BibTex RIS Kaynak Göster

Comparison Of Rapid Bacterial DNA Extraction Methods

Yıl 2006, Cilt: 2 Sayı: 27, 73 - 76, 01.12.2006

Emine Arslan U.sait Uçan

Öz

This study was carried out to compare rapid bacterial DNA extraction methods. Strains of Staphylococcus sp. and E. coli were preferred to represent Gram positive and Gram negative bacteria, respectively. DNA extractions from the cultured bacteria (~ 108 cfu/ml) were made by the methods of boiling, sonication and freze-thawing. Then, the quantities of DNA extracted were measured by spectrophotometric analysis at 260nm. DNA quantities obtained by sonication method were statistically more than those obtained by other methods (p<0.05)

Anahtar Kelimeler

Staphylococcus sp Escherichia coli DNA extraction

Kaynakça

  • Maslow, J. N., Mulligan, M. E., Arbeit, R. D. Molecular Epidemiology: Application of Contemporary Techniques to the Typing of Microorganisms. Clin. Infect Dis. 17: 64-153 (1993).
  • van Belkum, A. DNA Fingerprinting of Medically Important Microorganisms by Use of PCR. Clin. Microbiol. Rev. 7: 84-174 (1995).
  • Wang, G., Whittam, T. S., Berg, C. M., Berg, D.E. RAPD (Arbitrary Primer) PCR is More Sensitive Than Multilocus Enzyme Electrophoresis for Distinguishing Related Bacterial Strains. Nucleic Acids Res. 21: 5930-5933 (1993).
  • Kevin, A., Comparison of Rapid Methods for the Extraction of Bacterial DNA from Colonic and Fecal Lumen Contents of the Pig. J. Applied Microbiol. 94: 988-993 (2003).
  • Rengarajen, K., Cristol, M.S., Mehta, M., Nickerson, J.M. Quantifying DNA Concentrations Using Fluorometry: A Comparison of Fluorophores. Molecular Vision. 8: 416-421 (2002).
  • Maniatis, T., Sambrook, J. Molecular Cloning, A Laboratory Manual, Cold Spring Harbor Laboratory Pres, USA. (1989).
  • Newton, C.R. PCR Essential Data. John Wiley and Sons LTD. Baffins Lane, Chicheter, West Sussex PO 19, 1UD, UK. (1995).
  • More, M.I., Herrick, J.B., Silva, M.C., Ghiorse, W.C., Madsen, E.L. Quantitative Cell Lysis of Indigenous Microorganism and Rapid Extraction of Microbial DNA from Sediment. Applied and Environmental Microbiology 60:5, 1572-1580 (1994).
  • Yeates, C., Gillings M. R., Davison, A. D., Altavilla, N., Veal, D. A. Methods for Microbial DNA Extraction from Soil for PCR Amplification. Biological Procedures Online. 1:40-47 (1998).
  • 0. Pitcher, D. G., Saunders, N. A., Owen R. J. Rapid Extraction of Bacterial Genomic DNA with Guanidium Thiocyanate. Letters in Applied Microbiology 8:151-156 (1989).

Hızlı Bakteriyel DNA Ekstraksiyon Metotlarının Karşılaştırılması

Yıl 2006, Cilt: 2 Sayı: 27, 73 - 76, 01.12.2006

Emine Arslan U.sait Uçan

Öz

Bu çalışma bakteriyel DNA ekstraksiyonunda kullanılan hızlı metotları karşılaştırmak amacıyla yapıldı. Bu amaçla Gram pozitif bakterilere örnek olarak Staphylococcus sp., Gram negatiflere örnek olarak Escherichia coli seçildi. Bu bakterilerin buyyon kültürlerinden (~107 cfu/ml) kaynatma, sonikasyon ve dondurma-çözme yöntemleri ile DNA ekstraksiyonu yapıldı. DNA miktarları 260 nm dalga boyunda spektrofotometre ile okundu. Sonikasyon ile elde edilen DNA miktarı diğer yöntemlerle elde edilen DNA miktarlarından istatistiksel olarak daha fazla bulundu (p

Anahtar Kelimeler

Staphylococcus sp Escherichia coli DNA ekstraksiyonu

Kaynakça

  • Maslow, J. N., Mulligan, M. E., Arbeit, R. D. Molecular Epidemiology: Application of Contemporary Techniques to the Typing of Microorganisms. Clin. Infect Dis. 17: 64-153 (1993).
  • van Belkum, A. DNA Fingerprinting of Medically Important Microorganisms by Use of PCR. Clin. Microbiol. Rev. 7: 84-174 (1995).
  • Wang, G., Whittam, T. S., Berg, C. M., Berg, D.E. RAPD (Arbitrary Primer) PCR is More Sensitive Than Multilocus Enzyme Electrophoresis for Distinguishing Related Bacterial Strains. Nucleic Acids Res. 21: 5930-5933 (1993).
  • Kevin, A., Comparison of Rapid Methods for the Extraction of Bacterial DNA from Colonic and Fecal Lumen Contents of the Pig. J. Applied Microbiol. 94: 988-993 (2003).
  • Rengarajen, K., Cristol, M.S., Mehta, M., Nickerson, J.M. Quantifying DNA Concentrations Using Fluorometry: A Comparison of Fluorophores. Molecular Vision. 8: 416-421 (2002).
  • Maniatis, T., Sambrook, J. Molecular Cloning, A Laboratory Manual, Cold Spring Harbor Laboratory Pres, USA. (1989).
  • Newton, C.R. PCR Essential Data. John Wiley and Sons LTD. Baffins Lane, Chicheter, West Sussex PO 19, 1UD, UK. (1995).
  • More, M.I., Herrick, J.B., Silva, M.C., Ghiorse, W.C., Madsen, E.L. Quantitative Cell Lysis of Indigenous Microorganism and Rapid Extraction of Microbial DNA from Sediment. Applied and Environmental Microbiology 60:5, 1572-1580 (1994).
  • Yeates, C., Gillings M. R., Davison, A. D., Altavilla, N., Veal, D. A. Methods for Microbial DNA Extraction from Soil for PCR Amplification. Biological Procedures Online. 1:40-47 (1998).
  • 0. Pitcher, D. G., Saunders, N. A., Owen R. J. Rapid Extraction of Bacterial Genomic DNA with Guanidium Thiocyanate. Letters in Applied Microbiology 8:151-156 (1989).
Toplam 10 adet kaynakça vardır.

Ayrıntılar

Diğer ID JA58JG75GM
Bölüm Araştırma Makaleleri
Yazarlar

Emine Arslan Bu kişi benim

U.sait Uçan Bu kişi benim

Yayımlanma Tarihi 1 Aralık 2006
Gönderilme Tarihi 1 Aralık 2006
Yayımlandığı Sayı Yıl 2006 Cilt: 2 Sayı: 27

Kaynak Göster

APA Arslan, E., & Uçan, U. (2006). Hızlı Bakteriyel DNA Ekstraksiyon Metotlarının Karşılaştırılması. Selçuk Üniversitesi Fen Fakültesi Fen Dergisi, 2(27), 73-76.
AMA Arslan E, Uçan U. Hızlı Bakteriyel DNA Ekstraksiyon Metotlarının Karşılaştırılması. sufefd. Aralık 2006;2(27):73-76.
Chicago Arslan, Emine, ve U.sait Uçan. “Hızlı Bakteriyel DNA Ekstraksiyon Metotlarının Karşılaştırılması”. Selçuk Üniversitesi Fen Fakültesi Fen Dergisi 2, sy. 27 (Aralık 2006): 73-76.
EndNote Arslan E, Uçan U (01 Aralık 2006) Hızlı Bakteriyel DNA Ekstraksiyon Metotlarının Karşılaştırılması. Selçuk Üniversitesi Fen Fakültesi Fen Dergisi 2 27 73–76.
IEEE E. Arslan ve U. Uçan, “Hızlı Bakteriyel DNA Ekstraksiyon Metotlarının Karşılaştırılması”, sufefd, c. 2, sy. 27, ss. 73–76, 2006.
ISNAD Arslan, Emine - Uçan, U.sait. “Hızlı Bakteriyel DNA Ekstraksiyon Metotlarının Karşılaştırılması”. Selçuk Üniversitesi Fen Fakültesi Fen Dergisi 2/27 (Aralık 2006), 73-76.
JAMA Arslan E, Uçan U. Hızlı Bakteriyel DNA Ekstraksiyon Metotlarının Karşılaştırılması. sufefd. 2006;2:73–76.
MLA Arslan, Emine ve U.sait Uçan. “Hızlı Bakteriyel DNA Ekstraksiyon Metotlarının Karşılaştırılması”. Selçuk Üniversitesi Fen Fakültesi Fen Dergisi, c. 2, sy. 27, 2006, ss. 73-76.
Vancouver Arslan E, Uçan U. Hızlı Bakteriyel DNA Ekstraksiyon Metotlarının Karşılaştırılması. sufefd. 2006;2(27):73-6.

Dergi Sahibi: Selçuk Üniversitesi Fen Fakültesi Adına Rektör Prof. Dr. Hüseyin YILMAZ
Selçuk Üniversitesi Fen Fakültesi Fen Dergisi temel bilimlerde ve diğer uygulamalı bilimlerde özgün sonuçları olan Türkçe ve İngilizce makaleleri kabul eder. Dergide ayrıca güncel yenilikleri içeren derlemelere de yer verilebilir.
Selçuk Üniversitesi Fen Fakültesi Fen Dergisi;
İlk olarak 1981 yılında S.Ü. Fen-Edebiyat Fakültesi Dergisi olarak yayın hayatına başlamış; 1984 yılına kadar (Sayı 1-4) bu adla yayınlanmıştır.
1984 yılında S.Ü. Fen-Edeb. Fak. Fen Dergisi olarak adı değiştirilmiş 5. sayıdan itibaren bu isimle yayınlanmıştır.
3 Aralık 2008 tarih ve 27073 sayılı Resmi Gazetede yayımlanan 2008/4344 sayılı Bakanlar Kurulu Kararı ile Fen-Edebiyat Fakültesi; Fen Fakültesi ve Edebiyat Fakültesi olarak ayrılınca 2009 yılından itibaren dergi Fen Fakültesi Fen Dergisi olarak çıkmıştır.
2016 yılından itibaren DergiPark’ta taranmaktadır.

88x31.png

Selçuk Üniversitesi Fen Fakültesi Fen Dergisi Creative Commons Atıf 4.0 Uluslararası Lisansı (CC BY-NC 4.0) ile lisanslanmıştır.