Kahramanmaraş İlinde Akut Solunum Yolu Enfeksiyonu Ön Tanısı Olan Hastalarda Multipleks PCR Yöntemiyle Viral ve Bakteriyel Etkenlerin Sıklığının Araştırılması

Amaç: Bu çalışmada, Kahramanmaraş Sütçü İmam Üniversitesi Araştırma ve Uygulama Hastanesi'ne başvuran hastalarda solunum yolundan izole edilen patojenlerin dağılımı ve sıklığının belirlenmesi hedeflenmiştir. Gereç ve yöntemler: 1 Nisan - 31 Haziran 2023 tarihleri arasında Kahramanmaraş Sütçü İmam Üniversitesi Hastanesi'ne başvuran akut solunum yolu enfeksiyonu ön tanılı hastalarının solunum yolu örnekleri, multipleks gerçek zamanlı polimeraz zincir reaksiyonu (MRT-PZR) Bio-Speedy Solunum Yolu RT-qPCR MX-24T (Bioeksen, İstanbul, Türkiye) paneli ile incelendi. Bu panel, 18 virüs ve 6 bakteriyi aynı anda tespit edebilme kapasitesine sahiptir ve örneklerin nükleik asitleri Bio-Rad Thermal Cycler CFX96 (Bio-Rad, ABD) cihazında analiz edildi. Bulgular: Değerlendirilen 448 solunum örneğinden 168'i (%37.5) pozitif çıktı. Bu pozitif örneklerde toplam 246 patojen belirlendi; bunların 84'ü (%34.1) viral, 162'si (%65.9) bakteriyel etkenlerden oluştu. En sık rastlanan patojenler Haemophilus influenzae (n=100) ve Streptococcus pneumoniae (n=62) oldu. Pozitif örneklerin 102’sinde (%22.8) tek etken, 57’sinde (%12.7) ikili etken, 9’unda (%2) 2 ve daha fazla etken pozitifliği saptanırken, 280’inde (%62.5) etken saptanmadı. Koenfeksiyonlar arasında SARS-CoV-2'nin yalnızca 7 örnekte tespit edildiği gözlemlendi. Sonuç: Bu çalışma, solunum yolu patojenlerinin moleküler yöntemlerle ilk kez ilimizde kapsamlı olarak değerlendirildiği bir araştırmadır. Bulgular, geniş bir patojen yelpazesi ve koenfeksiyon çeşitliliği göstermektedir. Araştırmada, geniş bir etken patojen yelpazesi belirlenmiş olup, en sık saptanan patojenler sırasıyla Haemophilus influenzae ve Streptococcus pneumoniae olarak tespit edilmiştir. MRT-PZR yönteminin hızlı ve hassas tanı sağlayarak gereksiz antibiyotik kullanımını önleyebileceği, enfeksiyon kontrolü açısından klinisyenlere yol gösterici olacaktır.

Objective: This study aimed to determine the distribution and frequency of pathogens isolated from respiratory tract samples of patients presenting at Kahramanmaraş Sutcu Imam University Research and Application Hospital. Materials and methods: Between April 1 and June 31, 2023, respiratory samples from patients with acute respiratory tract infections at Kahramanmaraş Sutcu Imam University Hospital were analyzed using the Bio-Speedy Respiratory RT-qPCR MX-24T panel. This panel can simultaneously detect 18 viruses and 6 bacteria, and nucleic acids from the samples were analyzed using the Bio-Rad Thermal Cycler CFX96. Results: Out of 448 respiratory samples evaluated, 168 (37.5%) were positive. Among these positive samples, 246 pathogens were identified; 84 (34.1%) were viral, and 162 (65.9%) were bacterial. The most frequently detected pathogens were Haemophilus influenzae (n=100) and Streptococcus pneumoniae (n=62). While 102 (22.8%) of the samples were positive for a single agent, 57 (12.7%) were positive for two agents, 9 (2%) were positive for 2 or more agents, and no agent was detected in 280 (62.2%) samples. Co-infections with SARS-CoV-2 were observed in only 7 samples. Conclusion: This study is the first comprehensive evaluation of respiratory pathogens using molecular methods in our region. The findings reveal a wide range of pathogens and co-infection diversity. The study identified a broad spectrum of pathogens, with Haemophilus influenzae and Streptococcus pneumoniae being the most common. The MRT-PZR method can prevent unnecessary antibiotic use by providing rapid and sensitive diagnosis and will guide clinicians in terms of infection control.