Mikobakteri Türlerinin İdentifikasyonunda Polimeraz Zincir Reaksiyonu-Parça Uzunluk Polimorfizmi Tekniği ile Klasik Yöntemler Arasındaki Uyumun Belirlenmesi

Öz

AbstractDetermination of Coherency Between Polymerase Chain Reaction-Restriction Fragment Lenght Polymorphism Technique and Conventional Methods for the Identification of Mycobacteria at the Species Level Objective: There are still various problems at diagnosis and identification of tuberculosis. The aim of this study was to determine the coherency between molecular biologic and classical biochemical methods for the identification of Mycobacterium at the species level. Method: While nitrate, catalase and niacin tests were used for biochemical identification, Polymerase Chain Reaction-Restriction Fragment Length Polymorphism technique was used as molecular biologic method for isolated Mycobacterium spp. Results: It was detected that 30% of samples were positive with acid-fast bacilli smear before cultivation. While 43% of samples were culture positive by cultivation 30% of samples were positive for acid-fast bacilli smear and culture at the same time. 7 isolates (16.3%) were identified as Mycobacteria other than tuberculosis and 36 (83.7%) isolates were identified as Mycobacterium tuberculosis complex with Restriction Fragment Length Polymorphism technique. According to the biochemical identification, 40% of isolates had low activity for catalase test, 41% of isolates were positive for nitrate test, 30% of isolates were positive for niacin test. Conclusion: Coherency between Polymerase Chain Reaction-Restriction Fragment Length Polymorphism and conventional methods was evaluated by kappa statistics in our study. Coherency between two methods was determinated as middle degree. Disadvantages of Polymerase Chain Reaction-Restriction Fragment Length Polymorphism technique are false positive and negative results which can occur occasionally. We determined that classical and molecular techniques must be evaluated with clinical features at diagnosis of tuberculosis.

Anahtar Kelimeler

• Mycobacterium tuberculosis complex, Polymerase Chain Reaction-Restriction Fragment Length Polymorphism), identification.

Mikobakteri Türlerinin İdentifikasyonunda Polimeraz Zincir Reaksiyonu-Parça Uzunluk Polimorfizmi Tekniği ile Klasik Yöntemler Arasındaki Uyumun Belirlenmesi

Öz

Amaç: Günümüzde tüberkülozun laboratuvar tanısında ve identifikasyonunda karşılaşılan çeşitli zorluklar mevcuttur. Bu çalışmada mikobakteri identifikasyonunda klasik biyokimyasal yöntemler ile moleküler yöntemler arasındaki uyumun belirlenmesi amaçlanmıştır. Yöntem: Biyokimyasal identifikasyonda, nitrat, katalaz ve niasin testleri, moleküler biyolojik teknik olarak Polimeraz Zincir Reaksiyonu-Parça Uzunluk Polimorfizmi yöntemi kullanılarak, Mycobacterium spp. olarak izole edilen mikobakterilerin identifikasyonu yapılmıştır. Bulgular: Örneklerin ekim öncesi yapılan Ehrlich Ziehl Neelsen direkt incelemelerinde aside dirençli basil örneklerin 30'unda (%30) saptanmıştır. Örneklerin 43\'ü (%43) kültür yöntemi ile pozitif bulunurken, Ehrlich Ziehl Neelsen ve kültürün aynı anda 30'u (%30) pozitif olarak belirlenmiştir. Polimeraz Zincir Reaksiyonu-Parça Uzunluk Polimorfizmi yöntemi ile Mycobacterium spp. olarak izole edilen 7 izolatın (%16.3) Nontüberküloz Mikobakteriler olduğu geri kalan 36 (%83.7) örneğin Mycobacterium tuberculosis complex olduğu tespit edildi. Klasik identifikasyon sonucunda 40 suşun katalaz testi düşük, 41 suşun nitratı pozitif bulunurken, 30 suşun niasin testi pozitif bulundu. Sonuç: Bu çalışmada biyokimyasal identifikasyonun moleküler yöntemle uyumu kapa istatistiği ile değerlendirildi. Bu iki yöntem arasındaki uyum orta derecede çıkmıştır. Polimeraz Zincir Reaksiyonu-Parça Uzunluk Polimorfizmi yönteminin en önemli dezavantajı zaman zaman yanlış pozitif ve negatif sonuçların ortaya çıkabilmesidir. Bu nedenle tüberkülozun laboratuvar tanısında klasik ve moleküler yöntemlerin sonuçları değerlendirilirken mutlaka klinik ön tanı ile birlikte değerlendirilmesi gerektiği düşüncesindeyiz.

Anahtar Kelimeler

• Mycobacterium tuberculosis complex, Polimeraz Zincir Reaksiyonu-Parça Uzunluk Polimorfizmi tekniği, identifikasyon

Kaynakça

1. Tevfik C, Aydın M, Mısırlıgil A. Tıp ve Diş Hekimliğinde Genel ve Ozel Mikrobiyoloji. Ankara; Güneş Kitabevi, ;4l7-29. World Health Organization. Global tuberculosis control: surveillance, planning, fi nancing. WHO report, 2006.
2. Erişim: http://www.who.int/topics/tuberculosis/en/.html Erişim Tarihi: 15.05.2006.
3. Bilgehan H. Klinik Mikrobiyoloji.10. baskı, lzmir: Barış kitabevi, 2000;439—86.
4. Telenti A, Marchesi F, Balz M, Bally F, Böttger EC, Bodmer T. Rapid identification of mycobacteria to the species level by polymerase chain reaction and restriction enzyme analysis. J Clin Microbiol 1993;31(2):171—8.
5. Sürücüoğlu S. Tüberküloz basillerinin identifikasyonu. III. Tüberküloz sempozyumu ve III. Tüberküloz laboratuvar Sajduda A, Brzostek A, Poplawska M, Augustynowicz— Kopeıf' E, Zwolska Z, Niemann S, Dziadek J, Hillemann D. World Health Organization. 2008 Tuberculosis Facts.
6. Erişim:http://www. Who.int/tb/publications/ZOOS/factsheet. Ichiyama S, Ito Y, Sugiura F, linuma Y, Yamori S, Shimojima M, Hasegawa Y, Shimokata K, Nakashima N. Grosset J, Mounton Y. Is PCR a useful tool for the diagnosis of tuberculosis in 1995? Tubercle Lung Dis
7. Bogard M, Vincelette J, Antinozzi R, Alonso R, Fener T, Schirm J, Aubert D, Gaudreau C, Sala E, Ruiz-Serrano M, Petersen H, Oostendorp L, Burkardt H. Multicenter study of a commerical, automated poymerase chain reaction system for the rapid detection of Mycobacterium tuberculosis in respiratory specimens in routine clinical practice. Eur J Clin Microbial Infect Dis 2001 ;20:724—3 1.
8. Noordhoek GT, van Embden JD, Kolk AH. Reliability of nucleic acid ampliŞcation for detection of Mycobacterium Noordhoek GT, Mulder S, Wallace P, van Loon AM. Multicenter quality control study for detection of Mycobacterium tuberculosis in clinical samples by nucleic ampliŞcation methods. Clin Microbiol Infect 2004;10:295—

9. Mondragon—Barreto M, Vazguez—Chacon CA, Barron— Rivero C, Acosta—Blanco P, Jost KC Jr, Balandrano S, Wu X, Zhang J, Liang J, Lu Y, Li H, Li C, Yue J, Zhang L, Liu Z. Comparison of three methods for rapid identification of mycobacterial clinical isolates to the species level. J Clin Microbiol 2007;1898—903.