Filogenetik Ağaçlandırma Metotları

Seyyide Sarıçam; Hamit Kaan Müştak

doi:10.35864/evmd.513389

Filogenetik Ağaçlandırma Metotları

Öz

Bu derlemede; filogenetik bilimi ve esasları, temel terminolojisi, ağaç gösterim şekilleri hakkında bilgi verilip, bir filogenetik analizde izlenmesi gereken adımlar anlatıldı. Analizde kullanılacak verinin taşıması gereken başlıca kriterler, veri tabanlarından referans birimlerin elde edilmesi ve genlerin analiz süreci ele alındı. Filogenetik ağaç oluşturmada kullanılan bilgisayar tabanlı metotların başlıca özellikleri ve üstünlükleri belirtildi. Analiz sonucu elde edilen ağacın güvenilirliği ve bu değerin yorumlanması üzerinde duruldu. Özetle bu derlemede temel filogenetik bilgisinin verilmesi amaçlandı.

Anahtar Kelimeler

Ağaçlandırma metotları,filogenetik,takson

Kaynakça

1. Woese C.R, Stackebrandt E, Macke T.J, Fox G.E. (1985). A Phylogenetic Definition of the Major Eubacterial Taxa. System. Appl. Microbiol 6: 143-151.
2. Morrıson Davıd A. (1996). Phylogenetic Tree-building. Internalionol Journal for Parasitology, Vol 26. No 6.
3. Freeman S, Herron J. C. (1999). Evrimsel Analiz. Çıplak, B, Başıbüyük H, Karaytuğ, S, Gündüz, İ. (eds). Palme Yayıncılık. Ankara. 28-29: 438-708.
4. Felsensteın J. (1987). Estimation of hominoid phylogeny from a DNA hybridization data set. Moleculer Evolution. 26: 123-31.
5. Felsensteın J. (1985). “Confidence Limits on Phylogenies: an Approach using the Bootstrap”, Evolution. 39: 783-791.
6. Sıngh Gautam B. (2015). Fundamentals of Bioinformatics and Computational Biology, Methods and Exercises in MATLAB. Vol 6: 235-270.
7. Xıong Jın. (2006). Essential Bioinformatics: 127-169
8. Kress W.J. (2005). “The Molecular Phylogeny of Alpinia (Zingiberaceae): A Complex and Polyphyletic Genus of Gingers”, American Journal of Botany. 92/1: 167-178.

9. Podsıadlo L., Polz-Dacewıcz M. (2013). Molecular evolution and phylogenetic implications in clinical research. Annals of agricultural and Environmental Medicine. Vol 20.No 3: 455-459.
10. Mount D.W. (2001). Bioinformatics Cold Spring Harbor Laboratory Press. Cold Spring Harbor, New York. Chapter 3. Alignment of pairs of sequences: 52-137.
11. Saıtou N, Neı M. (1987). The neighbor-joining method: a new method for reconstruction phylogenetic trees. Molecular Biology and Evolution 4: 406- 425.
12. Onursal Sıla Suzan, Uğur Avni. (1997). Böceklerin Filogenisi. Türk.entomol. derg. 21(1): 65-80.
13. Anonim, (2015). RCSB Protein Data Bank. Erişim adresi: http://www.rcsb. org/pdb/home/home.do, Erişim tarihi: 30.05.2015.
14. Anonim, (2015). European Molecular Biology Laboratory. Erişim adresi: http://www.embl.org/, Erişim tarihi: 30.05.2015
15. Anonim, (2015). DNA Data Bank of Japan. Erişim adresi: http://www.ddbj. nig.ac.jp/, Erişim tarihi: 30.05.2015
16. Anonim, (2015). Distance Methods. Erişim adresi: http://www.cs.rice. edu/~nakhleh/COMP571/Slides/Phylogenetics-DistanceMethods.pdf, Erişim tarihi: 03.06.2015.
17. Anonim, (2015). Bayes Teoremi. Erişim adresi: http://tr.wikipedia.org/wiki/ Bayes_teoremi, Erişim tarihi: 07.06.2015
18. Anonim, (2015). Tree of Life. Erişim adresi: http://en.wikipedia.org/wiki/ Tree_of_life_%28biology%29, Erişim tarihi: 04.06.2015.
19. Anonim, (2015). Phylogenetic Fundamentals. Erişim adresi: http://artedi. ebc.uu.se/course/X3-2004/Phylogeny/Phylogeny-Criteria/Phylogeny-Criteria. html, Erişim tarihi: 27.05.2015.
20. Anonim, (2015). Taksonomi. Erişim adresi: http://tr.wikipedia.org/wiki/Taksonomi, Erişim tarihi: 04.06.2015.
21. Anonim, (2015). Molecular Clock. Erişim adresi: http://en.wikipedia.org/ wiki/Molecular_clock, Erişim tarihi: 04.06.2015.
22. Anonim, (2015). Model Based Distance Methods. Erişim adresi: http:// www.life.umd.edu/labs/delwiche/MSyst/lec/Distance1.html, Erişim tarihi: 06.06.2015.
23. Anonim, (2015). Dendrogram. Erişim adresi: http://en.wikipedia.org/wiki/ Dendrogram, Erişim tarihi: 02.06.2015.
24. Anonim, (2015). Molecular phylogenetic analysis using ribosomal RNA (rRNA). Erişim adresi: http://eebweb.arizona.edu/blast/rna_lecture.pdf, Erişim tarihi: 06.06.2015.
25. Anonim, (2015) Erişim adresi: http://www.cs.rice.edu/~nakhleh/COMP571/ Slides/Phylogenetics BuildingPhyloTrees.pdf. Erişim Tarihi: 03.06.2015.

Ayrıntılar

Birincil Dil

Türkçe

Konular

-

Bölüm

Derleme

Yazarlar

Seyyide Sarıçam ^*

Hamit Kaan Müştak Bu kişi benim

Yayımlanma Tarihi

15 Aralık 2015

Gönderilme Tarihi

2 Eylül 2015

Kabul Tarihi

19 Kasım 2015

Yayımlandığı Sayı

Yıl 2015 Cilt: 26 Sayı: 2

DOI

https://doi.org/10.35864/evmd.513389

IZ

https://izlik.org/JA39BC37SZ

Kaynak Göster

RIS / Bibtex

APA

Sarıçam, S., & Müştak, H. K. (2015). Filogenetik Ağaçlandırma Metotları. Etlik Veteriner Mikrobiyoloji Dergisi, 26(2), 58-64. https://doi.org/10.35864/evmd.513389

AMA

1.Sarıçam S, Müştak HK. Filogenetik Ağaçlandırma Metotları. Etlik Vet. Mik. Derg. 2015;26(2):58-64. doi:10.35864/evmd.513389

Chicago

Sarıçam, Seyyide, ve Hamit Kaan Müştak. 2015. “Filogenetik Ağaçlandırma Metotları”. Etlik Veteriner Mikrobiyoloji Dergisi 26 (2): 58-64. https://doi.org/10.35864/evmd.513389.

EndNote

Sarıçam S, Müştak HK (01 Aralık 2015) Filogenetik Ağaçlandırma Metotları. Etlik Veteriner Mikrobiyoloji Dergisi 26 2 58–64.

IEEE

[1]S. Sarıçam ve H. K. Müştak, “Filogenetik Ağaçlandırma Metotları”, Etlik Vet. Mik. Derg., c. 26, sy 2, ss. 58–64, Ara. 2015, doi: 10.35864/evmd.513389.

ISNAD

Sarıçam, Seyyide - Müştak, Hamit Kaan. “Filogenetik Ağaçlandırma Metotları”. Etlik Veteriner Mikrobiyoloji Dergisi 26/2 (01 Aralık 2015): 58-64. https://doi.org/10.35864/evmd.513389.

JAMA

1.Sarıçam S, Müştak HK. Filogenetik Ağaçlandırma Metotları. Etlik Vet. Mik. Derg. 2015;26:58–64.

MLA

Sarıçam, Seyyide, ve Hamit Kaan Müştak. “Filogenetik Ağaçlandırma Metotları”. Etlik Veteriner Mikrobiyoloji Dergisi, c. 26, sy 2, Aralık 2015, ss. 58-64, doi:10.35864/evmd.513389.

Vancouver

1.Seyyide Sarıçam, Hamit Kaan Müştak. Filogenetik Ağaçlandırma Metotları. Etlik Vet. Mik. Derg. 01 Aralık 2015;26(2):58-64. doi:10.35864/evmd.513389

Cited By

Molecular Characterization and Genetic Relationships in Different Mint (Mentha L.) Species with ISSR Marker Technique

Biology Bulletin

https://doi.org/10.1134/S106235902360616X

Phylogenetic analysis of the nrDNA ITS and cpDNA rbcL sequences of some endemic Dianthus (Caryophyllaceae) species from Türkiye

Genetic Resources and Crop Evolution

https://doi.org/10.1007/s10722-025-02547-0