang CC, Couch GS, Greenblatt DM, Meng EC, et al. UCSF Chimera - A visualization system for exploratory research and analysis. J. Comput. Chem. 2004;25:1605–12.
- Eberhardt J, Santos-Martins D, Tillack AF, Forli S. AutoDock Vina 1.2. 0: New docking methods, expanded force field, and python bindings. J. Chem. Inf. Model. 2021;61:3891–8.
- Trott O, Olson AJ. AutoDock Vina: Improving the speed and accuracy of docking with a new scoring function, efficient optimization, and multithreading. J. Comput. Chem. 2009;31:NA-NA.
- Mejia-Gutierrez M, Vásquez-Paz BD, Fierro L, Maza JR. In silico repositioning of dopamine modulators with possible application to schizophrenia: pharmacophore mapping, molecular docking and molecular dynamics analysis. ACS omega 2021;6:14748–64.
- BIOVIA DS. Discovery Studio, version 24.1. 0.23298. Dassault Systèmes San Diego, CA, USA 2024;
- Kuriata A, Gierut AM, Oleniecki T, Ciemny MP, Kolinski A, Kurcinski M, et al. CABS-flex 2.0: a web server for fast simulations of flexibility of protein structures. Nucleic Acids Res. 2018;46:W338–43.
- Lipinski CA, Lombardo F, Dominy BW, Feeney PJ. Experimental and computational approaches to estimate solubility and permeability in drug discovery and development settings. Adv. Drug Deliv. Rev. 2012;64:4–17.
- Ghose AK, Viswanadhan VN, Wendoloski JJ. A knowledge-based approach in designing combinatorial or medicinal chemistry libraries for drug discovery. 1. A qualitative and quantitative characterization of known drug databases. J. Comb. Chem. 1999;1:55–68.
- Veber DF, Johnson SR, Cheng H-Y, Smith BR, Ward KW, Kopple KD. Molecular properties that influence the oral bioavailability of drug candidates. J. Med. Chem. 2002;45:2615–23.
- Egan WJ, Merz KM, Baldwin JJ. Prediction of drug absorption using multivariate statistics. J. Med. Chem. 2000;43:3867–77.
- Muegge I, Heald SL, Brittelli D. Simple selection criteria for drug-like chemical matter. J. Med. Chem. 2001;44:1841–6.
- Daina A, Michielin O, Zoete V. SwissADME: a free web tool to evaluate pharmacokinetics, drug-likeness and medicinal chemistry friendliness of small molecules. Sci. Rep. 2017;7:42717.
- Banerjee P, Kemmler E, Dunkel M, Preissner R. ProTox 3.0: a webserver for the prediction of toxicity of chemicals. Nucleic Acids Res. 2024;52:W513–20.
- Ahmad A, Alghamdi AA. Molecular docking analysis of PPARγ antagonists for obesity associated diabetes management. Bioinformation 2023;19:633.
- Du X, Li Y, Xia Y-L, Ai S-M, Liang J, Sang P, et al. Insights into protein–ligand interactions: mechanisms, models, and methods. Int. J. Mol. Sci. 2016;17:144.
- Wade RC, Goodford PJ. The role of hydrogen-bonds in drug binding. Prog. Clin. Biol. Res. 1989;289:433–44.
- Alsedfy MY, Ebnalwaled AA, Moustafa M, Said AH. Investigating the binding affinity, molecular dynamics, and ADMET properties of curcumin-IONPs as a mucoadhesive bioavailable oral treatment for iron deficiency anemia. Sci. Rep. 2024;14:22027.
- Sumera, Anwer F, Waseem M, Fatima A, Malik N, Ali A, et al. Molecular docking and molecular dynamics studies reveal secretory proteins as novel targets of temozolomide in glioblastoma multiforme. Molecules 2022;27:7198.
- Hemmerich J, Ecker GF. In silico toxicology: From structure–activity relationships towards deep learning and adverse outcome pathways. Wiley Interdiscip. Rev. Comput. Mol. Sci. 2020;10:e1475.
- Daina A, Michielin O, Zoete V. iLOGP: a simple, robust, and efficient description of n-octanol/water partition coefficient for drug design using the GB/SA approach. J. Chem. Inf. Model. 2014;54:3284–301.
- Cheng T, Zhao Y, Li X, Lin F, Xu Y, Zhang X, et al. Computation of octanol− water partition coefficients by guiding an additive model with knowledge. J. Chem. Inf. Model. 2007;47:2140–8.
- Wildman SA, Crippen GM. Prediction of physicochemical parameters by atomic contributions. J. Chem. Inf. Comput. Sci. 1999;39:868–73.
- Moriguchi I, Hirono S, Liu Q, NAKAGOME I, MATSUSHITA Y. Simple method of calculating octanol/water partition coefficient. Chem. Pharm. Bull. 1992;40:127–30.
- Moriguchi I, Hirono S, Nakagome I, Hirano H. Comparison of reliability of log P values for drugs calculated by several methods. Chem. Pharm. Bull. 1994;42:976–8.
Ayrıntılar
| Birincil Dil | İngilizce |
|---|---|
| Konular | Biyoinformatik ve Hesaplamalı Biyoloji (Diğer) |
| Bölüm | Araştırma Makalesi |
| Yazarlar | |
| Proje Numarası | - |
| Gönderilme Tarihi | 9 Nisan 2025 |
| Kabul Tarihi | 25 Ekim 2025 |
| Erken Görünüm Tarihi | 14 Ocak 2026 |
| Yayımlanma Tarihi | 14 Ocak 2026 |
| Yayımlandığı Sayı | Yıl 2026 Cilt: 28 Sayı: 1 |
Kaynak Göster
Amaç ve Kapsam
Dergimizin ana hedefi; bilimsel normlara ve bilim etiğine uygun, nitelikli ve özgün çalışmaları titizlikle değerlendirerek, düzenli aralıklarla yayımlayan ve fen bilimleri alanında tercih edilen öncelikli dergiler arasında yer almaktır.
Balıkesir Üniversitesi Fen Bilimleri Dergisi, Balıkesir Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü tarafından Ocak ve Temmuz aylarında olmak üzere yılda iki kez yayımlanan hakemli bir dergidir. Dergide; Fen bilimleri, Mühendislik bilimleri ve Fen-Matematik Eğitimi alanlarının kapsamına giren özgün araştırma makaleleri, kısa makaleler, derlemeler yayımlanabilir. Derleme makaleler Editör kurulu kararı ile her sayıda kısıtlı adette değerlendirmeye alınacaktır.
Yazım Kuralları
Yazar Rehberi
Balıkesir Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Dergisi
Makale Yazım Kuralları
- Balıkesir Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Dergisi (Journal of the Institute of Science and Technology of Balıkesir University) bütün Fen, Mühendislik ve Mimarlık Anabilim Dallarını ilgilendiren konulardaki önemli, özgün, kaliteli araştırma ve çalışma makalelerini yayınlayan hakemli ve bilimsel bir dergidir. Ocak ve Temmuz aylarında olmak üzere yılda iki kez yayınlanır.
- Dergide yayımlanacak olan eserler, daha önce bir başka dergide yayımlanmamış, yayımlanmak üzere gönderilmemiş ya da yayım için kabul edilmemiş olmalıdır. Herhangi bir bilimsel toplantıda sunulmuş ve yayımlanmamış yazılarda, toplantının adı, yeri ve tarihi belirtilmelidir.
- Derginin yayıncısı, editörü ve yayın kurulu yazarların belirtmiş olduğu görüş ve düşünceler ile doğabilecek etik ihlallerinin sorumluluğunu kabul etmekle yükümlü olmayıp dergide yer alan makale ve yazıların sorumluluğu yazar(lar)ına aittir.
- Dergiye yayımlanmak üzere gönderilen çalışmalar öncelikle şekil/yazım şartları bakımından ön değerlendirmeye alınır. Yazım kuralları itibariyle şartları sağlamayan çalışmalar hakemlere gönderilmez. Şartlara uygun olan çalışmalar, içerik açısından incelenmek üzere en az iki hakeme gönderilir. Makaleyi değerlendiren hakemlerin kimlikleri hakkında yazarlara, gönderilen makalenin kime ait olduğu konusunda da hakemlere bilgi verilmez. Hakem raporları gizlidir. Hakemlerden olumlu rapor alamayan makaleler yayımlanmaz ve yazarına iade edilmez; bu konuda idari ve adli sorumluluk kabul edilmez. Hakemler tarafından düzeltme istenen yazılar ise gerekli değişiklikler için yazar(lar)a geri gönderilir. Düzeltilmiş metni belirtilen süre içerisinde dergiye ulaştırmak yazar(lar)ın sorumluluğundadır.
- Çalışma, editörlere 1 nüsha halinde elektronik ortamda sunulmalıdır. Makalenin elektronik ortamda gönderilebilmesi için, sisteme üye olunmalı ve kullanıcı girişi yapılmalıdır. Kullanıcı girişi yapıldıktan sonra “Makale Gönder” bağlantısı kullanılarak makale sisteme kayıt edilir. Sisteme kaydedilecek çalışmalarda yazar adları bulunmalıdır. Kör hakemlik süreci ilgili alan editörü tarafından başlatılacaktır. Yayımlanmak üzere gönderilen makaleler ekler ve kaynakça dahil olmak üzere 20 sayfayı geçmemelidir. Çalışmalar sisteme yüklenirken Başlık, Anahtar Kelimeler ve Öz makalenin yazıldığı dil dışında ikinci bir dil olarak dergipark üst verisine mutlaka girilmelidir.
- Ulakbim TR DİZİN kararları doğrultusunda dergimize yüklenecek çalışmalarda etik kurul izni onay belgesi talep edilmektedir. Konu ile ilgili detaylı bilgiye ulaşmak için TIKLAYINIZ.
Göstereceğiniz ilgi için teşekkür ederiz.
Sayfa boyutu, sayısı ve kenar boşlukları | A4 formatında, en fazla (eğer mümkünse) 12 sayfa olmalıdır. Sol ve Sağ : 3 cm, Üst ve Alt: 2,5 cm. |
Sayfa numaraları | Sayfa numaraları sayfa altında ve ortada verilmelidir. |
Satır boşlukları | Bütün satır boşlukları Times New Roman karakterinde ve 12 punto olmalıdır. |
Metin | Times New Roman karakterinde 12 punto ile, sağa ve sola dayalı olarak tek aralıklı yazılmalıdır. Noktadan sonra 2 boşluk, virgülden sonra 1 boşluk bırakılmalıdır. |
Paragraf | Her paragraf arasında bir satır boşluk bırakılmalı, paragraf başlarında içerden başlanmamalıdır (Tab tuşu kullanılmamalıdır). |
Makale başlığı | Sayfa başından 5 satır boşluk bırakıldıktan sonra, Times New Roman, 20 punto (koyu olmayacak) ile başlığın sadece ilk harfi büyük olacak şekilde sayfa ortalanarak yazılmalıdır. |
Yazar adı veya adları | Başlıktan sonra 2 satır boşluk bırakılarak, ünvan belirtilmeden, Adın ilk harfi ve SOYAD’ın tamamı büyük harf ile, birden fazla yazarlarda aralarına virgül konularak, Times New Roman, 12 punto, koyu ve sayfa ortalanarak yazılmalıdır. |
Yazarın/ların adresi/leri | Yazar adının hemen altına boşluk bırakılmadan, Times New Roman, 10 punto ve italik olarak yazılmalıdır. Adresleri aynı olan yazarlar için tek adres, farklı yazar adresleri alt alta boşluk bırakılmadan yazılmalıdır. |
İletişim yazarının bilgileri | Bütün yazarlar için Sorumlu yazar ilk sırada olacak şekilde; Ünvansız Ad SOYAD, e-mail adresi, ORCID ID numarası (http://orcid.org/xxxx-xxxx-xxxx-xxxx.) aralarına virgül konularak 1. sayfanın altına dipnot olarak, Times New Roman, 10 punto ile yazılmalıdır. |
Türkçe özet | Adres/ler den 3 satır boşluk bırakıldıktan sonra, Özet kelimesi Times New Roman yazı karakterinde, 12 punto, koyu ve sola dayalı olarak yazılmalıdır. Özet metni Times New Roman yazı karakterinde, 12 punto ve italik olarak yazılmalıdır. Özet metnin 100 ile 200 kelime arasında olmasına özen gösterilmelidir. Özet kelimesi ile özet metni arasında bir satır boşluk bırakılmalıdır. |
Anahtar kelimeler Keywords | Anahtar kelimeler: ve Keywords: kelimeleri Türkçe özetin ve İngilizce özetin altına bir satır boşluk bırakılarak, Times New Roman, 12 punto, koyu ve italik olarak yazılmalıdır. En az 3 en fazla 6 adet anahtar kelime verilmeli, anahtar kelimelerin birincisinin ilk harfi büyük diğerleri küçük harfle ve aralarına virgül konularak verilmelidir. |
İngilizce başlık ve Abstract | Türkçe anahtar kelimelerin altına 2 satır boşluk bırakılarak, Times New Roman, 16 punto (koyu olmayacak) ile başlığın sadece ilk harfi büyük olacak şekilde sayfa ortalanarak yazılmalıdır. Abstract, Türkçe özet formatında yazılmalıdır. |
Ana başlıklar | Ana Başlıklar sırasıyla numaralandırılmalıdır (1. Giriş 2. Deneysel çalışmalar gibi). Tüm başlıklar sola dayalı Times New Roman, 12 punto, koyu ve sadece ilk kelimenin ilk harfi büyük olacak şekilde yazılmalıdır. Ana başlıklardan önce 2 satır, sonra 1 satır boşluk bırakılmalıdır. |
Alt başlıklar | Alt başlıklar ana başlık numarasına uygun olarak numaralandırılmalıdır. Tüm alt başlıklar sola dayalı Times New Roman, 12 punto, koyu ve italik olarak sadece ilk kelimenin ilk harfi büyük olacak şekilde yazılmalıdır (2.1. Malzeme 2.2. Isıl işlemler gibi). Alt başlıklardan önce tek satır boşluk bırakılmalı, sonra ise boşluk bırakılmadan metine geçilmelidir. |
Şekiller Resimler Fotoğraflar | Sayfa sınırlarını aşmayacak şekilde ortalanarak, net ve okunaklı olmalıdır. Sıra ile numaralandırılmalıdır. Şekil no ve adları şeklin altında ortalanarak ve sadece ilk kelimenin ilk harfi büyük olarak verilmelidir. Şekiller ya bir çizim programı ile çizilmiş olmalı ya da en az 300 dpi çözünürlükte taranmış olmalıdır. Şekil olarak gösterilen grafik, resim ve metin kutularında yer alan yazı ve sayıların büyüklüğü makale içinde Times New Roman karakteri ile yazılmış 9 punto boyutundaki bir yazının büyüklüğünden az olmamalıdır. Şekilden önce, şekil adından önce ve sonra birer satır boşluk bırakılmalıdır. Şekiller metin içine yerleştirilirken mutlaka şekilden önce atıfta bulunulmalıdır. |
Tablolar | Sayfa sınırlarını aşmayacak şekilde ortalanarak konulmalıdır. Sıra ile numaralandırılmalıdır. Tablo no ve adları, tablonun üstünde tek satır boşluk ile sadece ilk kelimenin ilk harfi büyük olacak şekilde ortalanarak yazılmalıdır. Tablo adı yazılırken üstte ve altta birer satır, tablodan sonra yine bir satır boşluk bırakılmalıdır. Tablolara tablodan önce mutlaka metin içerisinde atıfta bulunulmalıdır. Tablo satır ve sütunlarındaki rakam ve yazılar Times New Roman 12 punto ile yazılmalıdır. Ancak zorunlu kalınan durumlarda yazı boyutu yazı sınırlarını geçmeyecek şekilde en az 9 puntoya kadar düşürülebilir. |
Denklemler | Metin içerisine yazılacak denklemler, word yazım programındaki denklem editörü ile sola dayalı olarak yazılmalı ve eşitliklere sağa dayalı olarak parantez içerisinde sıra ile numara verilmelidir. |
Semboller | Makale çok sayıda sembol içeriyor ya da makaledeki sembollerin açıklanması gerekiyorsa uluslararası standarda uygun olarak, semboller, kaynaklardan önce, Times New Roman 12 punto ile italik yazılmalıdır. Makalede ondalık gösterimde nokta kullanılmalı, binlikleri ayırırken virgül veya nokta kullanılmamalı gerekiyorsa tek boşluk kullanılmalıdır. |
Kaynaklar | Kaynaklar metin içerisinde sıra ile numaralandırılmalıdır. Makalenin sonunda bulunan kaynaklar bölümündeki sıralama, metinde verilen sıraya uygun olarak yapılmalıdır. Atıfta bulunulan kaynaklar; ya ….. [1]. şeklinde cümlenin sonunda yada ….. [1], ….. şeklinde cümle içinde verilmelidir. İki veya daha fazla kaynak yazarken verilecek kaynaklar sıralı ise [1,2,3,4] şeklinde değil, [1-4] şeklinde verilmelidir. Sıralı değil ise [8, 11, 15] şeklinde verilmelidir. Kaynaklar, Times New Roman 12 punto ile yazılmalı, sadece dergi, kitap ya da sempozyum adı kalın yazılmalıdır. Kaynaklar kısmında yer alan ulusal-uluslararası makalelerin yer aldığı dergi adları kısaltılmış halleriyle değil, açık olarak yazılmalıdır (örnek: dergi adı Wat. Res. şeklinde değil Water Resources şeklinde yazılmalı). |
Ulusal - Uluslararası Makaleler [1] Li, G., Hart, A. ve Gregory, J., Flocculation and sedimentation of high turbidity water, Water Resources, 25, 9, 1137-1143, (1998). Ulusal - Uluslararası Bildiriler [2] Li, G., Hart, A. ve Gregory, J., Flocculation and sedimentation of high turbidity waters, Proceedings , 9th Biennial Conference, International Association on Water Quality, 1137–1143, Vancouver, (1998). Ulusal - Uluslararası Kitap [3] Li, G., Hart, A. ve Gregory, J., Flocculation and sedimentation, 295, Technomics Press, Lancaster PA, (1998).
[4] Blackburn, T., Flocculation and sedimentation in Li, G., Hart, A. ve Gregory, J., Physical Processes, Technomics Press, 29-45, Lancaster PA, (1998).
[5] Li, G., Hart, A. ve Gregory, J., Flocculation and sedimentation, 295, Technomics Press, Lancaster PA, (1998). Makaleler [6] Li, G., Hart, A. ve Gregory, J., Flokülasyona hız gradyanı etkisi, Su Kirlenmesi Kontrolü Dergisi, 7, 4, 26–32, (1998). [7] Snell, F. D. ve Ettre, L. S., Encyclopedia of Industrial Chemical Analysis, 14, Interscience, New York, (1971). Basılmış Bilimsel Rapor [8] Li, G., Hart, A. ve Gregory, J., The effect of velocity gradient in flocculation, Technical Report, NATO Science for Stability Programme, 150, Brussels, (1998). Mesleki Teknik Rapor [9] Li, G., Hart, A. ve Gregory, J., Flokülasyona hız gradyanı etkisi, Teknik Rapor 45, İTÜ Geliştirme Vakfı, İstanbul, (1998). Doktora, Y.Lisans Tezi [10] Türker, K., Yapıların deprem davranışının belirlenmesi için çok modlu uyarlamalı yük artımı yöntemi, Doktora Tezi, Balıkesir Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, Balıkesir, (2005). Standartlar [11] TS825, Binalarda ısı yalıtım kuralları, Türk Standartları, Ankara, (1998). Güncel Yazı [12] Li, G., Hart, A. ve Gregory, J., Flokülasyona hız gradyanı etkisi, Bilim ve Teknik, 363, 8, 23–45, (1998). [13] Li, G., Hart, A. ve Gregory, J., Flokülasyona hız gradyanı etkisi, Milliyet Gazetesi, sf.2, 3, 24, (1998). Web adresleri [14] Li, G., Hart, A. ve Gregory, J., Flokülasyona hız gradyanı etkisi, (1998).http://www.server.com/projects/paper2.html, (20.05.2004). | |
Başvuru Kontrol Listesi
Başvuru sürecünde yazarlar başvurularının aşağıdaki listedeki tüm maddelere uyduğunu kontrol etmelidirler, bu rehbere uymayan başvurular yazarlara geri döndürülecektir.
- Gönderilen çalışma daha önceden yayınlanmamış ve yayımlanmak üzere herhangi bir dergiye değerlendirilmek üzere sunulmamıştır (Yazar Rehberi'nde detaylı açıklama verimiştir).
- Gönderi dosyası OpenOffice, Microsoft Word, RTF veya WordPerfect dokümanı dosyası biçimindedir.
- Gönderilen çalışma Yazar Rehberi'nde yer alan dergi yazım kurallarına ve makale örneklerine uygundur.
- Gönderilen çalışma için yazar bilgilerinin yer almadığı iThenticate (Akademik İntihal Engelleme) programından veya benzer diğer programlardan alınmış rapor ek dosya olarak sisteme eklenmiştir. Bu raporda sadece kaynakça çıkarılmıştır.
Çalışmaya ait tüm yazarların bilgileri (Kurum bilgisi, email adresi, ORCID numarası vb. ) dergi sisteme eklenmiştir.
- Yazınızı hakem değerlendirmesi yapılan bir dergi bölümüne gönderiyor iseniz kör hakemlikten emin olmak için tıklayın. Yardım sayfasındaki önerilere tam olarak uyunuz.
Etik İlkeler ve Yayın Politikası
- Balıkesir Üniversitesi Fen Bilimleri Dergisi, Balıkesir Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü tarafından Ocak ve Temmuz aylarında olmak üzere yılda iki kez yayımlanan hakemli bir dergidir. Dergide; Fen bilimleri, Mühendislik bilimleri ve Fen-Matematik Eğitimi alanlarının kapsamına giren özgün araştırma makaleleri, kısa makaleler, derlemeler yayımlanabilir.
- Derginin yayıncısı, editörü ve yayın kurulu yazarların belirtmiş olduğu görüş ve düşünceler ile doğabilecek etik ihlallerinin sorumluluğunu kabul etmekle yükümlü olmayıp dergide yer alan makale ve yazıların sorumluluğu yazar(lar)ına aittir.
- Dergiye yayımlanmak üzere gönderilen çalışmalar öncelikle şekil/yazım şartları bakımından ön değerlendirmeye alınır. Yazım kuralları itibariyle şartları sağlamayan çalışmalar hakemlere gönderilmez. Şartlara uygun olan çalışmalar, içerik açısından incelenmek üzere en az iki hakeme gönderilir. Makaleyi değerlendiren hakemlerin kimlikleri hakkında yazarlara, gönderilen makalenin kime ait olduğu konusunda da hakemlere bilgi verilmez. Hakem raporları gizlidir. Hakemlerden olumlu rapor alamayan makaleler yayımlanmaz ve yazarına iade edilmez; bu konuda idari ve adli sorumluluk kabul edilmez. Hakemler tarafından düzeltme istenen yazılar ise gerekli değişiklikler için yazar(lar)a geri gönderilir. Düzeltilmiş metni belirtilen süre içerisinde dergiye ulaştırmak yazar(lar)ın sorumluluğundadır.
- Dergide yayımlanacak olan eserler, daha önce bir başka dergide yayımlanmamış, yayımlanmak üzere gönderilmemiş ya da yayım için kabul edilmemiş olmalıdır. Herhangi bir bilimsel toplantıda sunulmuş ve yayımlanmamış yazılarda, toplantının adı, yeri ve tarihi belirtilmelidir.
- Dergimiz herhangi bir yayın ücreti talep etmemektedir.
- Dergimiz belirtilmeyen diğer etik ilkeleri, editör, hakem ve yazar sorumlulukları için Committee on Publication Ethics (COPE) belirlenen/önerilen hususları kabul ve takip etmektedir. İlgili bilgi COPE websitesinden edinilebilir. COPE websitesi için TIKLAYINIZ.
Ücret Politikası
Dergimizde makale işlem ücreti alınmamaktadır.
Dizinler
Atıf Dizinleri
Diğer Dizinler
Dergi Kurulları
İmtiyaz Sahibi
Baş Editör
Editör Kurulu
Alan Editörleri
Hacettepe Kimya Mühendisliği Bölümü'nden mezuniyetin ardından Ege Üniversitesi Biyomühendislik Bölümü'nde yüksek lisans ve doktora eğitimlerim boyunca Çevre Biyoteknolojisi temelli biyoprosesler üzerine çalışmalarda bulundum. Organik atıkların dönüşümleri odağında yüksek lisansımda tavuk atıklarından biyogaz üretimi, doktoramda ise şeker endüstrisi atıklaırndan iki aşamalı hibrit sistemlerde biyohidrojen üretimi üzerine tez çalışmalarımı tamamladım. Doktoramdan sonra sentezgaz fermentasyonu ile biyoetanol ve asit üretimleri üzerine çalışmalarda buundum. 2022 yılından beri İzmir Demokrasi Üniversitesi Endüstri Mühendisliği bölümü'nde görev yapmaktayım son yıllarda döngüsel ekonomi, yaşam döngüsü analizi ve sürdürülebilirlik alanlarında çalışmalara odaklanmış bulunmaktayım.
1974 Balıkesir doğumludur. İlk ve orta ve Üniversite eğitimini Balıkesir'de tamamlamıştır. Balıkesir Üniversitesi Mühendislik Fakültesi İnşaat Mühendisliği Bölümünde öğretim üyesi olarak ders vermektedir.
Danışma & Yayın Kurulu
Kemal Yurumezoglu is an professor in the Department of Special Education (Gifted Education) at Dokuz Eylul University, Turkey. He received his master’s degree in physics education in 2000 from the University of Paris Diderot (Paris 7), France, and his PhD in science education in 2005 from the University of Strasbourg, France. His research interests are in conceptual physics, gifted education, STEAM education and inquiry-based physics activities.
Doctor of Physical and Mathematical Sciences, specialist in integral geometry and inverse problems.
Education and Academic Career:
• Graduated from Moscow State University (MSU) in 1982.
• Defended his Candidate of Sciences dissertation in 1991 on the topic:
“Certain Classes of Problems in Integral Geometry on Curves and Surfaces.”
• Defended his Doctor of Sciences dissertation in 1998 on the topic:
“New Classes of Problems in Integral Geometry.”
• A student of the prominent scholar, Academician M.M. Lavrentiev.
Scientific Contributions:
Akram Khasanovich has made significant contributions to the development of mathematics:
• Developed methods for studying weakly and strongly ill-posed problems in integral geometry.
• Proved uniqueness theorems for new classes of problems in integral geometry.
• Conducted fundamental research on the stability of solutions for entire classes of ill-posed problems, derived inversion formulas, and proved existence theorems for these problems.
• His work has found applications in medicine, industrial tomography, and geophysics.
Professional Activities:
• Since November 2022, he has been working at the Belarusian-Uzbek Intersectoral Institute of Applied Technical Qualifications.
• Since September 2024, he has been working part-time at the Transport University, actively participating in educational and scientific activities.
• Advocates for the creation of a Department of Mathematical and Physical Sciences focused on interdisciplinary research.
Publications:
Author of more than 150 scientific papers dedicated to integral geometry, inverse problems, and their applications in various fields of science and technology.
S.S.S. Sarma (Full name rarely used in publications: Singaraju Sri Subrahmanya Sarma, born on 24 September 1958), PhD obtained in 1988, is an aquatic ecologist, known for his research contributions in the field of freshwater zooplankton. He is full time Professor of the National Autonomous University of Mexico (= Universidad Nacional Autónoma de México, known in the abbreviated form as UNAM) at its north Mexico City Campus, FESI, Tlalnepantla (Facultad de Estudios Superiores Iztacala). He has published more than 300 articles and book chapters of which more than 285 scientific works are from standard journals, including Nature, indexed in Web of Science (Core collection) / Scopus. He has edited/co-edited 14 special volumes for prestigious publishers including Springer, Elsevier, Francis & Taylor, and Acad. Env. Biol. He is currently Editor of Rotifer News, a virtual newsletter for professional and amateur investigators of phylum Rotifera. He is/was on the Editorial Board of different journals belonging to Standard Publishers such as Springer, Elsevier, MDPI, Frontiers Media SA, Acad. of Env. Biol., Francis & Taylor, Bentham Open, Oxford University Press, Public Library of Science, DergiPark and Biomed Central.
