Analysis of Flora and Vegetation Data by R Software Packages: A Case Study from Southern Türkiye
Öz
Similarity and dissimilarity indices have been used to statistically compare flora and vegetation research. R software environment is one of the current and popular approaches to doing statistical analysis and graphical visualizations in ecology and many other disciplines. In the study, floristic studies of eight areas in southern Türkiye were compared by beta diversity indices, and some R packages for numerical ecology and taxonomic applications are mentioned and discussed for more detailed analysis. A unified taxa list was compiled based on all the taxa that are detected in compared areas and then a presence/absence data were prepared. Beta diversity indices were calculated to compare the eight floristic fields. Similarity and dissimilarity dendrograms and heatmaps of UPGMA (Unweighted Pair-Group Method using arithmetic Averages) methods were shown in two different main groups. The obtained cluster dendrograms and heat maps of floristic fields allow easy comparison and quantitative differentiation of areas in flora and vegetation studies. The R packages are used to analyze, manage, and manipulate data with publication quality graphics for free in flora and ecology fields like many other disciplines.
Anahtar Kelimeler
Diversity indices, Plant ecology, R software, Vegan package
Flora ve Vejetasyon Verilerinin R Yazılım Paketleri ile Analizi: Türkiye’nin Güneyinden Bir Örnek Çalışma
Öz
Flora ve vejetasyon araştırmalarını istatistiksel olarak karşılaştırmak için benzerlik ve farklılık indeksleri kullanılmaktadır. R yazılım ortamı, ekoloji ve diğer birçok disiplinde istatistiksel analiz ve grafiksel görselleştirme yapmak için kullanılan güncel ve popüler yaklaşımlardan biridir. Bu çalışmada, Türkiye'nin güneyindeki sekiz alanın floristik çalışmaları beta çeşitlilik indeksleri ile karşılaştırılmış ve numerik ekoloji ve taksonomik çalışmalarda kullanılan bazı R paketlerinden bahsedilmiş ve tartışılmıştır. Karşılaştırılan alanlarda tespit edilen tüm taksonlar baz alınarak birleşik takson listesi oluşturulmuş ve var/yok verileri hazırlanmıştır. Sekiz floristik alanı karşılaştırmak için beta çeşitlilik indeksleri hesaplandı. UPGMA (Aritmetik Ortalamaları Kullanan Ağırlıksız Çift-Grup Yöntemi) yöntemlerinin benzerlik ve farklılık dendrogramları ile ısı haritaları iki farklı ana grubun olduğunu gösterdi. Floristik alanlardan elde edilen küme dendrogramları ve ısı haritaları, flora ve vejetasyon çalışmalarında alanların kolay karşılaştırılmasını ve nicel farklılaşmasını ortaya koyar. R paketleri diğer birçok disiplinde olduğu gibi flora ve ekoloji alanlarında da ücretsiz olarak yayın kalitesinde grafiklerle verileri analiz etmek, yönetmek ve manipüle etmek için kullanılmaktadır.
Anahtar Kelimeler
Bitki ekolojisi, Çeşitlilik indeksleri, R yazılım ortamı, Vegan paketi
We would like to thank researchers of studied floristic sites and contributions of different R package developers.