Öz
Polimeraz Zincir Reaksiyonu (PCR) DNA polimeraz enzimi aracılığıyla suni şartlarda DNA’nın çoğaltılması işlemidir. Yaygın ve geniş bir kullanım alanı olan PCR, moleküler çalışmalara büyük bir hız ve kesinlik kazandırmıştır. Oldukça kompleks olan bu teknik optimize edilerek başarılı bir şekilde kullanıldığında araştırmacıların işini kolaylaştırmaktadır. Ancak zayıf, istenmeyen ve spesifik olmayan ürün oluşumundan kaçınmak için kullanıcı gereken optimum konsantrasyon ve şartları kendisi ayarlamalıdır.
Bu çalışma, PCR’de kullanılan temel bileşenlerden DNA, MgCl2, dNTP ve primer konsantrasyonlarının optimize edilmesi ve karşılaşılan sorunların ortaya konulması amacıyla yapılmıştır. Bu bileşenler PCR sonucunu etkileyen kritik faktörlerdir. Diğer bileşenler sabit tutularak her bir bileşen için farklı konsantrasyonlar denenmiş ve doğru amplifikasyon için gerekli optimum konsantrasyonların DNA (100 ng), MgCl2, dNTP ve primer için sırasıyla 1 μl, 2-2.25 mM, 200-400 µM ve 0.25 µM olduğu saptanmıştır. Ayrıca reaksiyon karışımına mineral yağ koymanın PCR ürününe etkisinin bulunmadığı da tespit edilmiştir.
Polymerase Chain Reaction (PCR) is a process of DNA amplification via DNA polymerase enzyme under artificial conditions in a thermal cycler. PCR, which has very common use in a wide range of different diciplines, has provided high speed and certainty for molecular studies. If this complex technique is used effectively after optimization, it makes studies easy for researchers. However, researcher should optimize the PCR conditions before any specific study to avoid from poor and nonspecific PCR products.
The aim of this work was to put forward the problems encountered in a PCR and show how to optimize concentrations of DNA, MgCl2, dNTPs and primers. These are the critical components for a successful PCR process. By keeping other factors stable, it was determined that optimum DNA (100 ng), MgCl2, dNTPs and primer amounts were 1 μl, 2-2.25 mM, 200-400 µM and 0.25 µM, respectively. In addition, mineral oil addition to the mix had no effects on PCR product.
Anahtar Kelimeler
Polimeraz Zincir Reaksiyonu PCR DNA MgCl2 dNTP Primer Optimizasyon
Öz
Polimeraz Zincir Reaksiyonu (PCR) DNA polimeraz enzimi aracılığıyla suni şartlarda DNA’nın çoğaltılması işlemidir. Yaygın ve geniş bir kullanım alanı olan PCR, moleküler çalışmalara büyük bir hız ve kesinlik kazandırmıştır. Oldukça kompleks olan bu teknik optimize edilerek başarılı bir şekilde kullanıldığında araştırmacıların işini kolaylaştırmaktadır. Ancak zayıf, istenmeyen ve spesifik olmayan ürün oluşumundan kaçınmak için kullanıcı gereken optimum konsantrasyon ve şartları kendisi ayarlamalıdır. Bu çalışma, PCR’de kullanılan temel bileşenlerden DNA, MgCl2, dNTP ve primer konsantrasyonlarının optimize edilmesi ve karşılaşılan sorunların ortaya konulması amacıyla yapılmıştır. Bu bileşenler PCR sonucunu etkileyen kritik faktörlerdir. Diğer bileşenler sabit tutularak her bir bileşen için farklı konsantrasyonlar denenmiş ve doğru amplifikasyon için gerekli optimum konsantrasyonların DNA (100 ng), MgCl2, dNTP ve primer için sırasıyla 1 µl, 2-2.25 mM, 200-400 µM ve 0.25 µM olduğu saptanmıştır. Ayrıca reaksiyon karışımına mineral yağ koymanın PCR ürününe etkisinin bulunmadığı da tespit edilmiştir
Ayrıntılar
| Birincil Dil | Türkçe |
|---|---|
| Bölüm | Tarım Bilimleri (Agricultural Sciences) Eski Sayılar (Back Issues) |
| Yazarlar | |
| Yayımlanma Tarihi | 16 Şubat 2011 |
| Yayımlandığı Sayı | Yıl 2011 Cilt: 26 Sayı: 1 |
