Lactococcus garvieae İzolatlarının Antimikrobiyal Direnç Profillerinin Fenotipik ve Genotipik Olarak Belirlenmesi

İlker Hancı; Ertan Emek Onuk

doi:10.35864/evmd.513437

Lactococcus garvieae İzolatlarının Antimikrobiyal Direnç Profillerinin Fenotipik ve Genotipik Olarak Belirlenmesi

Öz

Antimikrobiyel ajanların su ürünleri yetiştiriciliğindeki yoğun ve bilinçsiz kullanımı sucul ortamda antibiyotik dirençli bakterilerin ve antibiyotik direnç genlerinin oluşumuna neden olmaktadır. Bu gibi durumlarda su ve sediment antibiyotik direnç genleri için rezervuar durumuna dönüşebilir ve bu genler horizontal gen transferi ile insan ve balık patojenleri arasında yayılabilirler. Bu çalışmada Türkiye’nin değişik bölgelerinden izole edilmiş 25 L. garvieae izolatının 14 farklı antibiyotiğe karşı duyarlılıkları Kirby Bauer disk difüzyon yöntemiyle belirlendi. İzolatların sahip oldukları çeşitli antibiyotik direnç genlerinin varlığı spesifik primer çiftlerinin kullanıldığı PCR metodu ile belirlendi. Ayrıca izolatlar arasındaki olası klonal ilişkiler RAPD-PCR metodu ile ortaya konuldu. İzolatların tamamının en az 4 farklı antibiyotiğe karşı dirençli olduğu, bir izolatın ise 9 farklı antibiyotiğe karşı direnç ile en yüksek direnç profiline sahip olduğu belirlendi. İzolatlardan birinin (%4) sulI direnç genine, altısının (%24) sulII direnç genine ve bir izolatın (%4) tetD direnç genine sahip olduğu belirlendi. İzolatların ERIC2 primeri ile 3 farklı genotipe ayrıldığı ve izolatların büyük bir bölümünün (16 izolat) baskın tip olan LG2 genotipine dahil olduğu belirlendi. Çalışmada çoklu ilaç direncinin yüksek oranda saptanması balık hastalıklarının tedavisinde uygun antimikrobiyel ajanların seçilmesinin önemini ortaya koymaktadır.

Anahtar Kelimeler

Antibiyotik,antibiyotik direnç geni,genotiplendirme,L. garvieae

Kaynakça

1. Altun S, Onuk EE, Çiftçi A, Büyükekiz AG, Duman M, (2013). Phenotypic, genotypic characterisation and antimicrobial susceptibility determination of Lactococcus garvieae strains. Kafkas Üni Vet Fak Derg. 19, 375-381.
2. Aoki T, Takami K, Kitao T, (1990). Drug resistance in a nonhemolytic Streptococcus sp. isolated from cultured yellowtail Seriola quinqueradiata. Dis Aquat Org. 8, 171-177.
3. Austin B, Austin AD, Bacterial fish pathogens: Diseases of farmed and wild fish, 5th edn. Springer/Praxis Publishing, Chichester, 2012.
4. Baydan E, Yurdakök B, Aydın FG, (2012). Balıklarda antibiyotik kullanımı. Turkiye Klinikleri J Vet Sci. 3(3), 45-52.
5. Clinical Laboratory Standard Institute (CLSI). The susceptibility of the isolates was determined according to Performance Standards for Antimicrobial Susceptibility Testing: Twenty-First Informational Supplement, Zone Diameter Standards for Enterococcus spp. (7). CLSI.: Performance standarts for antimicrobial susceptibility testing; Twentyfirst Informational Supplement, 2011.
6. Didinen BI, Yardımcı B, Onuk EE, Metin S, Yıldırım P, (2014). Naturally Lactococcus garvieae infection in Rainbow Trout (Oncorhyncus mykiss Walbaum, 1792): New histopathological observations, phenotypic and molecular identification. Rev Med Vet. 165(1-2), 12-19.
7. Duman M, (2017). Gökkuşağı alabalıklarında görülen motil aeromonas (Aeromonas hydrophila, A. sobria, A. caviae), Yersinia ruckeri ve Lactococcus garvieae bakterilerinin antimikrobiyal duyarlılıkları ve duyarlılıkta rol oynayan genlerin tespiti. Uludağ Üniversitesi, Sağlık Bilimleri Enstitüsü, Su Ürünleri Hastalıkları Anabilim Dalı, Bursa, Doktora Tezi, sayfa: 70.
8. Foschino R, Nucera D, Volponi G, Picozzi C, Ortoffi M, Bottero MT, (2008). Comparison of Lactococcus garvieae strains isolated in northern Italy from dairy products and fishes through molecular typing. J Applied Microbiol. 105(3), 652-62

9. Gıda Tarım ve Hayvancılık Bakanlığı (GTHB). Bakanlığımızdan izinli veteriner tıbbi ürünler listesi. https:// www.tarim.gov.tr/Konular/Veteriner-Hizmetleri/Veteriner- Saglik-Urunleri. 2018. İnternet Erişimi: 15.03.2018.
10. Heuer OE, Kruse H, Grave K, Collignon P, Karunasagar I, Angulo FJ, (2009). Human health consequences of use of antimicrobial agents in aquaculture. Clin Infect Dis. 49, 1248-1253.
11. Hirono I, Aoki T, (2001). Characterization of structure and genes of R Plasmid from fish-pathogenic Lactococcus garvieae. Proc Jpn Soc Antimicrob Anim. 23, 22-24.
12. Kav K, Erganiş O, (2008) Antibiotic susceptibility of Lactococcus garvieae in Rainbow trout (Oncorhyncus mykiss) farms. Bull Vet Inst Pulawy. 52, 223-226.
13. Kawanishi M, Kojima A, Ishihara K, Esaki H, Kijima M, Takahashi T, Suzuki S, Tamura Y, (2005). Drug resistance and pulsed-field gel electrophoresis patterns of Lactococcus garvieae isolates from cultured Seriola (yellowtail, amberjack and kingfish) in Japan. Lett Appl Microbiol. 40, 322-328.
14. Kubilay A, Altun S, Ulukoy G, Diler O, (2005). Lactococcus garvieae suşlarının antimikrobiyal duyarlılıklarının belirlenmesi. Eğirdir Su Ürünleri Fakültesi Dergisi. 1(1), 39-48.
15. Marti E, Variatza E, Balcazar JL, (2014). The role of aquatic ecosystems as reservoirs of antibiotic resistance. Trends Microbiol. 22(1), 36-41.
16. Meyburgh CM, Bragg RR, Boucher CE, (2017). Lactococcus garvieae: an emerging bacterial pathogen of fish. Dis Aquat Org. 123, 67-79.
17. Ng LK, Marti, I, Alfa M, Mulvey M, (2001). Multiplex PCR for the detection of tetracycline resistant genes. Mol Cel Prob. 15, 209-215.
18. Ngo TPH, Smith P, Bartie KL, Thompson KD, Verner-Jeffreys DW, Hoare R, Adams A, (2018). Antimicrobial susceptibility of Flavobacterium psychrophilum isolates from the United Kingdom. J Fish Dis. 41, 309-320.
19. Onuk EE, Çiftçi A, Fındık A, Çiftçi G, Altun S, Balta F, Özer S, Çoban AY, (2011). Phenotypic and Molecular Characterization of Yersinia ruckeri Isolates from Rainbow Trout (Oncorhynchus mykiss, Walbaum, 1792) in Turkey. Berl Munch Tierarztl Wochenschr. 124(7-8), 320-328.
20. Pei R, Kim SC, Carlson KH, Pruden A, (2006). Effect of river land scape on the sediment concentrations of antibiotics and corresponding antibiotic resistance genes (ARG). Water Res. 40, 2427-2435.
21. Raissy M, Moumeni M, (2016). Detection of antibiotic resistance genes in some Lactococcus garvieae strains isolated from infected Rainbow trout. Iran J Fish Sci. 15(1), 221-229.
22. Raissy M, Shahrani M, (2015). Detection of tetracycline resistance genes in Lactococcus garvieae strains isolated from Rainbow trout. World Academy of Science, Engineering ve Technology, International Journal of Biological, Biomolecular, Agricultural, Food ve Biotechnological Engineering. 9(2), 126-129.
23. Ravelo C, Magarinos B, Lopez-Ramade S, Toranzo AE, Romalde JL, (2003). Molecular fingerprinting of fishpathogenic Lactococcus garvieae strains by Random Amplified polymorphic DNA Analysis. J Clin Microbiol. 41(2), 751-756.
24. Roberts MC, Chung WO, Roe D, Xia M, Marquez C, Borthagaray G, Whittington WL, Holmes KK, (1999). Erythromycin resistant Neisseria gonorrhoeae and oral commensal Neisseria spp. carry known rRNAmethylase genes. Antimicrob Agents Chemother. 43(6), 1367-1372.
25. Taylor NGH, Verner-Jeffreys DW, Baker-Austin C, (2011). Aquatic systems: maintaining, mixing and mobilising antimicrobial resistance? Trends Ecol Evol. 26(6), 278-284.
26. Türe M, Boran H, (2015). Phenotypic and genotypic antimicrobial resistance of Lactococcus sp. strains isolated from rainbow trout (Oncorhynchus mykiss). Bull Vet Inst Pulawy. 59, 37-42.
27. Van TTH, Chin J, Chapman T, Tran LT, Coloe PJ, (2008). Safety of raw meat and shellfish in Vietnam: an analysis of Escherichia coli isolations for antibiotic resistance and virulence genes. Int J Food Microbiol. 124, 217-223.
28. Vendrell D, Balcazar JL, Ruiz-Zarzuela I, De Blas I, Girones O, Muzquiz JL, (2006). Lactococcus garvieae in fish: a review. Comp Immun Microbiol Infect Dis. 29, 177-198.
29. Versalovic J, Koeuth T, Lupski R, (1991). Distribution of repetitive DNA sequences in eubacteria and application to fingerprinting of bacterial genomes. Nucleic Acids Res. 19(24), 6823-6831.
30. Zlotkin A, Eldar A, Ghittino C, Bercovier H, (1998). Identification of Lactococcus garvieae by PCR. J Clin Microbiol. 36, 983-985.

Ayrıntılar

Birincil Dil

Türkçe

Konular

-

Bölüm

Araştırma Makalesi

Yazarlar

İlker Hancı Bu kişi benim

Ertan Emek Onuk ^*

Yayımlanma Tarihi

30 Aralık 2018

Gönderilme Tarihi

11 Nisan 2018

Kabul Tarihi

8 Haziran 2018

Yayımlandığı Sayı

Yıl 2018 Cilt: 29 Sayı: 2

DOI

https://doi.org/10.35864/evmd.513437

IZ

https://izlik.org/JA39YL69NH

Kaynak Göster

RIS / Bibtex

APA

Hancı, İ., & Onuk, E. E. (2018). Lactococcus garvieae İzolatlarının Antimikrobiyal Direnç Profillerinin Fenotipik ve Genotipik Olarak Belirlenmesi. Etlik Veteriner Mikrobiyoloji Dergisi, 29(2), 94-103. https://doi.org/10.35864/evmd.513437

AMA

1.Hancı İ, Onuk EE. Lactococcus garvieae İzolatlarının Antimikrobiyal Direnç Profillerinin Fenotipik ve Genotipik Olarak Belirlenmesi. Etlik Vet. Mik. Derg. 2018;29(2):94-103. doi:10.35864/evmd.513437

Chicago

Hancı, İlker, ve Ertan Emek Onuk. 2018. “Lactococcus garvieae İzolatlarının Antimikrobiyal Direnç Profillerinin Fenotipik ve Genotipik Olarak Belirlenmesi”. Etlik Veteriner Mikrobiyoloji Dergisi 29 (2): 94-103. https://doi.org/10.35864/evmd.513437.

EndNote

Hancı İ, Onuk EE (01 Aralık 2018) Lactococcus garvieae İzolatlarının Antimikrobiyal Direnç Profillerinin Fenotipik ve Genotipik Olarak Belirlenmesi. Etlik Veteriner Mikrobiyoloji Dergisi 29 2 94–103.

IEEE

[1]İ. Hancı ve E. E. Onuk, “Lactococcus garvieae İzolatlarının Antimikrobiyal Direnç Profillerinin Fenotipik ve Genotipik Olarak Belirlenmesi”, Etlik Vet. Mik. Derg., c. 29, sy 2, ss. 94–103, Ara. 2018, doi: 10.35864/evmd.513437.

ISNAD

Hancı, İlker - Onuk, Ertan Emek. “Lactococcus garvieae İzolatlarının Antimikrobiyal Direnç Profillerinin Fenotipik ve Genotipik Olarak Belirlenmesi”. Etlik Veteriner Mikrobiyoloji Dergisi 29/2 (01 Aralık 2018): 94-103. https://doi.org/10.35864/evmd.513437.

JAMA

1.Hancı İ, Onuk EE. Lactococcus garvieae İzolatlarının Antimikrobiyal Direnç Profillerinin Fenotipik ve Genotipik Olarak Belirlenmesi. Etlik Vet. Mik. Derg. 2018;29:94–103.

MLA

Hancı, İlker, ve Ertan Emek Onuk. “Lactococcus garvieae İzolatlarının Antimikrobiyal Direnç Profillerinin Fenotipik ve Genotipik Olarak Belirlenmesi”. Etlik Veteriner Mikrobiyoloji Dergisi, c. 29, sy 2, Aralık 2018, ss. 94-103, doi:10.35864/evmd.513437.

Vancouver

1.İlker Hancı, Ertan Emek Onuk. Lactococcus garvieae İzolatlarının Antimikrobiyal Direnç Profillerinin Fenotipik ve Genotipik Olarak Belirlenmesi. Etlik Vet. Mik. Derg. 01 Aralık 2018;29(2):94-103. doi:10.35864/evmd.513437

Cited By

Phenotypic and molecular differentiation of Lactococcus garvieae and Lactococcus petauri isolated from trout

Aquaculture

https://doi.org/10.1016/j.aquaculture.2023.739933

Epidemiological cutoff values and genetic antimicrobial resistance of Lactococcus garvieae and L. petauri

Aquaculture

https://doi.org/10.1016/j.aquaculture.2024.741340

Kültür Gökkuşağı Alabalıklarında (Oncorhynchus mykiss) Tanımlanan Patojen Bakterilerin Antibiyotik Dirençliliğinin Belirlenmesi

Turkish Journal of Maritime and Marine Sciences

https://doi.org/10.52998/trjmms.1556600