Çiçek Soğanlarında Fusarium oxysporum Schltdl ’nin Moleküler Yöntemlerle Saptanması

Yıl 2018, Cilt: 55 Sayı: 3, 281 - 289, 28.09.2018

Necip Tosun Asuman Sağlam

https://doi.org/10.20289/zfdergi.392047

Öz

Türkiye,
dünyanın üç önemli gen merkezinin kesisme noktası olan bir bölgede bulunması
nedeniyle bitki genetik kaynakları açısından büyük bir potansiyele sahiptir.
Ülkemizin tür zenginliği
içinde doğal
çiçek soğanlarının ayrı bir yeri
vardır. Bu bitkiler yüzyıllardır tıbbi amaçlarla kullanılmasına karşın, kış aylarında
çiçeklenmeleri nedeniyle genis
ölçüde
bahçelerde süs bitkisi olarak da kullanılmaktadır. Yaprak lekesi, kök çürüklüğü
ve solgunluk etmenleri gibi birçok patojeni bünyesinde barındıran soğanlı süs
bitkilerinde yaygın olarak görülen Fusarium
solgunlukları her yıl büyük ekonomik kayıplara neden olmaktadır. Etmenin
tanısında uygulanan mevcut
izolasyon ve teşhis çalışmaları yaklaşık bir hafta sürmekte ve tür bazında
teşhisleri zor olmakta, ayrıca patojenite testleri ile bu süre uzamaktadır. Spor
yapılarına bakılarak gerçekleştirilen bu teşhis yöntemlerinin çok fazla zaman,
emek ve taksonomik uzmanlık gerektirmesi, daha hassas, güvenilir ve hızlı olan PCR
tekniklerinin çalışmamızda tercih edilmesine sebep olmuştur. Bu çalışma ile günümüzde birçok alanda yaygın
kullanımı olan hem geleneksel PCR hem de Real-Time PCR
yöntemi ile Fusarium oxysporum Schltdl izolatının hızlı ve doğru şekilde
tespiti gerçekleştirilmiş ve sekanslama. ile yöntemin geçerliliği ortaya konulmuştur.

Anahtar Kelimeler

Çiçek soğanı, Fusarium spp., Gerçek zamanlı PCR, geleneksel PCR

Kaynakça

• Achenbach L.A., Patrick J. and Gray L. 1996. Genetic variation of Fusarium solani isolates that cause soybean sudden death syndrome, Phytopathology 86 (11 suppl.), 10p.
• Altınok, H. 2006. Doğu Akdeniz Bölgesi’nde Patlıcanda Fusarium Solgunluğu Hastalığı (Fusarium oxysporum Schlecht. f. sp. melongenae Matuo and Ishigami)’nın Yaygınlığı, Etmenin Moleküler Karakterizasyonu ve Bitkide Hastalığa Karşı Dayanıklılığının Uyarılması, Çukurova Üniversitesi, Bitki Koruma Anabilim Dalı, Doktora Tezi, 29s.
• Anonymous, 2017. Gel Electrophoresis Definition.https://biologydictionary.net/gel-electrophoresis/ .Erişim: Aralık, 2017.
• Assigbetse, K.B., Fernandez, D., Dubois, M.P. and Geigern, J.P. 1994. Differentiation of Fusarium oxysporum f. sp. vasinfectum Races on Cotton by Random Amplified Polymorfic DNA (RAPD) Analysis. Phytopathology, 84: 622-626pp.
• Karagüzel Ö., Aydınşakir, K., Kaya, AS.2011. Batı Akdeniz Tarımsal Araştırmalar Enstitüsü Dünyada ve Türkiye’de çiçek soğanları sektörünün durumu’ www.batem.gov.tr .Erişim :Temmuz 2011.
• Belabid, L., Baum, M., Fortas, Z., Bouznad, Z. and Eujay, I. 2003. Pathogenic and genetic characterization of algerian isolates of Fusarium oxysporum f. sp. lentis by RAPD and AFLP analysis. African Journal of Biotechnology, Vol. 3 (1): 25-31pp.
• Boyraz, N. ve Yaşar, A. 2005. Lale soğanlarında Fusarium çürüklüğünün oranı ve kimyasal mücadelesi. Selçuk Üniversitesi Ziraat Fakültesi Dergisi, 19(37), Konya, 125-134s.
• Chelkowski, J., Batemen, G.L. and Mirocha, C.H.J. 1999. Identification of Toxigenic Fusarium Species Using PCR Assay. J. Phytopathology, 147: 307-311pp.
• Çolak, A. 2011. Doğu Akdeniz Bölgesi Örtü Altı Domates Yetiştiriciliğinde Fusarium oxysporum Spesiyal Form ve Irklarının Yaygınlığı, Moleküler Yöntemlerle Ayrımı İle Kök ve Kök Boğazı Çürüklüğü (F.oxysporum f.sp. radicis-lycopersici Jarvis&Shoomaker) Hastalığının Entegre Yönetimi). Doktora Tezi, Çukurova Üniversitesi.
• Edel,V, Stenberg, C., Avelange I., Laguerre, G. and Ala Bouvette, C. 1995. Comparison of three moleculer methods fort he characterization of Fusarium oxysporum strains. Phytopathology 85:579-585pp.
• Fadly, E, G.B., El-Kazzaz, M.K., Hassan, M.A.A. and El-Kot, G.A.N. 2008. Identification of some Fusarium spp.using RAPD-PCR Technique. J. Phytopathol, Vol. 36 (1-2), 71-80 pp.
• Hekimoğlu B. ve Altındeğer M. 2012. Süs Bitkileri (Endüstrisi) Sektör Raporu, Samsun Tarım İl Müdürlüğü Yayını.
• Hertog, A. and Le Nard, M.1993. The Physiology of Flower Bulbs, Elsevier Science Publishers B.V., Amsterdam, London, New York , Tokyo, 10-88 pp.
• Külen, O., Keskin B., Yüksel B., Onarıcı S. ve Baykal A. 2011. Bitki Moleküler Genetiğinde Son Teknikler Uygulamalı Eğitimi, Marmara Araştırma Merkezi Gen Mühendisliği ve Biyoteknoloji Enstitüsü, TÜBİTAK, 24-46 s.
• Nelson AJ, Elias KS, Arévalo G E, Darlington LC. and Bailey BA. 1997. Genetic characterization by RAPD analysis of isolates of Fusarium oxysporum f. sp. erythroxyli Associated with an Emerging Epidemic in Peru. Phytopathology, 87(12):1220-5pp.
• Özer, N. ve Soran, H. 1989. İstanbul ve çevresinde bazı kesme çiçek türlerinde görülen Fusarium türlerinin tespiti, dağılışları, morfolojik özellikleri ve patojenisiteleri üzerinde araştırmalar. Bitki Koruma Bülteni 29 (3-4): 195-209s.
• Schilling, AG., Möller, EM. and Geiger, HH. 1996. Polymerase chain- reaction based assays for species specific detection of Fusarium culmorum, F. graminearum, and F. avenaceum, Phytopathology 86:515-522pp.
• Straathof TP., Jansen, J., Roebroeck, E.J.A. and Löffler, H.J.M. 1997. Fusarium resistance in Gladiolus:Selection in seedling populations. Plant breeding, 116, 283,286pp.
• Turhan, G..2010. Sebzelerde Görülen Önemli Fungal Hastalıklar, Ege Üniversitesi Ziraat Fakültesi Lisans Programı Ders Kitabı , 44-45s.
• Vakalounakis, D.J., and Fragkiadakis, G.A. 1999. Genetic Diversity of Fusarium oxysporum Isolates from Cucumber: Differentiation by Pathogenicity, Vegetative Compatibility and RAPD Fingerprinting. Phytopath., 89:161-168pp.
• Woo, S. L., Zoina, A., Del Sorbo, G., Lorito, M., Nanni, B., Scala, F. and Noviello, C. 1996. Characterization of Fusarium oxysporum f. sp. phaseoli by pathogenic Races, VCGs, RFLPs and RAPD. Phytopathology, 86:966-973pp..