Model Organizma Galleria mellonella’ da Hemolenf ve Dokudan Düşük Maliyetli ve Basit DNA İzolasyon Metodu
Abstract
Bu çalışmanın amacı, rutin laboratuvar çalışmalarında sıklıkla kullanılan ekonomik kimyasalları ve sarf malzemeleri kullanarak dokudan ve vücut sıvılarından mevcut izolasyon yöntemlerine alternatif, polimeraz zincir reaksiyonu (PZR) işlemlerinde kullanılmak üzere gDNA izolasyon yöntemi oluşturmaktır. Bu amaçla model organizma olarak Galleria mellonella L. (Lepidoptera: Pyralidae) kullanılmıştır. Çalışmada, oluşturduğumuz yöntemle karşılaştırma yapabilmek için iki farklı DNA izolasyon yöntemi de uygulanmıştır. İzolasyonu yapılan DNA’ ların miktar ve saflığı 260 nm ve 260 nm/280 nm’ de spektrofotometrik ölçümlerle belirlenmiş ve agaroz jel elektroforezi ile kontrolleri yapılmıştır. Fenolsüz ve santrifüjsüz yöntem, InstaGene matrix yöntemi ve bazı modifikasyonlar yaparak oluşturduğumuz DNA izolasyon yöntemi ile hemolenf örneğinden elde edilen A260 değerleri sırasıyla 0,032, 0,157, 0,432; doku örneğinden elde edilen A260 değerleri ise sırasıyla 0,291, 0,121, 0,346 bulunmuştur. Saflık değerleri ise hemolenf grubunda sırasıyla 1,030, 1,401, 1,878; doku grubunda ise 1,785, 1,690, 2,011 olarak tespit edilmiştir.
Sonuç olarak modifiye edilerek oluşturduğumuz yöntem ile hem vücut sıvısından hem de dokudan yeterli miktar ve kalitede DNA elde edilebildiği tespit edilmiştir.
Keywords
Kaynakça
- Bailes, S. M., Devers, J. J., Kirby, J. D. & Rhoads, D. D. (2007). An inexpensive, simple protocol for dna isolation from blood for high-throughput genotyping by polymerase chain reaction or restriction endonuclease digestion. Poultry Science, 86(1), 102–106. doi: 10.1093/ps/86.1.102.
- Barwise, A. H. & Walker, I. O. (1970). Studies on the DNA of a virüs from Galleria mellonella. Febs Letters, 6(1), 13-16. doi: 10.1016/0014-5793(70)80028-X.
- Bio-rad laboratories (2018). Insta Gene Matrix: Prepare DNA templates for PCR with no phenol/chloroform extractions and no deproteinization steps. Tech note 1810. Erişim tarihi: 05.04.2018.
- Bozkaya, F. (2012). DNA izolasyonunda Fenol-Kloroform yerine Potasyum-Asetat Kullanımının DNA miktarı ve Kalitesine Etkisi”, Harran Üniversitesi Veteriner Fakültesi Dergisi, 1(2), 92-96.
- Bronskill, J. K. (1961). A cage to simpllify the rearing of greater wax moth, Galleria mellonella (Pyralidae). Journal of Lepidopterist’s Society, 15(2), 102-104.
- Chen, H. M., Wang, W., Smith, D. & Chan, S.C. (1997). Effects of the antibacterial peptide cecropin B and its analogs, cecropins B-1 and B-2, on liposomes, bacteria and cancer cells. Biochimica et Biophysica Acta, 1336(2), 171-179. doi: 10.1016/S0304-4165(97)00024-X.
- Cherepenko, E. I., Galkin, A. P., Lebedev, V. R. & Kok, I. P. (1982). A non-damaging procedure for DNA isolation from insect cell nuclei. Ukrainian Biochemical Journal, 54(3), 316-321.
- Cytrynska, M., Mak, P., Zdybicka-Barabas, A., Suder, P. & Jakubowicz, T. (2007). Purification and characterization of eight peptides from Galleria mellonella immune hemolymph. Peptides, 28(3), 533-546. doi: 10.1016/j.peptides.2006.11.010.
- Cytrynska, M., Zdybicka-Barabas, A., Jablonski, P. & Jakubowicz, T. (2001). Detection of antibacterial polypeptide activity in situ after sodium dodecyl sulfate-polyacrylamide gel elecrophoresis. Analytical Biochemistry, 299(2), 274-276. doi: 10.1006/abio.2001.5422.
- Emre, I., Kayis, T., Coskun, M., Dursun, O. & Cogun, H. Y. (2013). Changes in antioxidative enzyme activity, glycogen, lipid, protein, and malondialdehyde content in cadmium-treated Galleria mellonella larvae. Annals of the Entomological Society of America, 106(3), 371–377. doi: 10.1603/AN12137.