Araştırma Makalesi
BibTex RIS Kaynak Göster

Hemoroidal yaralarda lazer sonrası enfeksiyonu önlemek için antimikrobiyal büyüme faktörü füzyon proteinlerinin bilgisayar simülasyonlu tasarımı

Yıl 2026, Sayı: Advanced Online Publication, 12.03.2026

Özlem Karaca Ocak , Zoha Naeem

https://doi.org/10.29058/mjwbs.1822432
https://izlik.org/JA54ME89DK

Öz

Amaç: Lazer sonrası yara enfeksiyonu, hemoroid cerrahisi sonrası tekrarlayan bir komplikasyondur, çünkü anorektal ortamda polimikrobiyal flora kolonize olur ve mukozal onarım bozulur. Bu çalışma, mevcut tedavi seçeneklerinin dezavantajlarını ortadan kaldırmayı ve anorektal yara onarımının mikroçevresinin özel koşullarını karşılamak üzere izlenen, antimikrobiyal aktiviteye sahip yeni nesil bir profilaktik biyomolekül sağlamayı amaçlamaktadır.
Gereç ve Yöntemler: Enfeksiyon ve yavaş yara iyileşmesi gibi bu iki sorunu aşmak için, mevcut bir çalışmada, seçilen antimikrobiyal peptidleri (AMP'ler) fibroblast büyüme faktörü 10 (FGF10) alanıyla birleştiren yeni bir antimikrobiyal-büyüme faktörü füzyon proteini tasarlamak ve karakterize etmek için bir in-silico biyomühendislik müdahalesi geliştirilmiştir.
Bulgular: Antimikrobiyal Peptid Veritabanı, AP00608, AP02570, AP03795 ve AP00952 dahil olmak üzere dört katyonik AMP ile taranmış ve AllerTOP v2.0 ve ToxiPred kullanılarak taranarak alerjenik ve toksik olmadıkları doğrulanmıştır. Elde edilen mühendislik füzyon yapısı, istenen fizikokimyasal özelliklere (32,84 kDa; pI 10,19; kararsızlık indeksi 38,52; GRAVY -0,33; çözünürlük 0,48) ve bu da yüksek stabilite ve hidrofiliklik anlamına gelmektedir. İkincil yapı tahmini %27,34 alfa sarmal ve %16,26 beta sarmal gösterirken, AlphaFold olasılığı ve ERRAT (%94,28 yapısal doğruluk kanıtladı). ClusPro 2.0, FGFR2b (1NUN) ve FGFR2 (1EV2) ile sırasıyla -1161,9 kcal mol -1 ve -1144,4 kcal mol -1 enerjilerle iyi bağlanma afiniteleri gösterdi. 500 ikonik Desmond moleküler dinamik simülasyonu, termodinamik stabiliteyi, kompakt katlanmayı ve kompleksler içindeki hidrojen bağlarının korunmasını belirledi.
Sonuç: Tüm bu bulgular, önerilen füzyon yapısının, lazer sonrası hemoroidal yaralarda mikrobiyal kolonizasyonu önleyen ve epitel onarımını uyaran çift etkili bir tedavi yöntemi olarak kullanılma potansiyeline sahip olduğunu göstermektedir. Bu hesaplamalı araştırma, bu nedenle gelecekte çok işlevli yara iyileştirici biyolojik ürünlerin deneysel olarak doğrulanması ve translasyonel geliştirilmesinin temelini oluşturmaktadır.

Anahtar Kelimeler

Antimikrobiyal peptitler fibroblast büyüme faktörü 10 moleküler kenetlenme desmond simülasyonu in-silico füzyon proteini yara iyileşmesi lazer sonrası hemoroid enfeksiyonu

Kaynakça

  • Gallo G, Martellucci J, Sturiale A, Clerico G, Milito G, Marino F, et al. Consensus statement of the Italian society of colorectal surgery (SICCR): management and treatment of hemorrhoidal disease. Tech Coloproctol. 2020;24(2):145-164. https://doi.org/10.1007/s10151-020-02149-1
  • Rubbini M, Ascanelli S. Classification and guidelines of hemorrhoidal disease: Present and future. World J Gastrointest Surg. 2019;11(3):117-121. https://doi.org/10.4240/wjgs.v11.i3.117
  • Ray-Offor E, Amadi S. Hemorrhoidal disease: Predilection sites, pattern of presentation, and treatment. Ann Afr Med. 2019;18(1):12. https://doi.org/10.4103/aam.aam_4_18
  • Kaidar-Person O, Person B, Wexner SD. Hemorrhoidal disease: A comprehensive review. J Am Coll Surg. 2007;204(1):102-117. https://doi.org/10.1016/j.jamcollsurg.2006.08.022
  • Lie H, Zhang X, Chen Y, Li J, Wang L, Liu Y, et al. Laser hemorrhoidoplasty for hemorrhoidal disease: a systematic review and meta-analysis. Lasers Med Sci. 2022;37(9):3621-3630. https://doi.org/10.1007/s10103-022-03643-8
  • Wee IJY, Koo CH, Seow-En I, Ng YYR, Lin W, Tan EJKW. Laser hemorrhoidoplasty versus conventional hemorrhoidectomy for grade II/III hemorrhoids: a systematic review and meta-analysis. Ann Coloproctol. 2023;39(1):3-10. https://doi.org/10.3393/ac.2022.00598.0085
  • Maloku H, Gashi Z, Lazovic R, Islami H, Juniku-Shkololli A. Laser hemorrhoidoplasty procedure vs open surgical hemorrhoidectomy: a trial comparing 2 treatments for hemorrhoids of third and fourth degree. Acta Inform Med. 2014;22(6):365-367. https://doi.org/10.5455/aim.2014.22.365-367
  • Yu Q, Zhang Y, Li X, Wang H, Chen J, Liu L, et al. The beneficial effect of Sanhuang ointment and its active constituents on experimental hemorrhoids in rats. J Ethnopharmacol. 2024;319:117173. https://doi.org/10.1016/j.jep.2023.117173
  • Qie G, Wan M, Cui M, Xia W, Liu Q. Effect of active wound dressing on postoperative pain and wound healing in patients undergoing anorectal surgery. BMC Gastroenterol. 2025;25(1):320. https://doi.org/10.1186/s12876-025-03922-y
  • Büyükkiraz ME, Kesmen Z. Antimicrobial peptides (AMPs): A promising class of antimicrobial compounds. J Appl Microbiol. 2022;132(3):1573-1596. https://doi.org/10.1111/jam.15314
  • Huan Y, Kong Q, Mou H, Yi H. Antimicrobial peptides: classification, design, application and research progress in multiple fields. Front Microbiol. 2020;11:582779. https://doi.org/10.3389/fmicb.2020.582779
  • Adikusuma W, Pratama MR, Yusuf M, Santoso B, Rahmawati F, Kurniawan A, et al. Integrated genomic network analysis revealed potential of a druggable target for hemorrhoid treatment. Saudi Pharm J. 2023;31(12):101831. https://doi.org/10.1016/j.jsps.2023.101831
  • Ali N, Ahmad S, Asrar B, Khan M, Naveed M, Iqbal M, et al. Exploring nonstructural NS5B protein to design a multi-epitope-based vaccine against HCV: immuno-informatics approach. Silico Pharmacol. 2025;13(3):160. https://doi.org/10.1007/s40203-025-00448-9
  • Rao H, Kumar P, Sharma A, Singh R, Gupta D, Patel S, et al. In silico exploration of potential phytoconstituents from the bark extract of Boswellia serrata for hemorrhoidal disease: molecular docking and molecular dynamics analysis. Chem Biodivers. 2024;21(2):e202301416. https://doi.org/10.1002/cbdv.202301416
  • Jan A, Khan A, Ali N, Aslam S, Ahmad S, Naveed M, et al. Target-AMP: computational prediction of antimicrobial peptides by coupling sequential information with evolutionary profile. Comput Biol Med. 2022;151:106311. https://doi.org/10.1016/j.compbiomed.2022.106311
  • Dimitrov I, Flower DR, Doytchinova I. AllerTOP - a server for in silico prediction of allergens. BMC Bioinformatics. 2013;14(Suppl 6):S4. https://doi.org/10.1186/1471-2105-14-S6-S4
  • Mishra NK, Singla D, Agarwal S, Raghava GPS. ToxiPred: A server for prediction of aqueous toxicity of small chemical molecules in Tetrahymena pyriformis. J Transl Toxicol. 2014;1(1):21-27. https://doi.org/10.1166/jtt.2014.1005
  • Naveed M, Ahmad S, Ali N, Khan M, Asrar B, Iqbal M, et al. Computational design of a glycosylated multi-epitope vaccine against HAsV-1 and HAsV-2 astrovirus for acute gastroenteritis. Sci Rep. 2025;15(1):13954. https://doi.org/10.1038/s41598-025-96989-2
  • Artimo P, Jonnalagedda M, Arnold K, Baratin D, Csardi G, de Castro E, et al. ExPASy: SIB bioinformatics resource portal. Nucleic Acids Res. 2012;40(W1):W597-W603. https://doi.org/10.1093/nar/gks400
  • Hebditch M, Carballo-Amador MA, Charonis S, Curtis R, Warwicker J. Protein-Sol: a web tool for predicting protein solubility from sequence. Bioinformatics. 2017;33(19):3098-3100. https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btx345
  • Li C, Zhang H, Wang Y, Liu J, Zhao X, Chen Z, et al. Design of a multi-epitope recombinant BCG vaccine targeting Brucella OMP31, LptE and VirB2 in immunoinformatics approaches. PLoS One. 2025;20(11):e0334843. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0334843
  • Jumper J, Evans R, Pritzel A, Green T, Figurnov M, Ronneberger O, et al. Highly accurate protein structure prediction with AlphaFold. Nature. 2021;596:583-589. https://doi.org/10.1038/s41586-021-03819-2
  • Burley SK, Bhikadiya C, Bi C, Bittrich S, Chen L, Crichlow GV, et al. RCSB Protein Data Bank: powerful new tools for exploring 3D structures of biological macromolecules. Nucleic Acids Res. 2021;49(D1):D437-D451. https://doi.org/10.1093/nar/gkaa1038
  • Kozakov D, Hall DR, Xia B, Porter KA, Padhorny D, Yueh C, et al. The ClusPro web server for protein-protein docking. Nat Protoc. 2017;12(2):255-278. https://doi.org/10.1038/nprot.2016.169
  • Wallace AC, Laskowski RA, Thornton JM. LIGPLOT: a program to generate schematic diagrams of protein-ligand interactions. Protein Eng. 1995;8(2):127-134. https://doi.org/10.1093/protein/8.2.127
  • Alexander N, Woetzel N, Meiler J. Bcl::Cluster: a method for clustering biological molecules coupled with visualization in the PyMOL Molecular Graphics System. Proc IEEE ICCABS. 2011:13-18. https://doi.org/10.1109/ICCABS.2011.5729867
  • Bowers KJ, Chow E, Xu H, Dror RO, Eastwood MP, Gregersen BA, et al. Scalable algorithms for molecular dynamics simulations on commodity clusters. Proc SC. 2006:84. https://doi.org/10.1145/1188455.1188544
  • Albalawi IAA, Mirghani HO. The quality of life after trans oral video-assisted thyroidectomy and cervical thyroidectomy: a systematic review and meta-analysis. Front Surg. 2023;10:1116473. https://doi.org/10.3389/fsurg.2023.1116473
  • Harun H, Haroen H, Mirwanti R, Apriani N, Akuoko C. Uncovering the benefits of povidone iodine compared to other therapeutic agents in wound infection prevention and healing outcomes: a scoping review. J Multidiscip Healthc. 2024;17:3605-3616. https://doi.org/10.2147/JMDH.S469037
  • Memarbashi E, Nasiri-Formi E, Etezadpour M, Hosseinimehr SJ. Arnebia euchroma root ointment for post-hemorrhoidectomy wound care: a randomized controlled trial. Adv Integr Med. 2025;12(4):100576. https://doi.org/10.1016/j.aimed.2025.100576
  • Shityakov S, Lubinets NS, Skorb EV, Skurikhin EG, Kravtsov VY. Targeted anti-inflammatory effects of chloramphenicol via TLR4 inhibition in postoperative hemorrhoid treatment: a clinico-computational cohort study. Curr Med Chem. 2025;32. https://doi.org/10.2174/0109298673378981250710055128
  • Lei J, Sun L, Huang S, Zhu C, Li P, He J, et al. The antimicrobial peptides and their potential clinical applications. Am J Transl Res. 2019;11(7):3919-3931.
  • Lekhashree MG, Samhitha J. Evidence-led innovations and experimental approaches in hemorrhoid treatment. J Adv Med Pharm Res. 2025;6(2):127-142. https://doi.org/10.21608/jampr.2025.399256.1101
  • Arumugam S, Varamballi P. In-silico design of envelope based multi-epitope vaccine candidate against Kyasanur forest disease virus. Sci Rep. 2021;11:17118. https://doi.org/10.1038/s41598-021-94488-8
  • Naveed M, Ahmad S, Ali N, Khan M, Asrar B, Iqbal M, et al. Development of a novel multiepitope vaccine against Menangle virus using in-silico approaches by targeting its transmembrane proteins. Sci Rep. 2025;15(1):13715. https://doi.org/10.1038/s41598-025-98151-4
  • Asrar B, Ali N, Ali I, Naveed M. In silico investigation of ketamine and methylphenidate drug-drug conjugate for MDD and ADHD treatment using MD simulations and MMGBSA. Sci Rep. 2025;15:24565. https://doi.org/10.1038/s41598-024-82302-0
  • Bukhari SNA. Emerging nanotherapeutic approaches to overcome drug resistance in cancers with update on clinical trials. Pharmaceutics. 2022;14(4):866. https://doi.org/10.3390/pharmaceutics14040866
  • Dar HA, Zaheer T, Shehroz M, Ullah N, Naz K, Muhammad SA, et al. Multiepitope subunit vaccine design against COVID-19 based on the spike protein of SARS-CoV-2: an in silico analysis. J Immunol Res. 2020;2020:8893483. https://doi.org/10.1155/2020/8893483
  • Naveed M, Ahmad S, Ali N, Khan M, Asrar B, Iqbal M, et al. Designing a novel peptide-based multi-epitope vaccine to evoke a robust immune response against pathogenic multidrug-resistant Providencia heimbachae. Vaccines. 2022;10(8):1300. https://doi.org/10.3390/vaccines10081300
  • Asadollahi E, Zomorodipour A, Soheili ZS, Jahangiri B, Sadeghizadeh M. Development of a multi-neoepitope vaccine targeting non-small cell lung cancer through reverse vaccinology and bioinformatics approaches. Front Immunol. 2025;16:1521700. https://doi.org/10.3389/fimmu.2025.1521700
  • Gillett M, Dallosso HM, Dixon S, Brennan A, Carey ME, Campbell MJ, et al. Delivering the diabetes education and self management for ongoing and newly diagnosed programme for people with newly diagnosed type 2 diabetes: cost effectiveness analysis. BMJ. 2010;341:c4093. https://doi.org/10.1136/bmj.c4093
  • Shaon MSH, Hasan M, Rahman MS, Ahmed S, Islam M, Rahman MM, et al. AMP-RNNpro: a two-stage approach for identification of antimicrobials using probabilistic features. Sci Rep. 2024;14:12892. https://doi.org/10.1038/s41598-024-63461-6
  • Singh O, Hsu WL, Su ECY. Co-AMPpred for in silico-aided predictions of antimicrobial peptides by integrating composition-based features. BMC Bioinformatics. 2021;22:389. https://doi.org/10.1186/s12859-021-04305-2
  • Das NC, Gorai S, Gupta PSS, Panda SK, Rana MK, Mukherjee S. Immune targeting of filarial glutaredoxin through a multi-epitope peptide-based vaccine: a reverse vaccinology approach. Int Immunopharmacol. 2024;133:112120. https://doi.org/10.1016/j.intimp.2024.112120
  • Dobhal S, Sharma A, Singh P, Kumar V, Tiwari S, Singh R, et al. In silico identification of MHC displayed tumor associated peptides in ovarian cancer for multi-epitope vaccine construct. Endocr Metab Immune Disord Drug Targets. 2024;24(12):1401-1413. https://doi.org/10.2174/0118715303169428231205173914

In-silico engineering of an antimicrobial growth factor fusion protein to prevent post-laser infection in hemorrhoidal wounds

Yıl 2026, Sayı: Advanced Online Publication, 12.03.2026

Özlem Karaca Ocak , Zoha Naeem

https://doi.org/10.29058/mjwbs.1822432
https://izlik.org/JA54ME89DK

Öz

Aim: Post laser wound infection is a recurrent complication after hemorrhoidal surgery mainly because polymicrobial flora is colonized in the anorectal environment and the mucosal repair is impaired. This study aims to overcome the drawbacks of current therapeutic options and to provide a novel generation of prophylactic biomolecule with antimicrobial activities, monitored to meet the specific conditions of the microenvironment of anorectal wound repair.
Material and Methods: To overcome this two-fold problem of infection and slow wound healing, a current study developed an in-silico bioengineering intervention to design and characterize a new antimicrobial- growth factor fusion protein fusing selected antimicrobial peptide (AMPs) with the fibroblast growth factor 10 (FGF10) domain.
Results: The Antimicrobial Peptide Database was searched with four cationic AMPs, which included AP00608, AP02570, AP03795, and AP00952, and screened using AllerTOP v2.0 and ToxiPred, which confirmed their non-allergenicity and non-toxicity. The obtained engineered fusion construct possessed desirable physicochemical properties (32.84 kDa; pI 10.19; instability index 38.52; GRAVY -0.33; solubility 0.48) which implies high stability and hydrophilicity. Secondary structure prediction showed 27.34% alpha-helices and 16.26% beta-strands, whereas AlphaFold probability and ERRAT (94.28% proved structural accuracy). ClusPro 2.0 showed good binding affinities to FGFR2b (1NUN) and FGFR2 (1EV2) with energies of -1161.9 kcal mol -1 and -1144.4 kcal mol -1 respectively. Following 500 Desmond molecular dynamics simulations determined the thermodynamic stability, compact folding, and the maintenance of hydrogen bonds within the complexes.
Conclusion: All these findings suggest that the proposed fusion construct has a potential to serve as a dual-acting therapeutic - preventing microbial colonization and stimulating epithelial repair in post-laser hemorrhoidal wounds. This computational research therefore provides the basis of experimental validation and translational development of multifunctional wound-healing biologics in the future.

Anahtar Kelimeler

Antimicrobial peptides fibroblast growth factor 10 molecular docking desmond simulation in-silico fusion protein wound healing post-laser hemorrhoid infection

Kaynakça

  • Gallo G, Martellucci J, Sturiale A, Clerico G, Milito G, Marino F, et al. Consensus statement of the Italian society of colorectal surgery (SICCR): management and treatment of hemorrhoidal disease. Tech Coloproctol. 2020;24(2):145-164. https://doi.org/10.1007/s10151-020-02149-1
  • Rubbini M, Ascanelli S. Classification and guidelines of hemorrhoidal disease: Present and future. World J Gastrointest Surg. 2019;11(3):117-121. https://doi.org/10.4240/wjgs.v11.i3.117
  • Ray-Offor E, Amadi S. Hemorrhoidal disease: Predilection sites, pattern of presentation, and treatment. Ann Afr Med. 2019;18(1):12. https://doi.org/10.4103/aam.aam_4_18
  • Kaidar-Person O, Person B, Wexner SD. Hemorrhoidal disease: A comprehensive review. J Am Coll Surg. 2007;204(1):102-117. https://doi.org/10.1016/j.jamcollsurg.2006.08.022
  • Lie H, Zhang X, Chen Y, Li J, Wang L, Liu Y, et al. Laser hemorrhoidoplasty for hemorrhoidal disease: a systematic review and meta-analysis. Lasers Med Sci. 2022;37(9):3621-3630. https://doi.org/10.1007/s10103-022-03643-8
  • Wee IJY, Koo CH, Seow-En I, Ng YYR, Lin W, Tan EJKW. Laser hemorrhoidoplasty versus conventional hemorrhoidectomy for grade II/III hemorrhoids: a systematic review and meta-analysis. Ann Coloproctol. 2023;39(1):3-10. https://doi.org/10.3393/ac.2022.00598.0085
  • Maloku H, Gashi Z, Lazovic R, Islami H, Juniku-Shkololli A. Laser hemorrhoidoplasty procedure vs open surgical hemorrhoidectomy: a trial comparing 2 treatments for hemorrhoids of third and fourth degree. Acta Inform Med. 2014;22(6):365-367. https://doi.org/10.5455/aim.2014.22.365-367
  • Yu Q, Zhang Y, Li X, Wang H, Chen J, Liu L, et al. The beneficial effect of Sanhuang ointment and its active constituents on experimental hemorrhoids in rats. J Ethnopharmacol. 2024;319:117173. https://doi.org/10.1016/j.jep.2023.117173
  • Qie G, Wan M, Cui M, Xia W, Liu Q. Effect of active wound dressing on postoperative pain and wound healing in patients undergoing anorectal surgery. BMC Gastroenterol. 2025;25(1):320. https://doi.org/10.1186/s12876-025-03922-y
  • Büyükkiraz ME, Kesmen Z. Antimicrobial peptides (AMPs): A promising class of antimicrobial compounds. J Appl Microbiol. 2022;132(3):1573-1596. https://doi.org/10.1111/jam.15314
  • Huan Y, Kong Q, Mou H, Yi H. Antimicrobial peptides: classification, design, application and research progress in multiple fields. Front Microbiol. 2020;11:582779. https://doi.org/10.3389/fmicb.2020.582779
  • Adikusuma W, Pratama MR, Yusuf M, Santoso B, Rahmawati F, Kurniawan A, et al. Integrated genomic network analysis revealed potential of a druggable target for hemorrhoid treatment. Saudi Pharm J. 2023;31(12):101831. https://doi.org/10.1016/j.jsps.2023.101831
  • Ali N, Ahmad S, Asrar B, Khan M, Naveed M, Iqbal M, et al. Exploring nonstructural NS5B protein to design a multi-epitope-based vaccine against HCV: immuno-informatics approach. Silico Pharmacol. 2025;13(3):160. https://doi.org/10.1007/s40203-025-00448-9
  • Rao H, Kumar P, Sharma A, Singh R, Gupta D, Patel S, et al. In silico exploration of potential phytoconstituents from the bark extract of Boswellia serrata for hemorrhoidal disease: molecular docking and molecular dynamics analysis. Chem Biodivers. 2024;21(2):e202301416. https://doi.org/10.1002/cbdv.202301416
  • Jan A, Khan A, Ali N, Aslam S, Ahmad S, Naveed M, et al. Target-AMP: computational prediction of antimicrobial peptides by coupling sequential information with evolutionary profile. Comput Biol Med. 2022;151:106311. https://doi.org/10.1016/j.compbiomed.2022.106311
  • Dimitrov I, Flower DR, Doytchinova I. AllerTOP - a server for in silico prediction of allergens. BMC Bioinformatics. 2013;14(Suppl 6):S4. https://doi.org/10.1186/1471-2105-14-S6-S4
  • Mishra NK, Singla D, Agarwal S, Raghava GPS. ToxiPred: A server for prediction of aqueous toxicity of small chemical molecules in Tetrahymena pyriformis. J Transl Toxicol. 2014;1(1):21-27. https://doi.org/10.1166/jtt.2014.1005
  • Naveed M, Ahmad S, Ali N, Khan M, Asrar B, Iqbal M, et al. Computational design of a glycosylated multi-epitope vaccine against HAsV-1 and HAsV-2 astrovirus for acute gastroenteritis. Sci Rep. 2025;15(1):13954. https://doi.org/10.1038/s41598-025-96989-2
  • Artimo P, Jonnalagedda M, Arnold K, Baratin D, Csardi G, de Castro E, et al. ExPASy: SIB bioinformatics resource portal. Nucleic Acids Res. 2012;40(W1):W597-W603. https://doi.org/10.1093/nar/gks400
  • Hebditch M, Carballo-Amador MA, Charonis S, Curtis R, Warwicker J. Protein-Sol: a web tool for predicting protein solubility from sequence. Bioinformatics. 2017;33(19):3098-3100. https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btx345
  • Li C, Zhang H, Wang Y, Liu J, Zhao X, Chen Z, et al. Design of a multi-epitope recombinant BCG vaccine targeting Brucella OMP31, LptE and VirB2 in immunoinformatics approaches. PLoS One. 2025;20(11):e0334843. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0334843
  • Jumper J, Evans R, Pritzel A, Green T, Figurnov M, Ronneberger O, et al. Highly accurate protein structure prediction with AlphaFold. Nature. 2021;596:583-589. https://doi.org/10.1038/s41586-021-03819-2
  • Burley SK, Bhikadiya C, Bi C, Bittrich S, Chen L, Crichlow GV, et al. RCSB Protein Data Bank: powerful new tools for exploring 3D structures of biological macromolecules. Nucleic Acids Res. 2021;49(D1):D437-D451. https://doi.org/10.1093/nar/gkaa1038
  • Kozakov D, Hall DR, Xia B, Porter KA, Padhorny D, Yueh C, et al. The ClusPro web server for protein-protein docking. Nat Protoc. 2017;12(2):255-278. https://doi.org/10.1038/nprot.2016.169
  • Wallace AC, Laskowski RA, Thornton JM. LIGPLOT: a program to generate schematic diagrams of protein-ligand interactions. Protein Eng. 1995;8(2):127-134. https://doi.org/10.1093/protein/8.2.127
  • Alexander N, Woetzel N, Meiler J. Bcl::Cluster: a method for clustering biological molecules coupled with visualization in the PyMOL Molecular Graphics System. Proc IEEE ICCABS. 2011:13-18. https://doi.org/10.1109/ICCABS.2011.5729867
  • Bowers KJ, Chow E, Xu H, Dror RO, Eastwood MP, Gregersen BA, et al. Scalable algorithms for molecular dynamics simulations on commodity clusters. Proc SC. 2006:84. https://doi.org/10.1145/1188455.1188544
  • Albalawi IAA, Mirghani HO. The quality of life after trans oral video-assisted thyroidectomy and cervical thyroidectomy: a systematic review and meta-analysis. Front Surg. 2023;10:1116473. https://doi.org/10.3389/fsurg.2023.1116473
  • Harun H, Haroen H, Mirwanti R, Apriani N, Akuoko C. Uncovering the benefits of povidone iodine compared to other therapeutic agents in wound infection prevention and healing outcomes: a scoping review. J Multidiscip Healthc. 2024;17:3605-3616. https://doi.org/10.2147/JMDH.S469037
  • Memarbashi E, Nasiri-Formi E, Etezadpour M, Hosseinimehr SJ. Arnebia euchroma root ointment for post-hemorrhoidectomy wound care: a randomized controlled trial. Adv Integr Med. 2025;12(4):100576. https://doi.org/10.1016/j.aimed.2025.100576
  • Shityakov S, Lubinets NS, Skorb EV, Skurikhin EG, Kravtsov VY. Targeted anti-inflammatory effects of chloramphenicol via TLR4 inhibition in postoperative hemorrhoid treatment: a clinico-computational cohort study. Curr Med Chem. 2025;32. https://doi.org/10.2174/0109298673378981250710055128
  • Lei J, Sun L, Huang S, Zhu C, Li P, He J, et al. The antimicrobial peptides and their potential clinical applications. Am J Transl Res. 2019;11(7):3919-3931.
  • Lekhashree MG, Samhitha J. Evidence-led innovations and experimental approaches in hemorrhoid treatment. J Adv Med Pharm Res. 2025;6(2):127-142. https://doi.org/10.21608/jampr.2025.399256.1101
  • Arumugam S, Varamballi P. In-silico design of envelope based multi-epitope vaccine candidate against Kyasanur forest disease virus. Sci Rep. 2021;11:17118. https://doi.org/10.1038/s41598-021-94488-8
  • Naveed M, Ahmad S, Ali N, Khan M, Asrar B, Iqbal M, et al. Development of a novel multiepitope vaccine against Menangle virus using in-silico approaches by targeting its transmembrane proteins. Sci Rep. 2025;15(1):13715. https://doi.org/10.1038/s41598-025-98151-4
  • Asrar B, Ali N, Ali I, Naveed M. In silico investigation of ketamine and methylphenidate drug-drug conjugate for MDD and ADHD treatment using MD simulations and MMGBSA. Sci Rep. 2025;15:24565. https://doi.org/10.1038/s41598-024-82302-0
  • Bukhari SNA. Emerging nanotherapeutic approaches to overcome drug resistance in cancers with update on clinical trials. Pharmaceutics. 2022;14(4):866. https://doi.org/10.3390/pharmaceutics14040866
  • Dar HA, Zaheer T, Shehroz M, Ullah N, Naz K, Muhammad SA, et al. Multiepitope subunit vaccine design against COVID-19 based on the spike protein of SARS-CoV-2: an in silico analysis. J Immunol Res. 2020;2020:8893483. https://doi.org/10.1155/2020/8893483
  • Naveed M, Ahmad S, Ali N, Khan M, Asrar B, Iqbal M, et al. Designing a novel peptide-based multi-epitope vaccine to evoke a robust immune response against pathogenic multidrug-resistant Providencia heimbachae. Vaccines. 2022;10(8):1300. https://doi.org/10.3390/vaccines10081300
  • Asadollahi E, Zomorodipour A, Soheili ZS, Jahangiri B, Sadeghizadeh M. Development of a multi-neoepitope vaccine targeting non-small cell lung cancer through reverse vaccinology and bioinformatics approaches. Front Immunol. 2025;16:1521700. https://doi.org/10.3389/fimmu.2025.1521700
  • Gillett M, Dallosso HM, Dixon S, Brennan A, Carey ME, Campbell MJ, et al. Delivering the diabetes education and self management for ongoing and newly diagnosed programme for people with newly diagnosed type 2 diabetes: cost effectiveness analysis. BMJ. 2010;341:c4093. https://doi.org/10.1136/bmj.c4093
  • Shaon MSH, Hasan M, Rahman MS, Ahmed S, Islam M, Rahman MM, et al. AMP-RNNpro: a two-stage approach for identification of antimicrobials using probabilistic features. Sci Rep. 2024;14:12892. https://doi.org/10.1038/s41598-024-63461-6
  • Singh O, Hsu WL, Su ECY. Co-AMPpred for in silico-aided predictions of antimicrobial peptides by integrating composition-based features. BMC Bioinformatics. 2021;22:389. https://doi.org/10.1186/s12859-021-04305-2
  • Das NC, Gorai S, Gupta PSS, Panda SK, Rana MK, Mukherjee S. Immune targeting of filarial glutaredoxin through a multi-epitope peptide-based vaccine: a reverse vaccinology approach. Int Immunopharmacol. 2024;133:112120. https://doi.org/10.1016/j.intimp.2024.112120
  • Dobhal S, Sharma A, Singh P, Kumar V, Tiwari S, Singh R, et al. In silico identification of MHC displayed tumor associated peptides in ovarian cancer for multi-epitope vaccine construct. Endocr Metab Immune Disord Drug Targets. 2024;24(12):1401-1413. https://doi.org/10.2174/0118715303169428231205173914
Toplam 45 adet kaynakça vardır.

Ayrıntılar

Birincil Dil İngilizce
Konular Genel Cerrahi
Bölüm Araştırma Makalesi
Yazarlar

Özlem Karaca Ocak 0000-0003-3637-4074

Zoha Naeem 0009-0009-6202-6031

Gönderilme Tarihi 14 Kasım 2025
Kabul Tarihi 5 Mart 2026
Erken Görünüm Tarihi 12 Mart 2026
Yayımlanma Tarihi 12 Mart 2026
DOI https://doi.org/10.29058/mjwbs.1822432
IZ https://izlik.org/JA54ME89DK
Yayımlandığı Sayı Yıl 2026 Sayı: Advanced Online Publication

Kaynak Göster

Vancouver 1.Özlem Karaca Ocak, Zoha Naeem. In-silico engineering of an antimicrobial growth factor fusion protein to prevent post-laser infection in hemorrhoidal wounds. Med J West Black Sea. 01 Mart 2026;(Advanced Online Publication). doi:10.29058/mjwbs.1822432

Amaç ve Kapsam

Batı Karadeniz Tıp Dergisi, temel tıp bilimleri, klinik tıp bilimleri ve cerrahi bilimler alanlarında özgün araştırmalar, derlemeler, olgu sunumları ve editöre mektuplar yayımlayan bilimsel bir dergidir.

Dergi, bu alanlarda yapılan güncel ve nitelikli araştırmaların paylaşılmasını sağlayarak, tıp biliminin gelişimine katkı sunmayı hedefler. Klinik uygulamalarla ilişkili bulguların, tanısal ve tedaviye yönelik yeniliklerin, deneysel ve gözlemsel araştırma sonuçlarının yayımlanmasını teşvik eder.

Batı Karadeniz Tıp Dergisi, tıp alanında çalışan araştırmacılar, hekimler ve akademisyenler için güvenilir bir bilimsel kaynak olmayı amaçlamaktadır.

Yazar Rehberi

Yazarlık

Yazarlık itibar sağlar, sorumluluk yükler ve yayınlanan çalışma için akademik, sosyal ve mali hesap verebilirlik anlamına gelir. Bir makaleye önemli katkı sağlayanlar yazar olarak tanımlanır; rollerini ve sorumluluklarını anlar, kabul eder ve yayımlanan araştırma için hesap verir.

Derginin yazarlık tanımı, Uluslararası Tıp Dergileri Editörleri Komitesi (International Committee of Medical Journal Editors - ICMJE) önerilerine dayanmaktadır. ICMJE, yazarlığın aşağıdaki 4 kriter temelinde belirlenmesini önermektedir:

  1. Çalışmanın konsepti, tasarımı, veri toplanma, analizi veya yorumlanmasına önemli katkı sağlamak; VE
  2. Çalışmanın taslağını oluşturmak veya entelektüel içeriğine yönelik eleştirel revizyonlar yapmak; VE
  3. Yayımlanacak versiyona nihai onay vermek; VE
  4. Çalışmanın herhangi bir bölümünün doğruluğu veya bütünlüğü ile ilgili soruların uygun şekilde araştırılması ve çözülmesini sağlamak için hesap verebilir olmayı kabul etmek.

Bu dört kriterin tümünü karşılayan kişiler yazar olarak tanımlanır. Ayrıca, ortak yazarların çalışmanın belirli yönlerine ilişkin sorumlulukları açıkça belirtilmelidir. Bu sorumlulukların makalede nasıl belirtileceğine dair ayrıntılar için "Yazar Bilgileri" bölümüne bakınız.

Büyük Grup/Konsorsiyum Yazarlığı:

Makale, büyük bir grup veya konsorsiyum tarafından hazırlandıysa, tüm üyeler yukarıdaki dört kriteri karşılamalıdır. Sorumlu yazar(lar), grup adını ve üyelerini, kapak sayfasında uygun şekilde belirtmelidir.

Yazar Olmayan Katkıda Bulunanlar ve Diğer Beyanlar:

  • Yazar olmayan katkıda bulunanların,
  • Eşit katkı sağlayan yazarların,
  • İlgili yazarın belirtilmesi ve diğer teşekkürler için "Yazar Bilgileri" bölümünü inceleyiniz.

Yazar Olmayan Katkılar

Yukarıdaki kriterlerin tümünü karşılamayan kişiler yazar olarak nitelendirilemez. Ancak, en az bir kriteri karşılayan kişiler, yazar olmayan katkıda bulunanlar olarak tanımlanmalı ve katkıları Kapak Sayfası'ndaki "Teşekkürler" bölümünde belirtilmelidir. Yazar olmayan katkılar hakkında detaylı bilgi için: ICMJE Rehberi.

Yazar Olmayan Katkı Örnekleri:

  • İdari destek,
  • Genel denetim,
  • Finansman sağlama,
  • Teknik düzenleme,
  • Dil düzenleme ve redaksiyon.

Bu katkılar, makale gönderimi sırasında kapak sayfasında açıkça belirtilmelidir.

Eşit Katkı

Çok yazarlı makalelerde, eşit katkı sağlayan yazarlar ve yazarlık statüsü net şekilde tanımlanmalıdır:

  • Eşit Katkı: Yazarlar araştırmaya eşit derecede katkı sağlamıştır.
  • İlk Yazarlık: Yazarlar ilk yazarlık statüsünü paylaşmaktadır.
  • Eşit Katkı ve İlk Yazarlık: Yazarlar hem eşit katkı sağlamış hem de ilk yazarlığı paylaşmaktadır.

Sorumlu Yazar

Sorumlu yazar, yazarlar adına dergiyle gönderimden yayına kadar tüm yazışmaları yürüten ve süreci koordine eden ve yazışmaları yürüten kişidir. Sorumlu yazarın sorumlulukları şunlardır:

İdari Yükümlülükler:

  • Yazarlık bilgileri, iletişim detayları, etik kurul onayı ve istenilen belgelerini sağlamak.
İletişim:
  • Dergiyle tüm yazışmaları (revizyon talepleri, düzeltmeler vb.) yönetmek,
  • Makalenin tüm yazarları adına karar vermek ve bilgilendirmek.

Önemli Not:

  • Eşit katkı veya ilk yazarlık durumu, makale gönderimi sırasında kapak sayfasında belirtilmelidir.
  • Sorumlu yazarın iletişim bilgileri (e-posta) makalenin yayımlanması durumunda okurlara açık olacaktır.

Kapak Mektubu

Kapak mektubu, makale türüne bakılmaksızın tüm gönderimler için zorunludur. Kapak mektubu, Editörün ön değerlendirme sürecine yardımcı olmak açısından kritik öneme sahiptir. Aday makale gönderen yazar, kapak mektubunu çevrimiçi gönderim sisteminde belirlenmiş olan alana yazacak veya yapıştıracaktır (ayrı bir dosya olarak yüklenmeyecektir).

Kapak Mektubunda Belirtilmesi Gerekenler:

  1. Makalenin Batı Karadeniz Tıp Dergisinde yayımlanmaya neden uygun olduğuna dair gerekçeler.
  2. Aşağıdaki beyanların açıkça ifade edilmesi:
  • Makalenin daha önce yayımlanmadığı,
  • Başka bir dergide değerlendirme sürecinde olmadığı,
  • Tüm yazarların bu versiyonun gönderimini onayladığı ve içerikten tam sorumluluk üstlendiği.

Makale Türleri

Batı Karadeniz Tıp Dergisi’ne gönderilen tüm aday makaleler, daha önce yayımlanmamış ve başka bir dergide değerlendirme sürecinde olmayan özgün çalışmalar olmalıdır.

Yazarlar, makale türünü seçerken aşağıda belirtilen genel yapısal ilkelere uymalıdır.

Ana metin uzunluğu, ekler hariç en fazla 30 sayfa olmalıdır. Kapak sayfası, özet, anahtar kelimeler, tablolar, şekiller, dipnotlar ve kaynakça bu sınırlamaya dahildir.

Araştırma Makalesi

Araştırma makaleleri, derginin Amaç ve Kapsam bölümünde belirtilen konu alanlarında bilimsel katkı sağlayan özgün bulgular içermelidir.

Yapılandırılmış bir özet (en fazla 250 kelime) ile gönderilmelidir. Özet şu başlıklardan oluşmalıdır: Giriş, Gereç ve Yöntem, Bulgular, Sonuç.

Özetin ardından en az 3, en fazla 6 anahtar kelime eklenmelidir.

Makale aşağıdaki bölümleri içermelidir:

Giriş:

  • Çalışmanın mevcut literatürdeki yerini belirleyin ve çalışmanın amacını açıkça ifade edin.
Gereç ve Yöntem:
  • Çalışmanın metodolojisini, çalışma ortamını (kurum adı kör inceleme için gizlenmelidir), katılımcıları/örneklemi (sayı ve tür), uygulanan yöntem veya deneysel protokolü, incelenen temel değişkenleri/sonuçları ve kullanılan analiz türünü (istatistiksel, nitel, nicel vb.) açıklayın.
  • Etik kurul onayı (gerektiren çalışmalarda), bu bölümde belirtilmeli ancak etik kurul ismi kör değerlendirme için gizlenmelidir.
  • Bilgilendirilmiş onam gerektiren çalışmalarda, onam alınıp alınmadığı bu bölümde açıkça belirtilmelidir.
Bulgular:
  • Çalışmanın bulguları ve uygunsa istatistiksel anlamlılığı bu bölümde sunun.
Tartışma:
  • Elde edilen bulguların anlamını ve önemini tartışın.
  • Bulguların daha önce yayımlanmış çalışmalarla ilişkisini değerlendirin.
  • Çalışmanın sınırlılıklarını belirtin ve bulguların önemini vurgulayın.
Kaynakça, Tablo, Şekil ve Ekler:
  • Kaynakça: Öncelikle son 10 yıla ait çalışmalar önerilir, ancak alanın temel kaynakları dahil edilmelidir.
  • Tablo veya şekil eklenebilir (örneğin radyolojik görüntüler, patolojik bulgular vb.).
  • Ekler: Gerekliyse ek materyal (veri setleri, detaylı metodolojik açıklamalar vb.) eklenebilir.

Makale metni; Başlık, Özet, Anahtar Kelimeler, Giriş, Gereç ve Yöntem, Bulgular, Tartışma, Kaynakça, Şekiller, Tablolar ve Ekler (gerekliyse) bölümlerini içermelidir.

Olgu Sunumu

Olgu sunumları, nadir veya klinik açıdan önemli vakaların paylaşımını amaçlar. Klinik gözlemler, tanısal yaklaşımlar veya tedavi yöntemlerine ilişkin özgün katkılar sunmalıdır.

Özet yapılandırılmamış biçimde hazırlanmalı ve en fazla 250 kelime olmalıdır.

Ardından en az 3, en fazla 6 anahtar kelime verilmelidir.

Olgu sunumları aşağıdaki bölümler halinde yapılandırılmalıdır:

Giriş:

  • Olgunun nadirliğini, klinik önemini ve literatürdeki yerini kısaca açıklayın.
Olgu Sunumu:
  • Hasta demografik bilgileri (yaş, cinsiyet), başvuru şikayetleri, klinik bulgular, tanı süreci, uygulanan tedavi ve takip sonuçlarını detaylandırın.
  • Hasta gizliliği: Hasta kimliğini ve kurum adını kör inceleme için gizleyin.
  • Hasta verilerinin gizliliği ve etik kurul onayı şarttır.
  • Tanı ve tedavi sürecindeki kritik adımlar net şekilde açıklanmalıdır.
Tartışma:
  • Olgunun literatürdeki benzer vakalarla karşılaştırmasını yapın, tanı/tedavi yaklaşımının farklılıklarını ve özgünlüğünü vurgulayın.
Sonuç:
  • Klinik pratik için çıkarımları özetleyin ve benzer vakalarda uygulanabilecek öneriler sunun.
Kaynakça, Tablo, Şekil ve Ekler:
  • Kaynakça: Öncelikle son 10 yıla ait çalışmalar önerilir, ancak alanın temel kaynakları dahil edilmelidir.
  • Tablo veya şekil eklenebilir (örneğin radyolojik görüntüler, patolojik bulgular vb.)
  • Etik kurul onayı ve hasta yazılı bilgilendirilmiş onamı kapak sayfasında belirtilmelidir.

Makale Metni: Başlık, Özet, Anahtar Kelimeler, Giriş, Olgu Sunumu, Tartışma, Sonuç, Kaynakça, Şekiller, Tablolar ve Ekler (gerekliyse) bölümlerini içermelidir.

Derleme

Derlemeler, belirli bir konuya ilişkin mevcut literatürü analiz ederek alandaki güncel gelişmeleri eleştirel biçimde özetlemelidir.

Özet en fazla 250 kelime, yapılandırılmamış biçimde hazırlanmalı; ardından 3-6 anahtar kelime eklenmelidir.

Derlemeler aşağıdaki bölümler halinde yapılandırılmalıdır:

Giriş:

  • Konunun önemini, literatürdeki boşluğu ve derlemenin amacını belirtin.
Literatür Taraması ve Tematik Analiz:
  • Literatür seçim kriterlerini (örneğin, dahil edilen veri tabanları, anahtar kelimeler, zaman aralığı) genel hatlarıyla açıklayın.
  • Temaları veya alt başlıkları mantıklı bir akışla düzenleyin (kronolojik, tematik veya metodolojik gruplandırmalar yapılabilir).
Tartışma:
  • Literatürdeki çelişkileri, metodolojik sınırlılıkları ve öne çıkan trendleri eleştirel bir yaklaşımla değerlendirin.
Sonuç ve Öneriler:
  • Sentezin ana çıkarımlarını özetleyin ve gelecek çalışmalar için yol haritası sunun.
Kaynakça, Tablo, Şekil ve Ekler:
  • Kaynakça: Öncelikle son 10 yıla ait çalışmalar önerilir, ancak alanın temel kaynakları dahil edilmelidir.
  • Tablo veya şekil eklenebilir (örneğin radyolojik görüntüler, patolojik bulgular vb.).
  • Ekler: Gerekliyse ek materyal (veri setleri, detaylı metodolojik açıklamalar vb.) eklenebilir.

Makale metni; Başlık, Özet, Anahtar Kelimeler, Giriş, Literatür Taraması ve Tematik Analiz, Tartışma, Sonuç ve Öneriler, Kaynakça, Şekiller, Tablolar ve Ekler (gerekliyse) bölümlerini içermelidir.

Editöre Mektup

Editöre mektuplar, dergide yayımlanmış bir makaleye yönelik akademik yorum, eleştiri, ek bilgi veya genel bir konu hakkında kısa görüş bildirmek amacıyla yazılır. Bu tür mektuplar, bilimsel tartışmaları teşvik etmeyi veya önemli bir noktaya dikkat çekmeyi hedeflemelidir. Mektuplar, özgün veri içermemeli ancak mevcut literatürle tutarlı ve kanıta dayalı argümanlar sunmalıdır. En fazla 1000 kelime uzunluğunda olmalı ve net bir odakla yapılandırılmalıdır. İçerik, ilgili makaleye atıf yaparak başlamalı, ardından yorum/eleştiri özünü özetlemeli ve sonuç bölümünde ana mesajı vurgulamalıdır. Tablo veya şekil eklenmesi gerekiyorsa (en fazla 2) açıklayıcı ve özlü olmalıdır. Etik kurul onayı genellikle gerekli değildir, ancak hasta verileri veya özgün veri paylaşımı söz konusuysa etik beyan belirtilmelidir. Yazarlar, dilin akademik ve saygılı olmasına özen göstermeli; kişisel eleştiriden kaçınmalıdır. Editöre Mektuplar, editör kararına göre hakem değerlendirmesine tabi olabilir.

Makale Yazım ve Biçimlendirme Kuralları

Dergiye bir makale göndermeden önce, yazarların Makale Yazım ve Biçimlendirme Kurallarını dikkatlice incelemesi şiddetle tavsiye edilir.

Makaleler, sorumlu yazar tarafından derginin çevrimiçi gönderim sistemi üzerinden gönderilmelidir.

Makaleler aşağıdaki format gerekliliklerine uygun olmalıdır.

Tüm gönderimler aşağıdaki belgeleri içermelidir:

  • Kapak Sayfası: Başlık, kısa başlık, yazar bilgileri (aşağıya bakınız), ilgili yazarın adı, adresi ve telefon numarası, kelime sayısı, şekil ve tablo sayısı ve aşağıdaki beyanlar: çıkar çatışması, etik kurul onayı (gerekliyse), yazar katkıları, teşekkürler (gerekliyse), finansman, önceden yayınlanmış özet, preprint vb. (varsa).
  • Makale Metni (Ana Belge, Word formatında 2003 veya üstü sürüm): Tüm yazar isimleri ve bağlı kuruluşlar HARİÇ TUTULMALIDIR. Çalışma merkezinin ve etik kurulun isimleri GİZLENMELİDİR. Özet ve anahtar kelimeler (gereken makale türleri için), makale metni, kaynakça, tablolar ve şekiller içermelidir.
  • Şekiller (gerekliyse – hem Makale Metnine gömülü hem de ayrıca yüklenmiş olmalıdır).
  • Etik kurul onay belgesi (gerekliyse).
  • Ek ve yardımcı materyal (gerekliyse).

Sayfa Formatı

  • A4 Dikey, Kenar Boşlukları (Normal) (üst, alt, sol, sağ 2,5 cm).
  • Microsoft Office Word belgesi veya zengin metin formatı.
  • Her bölüm yeni bir sayfada başlamalıdır.
  • Makale numaralandırması ilk sayfadan başlamalıdır.
  • Sayfa numaraları sayfanın alt ortasına yazılmalıdır.
  • Tüm başlıklar ve alt başlıklar kalın yazılmalıdır.
  • Tüm şekiller ve tablolar metne gömülü olmalıdır. Her şekil ve tablo metin içerisinde atıf yapılmalıdır.

Yazı Tipi

Makaleler, Times New Roman yazı tipi 12 punto ve metin boyunca çift satır aralığı kullanılarak yazılmalıdır (özetler, dipnotlar ve kaynakça dahil).

Yazar Bilgileri

Yazarlar, gönderim sırasında sistem üzerinde ve kapak sayfasında beyan edilmelidir. Yazarlar, isimlerinin doğru beyan edilmesinden sorumludur. Yazarların tam ve doğru isimleri, gönderimin kapak sayfasında birlikte listelenmeli ve virgüllerle ayrılmalıdır.

Aşağıdaki bilgiler, yazarların isimleriyle eşleştirilmeli ve başlık sayfasına HER YAZAR İÇİN eklenmelidir:

  • Yazarın tam adı
  • Kurum bilgisi (aşağıdaki tam sırayla ve mevcudiyete uygun olarak).
    • Üniversite, Enstitü veya Fakülte, Bölüm, Şehir, Ülke
  • E-posta adresleri
  • ORCiD

Örnek:
Jane Doe1*, John Smith2, Ayşe Yılmaz1, Ahmet Yılmaz3

Kurum

  1. Üniversite, Enstitü veya Fakülte, Bölüm, Şehir, Ülke
  2. …
  3. …

E-posta (yazarların sırasına göre)

  1. jane@edu.tr
  2. …

ORCiD (yazarların sırasına göre)

  1. https://orcid.org/0000-0000-0000-0000
  2. …

Sorumlu Yazar

İlgili yazar, yazar listesinde bir yıldız (*) ile işaretlenmelidir.

Eşit Katkı

  • Eşit katkı sağlayan yazarlar (@) sembolü ile işaretlenmelidir.
  • İlk yazarlığı paylaşan yazarlar (#) sembolü ile işaretlenmelidir.
  • Araştırmaya eşit katkı sağlayan ve ilk yazarlığı paylaşan yazarlar (+) sembolü ile işaretlenmelidir.
  • Lütfen eşit katkıları belirtmek için uygun standart ifade(ler)i kullanın:
    o (@) için: Yazarlar araştırmaya eşit katkı sağlamıştır.
    o (#) için: Yazarlar ilk yazarlığı paylaşmaktadır.
    o (+) için: Yazarlar araştırmaya eşit katkı sağlamış ve ilk yazarlığı paylaşmaktadır.

Örnek: Ayşe Yılmaz1,+, Levent Doğan2,+, Gündüz Kaya3,@, Güler Erdoğan1,*,@

Makale Bölümleri

Makalelerinizin aşağıda detaylandırılan bölümlere ayrılması önerilir. Ancak başlık ve alt başlıklar, konu alanına, makale türüne ve araştırmanın kendisine göre farklılık gösterebilir.

Kapak Sayfası

Kapak sayfası aşağıdaki bilgileri ve bölümleri içermelidir:

Kapak Sayfası Şablonu

  1. Başlık
  2. Yazar bilgileri (Biçim gereksinimleri için “Yazar Bilgileri” bölümüne bakınız.)
  3. Sorumlu yazarının iletişim bilgileri
  4. Şekil ve tablo sayısı
  5. Yazarlık katkısı
  6. Etik kurul onayı (eğer uygunsa)
  7. Çıkar çatışması
  8. Finansman
  9. Önceki sunum veya yayın beyanı (varsa)
  10. Teşekkürler (varsa)
  11. Üretken Yapay Zekâ Beyanı (varsa)

Makale Metni

Araştırma makalesinin anonimleştirilmiş kör makalesi aşağıdaki bölümleri içermelidir: (Diğer makale türlerinin yapıları yukarıda açıklandığı şekilde verilmelidir.)

  1. Başlık (Türkçe, İngilizce)
  2. Özet (Türkçe, İngilizce)
  3. Anahtar kelimeler (Türkçe, İngilizce)
  4. Giriş
  5. Gereç ve Yöntem
  6. Bulgular
  7. Tartışma
  8. Kaynakça
  9. Şekiller ve Tablolar
  10. Ekler (varsa)

Öne Çıkan Noktalar (Highlights)

Dergiye gönderilen tüm makaleler (Editöre Mektuplar hariç), 3 ila 5 adet “Öne Çıkan Noktalar (Highlights)” ile birlikte sunulmalıdır.
Öne Çıkan Noktalar, çalışmanın en önemli bulgularını ve makalenin temel mesajını açık ve doğrudan bir şekilde vurgulayan kısa maddelerden oluşmalıdır.

Öne Çıkan Noktalar hazırlarken dikkat edilmesi gerekenler:

  • Çalışmanın özgün katkısını ve en kritik sonuçlarını özetlemelidir.
  • Liste biçiminde, kısa ve net ifadelerden oluşmalıdır.
  • Teknik uzmanlar tarafından kolaylıkla anlaşılabilecek sade bir akademik dil kullanılmalıdır.
  • Bulguları, okuyucunun çalışmanın önemini hızlıca kavrayabileceği şekilde sunmalıdır.
  • Highlights, makale ile birlikte sunulan ayrı bir bölüm olmalı ve ana metin içinde yer almamalıdır.

Öne Çıkan Noktalar, yazarların çalışmalarının ana mesajını daha görünür kılmalarına yardımcı olur ve okuyucuların makalenin kritik noktalarını hızla anlamasını sağlar.

Başlık

Çalışmanın başlığı, içeriği açık bir şekilde yansıtmalı ve öz olmalıdır. Başlıklar iki satırı geçmemeli ve özel isimler dışında küçük harf olmalıdır. Başlıklar kısaltma veya kısaltmalar içermemelidir.

Ayrıca, yayınlanan makalenin her sayfasının üst kısmında yer alacak en fazla 70 karakterlik (boşluklar dahil) kısa bir çalışma başlığı sağlanmalıdır.

Özet

Özetler, çalışmanın amacını, kapsamını, yöntemini, ana bulgularını ve sonuçlarını kısaca ve net bir şekilde içermelidir. Özetler standart olmayan kısaltmalar içermemelidir. 250 kelimeden uzun özetler kabul edilmez.

Anahtar Kelimeler

Anahtar kelimeler, makalelerin keşfedilebilirliğini artırır. Yazarlar, makalenin kapsamını yansıtan 3-6 anahtar kelime seçmelidir. Anahtar kelime seçimi MeSH (Medical Subject Headings) üzerinden yapılmalıdır. Yazarlar, MeSH on Demand ana sayfası (https://meshb.nlm.nih.gov/) üzerinden makalelerinin anahtar kelimelerini kolayca seçebilir.

Örnek: Anahtar kelimeler: çatışma çözümü, grup içi kayırma, sosyal kimlik.

Teşekkürler

Teşekkürler, çalışmaya sınırlı veya minimal katkıda bulunan kişi veya kurumlara yönelik olmalıdır. Teşekkürler, verilirse, kapak sayfasında kısa bir beyan olarak yer almalıdır.

Yazarlık Katkısı

Yazar katkısı, kapak sayfasında örnekteki gibi açıklanmalıdır. Yazarların baş harfleri aşağıdaki şablonlara uygun olmalıdır:

Örnek (orijinal makale ve olgu sunumu için): Yazar(lar), makaleye katkısını/katkılarını şu şekilde beyan etmektedir: Çalışma tasarımı ve kavramsallaştırma: XX, YY; veri toplama: YY; sonuçların analizi ve yorumlanması: XX, YY, ZZ; aday makalenin hazırlanması: YY, ZZ. Yazar(lar) sonuçları gözden geçirdi ve makalenin son halini onayladı.

Örnek (derleme için): Yazar(lar), makaleye katkısını/katkılarını şu şekilde beyan etmektedir: Derleme tasarımı ve kavramsallaştırma: XX; literatür taraması: XX; makale taslağının hazırlanması: XX. Yazar(lar) sonuçları gözden geçirdi ve makalenin son halini onayladı.

Makale dergiye gönderilirken, yazarlık katkılarına ilişkin bilgiler kapak sayfasında yer almalıdır. Yukarıda belirtildiği gibi, yazarlık katkı beyanı ICMJE'nin yazarlık kriteri önerilerine uygun olmalıdır.

Etik Kurul Onayı

Etik kurul onayı gerektiren çalışmalar, makale metninin yöntem bölümünde ve kapak sayfasında Etik Kurul Onayı ile ilgili bir beyan içermelidir.

Yöntem bölümünde (makale metni), gönderim öncesinde etik kurul onayına ilişkin herhangi bir tanımlayıcı bilginin anonimleştirilmesi zorunludur (ör. Çalışma XXX Etik Kurulu tarafından onaylanmıştır).

Kapak sayfası, etik kurulun adını, etik kurul onayının tarihini ve numarasını içermelidir (ör. Çalışma Hacettepe Üniversitesi Etik Kurulu tarafından onaylanmıştır (tarih: 01.01.2024, sayı: 2024-01). Olgu sunumları ve bilgilendirilmiş onam gerektiren çalışmalar için, bilgilendirilmiş onamın alınıp alınmadığı da burada belirtilmelidir.

Çıkar Çatışması

Yazarlar, kapak sayfasında herhangi bir potansiyel çıkar çatışmasını beyan etmelidir. Yazarların (veya işverenlerinin, sponsorlarının veya aile/arkadaşlarının) diğer kuruluşlarla veya onlarla çalışan kişilerle finansal, ticari, yasal veya profesyonel bir bağlantısı olduğunda, bu durum araştırmayı veya sonuçların yorumlanma şeklini etkileyebilecek bir çıkar çatışması olabilir. Bu nedenle, yazarlar kapak sayfasında finansal, ticari, yasal veya profesyonel rekabet eden çıkarlarını beyan etmelidir. Eğer çıkar çatışması yoksa, yazarlar aşağıdaki standart ifadeyi kullanarak bunu kapak sayfasında beyan etmelidir:

“Yazarlar, açıklanacak herhangi bir çıkar çatışması olmadığını beyan eder.”

Yayın etiği politikaları ve çıkar çatışmaları hakkında daha fazla bilgi için lütfen “Araştırma ve Yayın Etiği” bölümüne bakınız.

Finansman

Yazarlar, çalışmanın geliştirilmesi sırasında alınan tüm finansman ve mali desteği açıklamakla yükümlüdür. Yazarlar bunu kapak sayfasında aşağıdaki standart ifadelerle belirtmelidir:

  • Yazarlar, çalışmanın herhangi bir finansman almadığını beyan eder.
  • Yazarlar, çalışmanın [ör. Bilim Enstitüsü] tarafından desteklendiğini/finanse edildiğini beyan eder, hibe numarası: [ABC-12345].

Kaynakça

Makalenizde metin içerisinde atıfta bulunulan her şey kaynakçada olmalı ve kaynakçada yer alan her şey makalenizde atıfta bulunulmalıdır.

Metin, tablolar ve açıklamalarda, atıfları cümlenin sonunda (noktadan önce) parantez içerisinde rakamlarla belirtin. Atıf numaraları makale içerisinde sıralı olarak verilmelidir.

Kaynakçada, 6'ya kadar tüm yazarları listeleyin; 6'dan fazla yazar varsa, ilk 6 yazarı listeleyin ve ardından “et al.” ifadesini ekleyin. Dergi adları, NLM Kataloğu stilinde kısaltılmalıdır. Kaynaklar, NLM Stil Rehberi ile uyumlu aşağıdaki örneklerde verildiği şekilde biçimlendirilmeli, ilk ve son sayfa numaraları tam yazılmalı ve dergi kısaltmasından sonra nokta konulmalıdır. Lütfen aşağıdaki örnekleri ve derginin son sayısını inceleyin.

Yazarlar, doğru atıf ve belirtilen kaynak ve atıf stiline uyum sağlamaktan doğrudan sorumludur. Zotero, Endnote ve Mendeley gibi kaynakça yönetim araçlarının kullanılması şiddetle önerilir.

Metin içi atıf örnekleri:

Birçok çalışma, tedavinin etkisiz olduğunu bildirmiştir (1,5,8).
Weber ve diğerleri (16) ... bildirdi.
... disiplin, meslek ve yönetim üzerine birçok çalışma (1-4) bildirdi ki...

Kaynakça listesi örnekleri:

Dergi makalesi (1-6 yazar):

Jun BC, Song SW, Park CS, Lee DH, Cho KJ, Cho JH. The analysis of maxillary sinus aeration according to aging process: volume assessment by 3-dimensional reconstruction by high-resolutional CT scanning. Otolaryngol Head Neck Surg. 2005;132(3):429-434. https://doi.org/10.1016/j.otohns.2004.11.012

Dergi makalesi (6'dan fazla yazar):

Rastan S, Hough T, Kierman A, Hardisty R, Erven A, Gray IC, et al. Towards a mutant map of the mouse--new models of neurological, behavioural, deafness, bone, renal and blood disorders. Genetica. 2004;122(1):47-49. https://doi.org/10.1007/s10709-004-1930-x

Kitap:

Eyre HJ, Lange DP, Morris LB. Informed decisions: the complete book of cancer diagnosis, treatment, and recovery. 2nd ed. Atlanta: American Cancer Society; 2002.

Kitap bölümü:

Rojko JL, Hardy WD Jr. Feline leukemia virus and other retroviruses. In: Sherding RG, editor. The cat: diseases and clinical management. New York: Churchill Livingstone; 1989:229-332.

Tez:

Evans PR. Motor and sensory function of the upper digestive tract in health and in irritable bowel syndrome [master’s thesis/dissertation]. Sydney, NSW: University of Sydney; 1998.

Konferans bildirisi:

Passey M, Gale J, Stirling J, Sanson-Fisher R. Caring for pregnant Aboriginal women: provider views on managing tobacco, alcohol and cannabis use. Paper presented at: 2017 Primary Health Care Research Conference, 2017 Aug 7-9; Brisbane.

Web sayfası:

National Cancer Institute. SEER: cancer stat facts: larynx cancer [Internet]. 2018 [cited 2018 Feb 10]. Available from: http://seer.cancer.gov/statfacts/html/laryn.html

Tablolar ve Şekiller

Tablolar, şekiller ve diyagramlar gibi görsel öğeler metin içinde atıf verilmelidir. Tablolar ve şekiller küçük ve basit olmalı, metin içinde göründükleri sıraya göre numaralandırılmalı ve ana makale dosyasının sonuna yerleştirilmelidir. Her birinin numarası ve açıklayıcı bir başlığı olmalıdır. Görsel öğeler yazarlar tarafından oluşturulmamışsa, kaynak verilmeli ve kaynakçaya eklenmelidir.

Şekiller vektör formatında (Illustrator, EPS, WMF, FreeHand, CorelDraw, PowerPoint, Excel, vb.) veya bitmap formatında (Photoshop, TIFF, PNG, JPG, vb.) olmalıdır. Bitmap formatında sunulan şekiller en az 300 DPI çözünürlükte olmalıdır. Şekiller, tablolar ve grafikler, her parametre veya eksen için kendi kendini açıklayıcı etiketler ve birim etiketleri içermelidir.

Tablolar, Microsoft Word, Google Docs, LibreOffice gibi programların çizim araçları kullanılarak oluşturulmalıdır. Her veri ayrı bir tablo hücresinde verilmeli ve enter veya boşluk gibi eklemeler yapılmamalıdır. Tablolar düzenlenebilir olmalı ve görüntü içermemelidir. Tablolar kendi kendini açıklayıcı olmalı ve metni tamamlamalı, tekrar etmemelidir. Tablo dipnotu, tabloda kullanılan tüm kısaltmaların tam terimlerini içermelidir.

Diyagramlar düzenlenemeyen bir resim veya görsel içeriyorsa, 300 DPI çözünürlükte Word'e aktarılmalı ve orijinal diyagram makaleye eklenmelidir.

Tablolar ve Şekiller art arda numaralandırılmalı ve tablo veya şeklin üstünde bir başlıkla birlikte verilmelidir. Tüm tablolar ve şekiller 16x20 cm boyutunu aşmamalıdır. Tablolarda dikey çizgiler kullanmaktan kaçının.

Ekler

Ek listeler, tablolar, grafikler vb. makalenin sonunda ayrı olarak verilmelidir. Her ek numaralandırılmalı ve başlıklandırılmalıdır. Ayrıca metin içinde atıf yapılmalıdır.

Örnek: Ek 1 – Veri Toplama Aracı Listesi.

Elektronik ek materyaller:

Makalenin basılı haline uygun olmayan bilgiler veya multimedya dosyaları (animasyon, ses, video vb.) elektronik ek materyaller (ESM) olarak gönderilebilir. Elektronik yayın için hazırlanan materyaller standart dosya formatlarında olmalıdır: Elektronik tablolar .xlsx veya .csv, görseller .jpeg veya .tiff, ses ve video .avi, .wmv, .mp4, .mov, .m2p, .mp2, .mpg veya .mpeg formatında olmalıdır. Metin ve sunumlar .pdf dosyaları olarak gönderilmelidir; .doc, .docx, .ppt, .pptx dosyaları kabul edilmez. Birden fazla şekil, metin veya tablo vb. gerekirse bir .pdf dosyasında birleştirilebilir. Birden fazla dosya bir .zip veya .rar dosyasında toplanabilir ve sıkıştırılabilir. Elektronik ek materyaller ESM_1.pdf, ESM_2.xlsx, ESM_3.avi, ESM_4.rar vb. şeklinde art arda numaralandırılmalı ve makalenin ana metni, tüm numaralandırılmış elektronik ek materyalleri sırayla, basılı tablo ve şekillere benzer şekilde belirtmelidir (ör. “Hastada dikey supranükleer bakış felci vardı (Elektronik Ek Materyal 1)”). Ana makale dosyasının sonunda, şekil açıklamalarından sonra, yazarlar her bir elektronik ek dosya için bir başlık eklemelidir. Lütfen unutmayın: 1) Dergi, tüm ham araştırma verilerinin yüklenmesi için bir veri deposu barındırmaz; 2) Büyük dosyalar indirilmesi uzun sürebilir veya diğer sorunlara neden olabilir ve kullanıcı deneyimini olumsuz etkileyebilir; 3) Ek materyaller, alındığı şekilde çevrimiçi olarak yayınlanacaktır, yeniden biçimlendirilme, düzenleme veya başka bir dosya formatına dönüştürme yapılmayacaktır. Her bir ek dosyanın boyutu 128 MB'ı aşmamalıdır. Daha büyük dosyalar yüklemeniz gerekiyorsa, lütfen editör ofisi ile iletişime geçin (medjwestblacksea@gmail.com). Elektronik ek materyallerde atıfta bulunulan çalışmalar da ana belgenin metninde atıfta bulunulmalı ve kaynakçada listelenmelidir.

Birimler

  • Tüm ölçü birimlerinin SI birimlerinde olduğundan emin olun.
  • Ondalık kesirlerde virgül kullanın (ör. 1.24 yerine 1,24).
  • Sayı ve birim arasında tek bir boşluk bırakın (ör. 4 kg/ha, 20 N m, 100 kPa, 22 °C).
  • Açı tanımları, dakika, saniye ve yüzde için istisnalar; boşluk bırakmayın (ör. 10°, 45’, 60’’, %29).
  • Litre kısaltması "L" olarak kullanılmalıdır.

Formüller ve Denklemler

Formüller ve denklemlerde netlik ve tutarlılık için lütfen bu yönergeleri izleyin:

  • Her formülü kaynak numarasıyla numaralandırın ve numarayı parantez içinde formülün sonuna yerleştirin, ör. (1).
  • Formüller için Word matematik işlemcisini kullanın ve 12 punto yazı tipi boyutu sağlayın.
  • Değişkenleri italik olarak sunun, sayılar ve matematiksel tanımlar düz metin olmalıdır.
  • Metinde bir formüle atıfta bulunurken, örnekteki gibi bir format kullanın.

Örnek: “…model, Denklem 1’de gösterildiği gibi.”

Yapay Zeka Kullanımı

Batı Karadeniz Tıp Dergisi, mevcut ICMJE ve COPE yönergelerine uyum sağlar ve üretken yapay zeka (AI) destekli teknolojilerin kullanımı konusunda Yükseköğretim Kurulu'nun rehberliğini kabul eder.

Gönderim sırasında, yazarlar, sunulan çalışmanın herhangi bir bölümünün üretiminde AI destekli teknolojileri (Büyük Dil Modelleri [LLM'ler], sohbet robotları [ör. ChatGPT], makine öğrenimi, görsel oluşturucular veya benzer teknolojiler gibi) kullanıp kullanmadıklarını açıklamalıdır. Eğer kullandılarsa, oluşturulan içeriğin bütünlüğünden sorumlu olduklarını teyit etmelidirler. AI kullanımına ilişkin açıklama, AI aracının adını ve üreticisini, kullanım tarih(ler)ini ve makaleyle ilişkili olarak nasıl kullanıldığını içermelidir. Bu araçları kullanan yazarlar, bunları nasıl ve nerede kullandıklarını ve ne ölçüde kullandıklarını açıklamalıdır.

Eğer AI yazı yazma yardımı için kullanıldıysa, bu durum Kapak Sayfasında ayrı bir beyan olarak belirtilmelidir. Yazarlar, kapak sayfası şablonumuzda belirlenen bölümleri doldurmalıdır.

Eğer AI veri toplama, analiz veya şekil oluşturma için kullanıldıysa, bu durum Materyal ve Yöntem bölümünde ayrıntılı olarak açıklanmalıdır. AI'nın veri toplama veya analizinde kullanılması yalnızca bu metodolojinin etik kurul tarafından onaylanmış olması durumunda uygundur (etik onay gerektiren çalışmalar için).

Her iki durumda da, AI kullanımı kapak mektubunda da beyan edilmelidir.

AI destekli araçlar, çalışmanın doğruluğu, bütünlüğü ve özgünlüğünden sorumlu tutulamayacakları, çıkar çatışmalarının varlığını belirleyemeyecekleri ve bu sorumluluklar yazarlık için gerekli olduğundan (bkz. Yazarlık Kriterleri), yazar olarak listelenemez. Benzer şekilde, AI bir yazar olarak atıfta bulunulmamalıdır.

Herhangi bir AI destekli teknolojiyi kullanmadan önce, yazarlar bunun nasıl çalıştığını ve potansiyel risklerini anlamalıdır. Yazarlar, AI çıktısını dikkatlice gözden geçirmeli ve düzenlemelidir çünkü AI, yanlış, eksik veya önyargılı olabilecek otorite gibi görünen çıktılar üretebilir. AI, çok çeşitli verileri girdi olarak kullanabilir ve orijinal kaynağına kadar takip edilmesi zor olabilecek çıktılar üretebilir. AI kullanımının beyan edilmesi, intihal dahil olmak üzere yasal veya etik ihlallerden kaçınmak için yeterli değildir. Yazarlar, AI'nın geçerli yasalar kapsamında kullanıldığını ve makalelerinde, tamamen veya kısmen AI aracı tarafından üretilen metin ve görseller dahil olmak üzere, intihal bulunmadığını beyan edebilmelidir. Yazarlar, AI destekli teknolojilerin kullanımını içeren herhangi bir gönderilen materyalin tüm yönlerinden sorumludur.

Batı Karadeniz Tıp Dergisi, yayınlanmadan önce kabul edilen tüm makalelerde intihal ve AI kullanımı kontrolleri yapar. Orijinal insan katkısının sorgulanmasına neden olacak ölçüde AI destekli teknolojilerin geniş çaplı kullanımını (ör. AI tarafından neredeyse tamamen yazılmış büyük metin bölümleri) desteklememekteyiz. Gönderim sırasında AI destekli teknoloji kullanımının hem kapak mektubunda hem de yukarıda açıklandığı gibi ya kapak sayfasında (yazı yazma yardımı için) ya da ana belgede (metodoloji için) uygun bölümde doğru şekilde açıklanmaması, kabul kararının geri alınmasına veya yayınlanmış bir makalenin geri çekilmesine neden olabilir.

Bu, dil bilgisi, yazım, kaynakça vb. için temel kontrol araçlarını içermez.

Kabul Sonrası Yayın Süreci

Hakem değerlendirme sürecini başarıyla tamamlayan ve yayına kabul edilen makaleler, derginin yayın takvimine uygun olarak mizanpaj (sayfa düzeni) sürecine alınır. Mizanpajı tamamlanan makaleler, editoryal planlama, sayı yoğunluğu ve teknik gereklilikler doğrultusunda yayımlanır.

Mizanpaja alınan bir makalenin, takip eden ilk sayıda yayımlanması her zaman mümkün olmayabilir.

Yazarlar, makalelerinin kesin yayımlanacağı sayı ve tarih konusunda editörlük tarafından bilgilendirilir.

Dil Düzenleme

Batı Karadeniz Tıp Dergisi, Türkçe ve İngilizce olmak üzere iki dilde yayın yapmaktadır. Makaleler, Türkçe veya İngilizce olarak gönderilebilir. Gönderilen makaleler, seçilen dilin dil bilgisi ve yazım kurallarına, ilgili bilimsel literatüre uygun olmalı ve yayın için dil standartlarını karşılamalıdır.

Editörler, yazarlardan dil düzenlemesi ve proofreading (son okuma) talep edebilir. Kabul edilen makaleler, dil düzenlemesi ve proofreading talepleri karşılandıktan sonra yayınlanabilir.

Araştırma ve Yayın Etiği

Dergi, Yayın Etiği Komitesi (Committee on Publication Ethics [COPE]) tarafından belirlenen etik ilkeler, çerçeveler ve standartları benimser ve bunlara uyum sağlar.

Yazarların Etik Sorumlulukları

Özgün İçerik: Dergi yalnızca özgün akademik çalışmaları yayımlar. Gönderilen makaleler başka bir yerde yayımlanmamış veya değerlendirme sürecinde olmamalıdır. Ancak yazarlar, başka bir dergiden red cevabı aldıktan sonra çalışmalarını bu dergiye gönderebilir. Çevrimiçi arşivlenmemiş tezler özgün ve yayımlanmamış kabul edilir. Tez verilerini kullanan yazarlar, bunu kapak sayfasında beyan etmelidir.

Yazarlık: Yazarlar, "Yazarlık" bölümündeki kriterlere uymalı; hediye yazarlık (gift authorship) veya hayalet yazarlık (ghost authorship) gibi uygulamalardan kaçınmalıdır.

Yinelenen Yayın: Aynı veri seti, çalışma veya deneye dayalı birden fazla makale gönderimi etik dışıdır.

Atıf ve İntihal:

  • İlgili ve doğrulanmış kaynaklar atıf yapılmalıdır. Detaylar için "Kaynakça" bölümüne bakınız.
  • Atıf manipülasyonu, intihal veya kendi kendine intihalden kaçınılmalıdır.

Veri Uydurma ve Çarpıtma: Veri veya içerik tahrifatı yasaktır. Yazarlar, sunulan verilerin doğruluğunu ve temsil yeteneğini garanti etmelidir. Ham veri veya ek materyal talep edilebilir.

Etik Onay:

  • Etik kurul onayı gerektiren çalışmalar, Yöntem bölümünde kimlik bilgileri gizlenmiş olarak ve kapak sayfasında onay bilgileri açık şekilde (kurul adı, tarih, numara) verilmelidir.
  • Kimlik bilgileri gizlenmeli; olgu sunumlarında hasta/veli onayı Olgu Sunumu bölümünde belirtilmelidir.

Hayvan/İnsan Çalışmaları: Tüm çalışmalar, yetkili makamların etik ilkelerine uygun olmalıdır.

Çıkar Çatışması:

  • Finansal, ticari, yasal veya mesleki bağlantılar kapak sayfasında beyan edilmelidir. Çıkar çatışması yoksa bu da belirtilmelidir.

Düzeltme/Ret Bildirimi: Yazarlar, yayımlanmış veya değerlendirmedeki makalelerdeki hataları dergiye bildirmeli ve düzeltme sürecinde iş birliği yapmalıdır.

Derginin Yetkisi: İntihal, etik ihlal veya çıkar çatışması tespit edilen makaleler, kabul aşamasından sonra bile reddedilebilir.

Editör ve Hakemlerin Etik Sorumlulukları

Editörler ve hakemler şunları taahhüt eder:

  • COPE İlkeleri: COPE’un "Editörler için Davranış Kuralları ve En İyi Uygulama Rehberi"ne uymak.
  • Gizlilik: Makaleleri ve değerlendirme sürecini gizli tutmak; bilgileri paylaşmamak.
  • Anonimlik: Kimliklerini yazarlara veya diğer hakemlere açıklamamak (Hakemler, dergi izni olmadan yazarlarla doğrudan iletişim kuramaz).
  • Çıkar Çatışması: Kişisel, finansal veya mesleki çıkar çatışması durumunda editöryal ofisi bilgilendirmek veya değerlendirme yapmayı reddetmek.
  • Profesyonel İletişim: Yazarlar ve diğer editörlerle açık, yapıcı iletişim kurmak (Uygunsuz dil veya davranış kabul edilemez).
  • Zamanında Tamamlama: Görevleri süresinde tamamlamak; gecikme veya görevden çekilme durumunda dergiyi bilgilendirmek.
  • Tarafsızlık: Değerlendirme sürecini adil ve tutarlı yönetmek; hakemlik sürecinin bütünlüğünü korumak.
  • İhlal Bildirimi: Araştırma/yayın etiğine aykırı davranışları editöryal ofise bildirmek.

Geri Çekme

Batı Karadeniz Tıp Dergisi çoklu gönderim, sahte yazarlık, intihal veya veri uydurma gibi etik ihlaller tespit edilen makaleleri geri çeker. Bu süreçte COPE’un Geri Çekme Rehberi esas alınır:

Ulusal ve uluslararası tüm kurum ve kişilere elektronik olarak ücretsiz ulaşmayı hedefleyen hakemli bir dergidir.

Atıf Dizinleri

TR Dizin
ROAD
Google Scholar
CrossRef

Rektör İmtiyaz Sahibi / Rector the holder of a concession

İsmail Hakkı Özölçer
İsmail Hakkı ÖZÖLÇER

Baş Editör / Chief Editor

Taner Bayraktaroğlu
Taner BAYRAKTAROĞLU

Temel Tıp Bilimleri Bölüm Editörleri / Basic Medical Sciences Section Editors

Default avatar
Hale SAYAN ÖZAÇMAK
Meryem Akpolat Ferah
Meryem AKPOLAT FERAH
Zehra Safi Öz
Zehra SAFİ ÖZ
Mustafa Çağatay Büyükuysal
Mustafa Çağatay BÜYÜKUYSAL
Default avatar
Ertuğrul DALGIÇ
Yasin Hazer
Yasin HAZER
Default avatar
Şükran ÖZTÜRK

Dahili Tıp Bilimleri Bölüm Editörler / Internal Medical Sciences Section Editors

Taner Bayraktaroğlu
Taner BAYRAKTAROĞLU
Default avatar
Esra ACIMAN DEMİREL
Default avatar
Emel HAZİNEDAR

Cerrahi Tıp Bilimleri Bölüm Editörleri / Surgical Medical Sciences Section Editors

Default avatar
Bengü Gülhan KÖKSAL
Burçin Acuner
Burçin ACUNER
Güldeniz Karadeniz Çakmak
Güldeniz KARADENİZ ÇAKMAK
Default avatar
Mehmet Orçun AKDEMİR

Yardımcı Editörler / Associate Editors

Salih Erdem
Salih ERDEM
Emine Fidan
Emine FİDAN
Türkan Akyol Güner
Türkan AKYOL GÜNER

Biyoistatistik Danışmanları / Consultants in Statistics

Mustafa Çağatay Büyükuysal
Mustafa Çağatay BÜYÜKUYSAL
Biyoistatistik
Mustafa Agah Tekindal
Mustafa Agah TEKİNDAL
Biyoistatistik
Mehmet Ali Sungur
Mehmet Ali SUNGUR
Biyoistatistik
Default avatar
Harun YONAR
Biyoistatistik, Uygulamalı İstatistik, Zootekni, Genetik ve Biyoistatistik

Technical Support

Salih Erdem
Salih ERDEM

Türkçe Redaksiyon Kurulu / Turkish Redaction Board

Betül Mutlu
Betül MUTLU
Muhittin Turan
Muhittin TURAN
Default avatar
NURAY ÜÇKARAKAYA
Arda Karadavut
Arda KARADAVUT
Serdar Deniz Özdemir
Serdar Deniz ÖZDEMİR
Hasan Özer
Hasan ÖZER

İngilizce Redaksiyon Kurulu / English Redaction Board

Default avatar
Okşan DAĞLI
Default avatar
Eda BAKİ ZENGİN
Default avatar
Oya BARUTCU
Default avatar
Ümran ÜSTÜNBAŞ
Default avatar
Hazal TUGAYTİMUR
Default avatar
İnan TEKİN
Default avatar
Sevilay YILDIRIM

İmtiyaz Sahibi Rektör

İsmail Hakkı Özölçer
İsmail Hakkı ÖZÖLÇER
Akışkan Mekaniği ve Termal Mühendislik, İnşaat Mühendisliği, Hidromekanik, Kıyı Bilimleri ve Mühendisliği, Su Kaynakları ve Su Yapıları

Baş Editör

Emrah Keskin
Emrah KESKİN
Beyin ve Sinir Cerrahisi (Nöroşirurji)

Temel Tıp Bilimleri Bölüm Editörleri

Salih Erdem
Salih ERDEM
Biyoloji, Tıbbi Fizyoloji, Fizyopatoloji, Sağlık Bilimleri
Gamze Tanrıöver
Gamze TANRIÖVER
Kanser Biyolojisi, Tümör İmmünolojisi, Kanser Hücre Biyolojisi, Katı Tümörler, Moleküler Hedefler, Onkoloji ve Karsinogenez (Diğer), Sağlık Bilimleri
Meryem Akpolat Ferah
Meryem AKPOLAT FERAH
Histoloji ve Embriyoloji
Zehra Safi Öz
Zehra SAFİ ÖZ
Kanser Hücre Biyolojisi
Ali Vasfi Ağlarcı
Ali Vasfi AĞLARCI
İstatistik, Biyoistatistik, Sağlık Bilimleri
Mustafa Çağatay Büyükuysal
Mustafa Çağatay BÜYÜKUYSAL
Biyoistatistik

Dahili Tıp Bilimleri Bölüm Editörleri

Default avatar
Esra ACIMAN DEMİREL
İç Hastalıkları
Emine Fidan
Emine FİDAN
Cerrahi Hastalıklar Hemşireliği
Default avatar
Tuğçe KÖKSAL
Fiziksel Tıp ve Rehabilitasyon
İbrahimhalil Düşünceli
İbrahimhalil DÜŞÜNCELİ
Gastroenteroloji ve Hepatoloji, İç Hastalıkları
Default avatar
Özlem ELMAS
Radyoterapi
Uğur Köktürk
Uğur KÖKTÜRK
Kardiyoloji

Cerrahi Tıp Bilimleri Bölüm Editörleri

Default avatar
Anıl TURHAN ÇAKIR
Jinekolojik Onkoloji Cerrahisi, Kadın Hastalıkları ve Doğum
Default avatar
Bengü Gülhan KÖKSAL
Anesteziyoloji, Sağlık Bilimleri
Default avatar
Deniz BAKLACI
Kulak Burun Boğaz
Default avatar
Şahin HANALİOĞLU
Beyin ve Sinir Cerrahisi (Nöroşirurji)
Default avatar
Oğuz ARSLANTÜRK
Kalp ve Damar Cerrahisi, Kardiyoloji , Kardiyovasküler Tıp ve Hematoloji (Diğer)
Güldeniz Karadeniz Çakmak
Güldeniz KARADENİZ ÇAKMAK
Genel Cerrahi

Yardımcı Editörler

Salih Erdem
Salih ERDEM
Biyoloji, Tıbbi Fizyoloji, Fizyopatoloji, Sağlık Bilimleri
Default avatar
Bengü Gülhan KÖKSAL
Anesteziyoloji, Sağlık Bilimleri

Batı Karadeniz Tıp Dergisi, Zonguldak Bülent Ecevit Üniversitesi tarafından yayımlanan, uluslararası, hakemli ve açık erişimli bir dergidir. İlk sayısı 2017 yılında yayımlanan dergi, yılda üç kez (Nisan, Ağustos ve Aralık aylarında) yayımlanmakta olup Türkçe ve İngilizce makalelere yer verir.