Characterization of Human Pathogenic Escherichia coli lsolates According to Phenotypic Properties, Plasmid and Protein Profiles

Yıl 2007, Cilt: 12 Sayı: 1, 10 - 15, 01.01.2007

İsmet Berber Akın Öter

Öz

In the present study, 13 E. coli strains were characterized using phenotypic properties, plasmid and protein profiles. According to agarose gel electrophoresis analysis it was confirmed that all strains consisted of at least one plasmid. A numerical analysis based on whole-cell protein patterns revealed 2 distinct major groups with a similarity level of above 71 %. Afterwards, a numerical analysis based on extracellular protein patterns revealed 3 difference major groups with a similarity level of above 60 %. The research indicated that whole-cell and extracellular protein profiles obtained by SDS-PAGE did not provide an effective approach to the investigation of taxonomic relationship among the tested E. coli strains. However, it determined that extracellular protein patterns were more difference than whole-cell protein profiles.

Anahtar Kelimeler

E. coli, Characterization, Plasmid, Protein profiles, SDS-PAGE

İnsan Patojeni Escherichia coli İzolatlarının Fenotipik Özellikleri, Plazmit ve Protin Profillerine Göre Karakterizasyonu

Öz

Bu çalışmada, 13 adet E. coli suşu fenotipik özellikleri, plazmit ve protein profillerine göre karakterize edildi. Agaroz jel elektroforez analiz sonuçlarına göre bütün suşların en az bir adet plazmit bulundurduğu belirlendi. Toplam hücre protein profil sonuçları esas alınarak yapılan nümerik analiz, benzerlik düzeyi % 71'in üzerinde 2 ayrı büyük grup ortaya koydu. Ayrıca, hücre dışı protein profil sonuçları esas alınarak yapılan nümerik analiz ise benzerlik düzeyi % 60'ın üzerinde 3 ayrı büyük grup ortaya koydu. Bu araştırma, SDS-PAGE yöntemiyle elde edilen toplam hücre ve hücre dışı protein profillerinin test edilen E. coli suşlarının taksonomik ilişkilerinin incelenmesinde etkili bir yaklaşım sağlamadığını gösterdi. Bununla birlikte, hücre dışı protein profillerinin toplam hücre protein profillerine göre daha iyi ayırım sağladığı da belirlendi.

Anahtar Kelimeler

E. coli, Karakterizasyon, Plazmit, Protein profilleri, SDS-PAGE

Kaynakça

• Kaynakça verildi.