COVID-19 Tanısı Alan Hastaların Bakteriyel Kültür Örneklerindeki Üremelerin ve Antibiyotik Duyarlılıklarının İncelenmesi

Abstract

Amaç: Koronavirüsler, Coronaviridae ailesine ve Nidovirales takımına ait olan zarflı, pozitif polariteli, tek iplikçikli RNA virüsleridir. İnsanlara ve diğer memelilere geniş ölçüde yayılmıştır. Pandemi; bir salgının belirli bir bölgenin dışına taşarak, büyük bir nüfusu etkilemeye başlaması olarak ifade edilir. SARS-CoV-2 virüsü de 2019 yılında başlayarak günümüzde bir pandemiye sebep olmuştur. COVID-19 tanılı hastaların bu tanılarına sekonder olarak eklenen bakteriyel enfeksiyonların hastalığın prognozunu kötü etkileyeceği düşünülmektedir. Bu çalışmada amacımız COVID-19 tanısı almış olan hastaların klinik örneklerindeki bakteriyel üremeleri ve antibiyotik duyarlılıklarını değerlendirmektir. Gereç ve Yöntemler: Bu çalışmada 20.06.2020 – 31.12.2020 tarihleri arasında Ondokuz Mayıs Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastanesine başvuran ve COVID-19 tanısı almış olan hastaların Mikrobiyoloji Laboratuvarına gönderilen örneklerindeki bakteriyel üremeler değerlendirildi. Bulgular: COVID-19 tanısı almış 102 hastanın, kültür örneklerinden 215’inde bakteriyel üreme saptandı. Hastaların 61’i erkek (%59,8), 41’i (%40,2) kadın hastaydı. Bu hastaların üçü <18 yaş, yedisi 18-49 yaş, 31’i 50-64 yaş, 46’sı 65-79 yaş, 15’i ≥ 80 yaş aralığındaydı. Üremesi olan kültürlerin %60,4’ü kan, %18,6’sı idrar, %16,7’si trakeal aspirat, %2,32’si balgam, %1,86’sı beyin omurilik sıvısı (BOS) kültürüdür. Tüm örneklerde üreyen etkenler arasında birinci sırada %43,2 ile koagülaz negatif stafilokoklar (KNS ) yer alırken, ikinci sırada %9,3 ile Klebsiella pneumoniae, üçüncü sırada %8,83 ile Escherichia coli yer almıştır. Sonuç: SARS-CoV-2 virüsünün yol açtığı COVID-19 viral enfeksiyonunun immün sistem üzerindeki etkilerinden dolayı sekonder bakteriyel enfeksiyonlara yatkınlık oluşturduğu düşünülmektedir. Şüphe duyulan hastaların sekonder bakteriyel enfeksiyon açısından değerlendirilip zamanında ve uygun tedavi verilmesi mortalite ve morbiditenin azaltılması yönünden katkı sağlayacaktır.

Keywords

• COVID-19
• bakteriyel enfeksiyon
• koronavirüs
• antibiyotik direnci

Investigation of Growth and Antibiotic Susceptibility in Bacterial Culture Samples of Patients Diagnosed with COVID-19

Abstract

Aim: Coronaviruses are enveloped, positive-polar, single-stranded RNA viruses belonging to the Coronaviridae family and the order Nidovirales. The SARS-CoV-2 virus has caused a pandemic, starting in 2019. In this study, our aim is to evaluate the bacterial growth and antibiotic susceptibility in clinical samples of patients diagnosed with COVID-19.
Material and Methods: In this study, bacterial growths in samples sent to the Microbiology Laboratory of patients who were admitted to the Ondokuz Masyıs University Medical Faculty Hospital between 20.06.2020 - 31.12.2020 and who were diagnosed with COVID-19 were evaluated.
Results: Bacterial growth was detected in 215 samples of 102 patients diagnosed with COVID-19 and 61(59.8%) of the patients were male and 41(40.2%) were female. Three of these patients are under 18 years old, seven are between the ages of 18-49 years old, 31 are between the ages of 50-64 years old, 46 are between the ages of 65-79 years old, 15 are over 80 years. 60.4% of the cultures are from blood, 18.6% urine, 16.7% tracheal aspirate, 2.32% sputum, 1.86% cerebrospinal fluid (CSF). Among the growth agents in all samples, coagulase negative staphylococci (CNS) were in the first place with 43.2%, Klebsiella pneumoniae was in the second place with 9.3%, and Escherichia coli was in the third place with 8.83%. Conclusion: It is thought that the COVID-19 viral infection caused by the SARS-CoV-2 virus predisposes to secondary bacterial infections due to its effects on the immune system. Evaluation of suspected patients in terms of secondary bacterial infection and timely and appropriate treatment will contribute to reducing mortality and morbidity.

Keywords

• COVID-19
• bacterial infections
• coronavirus
• antibiotic resistance

References

1. Felsenstein S, Herbert JA, McNamara PS, Hedrich CM. COVID-19: Immunology and treatment options. Clinic Immun. 2020: 108448.
2. Topcu AW, Söyletir G, Doğanay M, editörler. Enfeksiyon Hastalıkları ve Mikrobiyolojisi Etkenlere Göre Enfeksiyonlar. İstanbul: Nobel Tıp Kitapevleri; 2017.
3. Gürlevik SL. Koronavirüsler ve Yeni Koronavirüs SARS-CoV-2. Cocuk Enf Derg. 2020; 14(1): 46-8.
4. COVID-19 (SARS-CoV-2 Enfeksiyonu) Genel Bilgiler, Epidemiyoloji ve Tanı. Ankara: T. C. Sağlık Bakanlığı Halka Sağlığı genel Müdürlüğü [Son güncellenme tarihi: 07.12.2020; 15.03.2021]. https://covid19.saglik.gov.tr/Eklenti/39551/0/COVID19rehberigenelbilgilerepidemiyolojivetanipdf.pdf
5. Wang L, He W, Yu X, Hu D, Bao M, Liu H, et al. Coronavirus disease 2019 in elderly patients: characteristics and prognostic factors based on 4-week follow-up. J Infect. 2020; 80(6): 639-45.
6. He Y, Li W, Wang Z, Chen H, Tian L, Liu D. Nosocomial infection among patients with COVID-19: A retrospective data analysis of 918 cases from a single center in Wuhan, China. Infect Cont & Hosp Epidemiol. 2020; 41(8): 982-3.
7. Sharifipour E, Shams S, Esmkhani M, Khodadadi J, Fotouhi-Ardakani R, Koohpaei A, et al. Evaluation of bacterial co-infections of the respiratory tract in COVID-19 patients admitted to ICU. BMC Infect Dis. 2020; 20(1): 1-7.
8. Lansbury L, Lim B, Baskaran V, Lim WS. Co-infections in people with COVID-19: a systematic review and meta-analysis. J Infect. 2020; 81(2): 266-75.

9. Araç E, Doğan M, Taşbent FE, Feyzioğlu B. COVID-19 tanili hastalarda sekonder bakteriyel enfeksiyon oranlari. http://www.covid19symposium.com/wp-content/uploads/2020/06/P60.pdf
10. Li C-C, Wang C-Y, Hsueh P-R. Co-infections among patients with COVID-19: The need for combination therapy with non-anti-SARS-CoV-2 agents? J Microb Immunol and Infect. 2020; 53(4): 505-12.