Çanakkale ili börülce üretim alanlarında Hıyar mozaik virüsü (Cucumber mosaic virus; CMV)’nün tespiti ve kılıf protein genine göre moleküler karakterizasyonu
Öz
Bu çalışma
kapsamında 2015-2016 yıllarında Çanakkale ilinin börülce ve fasulye
yetiştiriciliği yapılan alanlarına arazi çıkışları yapılarak virüs ve virüs
benzeri belirtiler gösteren 14 fasulye, 8 börülce olmak üzere toplam 22
bitkiden örnekler alınmıştır. Toplanan örnekler Hıyar mozaik virüsü (Cucumber
mosaic virus; CMV) varlığını belirlemek için DAS-ELISA ile testlenmiş ve 6
örnek CMV ile enfekteli bulunmuştur. Enfekteli bulunan tüm örnekler börülce
bitkisinden elde edilirken, fasulye bitkilerinde enfeksiyon tespit
edilememiştir. Elde edilen CMV izolatlarının kılıf protein (CP) gen bölgesi,
gen spesifik primerler kullanılarak çoğaltılmış ve izolatların tamamında 638 bp
büyüklükte CP genine spesifik ürün elde edilmiştir. CMV izolatları arasından
CWP17 tesadüfi olarak seçilerek RT-PCR ürünleri purifiye edilmiş ve kısmi baz
dizisi analizi gerçekleştirilmiştir. CWP17 izolatına ait sekans verisi KY474380
erişim numarası ile gen bankasına kaydedilmiştir. Gerçekleştirilen çoklu dizi
analizleri sonucunda CWP17 izolatının dünya CMV izolatları ile nükleotid
düzeyinde %80-99, aminoasit düzeyinde ise %90-100 benzerlik gösterdiği
saptanmıştır. Oluşturulan filogenetik ağaçlar ile de CWP17 izolatının alt grup
IB’de yer aldığı belirlenmiştir. Gerçekleştirilen bu çalışma ile Türkiye’de ilk
defa CMV enfeksiyonu ticari börülce üretim alanlarında tespit edilmiştir.
Ayrıca ülkemizde ilk kez baklagil üretim alanlarında CMV enfeksiyonunun
moleküler karakterizasyonu gerçekleştirilmiştir.
Anahtar Kelimeler
Kaynakça
- Beler Ö. ve Açıkgöz S. 2005. Ege ve Marmara Bölgelerindeki Zeytin Fidanlıkları ve Ağaçlarında Görülen Bazı Virüs Hastalıklarının ELISA Testi ile Saptanması. ADÜ Ziraat Fakültesi Dergisi, 2 (1), 79–84.
Detection and molecular characterization based on coat protein gene of Cucumber mosaic virus (CMV) from cowpea production fields of Çanakkale province in Turkey
Öz
In 2015-2016, surveys were carried out in areas of
Çanakkale province where cowpea and bean were cultivated. Twenty-two samples
(14 bean and 8 cowpea) showing virus and virus-like symptoms were collected
from these areas. The collected samples were tested by DAS-ELISA to determine
the presence of Cucumber mosaic virus
(CMV) infection and 6 samples out of 22 were found to be infected with CMV.
While the determined all CMV infection was found in cowpea samples, there was
no infection found in bean samples. Coat protein (CP) gene of samples infected
with CMV was amplified with RT-PCR and corresponding bands of 638 bp were
obtained from all of them. RT-PCR products of CWP17 isolate chosen from infected
samples randomly was purified and sequenced. Sequence data of CWP17 isolate was
deposited (accession number: KY474380) in GenBank. Results of multiple sequence
alignment analysis, CWP17 isolate was found to be identical 80-99% and 90-100%
with world CMV isolates in nucleotide and amino acid level, respectively. Also,
CWP17 isolates was found in Subgroup IB accordingly phylogenetic tree created.
With carrying out this study, CMV infection was the first time detected in
commercial cowpea production areas in Turkey. In addition, the first molecular
characterization work was carried out in legume production areas of
Turkey.
Anahtar Kelimeler
Kaynakça
- Beler Ö. ve Açıkgöz S. 2005. Ege ve Marmara Bölgelerindeki Zeytin Fidanlıkları ve Ağaçlarında Görülen Bazı Virüs Hastalıklarının ELISA Testi ile Saptanması. ADÜ Ziraat Fakültesi Dergisi, 2 (1), 79–84.
Ayrıntılar
| Bölüm | Makaleler |
|---|---|
| Yazarlar | |
| Yayımlanma Tarihi | 30 Eylül 2017 |
| Gönderilme Tarihi | 9 Şubat 2017 |
| Kabul Tarihi | 26 Mayıs 2017 |
| Yayımlandığı Sayı | Yıl 2017 |