Wistar Irkı Ratlardan İzole Edilen Escherichia Coli’lerin Filogenetik Analizi

Öz

Doğal ortamlarında yaşayan ratlardan (Rattus spp.), insanlara ve duyarlı hayvanlara birçok hastalık etkeninin geçtiği bilinmektedir. İnsanlarda önemli sistemik hastalıklara yol açan ve diğer memeli hayvanlar gibi ratların da doğal konakçısı olduğu bilinen Escherichia coli ( E.coli), önemli bir zoonotik etkendir. Ancak laboratuvar hayvanı olarak kullanılan ratlar ile ilgili özellikle ülkemizde yeterli veri bulunmamaktadır. Diğer hayvan türlerinde olduğu gibi laboratuvar ortamında yetiştirilen ratlardan da izole edilen E.coli’lerin genotipik ve fenotipik özelliklerinin bilinmesi, E.coli kökenli enfeksiyonların önlenmesinde önemlidir. Bu çalışmada, deney hayvanı olarak kullanılan Wistar ırkı ratlardan elde edilen fekal örneklerde E.coli varlığı ve izole edilen E.coli’lerin dahil oldukları filogenetik gruplar araştırılmıştır. Bu amaçla, 112 rattan toplanan dışkıdan klasik kültür yöntemiyle izole edilen 61 E.coli suşuna, chuA, yjaA, arpA ve trpA genlerine ve TspE4.C2 DNA fragmentine, spesifik primerlerin kullanıldığı PCR yöntemi uygulandı. Elde edilen sonuçlara göre 43/61 (%70.4) suş B1 grubuna (kommensal), 18/61 (%29.5) suş ise B2 grubuna (ekstraintestinal) dahil olarak bulundu. Yapılan bu çalışma ile Türkiye’de ilk kez ratlardan izole edilen E.coli’lerin filogrup analizleri yapılarak, ağırlıklı olarak B1 grubunda yer aldıkları ve kommensal özellikte oldukları saptandı.

Anahtar Kelimeler

• E.coli
• Etlik Veteriner Mikrobiyoloji Dergisi
• Filogenetik Analizi
• Wistar Rat
• H. Kaan MÜŞTAK
• Ebru TORUN
• İnci Başak KAYA
• Elif Ergüven KAYA
• Şeyda DİKER
• Elvan ANADOL
• Elçin GÜNAYDIN
• 2013

Phylogeny of Escherichia Coli İsolated From Wistar Rats

Öz

It is already known that several bacterial agents can be transmitted from rats (Rattus spp.) that live in natural habitats to human beings and susceptible animals. Escherichia coli (E.coli) which cause systemic diseases in humans and naturally found in rats like other mammalians are important zoonotic agents. Nevertheless, there are few reports on rats which are used as laboratory animal. Like other animal species, it is important to know phenotypic and genotypic features of E.coli isolated from laboratory animals in order to prevent infections due to E.coli. In this study the presence of E.coli isolated from faeces of Wistar rats and the phylogeny of these strains were investigated. For this purpose, 61 E.coli strains isolated from faeces of 112 rats were investigated for the presence of chuA, yjaA, arpA and trpA genes and a DNA fragment known as TspE4.C2, by PCR. The results showed that 43/61 (70.4%) and 18/61 (29.5%) strains belong to B1 (commensal) and B2 (extraintestinal) groups, respectively. For the first time in this study E.coli isolated from rats were phylogrouped, assigned as B1 group and designated as commensal E.coli in Turkey.

Kaynakça

1. Baker DG, (1998). Natural Pathogens of Laboratory Mice, Rats, and Rabbits and Their Effects on Research. Clin Microbiol Rev. 11, 231-266.
2. Chaudhuri RR, Henderson IR, (2012). The evolution of the Escherichiacoli phylogeny. Infect Genet Evol. 12, 214–226.
3. Clermont O, Bonacorsi S, Bingen E, (2000). Rapid and Simple Determination of the Escherichiacoli Phylogenetic Group. Appl Environ Microbiol. 66, 4555-4558.
4. Clermont O, Christenson J K, Denamur E, Gordon D M, (2013). The Clermont Escherichiacoli phylo-typing method revised: improvement of specificity and detection of new phylo-groups. Environ Microbiol Rep. 5, 58-65.
5. Fox JG, Lipman NS, (1991). Infections transmitted by large and small laboratory animals. Infect Dis Clin North Am. 5, 131-63.
6. Gülhan T, İlhan Z, Aksakal A, Solmaz H, Ekın İH, (2009). Hayvan Orijinli Escherichiacoli Suşlarının Enterotoksin Tiplerinin (LT, ST) Belirlenmesi. YYU Vet Fak Derg. 20, 27-31.
7. Gyles CL, Fairbrother JM, (2010). Escherichiacoli İn: Pathogenesis of Bacterial Infections in Animals Fourth Edition Ed:. Gyles C L, Prescott J F, Songer J G, Thoen C O, Blackwell Publishing p: 267-308
8. Hammerum AM, Heuer OE, (2009). Human health hazards from antimicrobial-resistant Escherichiacoli of animal origin. Food Safety. 48: 916-21.

9. Lescat M, Clermont, O, Woerther PL, Glodt J, Dion S, Skurnik D, (2012). Commensal Escherichiacoli strains in Guiana reveal a high genetic diversity with hostdependant population structure. Environ Microbiol Rep. DOI: 10.1111/j.1758-2229.2012.00374.x.
10. Livingston RS, Riley LK, (2003). Diagnostic testing of mouse and rat colonies for infectious agents. Lab Anim (NY). 32, 44-51
11. Quin P J, Carter M E, Markey B, Carter G R, (1999). Clinical Veterinary Microbiology. Elsevier Health Sciences p: 220-225.
12. Wasteson Y, (2001). Zoonotic Escherichiacoli. Acta Vet Scand Suppl. 95, 79-84.