Araştırma Makalesi
BibTex RIS Kaynak Göster

DNA Barcoding of Some Lichenized Fungi from Horseshoe Island (Antarctic Peninsula, Antarctica)

Yıl 2024, Cilt: 40 Sayı: 2, 315 - 330, 31.08.2024

Öz

In this study, it was aimed to identify some lichenized fungi species from Horseshoe Island which is located in the west of the Antarctic Peninsula and where the temporary Turkish Science Base is located, through their morphological and anatomical properties and DNA barcoding using the nrITS or mtSSU gene regions. In this direction, DNA barcoding of samples belonging to Acarospora macrocyclos Vain., Rhizocarpon grande (Flörke ex Flot.) Arnold, Mastodia tessellata (Hook. f. & Harv.) Hook. f. & Harv. and Verrucaria tesselatula Nyl. species which has been collected from Horseshoe Island by the second author were carried out. Within the scope of the study, nrITS data were obtained for the first time for A. macrocylos and R. grande and mtSSU data was obtained for the first time for M. tessellata species and uploaded to genBANK.

Kaynakça

  • Halıcı, M. G., Güllü, M., Barták, M. 2017. First record of a common endolithic lichenized fungus species Catenarina desolata Søchting, Søgaard Elvebakk. from James Ross Island (Antarctic Peninsula). Czech Polar Reports, 7(1), 11-17.
  • Halıcı, M. G., Barták, M., Güllü, M. 2018. Identification of some lichenised fungi from James Ross Island (Antarctic Peninsula) using nrITS markers. New Zealand Journal of Botany, 56(3), 276-290.
  • Halıcı, M. G., Osmanoğlu, O. M., Kahraman, M. 2020. A new record of lichenized fungus species for Antarctica: Peltigera castanea Goward, Goffinet Miądl. Czech Polar Reports Journal, 10(1), 50-58.
  • Halıcı, M. G., Möller, E., Timdal, E., Kahraman Yiğit, M., & Bölükbaşi, E. 2022. Rhizocarpon ozsoyae sp. nova (Rhizocarpaceae, lichenized Ascomycetes) from James Ross Island (Antarctic Peninsula). Herzogia, 35(1), 105-114.
  • Halici, M. G., Güllü, M., Bölükbaşi, E., & Kahraman Yiğit, M. 2023. Thamnolecania yunusii (Ramalinaceae)–A new species of lichenised fungus from Horseshoe Island (Antarctic Peninsula). Polar Record, 59, e37.
  • Kahraman Yiğit, M., & Halıcı, M. G. 2021. Buellia epigaea (Pers.) Tuck, a new record of lichenized fungus species for Antarctica. Czech Polar Reports, 11(1), 9-15.
  • Kitaura, M. J., Scur, M. C., Spielmann, A. A., & Lorenz-Lemke, A. P. 2018. A revision of Leptogium (Collemataceae, lichenized Ascomycota) from Antarctica with a key to species. Lichenologist, 50, 467–485.
  • Park, C. H., Hong, S. G., & Elvebakk, A. 2018. Psoroma antarcticum, a new lichen species from Antarctica and neighbouring areas. Polar Biology, 41, 1083-1090.
  • Øvstedal, D. O., Lewis-Smith, R. I. 2001. Lichens of Antarctica and South Georgia. A Guide to Their Identification and Ecology. Cambridge: Cambridge University Press, 411p.
  • Gardes, M., & Bruns, T. D. 1993. ITS primers with enhanced specificity for basidiomycetes‐application to the identification of mycorrhizae and rusts. Molecular Ecology, 2(2), 113-118.
  • White, T. J., Bruns, T., Lee, S., Taylor, J. 1990. Amplification and direct sequencing of fungal ribosomal RNA genes for phylogenetics. In: Innis MA, Gelfand DH, Sninsky JJ, White TJ (eds) PCR Protocols: a Guide to Methods and Applications, pp. 315-322. Academic Press, New York.
  • Zoller, S., Scheidegger, C., & Sperisen, C. 1999. PCR primers for the amplification of mitochondrial small subunit ribosomal DNA of lichen-forming ascomycetes. The Lichenologist, 31(5), 511-516.
  • Orange A., James P. W., White F. J. 2001. Micro-chemical Methods for the Identification of Lichens. British Lichen Society, London, 101p.
  • Hall, T. A. 1999. BioEdit: a user-friendly biological sequence alignment editor and analysis program for Windows 95/98/NT. Nucleic Acids Symposium Series, 41(41), 95-98.
  • Tamura, K., Stecher, G., & Kumar, S. 2021. MEGA11: molecular evolutionary genetics analysis version 11. Molecular Biology and Evolution, 38(7), 3022-3027.
  • Yin, A. C., Zhong, Q. Y., Scheidegger, C., Jin, J. Z., Worthy, F. R., Wang, L. S., & Wang, X. Y. 2023. The phylogeny and taxonomy of Glypholecia (Acarosporaceae, lichenized Ascomycota), including a new species from northwestern China. MycoKeys, 98, 153-165.
  • Prieto, M., Martinez, I., Aragón, G., Gueidan, C., Lutzoni, F. (2011). Molecular phylogeny of Heteroplacidium, Placidium, and related catapyrenioid genera (Verrucariaceae, lichen-forming Ascomycota). American Journal of Botany, 99(1), 23-35.
  • Davydov, E. A., & Yakovchenko, L. S. 2017. Rhizocarpon smaragdulum, a new monosporic yellow-thalline species and some additional species of the genus Rhizocarpon from the Altai Mountains (Siberia). The Lichenologist, 49(5), 457-466.
  • NCBI GenBank Database: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/. Access date: March, 2023.
  • Garrido‐Benavent, I., de los Ríos, A., Fernández‐Mendoza, F., & Pérez‐Ortega, S. 2018. No need for stepping stones: direct, joint dispersal of the lichen‐forming fungus Mastodia tessellata (Ascomycota) and its photobiont explains their bipolar distribution. Journal of Biogeography, 45(1), 213-224.
  • Castello, M., & Nimis, P. L. 1995. The lichen vegetation of Terra Nova Bay (Victoria Land, continental Antarctica). Bibliotheca Lichenologica, 58, 43-55.
  • La Torre, R. D., Ramos, D., Mejía, M. D., Neyra, E., Loarte, E., & Orjeda, G. 2023. Survey of Lichenized Fungi DNA Barcodes on King George Island (Antarctica): An Aid to Species Discovery. Journal of Fungi, 9(5), 552.
  • McCarthy, P., Elix, J. 2014. The lichen genus Rhizocarpon in mainland Australia. Telopea, 16, 195-211.

Horseshoe Adası (Antarktika Yarımadası, Antarktika)'ndan Bazı Likenleşmiş Mantarların DNA Barkodlaması

Yıl 2024, Cilt: 40 Sayı: 2, 315 - 330, 31.08.2024

Öz

Bu çalışmada Antarktika Yarımadası’nın batısında bulunan ve geçici Türk Bilim Üssü’nün bulunduğu Horseshoe Adası’nda yayılış gösteren bazı likenleşmiş mantar türlerinin morfolojik ve anatomik özellikleri aracılığı ile teşhis edilmesi ve nrITS veya mtSSU gen bölgeleri kullanılarak DNA barkodlamalarının yapılması amaçlanmıştır. Bu doğrultuda ikinci yazar tarafından Horseshoe Adası’ndan toplanan Acarospora macrocyclos Vain., Mastodia tessellata (Hook. f. & Harv.) Hook. f. & Harv., Rhizocarpon grande (Flörke ex Flot.) Arnold ve Verrucaria tesselatula Nyl. species türlerine ait örneklerin DNA barkodlamaları gerçekleştirilmiştir. DNA barkodlama verilerinin yanı sıra çalışmada bu türlere ait örneklerin detaylı deskripsiyonları ve fotoğrafları da verilmiştir. Çalışma kapsamında A. macrocylos ve R. grande için ilk defa nrITS verileri elde edilirken, M. tessellata türü için ilk defa mtSSU verileri elde edilmiş ve genBANK’a yüklenmiştir.

Kaynakça

  • Halıcı, M. G., Güllü, M., Barták, M. 2017. First record of a common endolithic lichenized fungus species Catenarina desolata Søchting, Søgaard Elvebakk. from James Ross Island (Antarctic Peninsula). Czech Polar Reports, 7(1), 11-17.
  • Halıcı, M. G., Barták, M., Güllü, M. 2018. Identification of some lichenised fungi from James Ross Island (Antarctic Peninsula) using nrITS markers. New Zealand Journal of Botany, 56(3), 276-290.
  • Halıcı, M. G., Osmanoğlu, O. M., Kahraman, M. 2020. A new record of lichenized fungus species for Antarctica: Peltigera castanea Goward, Goffinet Miądl. Czech Polar Reports Journal, 10(1), 50-58.
  • Halıcı, M. G., Möller, E., Timdal, E., Kahraman Yiğit, M., & Bölükbaşi, E. 2022. Rhizocarpon ozsoyae sp. nova (Rhizocarpaceae, lichenized Ascomycetes) from James Ross Island (Antarctic Peninsula). Herzogia, 35(1), 105-114.
  • Halici, M. G., Güllü, M., Bölükbaşi, E., & Kahraman Yiğit, M. 2023. Thamnolecania yunusii (Ramalinaceae)–A new species of lichenised fungus from Horseshoe Island (Antarctic Peninsula). Polar Record, 59, e37.
  • Kahraman Yiğit, M., & Halıcı, M. G. 2021. Buellia epigaea (Pers.) Tuck, a new record of lichenized fungus species for Antarctica. Czech Polar Reports, 11(1), 9-15.
  • Kitaura, M. J., Scur, M. C., Spielmann, A. A., & Lorenz-Lemke, A. P. 2018. A revision of Leptogium (Collemataceae, lichenized Ascomycota) from Antarctica with a key to species. Lichenologist, 50, 467–485.
  • Park, C. H., Hong, S. G., & Elvebakk, A. 2018. Psoroma antarcticum, a new lichen species from Antarctica and neighbouring areas. Polar Biology, 41, 1083-1090.
  • Øvstedal, D. O., Lewis-Smith, R. I. 2001. Lichens of Antarctica and South Georgia. A Guide to Their Identification and Ecology. Cambridge: Cambridge University Press, 411p.
  • Gardes, M., & Bruns, T. D. 1993. ITS primers with enhanced specificity for basidiomycetes‐application to the identification of mycorrhizae and rusts. Molecular Ecology, 2(2), 113-118.
  • White, T. J., Bruns, T., Lee, S., Taylor, J. 1990. Amplification and direct sequencing of fungal ribosomal RNA genes for phylogenetics. In: Innis MA, Gelfand DH, Sninsky JJ, White TJ (eds) PCR Protocols: a Guide to Methods and Applications, pp. 315-322. Academic Press, New York.
  • Zoller, S., Scheidegger, C., & Sperisen, C. 1999. PCR primers for the amplification of mitochondrial small subunit ribosomal DNA of lichen-forming ascomycetes. The Lichenologist, 31(5), 511-516.
  • Orange A., James P. W., White F. J. 2001. Micro-chemical Methods for the Identification of Lichens. British Lichen Society, London, 101p.
  • Hall, T. A. 1999. BioEdit: a user-friendly biological sequence alignment editor and analysis program for Windows 95/98/NT. Nucleic Acids Symposium Series, 41(41), 95-98.
  • Tamura, K., Stecher, G., & Kumar, S. 2021. MEGA11: molecular evolutionary genetics analysis version 11. Molecular Biology and Evolution, 38(7), 3022-3027.
  • Yin, A. C., Zhong, Q. Y., Scheidegger, C., Jin, J. Z., Worthy, F. R., Wang, L. S., & Wang, X. Y. 2023. The phylogeny and taxonomy of Glypholecia (Acarosporaceae, lichenized Ascomycota), including a new species from northwestern China. MycoKeys, 98, 153-165.
  • Prieto, M., Martinez, I., Aragón, G., Gueidan, C., Lutzoni, F. (2011). Molecular phylogeny of Heteroplacidium, Placidium, and related catapyrenioid genera (Verrucariaceae, lichen-forming Ascomycota). American Journal of Botany, 99(1), 23-35.
  • Davydov, E. A., & Yakovchenko, L. S. 2017. Rhizocarpon smaragdulum, a new monosporic yellow-thalline species and some additional species of the genus Rhizocarpon from the Altai Mountains (Siberia). The Lichenologist, 49(5), 457-466.
  • NCBI GenBank Database: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/. Access date: March, 2023.
  • Garrido‐Benavent, I., de los Ríos, A., Fernández‐Mendoza, F., & Pérez‐Ortega, S. 2018. No need for stepping stones: direct, joint dispersal of the lichen‐forming fungus Mastodia tessellata (Ascomycota) and its photobiont explains their bipolar distribution. Journal of Biogeography, 45(1), 213-224.
  • Castello, M., & Nimis, P. L. 1995. The lichen vegetation of Terra Nova Bay (Victoria Land, continental Antarctica). Bibliotheca Lichenologica, 58, 43-55.
  • La Torre, R. D., Ramos, D., Mejía, M. D., Neyra, E., Loarte, E., & Orjeda, G. 2023. Survey of Lichenized Fungi DNA Barcodes on King George Island (Antarctica): An Aid to Species Discovery. Journal of Fungi, 9(5), 552.
  • McCarthy, P., Elix, J. 2014. The lichen genus Rhizocarpon in mainland Australia. Telopea, 16, 195-211.
Toplam 23 adet kaynakça vardır.

Ayrıntılar

Birincil Dil İngilizce
Konular Bitki Bilimi (Diğer), Popülasyon Ekolojisi
Bölüm Makale
Yazarlar

Merve Yiğit 0000-0002-8082-8574

Mehmet Gökhan Halıcı

Yayımlanma Tarihi 31 Ağustos 2024
Gönderilme Tarihi 8 Mart 2024
Kabul Tarihi 10 Temmuz 2024
Yayımlandığı Sayı Yıl 2024 Cilt: 40 Sayı: 2

Kaynak Göster

APA Yiğit, M., & Halıcı, M. G. (2024). DNA Barcoding of Some Lichenized Fungi from Horseshoe Island (Antarctic Peninsula, Antarctica). Erciyes Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Fen Bilimleri Dergisi, 40(2), 315-330.
AMA Yiğit M, Halıcı MG. DNA Barcoding of Some Lichenized Fungi from Horseshoe Island (Antarctic Peninsula, Antarctica). Erciyes Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Fen Bilimleri Dergisi. Ağustos 2024;40(2):315-330.
Chicago Yiğit, Merve, ve Mehmet Gökhan Halıcı. “DNA Barcoding of Some Lichenized Fungi from Horseshoe Island (Antarctic Peninsula, Antarctica)”. Erciyes Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Fen Bilimleri Dergisi 40, sy. 2 (Ağustos 2024): 315-30.
EndNote Yiğit M, Halıcı MG (01 Ağustos 2024) DNA Barcoding of Some Lichenized Fungi from Horseshoe Island (Antarctic Peninsula, Antarctica). Erciyes Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Fen Bilimleri Dergisi 40 2 315–330.
IEEE M. Yiğit ve M. G. Halıcı, “DNA Barcoding of Some Lichenized Fungi from Horseshoe Island (Antarctic Peninsula, Antarctica)”, Erciyes Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Fen Bilimleri Dergisi, c. 40, sy. 2, ss. 315–330, 2024.
ISNAD Yiğit, Merve - Halıcı, Mehmet Gökhan. “DNA Barcoding of Some Lichenized Fungi from Horseshoe Island (Antarctic Peninsula, Antarctica)”. Erciyes Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Fen Bilimleri Dergisi 40/2 (Ağustos 2024), 315-330.
JAMA Yiğit M, Halıcı MG. DNA Barcoding of Some Lichenized Fungi from Horseshoe Island (Antarctic Peninsula, Antarctica). Erciyes Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Fen Bilimleri Dergisi. 2024;40:315–330.
MLA Yiğit, Merve ve Mehmet Gökhan Halıcı. “DNA Barcoding of Some Lichenized Fungi from Horseshoe Island (Antarctic Peninsula, Antarctica)”. Erciyes Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Fen Bilimleri Dergisi, c. 40, sy. 2, 2024, ss. 315-30.
Vancouver Yiğit M, Halıcı MG. DNA Barcoding of Some Lichenized Fungi from Horseshoe Island (Antarctic Peninsula, Antarctica). Erciyes Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Fen Bilimleri Dergisi. 2024;40(2):315-30.

✯ Etik kurul izni gerektiren, tüm bilim dallarında yapılan araştırmalar için etik kurul onayı alınmış olmalı, bu onay makalede belirtilmeli ve belgelendirilmelidir.
✯ Etik kurul izni gerektiren araştırmalarda, izinle ilgili bilgilere (kurul adı, tarih ve sayı no) yöntem bölümünde, ayrıca makalenin ilk/son sayfalarından birinde; olgu sunumlarında, bilgilendirilmiş gönüllü olur/onam formunun imzalatıldığına dair bilgiye makalede yer verilmelidir.
✯ Dergi web sayfasında, makalelerde Araştırma ve Yayın Etiğine uyulduğuna dair ifadeye yer verilmelidir.
✯ Dergi web sayfasında, hakem, yazar ve editör için ayrı başlıklar altında etik kurallarla ilgili bilgi verilmelidir.
✯ Dergide ve/veya web sayfasında, ulusal ve uluslararası standartlara atıf yaparak, dergide ve/veya web sayfasında etik ilkeler ayrı başlık altında belirtilmelidir. Örneğin; dergilere gönderilen bilimsel yazılarda, ICMJE (International Committee of Medical Journal Editors) tavsiyeleri ile COPE (Committee on Publication Ethics)’un Editör ve Yazarlar için Uluslararası Standartları dikkate alınmalıdır.
✯ Kullanılan fikir ve sanat eserleri için telif hakları düzenlemelerine riayet edilmesi gerekmektedir.