Multikonik Simülasyon Yöntemi ile Peptidlerin Sıvı İçindeki Yapılarını İncelenmesi

Cilt: 11 Sayı: 1 9 Nisan 2009
  • Handan Arkın
Süleyman Demirel Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Dergisi Kapak
Süleyman Demirel Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Dergisi
PDF İndir

Multikonik Simülasyon Yöntemi ile Peptidlerin Sıvı İçindeki Yapılarını İncelenmesi

Öz

Tropoelastin molekülünün en önemli tekrar motifi olan Val–Pro-Gly-Val-Gly diziliminin sıvı içindeki yapısı multikanonik simülasyon yöntemi ile elde edilmistir ve düsük enerjili ve termodinamik olarak kararlı yapıları belirlenmistir. Sıvı teriminin yapılar üstündeki etkisi Ramachandran grafikleri ile analiz edilmistir. Sıvı teriminin moleküle esneklik getirdigi, vakum içinde çok sınırlı bir bölgeye hapsolmus bulunan konfigürasyonların sıvı içinde degistigi gözlenmistir. Sıvı içinde besli-peptidin sahip oldugu en düsük enerji degeri belirlenmistir.

Anahtar Kelimeler

Kaynakça

  1. Arkın, H., Çelik, T. 2002. Comparison of the Energy Landscape Paving and Multicanonical Methods in Simulation of the Heptapeptide Deltorphin. Eur. Phys. J. B 30, 577.
  2. Berg, B. A., Çelik, T. 1992. A New Approach to Spin Glass Simulations. Phys. Rev. Lett. 69, 2292.
  3. Berrg, B. A., Neuhaus, T. 1992. Multicanonical Ensemble: A New Approach to Simulate First-Order Phase Transitions. Phys. Rev. Lett. 68, 9.
  4. Berg, B. A., Hansmann, U. H. E., Çelik, T. 1994. Groundstate Properties of the 3d Ising Spin Glass. Phys. Rev. B50, 16444.
  5. Berg, B. A. 1998. Algorithmic Aspects of Multicanonical Simulations, Nucl. Phys. B (Proc. Suppl.) 63A-C, 982.
  6. Freyberg, B. von, Schaumann, T., Braun, W. 1993. FANTOM User's Manual and Instructions: ETH Zürich, Zürich.
  7. Freyberg, B. von, Richmond, T. J., Braun, W. 1993. Surface Area Included in Energy Refinement of Proteins- A Comparative Study on Atomic Parameters. J. Mol. Biol. 233, 275.
  8. Freyberg, B. von Braun, W. 1993. Minimization of Empirical Energy Functions in Proteins Including Hydrophobic Surface Area Effects. J. Comp. Chem. 14, 510.

Ayrıntılar

Birincil Dil

İngilizce

Konular

-

Bölüm

-

Yazarlar

Handan Arkın Bu kişi benim

Yayımlanma Tarihi

9 Nisan 2009

Gönderilme Tarihi

9 Nisan 2009

Kabul Tarihi

-

Yayımlandığı Sayı

Yıl 2007 Cilt: 11 Sayı: 1

DOI

https://doi.org/10.19113/sdufbed.85531

IZ

https://izlik.org/JA34KT45SN

Kaynak Göster

RIS / Bibtex
APA
Arkın, H. (2009). Multikonik Simülasyon Yöntemi ile Peptidlerin Sıvı İçindeki Yapılarını İncelenmesi. Süleyman Demirel Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Dergisi, 11(1), 1-7. https://doi.org/10.19113/sdufbed.85531
AMA
1.Arkın H. Multikonik Simülasyon Yöntemi ile Peptidlerin Sıvı İçindeki Yapılarını İncelenmesi. Süleyman Demirel Üniv. Fen Bilim. Enst. Derg. 2009;11(1):1-7. doi:10.19113/sdufbed.85531
Chicago
Arkın, Handan. 2009. “Multikonik Simülasyon Yöntemi ile Peptidlerin Sıvı İçindeki Yapılarını İncelenmesi”. Süleyman Demirel Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Dergisi 11 (1): 1-7. https://doi.org/10.19113/sdufbed.85531.
EndNote
Arkın H (01 Nisan 2009) Multikonik Simülasyon Yöntemi ile Peptidlerin Sıvı İçindeki Yapılarını İncelenmesi. Süleyman Demirel Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Dergisi 11 1 1–7.
IEEE
[1]H. Arkın, “Multikonik Simülasyon Yöntemi ile Peptidlerin Sıvı İçindeki Yapılarını İncelenmesi”, Süleyman Demirel Üniv. Fen Bilim. Enst. Derg., c. 11, sy 1, ss. 1–7, Nis. 2009, doi: 10.19113/sdufbed.85531.
ISNAD
Arkın, Handan. “Multikonik Simülasyon Yöntemi ile Peptidlerin Sıvı İçindeki Yapılarını İncelenmesi”. Süleyman Demirel Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Dergisi 11/1 (01 Nisan 2009): 1-7. https://doi.org/10.19113/sdufbed.85531.
JAMA
1.Arkın H. Multikonik Simülasyon Yöntemi ile Peptidlerin Sıvı İçindeki Yapılarını İncelenmesi. Süleyman Demirel Üniv. Fen Bilim. Enst. Derg. 2009;11:1–7.
MLA
Arkın, Handan. “Multikonik Simülasyon Yöntemi ile Peptidlerin Sıvı İçindeki Yapılarını İncelenmesi”. Süleyman Demirel Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Dergisi, c. 11, sy 1, Nisan 2009, ss. 1-7, doi:10.19113/sdufbed.85531.
Vancouver
1.Handan Arkın. Multikonik Simülasyon Yöntemi ile Peptidlerin Sıvı İçindeki Yapılarını İncelenmesi. Süleyman Demirel Üniv. Fen Bilim. Enst. Derg. 01 Nisan 2009;11(1):1-7. doi:10.19113/sdufbed.85531

e-ISSN :1308-6529
Linking ISSN (ISSN-L): 1300-7688

Dergide yayımlanan tüm makalelere ücretiz olarak erişilebilinir ve Creative Commons CC BY-NC Atıf-GayriTicari lisansı ile açık erişime sunulur. Tüm yazarlar ve diğer dergi kullanıcıları bu durumu kabul etmiş sayılırlar. CC BY-NC lisansı hakkında detaylı bilgiye erişmek için tıklayınız.