Dondurulmuş Deniz Ürünlerinde Vibrio spp.’nin İlmiğe Dayalı İzotermal Amplifikasyon (Loop Mediated Isothermal Amplification, LAMP) Yöntemiyle Belirlenmesi

Yusuf Doğruer; A. Ezgi Telli; Nihat Telli; Yusuf Biçer

doi:10.47027/duvetfd.1095611

Dondurulmuş Deniz Ürünlerinde Vibrio spp.’nin İlmiğe Dayalı İzotermal Amplifikasyon (Loop Mediated Isothermal Amplification, LAMP) Yöntemiyle Belirlenmesi

Öz

Bu çalışmada, deniz ürünleri kaynaklı enfeksiyonlarda en yaygın etkenlerden olan Vibrio spp.’nin yüksek risk grubunu oluşturan Vibrio parahaemolyticus, V. vulnificus ve V. cholerae’nın yüksek özgüllük, verimlilik ve hızlılık içeren yeni bir yöntem olan İlmiğe Dayalı İzotermal Amplifikasyon (Loop Mediated Isothermal Amplification, LAMP) yöntemiyle tespit edilmesi amaçlandı. Araştırma materyali olarak, süpermarketler ve balık hallerinde satışa sunulan dondurulmuş deniz ürünleri (hamsi filetosu, bütün hamsi, dondurulmuş balık köfte, ahtapot, karides, kalamar, akivades midyesi, midye eti, kabuklu midye, uskumru filetosu, sardalya, surimi çubuk, vongole midyesi, çıtır kalamar halkaları, kaya levreği n = 212) toplandı. Klasik kültür yöntemiyle örneklerin izolasyonu için ISO / TS 21872-1: 2007 ve ISO 21872-2: 2007 prosedürleri kullanıldı. Şüpheli izolatlardan DNA ekstraksiyonu gerçekleştirildi. Daha sonra izolatlar Vibrio spp. için gyrB1 gen bölgesinin amplifikasyonu ile genus spesifik PCR reaksiyonu kullanılarak doğrulandı. Pozitif örneklerde turbidite bazlı Real-Time LAMP gerçekleştirildi. Bu amaçla, sırasıyla V. parahaemolyticus, V. vulnificus ve V. cholerae'nin saptanması için toxR, vvHA ve ompW hedef gen bölgeleri için tasarlanmış LAMP primer setleri kullanıldı. Sonuç olarak, klasik kültür metodu kullanılarak analiz edilmiş 212 (% 16,98) örnekten 36'sının Vibrio spp. ile kontamine olduğu tespit edildi. LAMP reaksiyonu sonuçlarına göre, Vibrio spp. pozitif izolatların içerisinde V. parahaemolyticus ve V. vulnificus'un oranı sırasıyla 13/36 (% 36.1) ve 2/36 (% 5.5) olarak tespit edildi. Analiz edilen örneklerin hiçbirinde V. cholerae tespit edilmedi. Bu bağlamda, dondurulmuş deniz ürünlerinde V. parahaemolyticus ve V. vulnificus gibi patojenik suşların varlığı halk sağlığı açısından riskli olarak kabul edildi.

Anahtar Kelimeler

Destekleyen Kurum

S.Ü. BAP KOORDİNATÖRLÜĞÜ

Proje Numarası

15401068

Teşekkür

Araştırmayı 15401068 numaralı proje ile destekleyen Selçuk Üniversitesi Bilimsel Araştırma Koordinatörlüğü’ne teşekkür ederiz. Araştırma özeti “3rd International Congress on Advances in Veterinary Science and Technics (ICAVST)” Kongresi’nde sözlü bildiri olarak sunulmuştur.

Kaynakça

1. Peterson KM. (2000). Molecular Pathogenesis of Vibrio Infections. In: Microbial Foodborne Diseases. Cary JW, Linz JE, Bhatnagar D (eds.) 1st. ed. pp. 157-190. Techomic Publishing, USA. 2. Helmi AM, Mukti AT, Soegianto A, Effendi MH. (2020). A review of vibriosis in fisheries: Public health importance. Sys Rev Pharm. 11 (8): 51-58. 3. Janda JM, Newton AE, Bopp CA. (2015). Vibriosis. Clin. Lab. Med, 35(2): 273-288. 4. Baker-Austin C, Oliver JD, Alam M ve ark. (2018). Vibrio spp. infections. Nat Rev Dis Primers 4(1): 1-19.
5. Heperkan D. (2016). Temel Gıda Mikrobiyolojisi, Editör: Heperkan D. Bölüm: Gıdaların Normal Mikrobiyolojik Kalitesi ve Önemi. Ankara, Türkiye: Osmanlı Mücellit Matbaacılık, s.41-50.
6. Al-Ashhab A, Alexander-Shani R et al. (2022). Fish skin microbiota under healthy and diseased conditions. https://doi.org/10.21203/rs.3.rs-1311488/v1.
7. Liu C, Zhao LP, Shen YQ (2021). A systematic review of advances in intestinal microflora of fish. Fish Physiol. Biochem, 47(6): 2041-2053.
8. Zarei M, Borujeni MP, Jamnejod A, Khezrzadeh M. (2012). Seasonal prevalence of Vibrio species in retail shrimps with an emphasis on Vibrio parahaemolyticus. Food Control. 25: 107-109.
9. Garg N, Ahmad FJ, Kar S. (2022). Recent advances in loop-mediated isothermal amplification (LAMP) for rapid and efficient detection of pathogens. CRMICR, 3, 100120. https://doi.org/10.1016/j.crmicr.2022.100120
10. Mori Y, Notomi T. (2009). Loop-mediated isothermal amplification (LAMP): a rapid, accurate, and cost-effective diagnostic method for infectious diseases. J. Infect. Chemother. 15(2): 62-69.
11. Tomita N, Mori Y, Kodama H, Notomi T. (2008). Loop Mediated isothermal amplification (LAMP) of gene sequences and simple visual detection of products. Nat Protoc. 3: (877-882).

12. Ren CH, Hu CQ, Luo P, Wang QB. (2009) Sensitive and rapid identification of Vibrio vulnificus by loop-mediated isothermal amplification. Microbiol Res. 164(5): 514-521.
13. Okada K, Chantaroj S, Taniguchi T, Suzuki Y, Roobthaisong A, Puiprom O, Honda T, Sawanpanyalert P. (2010). A rapid, simple and sensitive loop-mediated isothermal amplification method to detect toxigenic Vibrio cholerae in rectal swap samples. Diagn Microbiol Infect Dis. 66:135-139.
14. Jones JL, Hara-Kudo Y, Krantz JA, Benner Jr. RA, Smith AB, Dambaugh TR, Bowers JC, DePaola A. (2012) Comparison of molecular detection methods for Vibrio parahaemolyticus and Vibrio vulnificus. Food Microbiol. 30:105-111.
15. Telli AE, Doğruer Y. (2019). Discrimination of viable and dead Vibrio parahaemolyticus subjected to low temperatures using propidium monoazide–quantitative loop mediated isothermal amplification (PMA-qLAMP) and PMA-qPCR. Microb pathog. 132: 109-116.
16. Doğruer Y, Telli AE. (2020). Determination of Vibrio parahaemolyticus in seafoods using direct plate counting, quantitative loop-mediated isothermal amplification and propidium monoazide-qLAMP. Ankara Üniversitesi Veteriner Fakültesi Dergisi. 67(4): 349-355.
17. Teh CSJ, Chua KH, Thong KL (2010): Simultaneous differential detection of human pathogenic and nonpathogenic Vibrio species using a multiplex PCR based on gyrB and pntA genes. J Appl Microbiol, 108: 1940-1945.
18. Chen S, Ge B. (2010). Development of a toxR-based loop-mediated isothermal amplification assay for detecting Vibrio parahaemolyticus. BMC Microbiol. 10(41): 1-9.
19. Srisuk C, Chaivisuthangkura P, Rukpratanporn S, Longyant S, Sridulyakul P, Sithigorngul P. (2010). Rapid and sensitive detection of Vibrio cholerae by loop‐mediated isothermal amplification targeted to the gene of outer membrane protein ompW. Lett Appl Microbiol. 50(1): 36-42.
20. Noorlis A, Ghazali FM, Cheah YK ve ark. (2011). Prevalence and Quantification of Vibrio species and Vibrio parahaemolyticus in Freshwater Fish at Hypermarket Level. Int Food Res J. 18 (2): 689-695.
21. Raissy M, Moumeni M, Ansari M, Rahimi E. (2012). Ocurrence of Vibrio spp. in Lobster and Crab From the Persian Gulf. J Food Safety. 32: 198-203.
22. Avşar C, Berber İ, Yıldırım AK. (2016). Sinop İlindeki Hamsi ve Zargana Balıklarından Vibrio spp. İzolasyonu ve Karakterizasyonu. Turk Hij Den Biyol Derg. 73(2): 121-130.
23. Vu TTT, Alter T, Huehn S. (2018). Prevalence of Vibrio spp. in Retail Seafood in Berlin, Germany. J food protection. 81(4): 593-597.
24. Ripabelli G, Sammarco ML, Fanelli I, Grasso GM. (2004). Detection of Salmonella, Listeria spp., Vibrio spp., and Yersinia enterocolitica in frozen seafood and comparison with enumeration for faecal indicators: implication for public health. Annali di Igiene: Medicina Preventiva e di Comunita. 16(4): 531-539.
25. Feldhusen F. (2000). The Role of Seafood in Bacterial Foodborne Diseases. Microb and Infect. 2: 1651-1660.
26. Wei Q, Wang X, Sun DW, Pu H. (2019). Rapid detection and control of psychrotrophic microorganisms in cold storage foods: A review. Trends Food Sci Technol. 86: 453-464.
27. Yang ZQ, Jiao XA, Zhou XH, Cao GX, Fang WM, Gu RX. (2008). Isolation and molecular characterization of Vibrio parahaemolyticus from fresh, low-temperature preserved, dried, and salted seafood products in two coastal areas of eastern China. Int J Food Microbiol. 125(3): 279-285.
28. Rodriguez Castro A, Ansede-Bermejo J, Blanco-Abad V, Varela-Pet J, Garcia-Martin O, Martinez-Urtaza J. (2010). Prevalence and Genetic Diversity of Pathogenic Populations of Vibrio parahaemolyticus in Coastal Waters of Galicia, Spain. Environ Microbiol Rep. 2 (1): 58-66.
29. Tang JYH, Wan-Rosli WF, Abdul-Razak NH, Yeo CC, Abu Bakar CA, Son R. (2014). Incidence and antibiogram of Vibrio parahaemolyticus in processed and frozen bivalve mollusks in Kuala Terengganu, Malaysia. Int Food Res J. 21(4): 1349-1353.
30. Elhadi N, Radu S, Chen CH, Nishibuchi M. (2004) Prevalence of potentially pathogenic Vibrio species in the seafood marketed in Malaysia. J Food Protection. 67(7): 1469-1475.
31. Topić Popović N, Benussi Skukan A, Džidara P. ve ark. (2010). Microbiological quality of marketed fresh and frozen seafood caught off the Adriatic coast of Croatia. Vet med. 55(5): 233-244.
32. Fu S, Wang W, Wang Q, He F, Hao J, Pang B. (2021). Surveillance of enteric pathogens in imported seafood and environmental surfaces in five seafood markets before the outbreak of COVID-19. Biosafety and Health. 3(4): 183-186.
33. Sadeghi S, Thong KL, Chai LC. (2019). Pre-enrichment step, incubation temperature and type of selective media affect the pathogenic Vibrio parahaemolyticus detection efficiency in frozen prawns. JCF. 14(4): 355-364.
34. Turner JW, Malayil L, Guadagnoli D, Cole D, Lipp EK. (2013). Detection of Vibrio parahaemolyticus, Vibrio vulnificus and Vibrio cholerae with Respect to Seasonal Fluctuations in Temperature and Plankton Abundance. Environ Microbiol. 16(4): 1019-1028.
35. İrkin R, Korukluoğlu M, Tavşanlı H. (2007). Microbial Properties Of Some Sea Products Intended for Export. Turk Hij Den Biyol Derg. 64 (1): 26-30.
36. Wong HC, Chen LL, Yu CM. (1995). Occurrence of vibrios in frozen seafoods and survival of psychrotrophic Vibrio cholerae in broth and shrimp homogenate at low temperatures. J food protection. 58(3): 263-267.
37. Ottaviani D, Leoni F, Rocchegiani E, Santarelli S, Masini L, Di Trani V, Carraturo A. (2009) Prevalence and virulence properties of non-O1 non-O139 Vibrio cholerae strains from seafood and clinical samples collected in Italy. Int J Food Microbiol. 132(1): 47-53.
38. Yano Y, Hamano K, Satomi M, Tsutsui I, Ban M, Aue-Umneoy D. (2014). Prevalence and Antimicrobial Susceptibility of Vibrio species Related to Food Safety Isolated from Shrimp Cultured at Inland Ponds in Thailand. Food Cont. 38: 30-36.

Ayrıntılar

Birincil Dil

Türkçe

Konular

Veteriner Cerrahi

Bölüm

Araştırma Makalesi

Yazarlar

Yusuf Doğruer
0000-0002-3712-5021
Türkiye

A. Ezgi Telli ^*
0000-0001-8899-4537
Türkiye

Nihat Telli
0000-0002-4121-4588
Türkiye

Yusuf Biçer
0000-0001-7549-8323
Türkiye

Yayımlanma Tarihi

30 Haziran 2022

Gönderilme Tarihi

30 Mart 2022

Kabul Tarihi

4 Mayıs 2022

Yayımlandığı Sayı

Yıl 2022 Cilt: 15 Sayı: 1

DOI

https://doi.org/10.47027/duvetfd.1095611

IZ

https://izlik.org/JA48SB53LL

Kaynak Göster

RIS / Bibtex

APA

Doğruer, Y., Telli, A. E., Telli, N., & Biçer, Y. (2022). Dondurulmuş Deniz Ürünlerinde Vibrio spp.’nin İlmiğe Dayalı İzotermal Amplifikasyon (Loop Mediated Isothermal Amplification, LAMP) Yöntemiyle Belirlenmesi. Dicle Üniversitesi Veteriner Fakültesi Dergisi, 15(1), 14-19. https://doi.org/10.47027/duvetfd.1095611

AMA

1.Doğruer Y, Telli AE, Telli N, Biçer Y. Dondurulmuş Deniz Ürünlerinde Vibrio spp.’nin İlmiğe Dayalı İzotermal Amplifikasyon (Loop Mediated Isothermal Amplification, LAMP) Yöntemiyle Belirlenmesi. Dicle Üniv Vet Fak Derg. 2022;15(1):14-19. doi:10.47027/duvetfd.1095611

Chicago

Doğruer, Yusuf, A. Ezgi Telli, Nihat Telli, ve Yusuf Biçer. 2022. “Dondurulmuş Deniz Ürünlerinde Vibrio spp.’nin İlmiğe Dayalı İzotermal Amplifikasyon (Loop Mediated Isothermal Amplification, LAMP) Yöntemiyle Belirlenmesi”. Dicle Üniversitesi Veteriner Fakültesi Dergisi 15 (1): 14-19. https://doi.org/10.47027/duvetfd.1095611.

EndNote

Doğruer Y, Telli AE, Telli N, Biçer Y (01 Haziran 2022) Dondurulmuş Deniz Ürünlerinde Vibrio spp.’nin İlmiğe Dayalı İzotermal Amplifikasyon (Loop Mediated Isothermal Amplification, LAMP) Yöntemiyle Belirlenmesi. Dicle Üniversitesi Veteriner Fakültesi Dergisi 15 1 14–19.

IEEE

[1]Y. Doğruer, A. E. Telli, N. Telli, ve Y. Biçer, “Dondurulmuş Deniz Ürünlerinde Vibrio spp.’nin İlmiğe Dayalı İzotermal Amplifikasyon (Loop Mediated Isothermal Amplification, LAMP) Yöntemiyle Belirlenmesi”, Dicle Üniv Vet Fak Derg, c. 15, sy 1, ss. 14–19, Haz. 2022, doi: 10.47027/duvetfd.1095611.

ISNAD

Doğruer, Yusuf - Telli, A. Ezgi - Telli, Nihat - Biçer, Yusuf. “Dondurulmuş Deniz Ürünlerinde Vibrio spp.’nin İlmiğe Dayalı İzotermal Amplifikasyon (Loop Mediated Isothermal Amplification, LAMP) Yöntemiyle Belirlenmesi”. Dicle Üniversitesi Veteriner Fakültesi Dergisi 15/1 (01 Haziran 2022): 14-19. https://doi.org/10.47027/duvetfd.1095611.

JAMA

1.Doğruer Y, Telli AE, Telli N, Biçer Y. Dondurulmuş Deniz Ürünlerinde Vibrio spp.’nin İlmiğe Dayalı İzotermal Amplifikasyon (Loop Mediated Isothermal Amplification, LAMP) Yöntemiyle Belirlenmesi. Dicle Üniv Vet Fak Derg. 2022;15:14–19.

MLA

Doğruer, Yusuf, vd. “Dondurulmuş Deniz Ürünlerinde Vibrio spp.’nin İlmiğe Dayalı İzotermal Amplifikasyon (Loop Mediated Isothermal Amplification, LAMP) Yöntemiyle Belirlenmesi”. Dicle Üniversitesi Veteriner Fakültesi Dergisi, c. 15, sy 1, Haziran 2022, ss. 14-19, doi:10.47027/duvetfd.1095611.

Vancouver

1.Yusuf Doğruer, A. Ezgi Telli, Nihat Telli, Yusuf Biçer. Dondurulmuş Deniz Ürünlerinde Vibrio spp.’nin İlmiğe Dayalı İzotermal Amplifikasyon (Loop Mediated Isothermal Amplification, LAMP) Yöntemiyle Belirlenmesi. Dicle Üniv Vet Fak Derg. 01 Haziran 2022;15(1):14-9. doi:10.47027/duvetfd.1095611