Farklı Metotlar Kullanılarak Elde Edilen Aynı Miktar Bakteriyel DNA’lar Arasındaki Konsantrasyon Farklılıklarının Belirlenmesi

Yıl 2019, Cilt: 4 Sayı: 3, 322 - 327, 30.12.2019

Şükrü Önalan , Sümeyye Adalı Abuzer Taş

https://doi.org/10.35229/jaes.626493

Öz

Bu çalışmada kültüre alınmış olan L. garvieae izolatları aynı besiyeri (TSA) ve miktarı (20ml) ile aynı çevresel şartlarda (7,4 pH, 21^oC, 24 saat) inkübe edilmiştir.  İzolatların identifikasyonları Real-Time PCR ile 16S rRNA gen bölgesine spesifik primer assay ile teyit edilmiştir. 24 saatlik inkübasyon periyodunun ardından 10ml’lik TSB besiyerinde gelişen izolatlar 600 nm dalga boyunda 1.0 OD’ye eşitlenmiştir. Farklı gruplardan DNA izolasyonları; sıvı besiyerinde kaynatma, katı besiyerinde (Eşit OD) kaynatma, 2 farklı ticari kit kullanılarak manuel izolasyon ve otomatik izolasyon robotu olmak üzere toplam 5 farklı metotla gerçekleştirilmiştir. İzole edilen DNA’ların ve gerçekleştirilen Real-Time PCR işleminin ardından izolasyon robotu ile elde edilen sonuçlarda DNA kalitesinin en iyi olduğu, bunu takiben ticari kitler, sıvı besiyeri izolasyonu ve katı besiyeri izolasyonları olduğu görülmüştür. Real-Time PCR grafiğinde, çalışma grupları arasındaki tekerrürler içerisinde en büyük sapma sıvı besiyeri izolasyonu ve ticari kit izolasyonunda gözlenmiştir.

Anahtar Kelimeler

DNA izolasyonu, spektrofotometrik ölçüm, Real-Time PCR, balık hastalıkları, L. garvieae

Proje Numarası

FBA-2018-6886

Kaynakça

• Akyüz, B., Bayram, D., Ertuğrul, O., İşcan, K.M. (2008). Türkiye’ de yetiştirilen holstayn ve bazı yerli sığır ırklarında citrullinemia allelinin belirlenmesi. Erciyes Üniv Vet Fak Derg 5 (1), 17-20.
• Akyüz, B., Ertuğrul, O. (2008). Türkiye’de Holştayn ve yerli sığırlarda üridin monofosfat senteaz eksikliğinin (DUMPS) belirlenmesi. Ankara Üniv Vet Fak Derg, 55, 57-60.
• Austin, B., Austin, D.A. (1999). Bacterial fish pathogens: Disease in farmed and wild fish. 3rd (Revised) Edition. Praxis Publishing, Chichester, UK.
• Balcıoğlu, M.S., Sahin, E., Karabağ, K., Karslı, T., Alkan, S. (2010). Türkiye Yağlı Kuyruklu Koyun Irklarında DNA Parmak izinin RAPD-PCR Yöntemi Kullanılarak Saptanması Tarım Bilimleri Dergisi, 16, 55-61.
• Balta, F., Yılmaz, H. (2019). Kültür Levreklerinde (Dicentrarchus labrax) Vibrio parahaemolyticus Enfeksiyonu. Journal of Anatolian Environmental and Animal Sciences. 4(2), 104-110.
• Bozkaya, F. (2012). DNA İzolasyonunda Fenol-Kloroform Yerine Potasyum Asetat Kullanımının DNA Miktarı ve Kalitesi Üzerine Etkisi. Harran Üniversitesi Veteriner Fakültesi Dergisi, 1(2), 92-96.
• Budak-Yıldıran, F.A., Yıldız, K., Çakır, Ş., Gazyağcı, A.N. (2010). Kırıkkale bölgesinde koyun kökenli Echinococcus granulosus izolatlarının moleküler karakteri. Kafkas Univ Vet Fak Derg, 16 (2), 245-250.
• Ewers, C., Janßen, T., Kießling, S., Philipp, H.C., Wieler, L.H. (2004). Molecular epidemiology of avian pathogenic Escherichia coli (APEC) isolated from colisepticemia in poultry. Veterinary microbiology, 104, (1-2), 91-101.
• Güler, G. (2018). DNA-RNA-izolasyonu. www.fencebilim.com/biyoloji/biyoloji-sunulari/DNA-RNA-izolasyonu.pdf. Erişim tarihi: 05.03.2018. Saat: 12:26.
• Hoseinifar, S.H., Dadar, M., Khalili, M., Cerezuela, R., Esteban, M.Á. (2017). Effect of dietary supplementation of palm fruit extracts on the transcriptomes of growth, antioxidant enzyme and immune‐related genes in common carp (Cyprinus carpio) fingerlings. Aquaculture Research, 48(7), 3684-3692.
• Korkmaz-Ağaoğlu, Ö., Çınar-Kul, B., Akyüz, B., Özkan, E., Ertuğrul, O., Erol, H. (2010). Keçi türünde mikrosatellit polimorfizminin belirlenmesinde farklı çoklu-PZR (Multipleks PCR) sistemleri. Vet Hekim Der Derg, 81, 21-27.
• Köroğlu, M. (2017). Sampling and DNA Isolation in Microbiota Studies. Journal of Biotechnology and Strategic Health Research, 1, 50-55.
• Marchesi, J.R. (2014). The Human Microbiota and Microbiome. Advances in Molecular and Cellular Microbiology. CAB International, Cardiff University, Cardiff.
• Önalan, Ş., Arabacı, M. (2016). Van, Bitlis, Muş ve Hakkari illerinde bulunan gökkuşağı alabalığı çiftliklerinden elde edilen Lactococcus garvieae izolatlarının fenotipik, serotipik ve genotipik farklılıklarının belirlenmesi. Yüzüncü Yıl Üniversitesi. Fen Bilimleri Enstitüsü, Doktora Tezi.
• Önalan, Ş. (2019). Expression differences of stress and immunity genes in rainbow trout (Oncorhynchus mykiss, Walbaum 1792) with different bacterial fish diseases. The Israeli Journal of Aquaculture-Bamidgeh, IJA_71.2019.1597, p:10.
• Özşensoy, Y., Kurar, E., Bulut, Z., Nizamlıoğlu, M. (2008). Mikrosatellit DNA markörleri kullanılarak atlarda ebeveyn tayini: Bir vaka takdimi. Vet Bil Derg, 24, 87-91.
• Sambrook, J., Fritsch, E.F., Maniatis, T. (1989). Molecular Cloning: A laboratory manual. Cold Spring Harbor Laboratory Press, New York.
• Thomas, V., Clark, J., Doré, J. (2015). Fecal microbiota analysis: an overview of sample collection methods and sequencing strategies. Future microbiology. 10(9):1485-1504.
• Turner, P.C., McLennan, A.G., Bates, A.D., White, M.R.H., Konuk, M. (2004). Moleküler biyoloji. Nobel Yayın evi. ISBN: 975-591-596-6.
• Ün, C., Wimmers, K., Ponsuksili, S., Schmoll, F., Schellander, K. (2000). Mikrosatellitler ve kullanım alanları. Hayvansal üretim, 41(1).
• Wang, C.Y., Hsieh, Y.R., Ng, C.C., Chan, H., Lin, H.T., Tzeng, W.S., Shyu, Y.T. (2009). Purification and characterization of a novel halostable cellulase from Salinivibrio sp. strain NTU- 05. Enzyme and Microbial Technology, 44(6-7), 373-379.