Konferans Bildirisi
BibTex RIS Kaynak Göster

Comparison of DNA Patterns with Graf Simulation

Yıl 2018, Cilt: 1 Sayı: 1, 15 - 19, 25.12.2018

Öz

The
aim of this study is to calculate the similarity ratio of the sequences in
different DNA samples. In order to increase the performance and shorten the
transaction volume of the DNA data, DNA sequences were compressed and DNA
motifs were obtained. For this, the LZ Compression algorithm was used. While
each of the obtained motifs was only a graph node, the order of these motifs
was transformed into graphs expressing the edge of the nodes. The obtained
graph from each DNA was used to find the similarity in DNA. According to the algorithms
calculating the similarity ratio on the graphs, we compared both Neighbor
Matching and Cosinus Similarity methods and then we showed that Cosinus
Similarity is more efficient than Neighbor Matching.

Kaynakça

  • [1] R Shamir, Bioinformatics for Biologists, California: Cambridge, 2014.
  • [2] M SÜLÜ, Graf Tabanlı Biyolojik Dizilerde Örüntü Keşfi, Elazığ, 2011.
  • [3] GenBank, Pan paniscus mitochondrial DNA, complete sequence, 26 7 2016. [Çevrimiçi]. Available: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/D38116. [Erişildi: 15 4 2018].
  • [4] Elkan, Timothy L Bailey and Charles ,Fitting a mixture model by expectation maximization to discover motifs in biopolymers, Proceedings of the Second International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology, pp. 28-36, 1994.
  • [5] CE Lawrence, SF Altschul, MS Boguski, JS Liu, AF Neuwald, JC Wootton, Detecting subtle sequence signals: a Gibbs sampling strategy for multiple alignment, Science, p. 262, 1993.
  • [6] U B BALOĞLU, Dna Sıralarındaki Tekrarlı Örüntülerin Ve Potansiyel Motiflerin Veri Madenciliği Yöntemiyle Çıkarılması, Fırat Üniverstesi, Elazığ, 2006.
  • [7] A Lempel, J Ziv, On the Complexity of Finite Sequences, IEEE Transactions on Information Theory, p. 22, 1976.
  • [8] M Nikolic, Measuring Similarity of Graph Nodes by Neighbor Matching, IOS Press, pp. 865-878, 2012.
  • [9] M Gallo, Implementing and Understanding Cosine Similarity, 29 07 2016. [Çevrimiçi]. Available: https://masongallo.github.io/machine/learning,/python/2016/07/29/cosine-similarity.html [Erişildi: 10 04 2018].
  • [10] A Madylova, Kosinüs Benzerliğini Kullanarak Belgeler Arası Anlamsal Benzerliği Kavramsal Sözlüğe Dayalı Hesaplama Yöntemi, İTU, İstanbul, 2009.
  • [11] B Anderson, H.Sapiens mitochondrial genome, 14 7 2016. [Çevrimiçi]. Available: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/V00662. [Erişildi: 15 04 2018].

DNA Dizilerinin Graf Benzetim Yolu İle Karşılaştırılması

Yıl 2018, Cilt: 1 Sayı: 1, 15 - 19, 25.12.2018

Öz

Bu
çalışmanın amacı farklı DNA örneklerindeki dizilimlerin benzerlik oranını
hesaplamaktır. DNA verilerinin büyüklüklerinin getirdiği işlem hacmini
kısaltmak ve performansı arttırmak için,DNA dizileri sıkıştırılıp motif
çıkarımı yapıldı. Bunun için LZ Sıkıştırma algoritması kullanıldı. Elde edilen
motiflerden her biri sadece bir graf düğümünü ifade ederken bu motiflerin
sırası da düğümlerin komşuluklarını ifade edecek şekilde grafa dönüştürüldü.
Her bir DNA’dan elde edilen graf, DNA’lardaki benzerliği bulabilmek için
kullanıldı. Graflar üzerinden benzerlik oranını hesaplayan algoritmalardan, her
iki Komşu Eşleşme ve Kosinüs Benzerliği metotlarını karşılaştırdık. Buna göre Kosinüs
Benzerliği’nin Komşu Eşleşme’ye göre daha performanslı olduğunu gösterdik.

Kaynakça

  • [1] R Shamir, Bioinformatics for Biologists, California: Cambridge, 2014.
  • [2] M SÜLÜ, Graf Tabanlı Biyolojik Dizilerde Örüntü Keşfi, Elazığ, 2011.
  • [3] GenBank, Pan paniscus mitochondrial DNA, complete sequence, 26 7 2016. [Çevrimiçi]. Available: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/D38116. [Erişildi: 15 4 2018].
  • [4] Elkan, Timothy L Bailey and Charles ,Fitting a mixture model by expectation maximization to discover motifs in biopolymers, Proceedings of the Second International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology, pp. 28-36, 1994.
  • [5] CE Lawrence, SF Altschul, MS Boguski, JS Liu, AF Neuwald, JC Wootton, Detecting subtle sequence signals: a Gibbs sampling strategy for multiple alignment, Science, p. 262, 1993.
  • [6] U B BALOĞLU, Dna Sıralarındaki Tekrarlı Örüntülerin Ve Potansiyel Motiflerin Veri Madenciliği Yöntemiyle Çıkarılması, Fırat Üniverstesi, Elazığ, 2006.
  • [7] A Lempel, J Ziv, On the Complexity of Finite Sequences, IEEE Transactions on Information Theory, p. 22, 1976.
  • [8] M Nikolic, Measuring Similarity of Graph Nodes by Neighbor Matching, IOS Press, pp. 865-878, 2012.
  • [9] M Gallo, Implementing and Understanding Cosine Similarity, 29 07 2016. [Çevrimiçi]. Available: https://masongallo.github.io/machine/learning,/python/2016/07/29/cosine-similarity.html [Erişildi: 10 04 2018].
  • [10] A Madylova, Kosinüs Benzerliğini Kullanarak Belgeler Arası Anlamsal Benzerliği Kavramsal Sözlüğe Dayalı Hesaplama Yöntemi, İTU, İstanbul, 2009.
  • [11] B Anderson, H.Sapiens mitochondrial genome, 14 7 2016. [Çevrimiçi]. Available: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/V00662. [Erişildi: 15 04 2018].
Toplam 11 adet kaynakça vardır.

Ayrıntılar

Birincil Dil Türkçe
Konular Mühendislik
Bölüm Makaleler
Yazarlar

Cantekin Çelikhası

Ahmet Sayar

Adem Ulu

Yayımlanma Tarihi 25 Aralık 2018
Yayımlandığı Sayı Yıl 2018 Cilt: 1 Sayı: 1

Kaynak Göster

APA Çelikhası, C., Sayar, A., & Ulu, A. (2018). DNA Dizilerinin Graf Benzetim Yolu İle Karşılaştırılması. Veri Bilimi, 1(1), 15-19.



Dergimizin Tarandığı Dizinler (İndeksler)


Academic Resource Index

logo.png

journalseeker.researchbib.com

Google Scholar

scholar_logo_64dp.png

ASOS Index

asos-index.png

Rooting Index

logo.png

www.rootindexing.com

The JournalTOCs Index

journal-tocs-logo.jpg?w=584

www.journaltocs.ac.uk

General Impact Factor (GIF) Index

images?q=tbn%3AANd9GcQ0CrEQm4bHBnwh4XJv9I3ZCdHgQarj_qLyPTkGpeoRRmNh10eC

generalif.com

Directory of Research Journals Indexing

DRJI_Logo.jpg

olddrji.lbp.world/indexedJournals.aspx

I2OR Index

8c492a0a466f9b2cd59ec89595639a5c?AccessKeyId=245B99561176BAE11FEB&disposition=0&alloworigin=1

http://www.i2or.com/8.html



logo.png