Derleme

MikroRNA Ekspresyon Profillemesinde Yaygın Kullanılan Normalizasyon Yaklaşımları

Cilt: 19 Sayı: 2 1 Ağustos 2022
  • Ali Osman Turgut *
  • Özgecan Korkmaz Ağaoğlu
PDF İndir
TR EN

MikroRNA Ekspresyon Profillemesinde Yaygın Kullanılan Normalizasyon Yaklaşımları

Öz

MikroRNA (miRNA) ekspresyonlarının belirlenmesinde RT-qPCR, mikroarray platformları ve miRNA dizileme en yaygın kullanılan tekniklerdir. Tüm bu tekniklerin kullanıldığı çalışmalarda en önemli hususlardan biri verilerin uygun normalizasyon yöntemi ile normalize edilmesidir. Normalizasyon ile biyolojik ve teknik varyasyonların sonuçlar üzerine olan etkisinin elimine edilmesi amaçlanmaktadır. MiRNA ekspresyonu çalışmalarında, farklı tekniklerden elde edilen verilerin normalizasyonunda kullanılan çok sayıda normalizasyon yaklaşımı kullanılmaktadır. Bu derlemede, miRNA ekspresyonu çalışmalarında en yaygın kullanılan normalizasyon yaklaşımları hakkında bilgiler özetlenmiştir.

Anahtar Kelimeler

Kaynakça

  1. Ballman KV, Grill DE, Oberg AL, Therneau TM. Fas-ter cyclic loess: normalizing RNA arrays via linear models. Bioinformatics 2004; 20(16): 2778-86.
  2. Bolstad BM, Irizarry RA, Astrand M, Speed TP. A comparison of normalization methods for high den-sity oligonucleotide array data based on variance and bias. Bioinformatics 2003; 19: 185-93.
  3. Bustin SA, Benes V, Garson J, Hellemans J, Huggett J, Kubista M, Mueller R, Nolan T, Pfaffl MW, Shipley GL, Vandesompele J, Wittwer CT. The MIQE guide-lines: minimum information for publication of quantitative real-time PCR experiments. Clin Chem 2009; 55: 611-22.
  4. Dheda K, Huggett JF, Chang JS, Kim LU, Bustin SA, Johnson MA, Rook GA, Zumla A. The implications of using an inappropriate reference gene for real-time reverse transcription PCR data normalization. Anal Biochem 2005; 344 (1): 141-3.
  5. Dillies MA, Rau A, Aubert J, Hennequet-Antier C, Jeanmougin M, Servant N, Keime C, Marot G, Cas-tel D, Estelle J, Guernec G. A comprehensive eva-luation of normalization methods for Illumina high-throughput RNA sequencing data analysis. Brief Bioinform 2013; 14: 671-83.
  6. Donati S, Ciuffi S, Brandi ML. Human circulating miR-NAs real-time qRT-PCR-based analysis: an over-view of endogenous reference genes used for data normalization. Int J Mol Sci 2019; 20: 1-19.
  7. Faraldi M, Gomarasca M, Banfi G, Lombardi G. Free circulating miRNAs measurement in clinical set-tings: the still unsolved issue of the normalization. Adv Clin Chem 2018; 87: 113-39.
  8. Gershon D. Microarray technology: An array of op-portunities. Nature 2002; 416: 885-91.

Ayrıntılar

Birincil Dil

Türkçe

Konular

-

Bölüm

Derleme

Yazarlar

Ali Osman Turgut * Bu kişi benim
0000-0001-6863-0939
Türkiye

Özgecan Korkmaz Ağaoğlu Bu kişi benim
0000-0002-7414-1725
Türkiye

Yayımlanma Tarihi

1 Ağustos 2022

Gönderilme Tarihi

31 Mayıs 2021

Kabul Tarihi

6 Ekim 2021

Yayımlandığı Sayı

Yıl 2022 Cilt: 19 Sayı: 2

Kaynak Göster

APA
Turgut, A. O., & Korkmaz Ağaoğlu, Ö. (2022). MikroRNA Ekspresyon Profillemesinde Yaygın Kullanılan Normalizasyon Yaklaşımları. Erciyes Üniversitesi Veteriner Fakültesi Dergisi, 19(2), 152-159. https://doi.org/10.32707/ercivet.1142293
AMA
1.Turgut AO, Korkmaz Ağaoğlu Ö. MikroRNA Ekspresyon Profillemesinde Yaygın Kullanılan Normalizasyon Yaklaşımları. Erciyes Üniv Vet Fak Derg. 2022;19(2):152-159. doi:10.32707/ercivet.1142293
Chicago
Turgut, Ali Osman, ve Özgecan Korkmaz Ağaoğlu. 2022. “MikroRNA Ekspresyon Profillemesinde Yaygın Kullanılan Normalizasyon Yaklaşımları”. Erciyes Üniversitesi Veteriner Fakültesi Dergisi 19 (2): 152-59. https://doi.org/10.32707/ercivet.1142293.
EndNote
Turgut AO, Korkmaz Ağaoğlu Ö (01 Ağustos 2022) MikroRNA Ekspresyon Profillemesinde Yaygın Kullanılan Normalizasyon Yaklaşımları. Erciyes Üniversitesi Veteriner Fakültesi Dergisi 19 2 152–159.
IEEE
[1]A. O. Turgut ve Ö. Korkmaz Ağaoğlu, “MikroRNA Ekspresyon Profillemesinde Yaygın Kullanılan Normalizasyon Yaklaşımları”, Erciyes Üniv Vet Fak Derg, c. 19, sy 2, ss. 152–159, Ağu. 2022, doi: 10.32707/ercivet.1142293.
ISNAD
Turgut, Ali Osman - Korkmaz Ağaoğlu, Özgecan. “MikroRNA Ekspresyon Profillemesinde Yaygın Kullanılan Normalizasyon Yaklaşımları”. Erciyes Üniversitesi Veteriner Fakültesi Dergisi 19/2 (01 Ağustos 2022): 152-159. https://doi.org/10.32707/ercivet.1142293.
JAMA
1.Turgut AO, Korkmaz Ağaoğlu Ö. MikroRNA Ekspresyon Profillemesinde Yaygın Kullanılan Normalizasyon Yaklaşımları. Erciyes Üniv Vet Fak Derg. 2022;19:152–159.
MLA
Turgut, Ali Osman, ve Özgecan Korkmaz Ağaoğlu. “MikroRNA Ekspresyon Profillemesinde Yaygın Kullanılan Normalizasyon Yaklaşımları”. Erciyes Üniversitesi Veteriner Fakültesi Dergisi, c. 19, sy 2, Ağustos 2022, ss. 152-9, doi:10.32707/ercivet.1142293.
Vancouver
1.Ali Osman Turgut, Özgecan Korkmaz Ağaoğlu. MikroRNA Ekspresyon Profillemesinde Yaygın Kullanılan Normalizasyon Yaklaşımları. Erciyes Üniv Vet Fak Derg. 01 Ağustos 2022;19(2):152-9. doi:10.32707/ercivet.1142293