Determination of Drug Resistance Profiles and Genotype Distributions of Mycobacterium Tuberculosis Complex Strains Isolated in Adıyaman Province

Öz

Aim: Tuberculosis continues to be a serious problem in the world. Turkey is still among the countries with moderate TB incidence. According to the 2019 World Health Organization (WHO) global TB report, in 2018 the incidence of TB in Turkey 18 cases per 100,000 people. Multi drug resistance rate of new and retreatment cases in 2013 was 0-2,9 % and 12-29,9 % in Turkey. There is no data on drug resistance profile and genotype distribution of Mycobacterium tuberculosis complex (MTBC) strains isolated in Adıyaman. There was no previos data for molecular epidemiology and drug resistance profile in Adıyaman province. This study was carried out to determine the resistance profile and genotype distribution of MTBK strains isolated in our city. Methods: Drug susceptibility testing of a total of 46 MTBK strains isolated in Adıyaman University Training and Research Hospital Mycobacteriology Laboratory between January 2015 and Decem- ber 2016 was performed using the BACTECTM MGITTM 960 TB drug sensitivity test SIRE kit. Isolates were genotyped by spoligotyping and MIRU-VNTR methods. Results: Susceptibility testing to streptomycin, isoniazid, rifampin and ethambutol was also performed by MGIT 960 system by using SIRE Kit. Multidrug resistance was found as 2.17% among 46 MTBK isolates. In 37 of 46 isolates, 6 spoligotype families were detected, and it was found that there was clustering in the T family the most. In a database updated according to MIRU results, 12 orphan and 21 patterns matching existing MIRU international types were identified. Conclusion: Microbiological studies are of great importance in controlling tuberculosis, which is one of the important public health problems all over the world, and determining resistance as soon as possible. Drug susceptibility tests and genotype epidemiological data have an important role in controlling tuberculosis and determining the resistance status.

Anahtar Kelimeler

• Tuberculosis
• Mycobacteria
• Spoligotyping
• MIRU-VNTR

Adıyaman İlinde İzole Edilen Mycobacterium Tuberculosis Kompleksi Suşlarının Ilaç Direnci Profilleri Ve Genotip Dağılımlarının Belirlenmesi

Öz

Amaç : Tüberküloz (TB) tüm dünyada ciddi bir problem olmaya devam etmektedir. Türkiye hala TB insidansı orta derecede olan ülkeler arasında yer almaktadır. Dünya Sağlık Örgütü (WHO)’nün 2019 yılı küresel verem raporuna göre, 2018 yılında Türkiye’de ki TB insidansı 100.000’de 18 dir.2018 yılında yeni ve yeniden tedavi edilen olguların çoklu ilaç direnci (ÇİD) oranı Türkiye'den % 2,9 ve % 16 idi. Adıyaman ilinde izole edilen Mycobacterium tuberculosis kompleksi (MTBK) suşlarına ait ilaç direnci profili ve genotip dağılımı hakkında veri bulunmamaktadır. Bu çalışma ilimizde izole edilen MTBK suşlarının direnç profili ve genotip dağılımının belirlenmesi amacı ile yapılmıştır. Materyal ve Metod: Adıyaman Üniversitesi Eğitim ve Araştırma Hastanesi Mikobakteriyoloji Laboratuvarında Ocak 2015-Aralık 2016 tarihleri arasında izole edilen toplam 46 MTBK suşunun ilaç duyarlılık testi BACTECTM MGITTM 960 TB ilaç duyarlılık testi SİRE kiti kullanılarak yapıldı. İzolatların genotiplemesi spoligotipleme ve MIRU- VNTR yöntemleri ile yapıldı. Bulgular: Streptomisin, izoniazid, rifampin ve etambutole duyarlılık testleri SIRE Kiti kullanılarak MGIT 960 sistemi ile yapıldı. 46 MTBK izolatı içinde rifampisin, INH ve çoklu ilaca direnç %6,52 olarak saptandı. 46 izolattın 37’sinde 6 spoligotip ailesi saptanmış olup, en fazla T ailesinde kümelenme olduğu tespit edildi. MIRU sonuçlarına göre güncellenmiş bir veri tabanında mevcut MIRU uluslararası türleri ile eşleşen 12 orphan ve 21 pattern tanımlandı. Sonuç: Tüm dünyada önemli halk sağlığı problemlerinden biri olan tüberkülozun kontrol altına alınmasında ve direncin en kısa sürede saptanmasında mikrobiyolojik çalışmaların önemi büyüktür. Tüberkülozun kontrol altına alınmasında mutlaka ilaç duyarlılık testlerinin yapılması ve genotip düzeyindeki epidemiyolojik verilerin önemli bir yeri vardır.

Anahtar Kelimeler

• tüberküloz
• mikobakteri
• spoligotiplendirme
• MIRU-VNTR

Kaynakça

1. Türkiye’de Verem Savaş Raporu 2018. https://hsgm.saglik.gov.tr/tr/tuberkuloz-haberler/turkiye-de-verem-savas-2019-raporu.html.
2. WHO. Global tuberculosis report 2019. Geneva: World HealthOrganization, 2020.https://www.who.int/tb/publications/global_report/en/.