Detection of Beta-Lactoglobulin Gene Polymorphism by PCR-RFLP in Simmental, Brown Swiss, South Anatolian Red and Turkish Grey Cattle Breeds Reared Privately

Abstract

The  purpose  of  this  work  was  to  examine  the  allele  structures  of  beta-­‐lactoglobulin  gene  with  restriction  fragment  length  polymorphism  (RFLP)  method  in  Simmental,  Brown  Swiss,  South  Anatolian  Red  and  Turkish  Grey  cattle  breeds  being  raised  in  Turkey.  The  material  of  the  study  consisted  of  75  heads  of  Simmental,  75  heads  of  Brown  Swiss,  40  heads  South  Anatolian  Red  and  40  heads  Turkish  Grey  cattle.  DNA  materials  were  isolated  from  blood  samples  using  phenol-­‐chloroform  extraction  method.  In  order  to  determine  the  beta-­‐lactoglobulin  alleles  in  polymerase  chain  reaction  (PCR)  products,  the  PCR   products   were   digested   with   HaeIII   endonuclease   enzyme.   The   digest   products   obtained   were   determined   by  electrophoresis   using   4%   agarose   gel.   The   AA   genotypic   frequency   was   found   the   highest   in   Simmental   breed;   the   BB  genotypic  frequency  was  found  the  highest  in  the  South  Anatolian  Red  (SAR)  breed  and  the  AB  genotypic  frequency  was  found  the  highest  in  Brown  Swiss  breed  in  beta-­‐lactoglobulin  gene.  In  this  study,  the  B  allele  frequency  was  found  higher  than  the  A  allele  in  SAR  cattle  breeds.  But,  the  A  allele  frequency  was  found  higher  than  the  B  allele  in  the  Simmental  breed.  At   the   end   of   this   study,   a   deviation   in   Hardy-­‐Weinberg   equilibrium   (HWE)   was   observed   in   terms   of   beta-­‐lactoglobulin  locus  in  the  breeds  examined.  Key  words:  Beta-­‐lactoglobulin,  Cattle,  Genetic  marker,  RFLP.

Keywords

• Beta-lactoglobulin
• Cattle
• Genetic marker
• RFLP

Halk Elinde Yetiştirilen Simental, İsviçre Esmeri, Güney Anadolu Kırmızısı ve Boz Irk Sığırlarında Beta-Laktoglobulin Gen Polimorfizminin PCR-RFLP Yöntemi ile Belirlenmesi

Öz

Bu çalışmada Türkiye’de yetiştirilen sığır ırklarından Simental, İsviçre Esmeri, Güney Anadolu Kırmızısı ve Boz Irk sığırlarında beta-laktoglobulin geninin allel yapılarının restriksiyon fragment uzunluk polimorfizmi (RFLP) yöntemi ile belirlenmesi amaçlanmıştır. Çalışmanın materyalini, halk elinde yetiştirilen 75 baş Simental, 75 baş İsviçre Esmeri, 40 baş Güney Anadolu Kırmızısı ve 40 baş Boz Irk sığırı oluşturmuştur. Çalışmada kullanılan DNA’lar kandan fenol-kloroform yöntemi ile elde edilmiştir. Beta-laktoglobulin allellerinin belirlenmesinde uygulanan polimeraz zincir reaksiyonu (PCR) işlemini takiben elde edilen PCR ürünleri HaeIII endonükleaz enzimi ile kesilmiştir. Elde edilen kesim ürünleri %4’lük agaroz jel eletroforez yöntemi ile belirlenmiştir. Beta-laktoglubulin geni için en yüksek AA genotip frekansı Simental ırkında, en yüksek BB genotip frekansı Güney Anadolu Kırmızısı (GAK) ırkında ve en yüksek AB genotip frekansı İsviçre Esmeri ırkında görülmüştür. GAK ırkında B allelinin frekansı, Simental ırkında ise A allelinin frekansı en yüksek bulunmuştur. Çalışma sonunda incelenen ırklarda beta-laktogrobulin lokusu yönünden Hardy-Weinberg dengesinden (HWE) sapma görülmüştür.

Anahtar Kelimeler

• Beta-laktoglobulin
• Genetik markör
• RFLP
• Sığır