Eylem Özdoğan, 1999 yılında İstanbul Üniversitesi Sanat Tarihi ve Arkeoloji Bölümü Prehistorya Anabilim Dalından mezun olmuştur. Aynı üniversitede 2003 yılında “Marmara Bölgesi’nde Beslenme ve Besin Depolama” konulu Yüksek Lisans, 2009 yılında ise “Balkanlarda İlk Neolitik Dönem’den Orta Neolitik Döneme Geçiş” konulu Doktora tezlerini Prof. Dr. Mehmet Özdoğan’ın danışmanlığında tamamlamıştır. İstanbul Üniversitesi Prehistorya Anabilim Dalı'nda 2002 yılında Asistan, 2013 yılında Yardımcı Doçent, 2017 yılından bu yana da Doçent olarak görev yapmaktadır. Öncelikli araştırma alanı, Neolitik yaşamın Batı Asya'da ortaya çıkışı ve ardından Güneydoğu Avrupa'ya yayılmasıdır. Bu doğrultuda, Marmara Bölgesi ve Güneydoğu Anadolu'daki arkeolojik projelerde görev almıştır. Özdoğan, 1995 yılından bu yana Doğu Trakya'daki Aşağı Pınar kazı ekibinin tam zamanlı bir üyesidir. Aşağı Pınar, Neolitik Dönem’de Anadolu ve Balkanlar arasındaki etkileşime dair kapsamlı veri sağlayan araştırma projelerinden birdir. Maramara bölgesinin yanı sıra 1999-2004 yılları arasında Şanlıurfa’da Mezraa Teleilat kazılarında çalışmış ve aynı bölgede TÜBA TÜKSEK Kültür Envanteri Projesi kaspamında yapılan arkeolojik yüzey araştırmalarında görev almıştır. 2009-2010 yıllarında Kıklareli yüzey araştırmalarına katılmış ve 2017-2019 yılları arasında Bandırma'da Manyas Gölü Doğu Kesim yüzey ararştırmalarını yürütmüştür. 2021 yılından bu yana Şanlıurfa’da Taş Tepeler Projesi kapsamında, Çanak Çömleksiz Neolitik Dönem’e tarihlenen Sayburç yerleşimindeki arkeolojik araştırmaları yürütmektedir.