Yıl 2021, Cilt 58, Sayı 2, Sayfalar 31 - 40 2021-06-27

Güney Marmara Bölgesi Kabakgil Üretim Alanlarında Cucumber Mosaic Virus Enfeksiyonunun Tespiti ve Genetik Çeşitliliği

Ali KARANFİL [1] , Savaş KORKMAZ [2]


Amaç: Güney Marmara Bölgesi (GMB) kabakgil üretim alanlarında Cucumber mosaic virus (CMV) enfeksiyonunun tespiti ve moleküler karakterizasyonu amacı ile bu çalışma yürütülmüştür. Materyal ve Metot: GMB’yi oluşturan Çanakkale, Balıkesir ve Bursa illerinde arazi çalışmaları gerçekleştirilerek, virüs ve virüs-benzeri simptom gösteren bitkilerden örnekler alınmış ve DAS-ELISA yöntemi ile CMV enfeksiyonu açısından testlenmiştir. İleri analizler için toplanan örnekler içerisinden 3 tanesi elde edildikleri coğrafik orijine göre seçilerek, RT-PCR ile kılıf protein genlerinin tamamı çoğaltılarak, klonlanmış ve sekanslanmıştır. Bulgular: Arazi çalışmaları sonucunda 72 bitkiden örnek alınmıştır. Virüs tanılama çalışmaları sonucunda ise 10 bitkide CMV enfeksiyonu tespit edilmiştir. Gerçekleştirilen sekans analizleri sonucunda GMB CMV izolatları birbirleri ile nükleotit düzeyinde %99.70-93.15 oranında, amino asit düzeyinde ise bu izolatların %100-97.71 oranında benzerlik gösterdiği belirlenmiştir. Dünya izolatları ile gerçekleştirilen karşılaştırmalar sonucunda ise GMB izolatlarının nt ve aa düzeyinde %100-76 benzerlikler gösterdiği tespit edilmiştir. Gerçekleştirilen filogenetik analizler sonucunda ise GMB CMV izolatlarının ikisinin altgrup IA, birinin ise altgrup IB’de olduğu belirlenmiştir. Sonuç: Gerçekleştirilen bu çalışma ile GMB kabakgil üretim alanlarında CMV enfeksiyonu tespit edilerek, ülkemizden ilk kabakgil CMV izolatlarının kılıf protein gen dizilimlerinin genbankasında yer alması sağlanmıştır.
CMV, DAS-ELISA, RT-PCR, sekanslama
  • Altınay N. 2017. Tekirdağ ilinde bazı kabakgil türlerinde virüs infeksiyonlarının belirlenmesi. NKÜ. Fen Bil. Ens., Bitki Koruma ABD, Yüksek Lisans Tezi, 73 s.
  • Beler Ö, Açıkgöz S. 2005. Ege ve Marmara bölgelerindeki zeytin fidanlıkları ve ağaçlarında görülen bazı virüs hastalıklarının ELISA testi ile saptanması. Adnan Menderes Üniversitesi Ziraat Fakültesi Dergisi, 2(1), 79-84.
  • Buzkan N, Arpaci BB, Simon V, Fakhfakh H, Moury B. 2013. High prevalence of poleroviruses in field-grown pepper in Turkey and Tunisia. Archives of Virology, 158(4), 881-885.
  • Clark MF, Adams AN. 1977. Characteristics of the Microplate Method of Enzyme-Linked Immuno Sorbent Assay for the Detection of Plant Viruses. Journal of General Virology, 34(3): 475-483.
  • Çağlar B.K. 2006. Hıyar mozaik virüsü (CMV)’nün kavun (CMV-K), domates (CMV-D), biber (CMV-B) izolatlarının biyolojik, serolojik, moleküler yöntemlerle karakterizasyonu ve satellit RNA’lerin virüs üzerindeki etkisi. ÇU. Fen Bil. Ens., Bitki Koruma ABD, Doktora Tezi, 89 s.
  • Ergün M, Erkan S, & Can Paylan İ. 2013. Cucumber mosaic virus in globe artichoke in Turkey. Canadian Journal of Plant Pathology, 35(4), 514-517.
  • Erkan S, Gümüş M, Paylan İC, Duman İ, Ergün M. 2013. İzmir ili ve çevresindeki bazı kışlık sebzelerde görülen viral etmenlerin saptanması. Ege Üniversitesi Ziraat Fakültesi Dergisi, 50: 311-322.
  • Gümüş M, Erkan S, Serpil T. 2004. Bazı kabakgil türlerinin tohumlarındaki viral etmenlerin saptanması üzerinde araştırmalar. Ege Üniversitesi Ziraat Fakültesi Dergisi, 41(1), 49-56.
  • Güneş N, Gümüş M. 2019. Detection and characterization of tomato spotted wilt virus and cucumber mosaic virus on pepper growing areas in Antalya. Journal of Agricultural Sciences, 25(3), 259-271.
  • Jacquemond M. 2012. Cucumber mosaic virus. Advances in Virus Research, 84, 439-504. Karanfil A, Korkmaz S. 2017. Çanakkale ili börülce üretim alanlarında hıyar mozaik virüsü (cucumber mosaic virus; CMV)’nün tespiti ve kılıf protein genine göre moleküler karakterizasyonu. Bitki Koruma Bülteni, 57(3), 293-304.
  • Kaya A, Erkan S. 2011. Detection and incidence of viruses in cucurbits grown in Izmir, Aydın, Manisa and Balıkesir provinces. Bitki Koruma Bülteni, 51(4), 387-405.
  • Keçe MA, Kamberoğlu MA. 2016. Doğu Akdeniz Bölgesi’nde Karpuz Yetiştirilen Alanlarda Karpuz Mozayik Virüsü (WMV-2)’nün Biyolojik, Serolojik ve Moleküler Olarak Belirlenmesi. Tekirdağ Ziraat Fakültesi Dergisi, 13(3), 156-164.
  • Kızmaz MZ, Sağır A, Baloğlu S. 2016. Diyarbakır ve mardin illeri kabakgil üretim alanlarında görülen viral hastalıkların yaygınlıklarının ve etmenlerinin belirlenmesi. Ege Üniversitesi Ziraat Fakültesi Dergisi, 53(4), 397-406.
  • Korkmaz F, Topkaya Ş, Yanar Y. 2018. Tokat kabakgil üretim alanlarında enfeksiyon oluşturan virüslerin belirlenmesi. Gaziosmanpaşa Bilimsel Araştırma Dergisi, 7(2), 46-56.
  • Köklü G, Yilmaz Ö. 2006. Occurrence of cucurbit viruses on field-grown melon and watermelon in the Thrace region of Turkey. Phytoprotection, 87(3), 123-130.
  • Li R, Mock R, Huang Q, Abad J, Hartung J, Kinard G 2008. A reliable and inexpensive method of nucleic acid extraction for the PCR-based detection of diverse plant pathogens. Journal of Virological Methods, 154: 48–55.
  • Muhire BM, Varsani A, Martin DP 2014. SDT: A virus classification tool based on pairwise sequence alignment and identity calculation. PLoS One, 9: 0108277.
  • Ohshima K., Matsumoto K., Yasaka R., Nishiyama M., Soejima K., Korkmaz S., Ho S.Y.W., Gibbs A.J. and Takeshita M. 2016. Temporal analysis of reassortment and molecular evolution of cucumber mosaic virus: Extra clues from its segmented genome. Virology, 487: 188–197.
  • Palukaitis P, Garcia-Arenal. F 2003. Cucumoviruses. Adv Virus Res, 62: 241-323.
  • Palukaitis P, Roossinck MJ, Dietzgen RG, Francki RI. 1992. Cucumber mosaic virus. Adv Virus Research, 41: 281-348.
  • Roossinck MJ, Zhang L, Hellwald KH. 1999. Rearrangements in the 5' nontranslated region and phylogenetic analyses of Cucumber mosaic virus RNA 3 indicate radial evolution of three subgroups. Journal of Virology, 73: 6752-6758.
  • Sarı S. 2015. Samsun ilinde yetiştirilen yazlık sebzelerde enfeksiyon oluşturan Cucumber mosaic virus (CMV) izolatlarının karakterizasyonu ve konukçu-simptom-satellit RNA ilişkilerinin araştırılması. OMÜ. Fen Bil. Ens., Bitki Koruma ABD, Yüksek Lisans Tezi, 89 s.
  • Topkaya S, Desbiez C, Ertunc F. 2019. Presence of cucurbit viruses in Ankara and Antalya province and molecular characterization of coat protein gene of zucchini yellow mosaic virus Turkish isolates. Fresenius Environmental Bulletin, 28 (4), 2442-2449.
  • Zitter TA, Murphy JF. 2009. Cucumber mosaic. Plant Health Instructor, DOI: 10.1094. PHI-I-2009-0518-01.
Birincil Dil tr
Konular Fen
Yayınlanma Tarihi 58-2
Bölüm Makaleler
Yazarlar

Orcid: 0000-0002-4503-6344
Yazar: Ali KARANFİL
Kurum: ÇANAKKALE ONSEKİZ MART ÜNİVERSİTESİ, ZİRAAT FAKÜLTESİ, BİTKİ KORUMA BÖLÜMÜ
Ülke: Turkey


Orcid: 0000-0001-8227-3800
Yazar: Savaş KORKMAZ (Sorumlu Yazar)
Kurum: ÇANAKKALE ONSEKİZ MART ÜNİVERSİTESİ, ZİRAAT FAKÜLTESİ, BİTKİ KORUMA BÖLÜMÜ
Ülke: Turkey


Destekleyen Kurum Çanakkale Onsekiz Mart Üniversitesi Bilimsel Araştırma Projeleri Koordinasyon Birimi
Proje Numarası FBA-2019-2873
Teşekkür Bu çalışma Çanakkale Onsekiz Mart Üniversitesi Bilimsel Araştırma Projeleri Koordinasyon Birimince Desteklenmiştir. Proje Numarası: FBA-2019-2873.
Tarihler

Yayımlanma Tarihi : 27 Haziran 2021

Bibtex @araştırma makalesi { zfdergi682293, journal = {Ege Üniversitesi Ziraat Fakültesi Dergisi}, issn = {1018-8851}, eissn = {2548-1207}, address = {}, publisher = {Ege Üniversitesi}, year = {2021}, volume = {58}, pages = {31 - 40}, doi = {10.20289/zfdergi.682293}, title = {Güney Marmara Bölgesi Kabakgil Üretim Alanlarında Cucumber Mosaic Virus Enfeksiyonunun Tespiti ve Genetik Çeşitliliği}, key = {cite}, author = {Karanfi̇l, Ali and Korkmaz, Savaş} }
APA Karanfi̇l, A , Korkmaz, S . (2021). Güney Marmara Bölgesi Kabakgil Üretim Alanlarında Cucumber Mosaic Virus Enfeksiyonunun Tespiti ve Genetik Çeşitliliği . Ege Üniversitesi Ziraat Fakültesi Dergisi , 58 (2) , 31-40 . DOI: 10.20289/zfdergi.682293
MLA Karanfi̇l, A , Korkmaz, S . "Güney Marmara Bölgesi Kabakgil Üretim Alanlarında Cucumber Mosaic Virus Enfeksiyonunun Tespiti ve Genetik Çeşitliliği" . Ege Üniversitesi Ziraat Fakültesi Dergisi 58 (2021 ): 31-40 <https://dergipark.org.tr/tr/pub/zfdergi/issue/55764/682293>
Chicago Karanfi̇l, A , Korkmaz, S . "Güney Marmara Bölgesi Kabakgil Üretim Alanlarında Cucumber Mosaic Virus Enfeksiyonunun Tespiti ve Genetik Çeşitliliği". Ege Üniversitesi Ziraat Fakültesi Dergisi 58 (2021 ): 31-40
RIS TY - JOUR T1 - Güney Marmara Bölgesi Kabakgil Üretim Alanlarında Cucumber Mosaic Virus Enfeksiyonunun Tespiti ve Genetik Çeşitliliği AU - Ali Karanfi̇l , Savaş Korkmaz Y1 - 2021 PY - 2021 N1 - doi: 10.20289/zfdergi.682293 DO - 10.20289/zfdergi.682293 T2 - Ege Üniversitesi Ziraat Fakültesi Dergisi JF - Journal JO - JOR SP - 31 EP - 40 VL - 58 IS - 2 SN - 1018-8851-2548-1207 M3 - doi: 10.20289/zfdergi.682293 UR - https://doi.org/10.20289/zfdergi.682293 Y2 - 2020 ER -
EndNote %0 Ege Üniversitesi Ziraat Fakültesi Dergisi Güney Marmara Bölgesi Kabakgil Üretim Alanlarında Cucumber Mosaic Virus Enfeksiyonunun Tespiti ve Genetik Çeşitliliği %A Ali Karanfi̇l , Savaş Korkmaz %T Güney Marmara Bölgesi Kabakgil Üretim Alanlarında Cucumber Mosaic Virus Enfeksiyonunun Tespiti ve Genetik Çeşitliliği %D 2021 %J Ege Üniversitesi Ziraat Fakültesi Dergisi %P 1018-8851-2548-1207 %V 58 %N 2 %R doi: 10.20289/zfdergi.682293 %U 10.20289/zfdergi.682293
ISNAD Karanfi̇l, Ali , Korkmaz, Savaş . "Güney Marmara Bölgesi Kabakgil Üretim Alanlarında Cucumber Mosaic Virus Enfeksiyonunun Tespiti ve Genetik Çeşitliliği". Ege Üniversitesi Ziraat Fakültesi Dergisi 58 / 2 (Haziran 2021): 31-40 . https://doi.org/10.20289/zfdergi.682293
AMA Karanfi̇l A , Korkmaz S . Güney Marmara Bölgesi Kabakgil Üretim Alanlarında Cucumber Mosaic Virus Enfeksiyonunun Tespiti ve Genetik Çeşitliliği. Ege Üniversitesi Ziraat Fakültesi Dergisi. 2021; 58(2): 31-40.
Vancouver Karanfi̇l A , Korkmaz S . Güney Marmara Bölgesi Kabakgil Üretim Alanlarında Cucumber Mosaic Virus Enfeksiyonunun Tespiti ve Genetik Çeşitliliği. Ege Üniversitesi Ziraat Fakültesi Dergisi. 2021; 58(2): 31-40.