From Gene Networks to Repurposed Drugs: A Systems Biomedicine Approach to Endometriosis Management

Fadime Dilşad Taş; Büşra Aydın

doi:10.54005/geneltip.1812858

Araştırma Makalesi

BibTex

RIS

Kaynak Göster

Gen Ağlarından Yeniden Konumlandırılmış İlaçlara: Endometriozis Yönetiminde Sistem Biyotıbbı Yaklaşımı

Yıl 2026, Cilt: 36 Sayı: 2026 , 1 - 13 , 30.03.2026

Fadime Dilşad Taş , Büşra Aydın

https://doi.org/10.54005/geneltip.1812858

https://izlik.org/JA43AZ72UN

Öz

Amaç: Endometriozis, kesin bir tedavisi bulunmayan, yaygın görülen bir jinekolojik hastalıktır. Günümüzde genellikle hormonal tedaviler, nonsteroidal antiinflamatuvar ilaçlar (NSAID’ler) ve hem tanı hem de
tedavide altın standart kabul edilen laparoskopi ile yönetilmektedir. Ancak hastalığın altta yatan patogenezi hâlâ tam olarak aydınlatılamamıştır. Endometriozisin etkili tedavi seçeneklerinin sınırlı olması, hasta ağrısını hafifletmek ve yaşam kalitesini artırmak için yenilikçi yaklaşımlara duyulan acil ihtiyacı ortaya koymaktadır. Bu çalışma, sistem biyotıbbı yaklaşımlarını kullanarak endometriozis için alternatif bir terapötik strateji geliştirmeyi amaçlamaktadır.
Gereç ve Yöntemler: Altı endometriyal dokuya ait veri setine (GSE135485, GSE153740, GSE232713, GSE51981, GSE23339 ve GSE25628) ait gen ekspresyon verileri, açık erişimli Gene Expression Omnibus (GEO) veritabanından alınmıştır. Veriler, farklı şekilde eksprese edilen genleri (DEG) belirlemek amacıyla GEO2R aracı kullanılarak analiz edilmiştir. İstatistiksel anlamlılık değerlendirmesinde p ≤ 0.05, log2FC >1 ve log2FC
< -1 eşik değerleri uygulanmıştır. Anahtar hub genleri belirlemek amacıyla, transkripsiyon faktörü–gen etkileşimleri, protein–protein etkileşimleri ve mikroRNA–gen etkileşimlerinden oluşan üç katmanlı bir biyolojik ağ Cytoscape kullanılarak oluşturulmuştur. Biyolojik ağlardan elde edilen hub moleküllerin ekspresyon profillerini tersine çevirme amacıyla ilaç repozisyonu L1000CDS2 aracı ile gerçekleştirilmiştir. Hub moleküllerin sağlıklı ve hastalıklı grupları ayırt etme kapasitesini değerlendirmek için her bir veri seti için ayrı ayrı temel bileşen analizi (PCA) gerçekleştirilmiştir. Grup ayrımına en fazla katkı sağlayan merkezi
genler ise sağkalım analizi ile daha ileri düzeyde değerlendirilmiştir.
Bulgular: Ağ analiziyle elde edilen 25 gen, in silico ilaç yeniden konumlandırma çalışmaları için kullanılmış ve 50 aday bileşik arasından flutikazon propiyonat, pirimetamin ve manumisin A umut verici terapötik ajanlar olarak öne çıkmıştır. Moleküler kenetlenme analizi, bu ilaçların hedef proteinlere bilinen inhibitörlerinden daha güçlü bağlanma eğilimi gösterdiğini doğrulamıştır. Ayrıca, PCA analizi endometriozis hastalarını sağlıklı kontrollerden ayırt etmede yüksek duyarlılık (≥80%) ve orta düzeyde özgüllük (≈50%) sergilemiştir. KM-plotter aracılığıyla yapılan sağkalım analizi, merkez genlerin (CXADR, RELA, STXBP6, ANK3 ve PDGFR) tanısal ve prognostik potansiyelini ortaya koyarak, endometriozisteki terapötik önemlerini desteklemiştir.
Sonuç: Sistem biyotıbbı yaklaşımlarına dayalı olarak, flutikazon propiyonat endometriozisin tedavisinde umut verici bir aday ilaç olarak öne çıkmıştır.

Anahtar Kelimeler

sistem biyotıbbı , ilaç yeniden konumlandırma , endometriozis , transcriptomik , flutikazon propiyonat , manumisin A

Etik Beyan

Bu çalışma için etik kurul onayı gerekli değildir; çünkü araştırmada herhangi bir insan ya da hayvan deneği kullanılmamıştır. Analiz edilen tüm veri setleri kamuya açık olarak erişilebilmekte ve açık erişim koşulları altında serbestçe yeniden kullanılabilmektedir. Bu nedenle veri kullanımı için ayrıca izin alınmasına gerek duyulmamıştır ve etik kurul onay belgesi bu çalışma için uygulanabilir değildir.

Destekleyen Kurum

Uygulanabilir değil.

Proje Numarası

Not Available.

Teşekkür

Uygulanabilir değil.

Kaynakça

1. Hegazy AA. A new look at the theoretical causes of endometriosis: Narrative review. Int J Reprod Biomed. 2024 May 1;22(5):343.
2. Sampson JA. Peritoneal endometriosis due to the menstrual dissemination of endometrial tissue into the peritoneal cavity. Am J Obstet Gynecol. 1927 Jan 1;14(4):422–69.
3. Johnson NP, Hummelshoj L, Adamson GD, Keckstein J, Taylor HS, Abrao MS, et al. World Endometriosis Society consensus on the classification of endometriosis. Hum Reprod. 2017 Feb 1;32(2):315–24.
4. Canis M, Donnez JG, Guzick DS, Halme JK, Rock JA, Schenken RS, et al. Revised American Society for Reproductive Medicine classification of endometriosis: 1996. Fertil Steril. 1997;67(5):817–21.
5. Tuttlies F, Keckstein J, Ulrich U, Possover M, Schweppe KW, Wustlich M, et al. ENZIAN-Score, eine klassifikation der tief infiltrierenden endometriose. Zentralbl Gynakol. 2005 Oct;127(5):275–81.
6. Haas D, Oppelt P, Shebl O, Shamiyeh A, Schimetta W, Mayer R. Enzian classification: does it correlate with clinical symptoms and the rASRM score? Acta Obstet Gynecol Scand. 2013 May 1;92(5):562–6.
7. Adamson GD, Pasta DJ. Endometriosis fertility index: the new, validated endometriosis staging system. Fertil Steril. 2010 Oct;94(5):1609–15.
8. Adamson GD. Endometriosis classification: an update. Curr Opin Obstet Gynecol. 2011 Aug;23(4):213–20.
9. Abrao MS, Andres MP, Miller CE, Gingold JA, Rius M, Neto JS, et al. AAGL 2021 Endometriosis Classification: An Anatomy-based Surgical Complexity Score. The Journal of Minimally Invasive Gynecology. 2021;28:1941-1950.e1.
10. Imperiale L, Nisolle M, Noël JC, Fastrez M. Three Types of Endometriosis: Pathogenesis, Diagnosis and Treatment. State of the Art. J Clin Med. 2023 Feb 1;12(3):994.
11. Zondervan KT, Becker CM, Missmer SA. Endometriosis. Longo DL, editor. New England Journal of Medicine. 2020 Mar 26;382(13):1244–56.
12. Lamceva J, Uljanovs R, Strumfa I. The Main Theories on the Pathogenesis of Endometriosis. Int J Mol Sci. 2023 Mar 1;24(5).
13. Parasar P, Ozcan P, Terry KL. Endometriosis: Epidemiology, Diagnosis and Clinical Management. Curr Obstet Gynecol Rep. 2017 Mar;6(1):34–41.
14. Vercellini P, Viganò P, Somigliana E, Fedele L. Endometriosis: pathogenesis and treatment. Nature Reviews Endocrinology 2013 10:5. 2013 Dec 24;10(5):261–75.
15. Chapron C, Marcellin L, Borghese B, Santulli P. Rethinking mechanisms, diagnosis and management of endometriosis. Nat Rev Endocrinol. 2019 Nov 1;15(11):666–82.
16. Vercellini P, Viganò P, Somigliana E, Fedele L. Endometriosis: Pathogenesis and treatment. Nat Rev Endocrinol. 2014;10(5):261–75.
17. Vercellini P, Crosignani PG, Abbiati A, Somigliana E, Viganò P, Fedele L. The effect of surgery for symptomatic endometriosis: The other side of the story. Hum Reprod Update. 2009;15(2):177–88.
18. Bulun SE, Yilmaz BD, Sison C, Miyazaki K, Bernardi L, Liu S, et al. Endometriosis. Endocr Rev. 2019 May 10;40(4):1048–79.
19. Samartzis EP, Labidi-Galy SI, Moschetta M, Uccello M, Kalaitzopoulos DR, Perez-Fidalgo JA, et al. Endometriosis-associated ovarian carcinomas: insights into pathogenesis, diagnostics, and therapeutic targets—a narrative review. Ann Transl Med. 2020 Dec;8(24):1712.
20. Edgar R, Domrachev M, Lash AE. Gene Expression Omnibus: NCBI gene expression and hybridization array data repository. Nucleic Acids Res. 2002 Jan 1;30(1):207–10.
21. Adamyan L, Aznaurova Y, Stepanian A, Nikitin D, Garazha A, Suntsova M, et al. Gene Expression Signature of Endometrial Samples from Women with and without Endometriosis. J Minim Invasive Gynecol. 2021 Oct 1;28(10):1774–85.
22. Bane K, Desouza J, Shetty D, Choudhary P, Kadam S, Katkam RR, et al. Endometrial DNA damage response is modulated in endometriosis. Hum Reprod. 2021 Jan 1;36(1):160–74.
23. Li X yan, Wang X, Gu Z yue, Sun T ting, Leng J hua, Yu Q. Combined proteomics and transcriptomics identifies serpin family C member 1 associated protein as a biomarker of endometriosis. Ann Med. 2023 Dec 12;55(2):2243825.
24. Tamaresis JS, Irwin JC, Goldfien GA, Rabban JT, Burney RO, Nezhat C, et al. Molecular classification of endometriosis and disease stage using high-dimensional genomic data. Endocrinology. 2014 Dec 1;155(12):4986–99.
25. Hawkins SM, Creighton CJ, Han DY, Zariff A, Anderson ML, Gunaratne PH, et al. Functional microRNA involved in endometriosis. Mol Endocrinol. 2011 May;25(5):821–32.
26. Crispi S, Piccolo MT, D’avino A, Donizetti A, Viceconte R, Spyrou M, et al. Transcriptional profiling of endometriosis tissues identifies genes related to organogenesis defects. J Cell Physiol. 2013 Sep;228(9):1927–34.
27. Bardou P, Mariette J, Escudié F, Djemiel C, Klopp C. Jvenn: An interactive Venn diagram viewer. BMC Bioinformatics. 2014 Aug 29;15(1).
28. Han H, Cho JW, Lee S, Yun A, Kim H, Bae D, et al. TRRUST v2: An expanded reference database of human and mouse transcriptional regulatory interactions. Nucleic Acids Res. 2018 Jan 1;46(D1):D380–6.
29. Oughtred R, Rust J, Chang C, Breitkreutz BJ, Stark C, Willems A, et al. The BioGRID database: A comprehensive biomedical resource of curated protein, genetic, and chemical interactions. Protein Science. 2021 Jan 1;30(1):187–200.
30. Huang HY, Lin YCD, Cui S, Huang Y, Tang Y, Xu J, et al. miRTarBase update 2022: an informative resource for experimentally validated miRNA–target interactions. Nucleic Acids Res. 2022 Jan 7;50(D1):D222–30.
31. Shannon P, Markiel A, Ozier O, Baliga NS, Wang JT, Ramage D, et al. Cytoscape: A software Environment for integrated models of biomolecular interaction networks. Genome Res. 2003 Nov;13(11):2498–504.
32. Chin CH, Chen SH, Wu HH, Ho CW, Ko MT, Lin CY. cytoHubba: Identifying hub objects and sub-networks from complex interactome. BMC Syst Biol. 2014 Dec 8;8(4):1–7.
33. Garcia-Moreno A, López-Domínguez R, Villatoro-García JA, Ramirez-Mena A, Aparicio-Puerta E, Hackenberg M, et al. Functional Enrichment Analysis of Regulatory Elements. Biomedicines. 2022 Mar 1;10(3).
34. Kanehisa M, Furumichi M, Sato Y, Matsuura Y, Ishiguro-Watanabe M. KEGG: biological systems database as a model of the real world. Nucleic Acids Res. 2025 Jan 6;53(D1):D672–7. Available from:
35. Carbon S, Douglass E, Dunn N, Good B, Harris NL, Lewis SE, et al. The Gene Ontology Resource: 20 years and still GOing strong. Nucleic Acids Res. 2019 Jan 8;47(D1):D330–8. Available from:
36. Duan Q, Reid SP, Clark NR, Wang Z, Fernandez NF, Rouillard AD, et al. L1000CDS2: LINCS L1000 characteristic direction signatures search engine. NPJ Syst Biol Appl. 2016 Aug 4;2(1):1–12.
37. Knox C, Wilson M, Klinger CM, Franklin M, Oler E, Wilson A, et al. DrugBank 6.0: the DrugBank Knowledgebase for 2024. Nucleic Acids Res. 2024 Jan 5;52(D1):D1265–75.
38. Kim S, Chen J, Cheng T, Gindulyte A, He J, He S, et al. PubChem 2025 update. Nucleic Acids Res. 2025 Jan 6;53(D1):D1516–25.
39. Burley SK, Berman HM, Bhikadiya C, Bi C, Chen L, Di Costanzo L, et al. Protein Data Bank: the single global archive for 3D macromolecular structure data. Nucleic Acids Res. 2019 Jan 8;47(D1):D520–8.
40. Davis AP, Wiegers TC, Johnson RJ, Sciaky D, Wiegers J, Mattingly CJ. Comparative Toxicogenomics Database (CTD): update 2023. Nucleic Acids Res. 2023 Jan 6;51(D1):D1257–62.
41. Liu Y, Yang X, Gan J, Chen S, Xiao ZX, Cao Y. CB-Dock2: improved protein-ligand blind docking by integrating cavity detection, docking and homologous template fitting. Nucleic Acids Res. 2022 Jul 5;50(W1):W159–64.
42. Tang D, Chen M, Huang X, Zhang G, Zeng L, Zhang G, et al. SRplot: A free online platform for data visualization and graphing. PLoS One. 2023 Nov 1;18(11 October).
43. Shreffler J, Huecker MR. Diagnostic Testing Accuracy: Sensitivity, Specificity, Predictive Values and Likelihood Ratios. StatPearls. 2023 Mar 6;
44. Lánczky A, Győrffy B. Web-based survival analysis tool tailored for medical research (KMplot): Development and implementation. J Med Internet Res. 2021 Jul 1;23(7).
45. Roshanzadeh G, Jahanian Sadatmahalleh S, Moini A, Mottaghi A, Rostami F. The relationship between dietary micronutrients and endometriosis: A case-control study. Int J Reprod Biomed. 2023 May 6;21(4):233–42.
46. Peters LL, John KM, Lu FM, Eicher EM, Higgins A, Yialamas M, et al. Ank3 (epithelial ankyrin), a widely distributed new member of the ankyrin gene family and the major ankyrin in kidney, is expressed in alternatively spliced forms, including forms that lack the repeat domain. Journal of Cell Biology. 1995 Jul 15;130(2):313–30.
47. Erickson JW, Cerione RA. Multiple roles for Cdc42 in cell regulation. Curr Opin Cell Biol. 2001 Apr 1;13(2):153–7.
48. Tao J, Chen Y, Bian X, Cai T, Song C, Liang C, et al. Prognostic and immunological implications of cathepsin Z overexpression in prostate cancer. Front Immunol. 2025 Jun 11;16:1618487.
49. Nilchian A. Role of Coxsackie-and Adenovirus Receptor (CXADR/CAR) in the regulation of cell plasticity in cancer and inflammation.
50. Chu Q, Han N, Yuan X, Nie X, Wu H, Chen Y, et al. DACH1 inhibits cyclin D1 expression, cellular proliferation and tumor growth of renal cancer cells. J Hematol Oncol. 2014 Oct 17;7(1):1–12.
51. Maussion G, Cruceanu C, Rosenfeld JA, Bell SC, Jollant F, Szatkiewicz J, et al. Implication of LRRC4C and DPP6 in neurodevelopmental disorders. Am J Med Genet A. 2017 Feb 1;173(2):395–406.
52. Kent LN, Leone G. The broken cycle: E2F dysfunction in cancer. Nature Reviews Cancer 2019 19:6. 2019 May 3;19(6):326–38.
53. Normanno N, De Luca A, Bianco C, Strizzi L, Mancino M, Maiello MR, et al. Epidermal growth factor receptor (EGFR) signaling in cancer. Gene. 2006 Jan 17;366(1):2–16.
54. Wang H, Liu H, Lu G, Tang X, Luo S, Du M, et al. Potentially functional variants of ERRFI1 in hypoxia-related genes predict survival of non-small cell lung cancer patients. Cancer Med. 2024 Aug 1;13(15):e70073.
55. Biadun M, Karelus R, Krowarsch D, Opalinski L, Zakrzewska M. FGF12: biology and function. Differentiation. 2024 Sep 1;139:100740.
56. Ohneda K, Yamamoto M. Roles of Hematopoietic Transcription Factors GATA-1 and GATA-2 in the Development of Red Blood Cell Lineage. Acta Haematol. 2002 Nov 1;108(4):237–45.
57. Fei T, Chen Y, Xiao T, Li W, Cato L, Zhang P, et al. Genome-wide CRISPR screen identifies HNRNPL as a prostate cancer dependency regulating RNA splicing. Proc Natl Acad Sci U S A. 2017 Jun 27;114(26):E5207–15.
58. Overby M, Serrano-Rodriguez A, Dadras S, Christiansen AK, Ozcelik G, Lichtenthaler SF, et al. Neuron-specific gene NSG1 binds to and positively regulates sortilin ectodomain shedding via a metalloproteinase-dependent mechanism. Journal of Biological Chemistry. 2023 Dec 1;299(12):105446.
59. Kawata K, Kubota S, Eguchi T, Aoyama E, Moritani NH, Oka M, et al. A Tumor Suppressor Gene Product, Platelet-Derived Growth Factor Receptor-Like Protein Controls Chondrocyte Proliferation and Differentiation. J Cell Biochem. 2017 Nov 1;118(11):4033–44.
60. Liu B, Zhang Y, Suo J. Increased Expression of PDK4 Was Displayed in Gastric Cancer and Exhibited an Association With Glucose Metabolism. Front Genet. 2021 Jun 17;12:689585.
61. Shi HB, Zhang CH, Zhao W, Luo J, Loor JJ. Peroxisome proliferator-activated receptor delta facilitates lipid secretion and catabolism of fatty acids in dairy goat mammary epithelial cells. J Dairy Sci. 2017 Jan 1;100(1):797–806.
62. Huang J, Xu Y, Chen Y, Shen J, Qiu Y, Li X, et al. Revisiting the role of pregnancy zone protein (PZP) as a cancer biomarker in the immunotherapy era. J Transl Med. 2024 Dec 1;22(1):1–5.
63. Steinbrecher KA, Harmel-Laws E, Sitcheran R, Baldwin AS. Loss of Epithelial RelA Results in Deregulated Intestinal Proliferative/Apoptotic Homeostasis and Susceptibility to Inflammation. The Journal of Immunology. 2008 Feb 15;180(4):2588–99.
64. Lindemann S, Gawaz M. SCUBE1 – A new scoop in vascular biology? Cardiovasc Res. 2006 Aug 1;71(3):414–5.
65. Zhao M, Mishra L, Deng CX. The role of TGF-β/SMAD4 signaling in cancer. Int J Biol Sci. 2018 Jan 12;14(2):111.
66. Lee G, Zheng Y, Cho S, Jang C, England C, Dempsey JM, et al. Post-transcriptional Regulation of De Novo Lipogenesis by mTORC1-S6K1-SRPK2 Signaling. Cell. 2017 Dec 14;171(7):1545-1558.e18.
67. Qi H, Wu Y, Zhang W, Yu N, Lu X, Liu J. The syntaxin-binding protein STXBP5 regulates progerin expression. Sci Rep. 2024 Dec 1;14(1):23376.
68. Christopoulou ME, Aletras AJ, Papakonstantinou E, Stolz D, Skandalis SS. WISP1 and Macrophage Migration Inhibitory Factor in Respiratory Inflammation: Novel Insights and Therapeutic Potentials for Asthma and COPD. International Journal of Molecular Sciences 2024, Vol 25, Page 10049. 2024 Sep 18;25(18):10049.
69. Hofman P, Calin GA, Wistuba II, Mani SA, Perez-Oquendo M, Gibbons DL. Regulation of ZEB1 Function and Molecular Associations in Tumor Progression and Metastasis. Cancers 2022, Vol 14, Page 1864. 2022 Apr 7;14(8):1864.
70. Fardi M, Alivand M, Baradaran B, Farshdousti Hagh M, Solali S. The crucial role of ZEB2: From development to epithelial-to-mesenchymal transition and cancer complexity. J Cell Physiol. 2019 Sep 1;234(9):14783–99.
71. Al-Badawi IA, Abu-Zaid A, Alomar O, Alsabban M, Alsehaimi SO, Alqarni SMS, et al. Association between Endometriosis and the Risk of Ovarian, Endometrial, Cervical, and Breast Cancer: A Population-Based Study from the U.S. National Inpatient Sample 2016–2019. Current Oncology. 2024 Jan 1;31(1):472–81.
72. Muss HB, Bundy BN, Adcock L. Teniposide (VM-26) in patients with advanced endometrial carcinoma: A phase II trial of the gynecologic oncology group. American Journal of Clinical Oncology: Cancer Clinical Trials. 1991;14(1):36–7.
73. Moghadasi AN, Salehizadeh S, Moghadasi AN, Salehizadeh S, Moghadasi AN, Salehizadeh S. Endometriosis in a Patient with Multiple Sclerosis Receiving Mitoxantrone: A Case Study. Archives of Neuroscience 2017 4:1. 2017 Sep 21;4(1).
74. Coleman RL, Sill MW, Thaker PH, Bender DP, Street D, McGuire WP, et al. A phase II evaluation of selumetinib (AZD6244, ARRY-142886), a selective MEK-1/2 inhibitor in the treatment of recurrent or persistent endometrial cancer: An NRG Oncology/Gynecologic Oncology Group study. Gynecol Oncol. 2015 Jul 1;138(1):30–5.
75. Quan Q, Gu H, Wang Y, Yu M. Immune micro-environment analysis and drug screening for ovarian endometriosis. Genes Genomics. 2024 Jul 1;46(7):803–15.
76. Duska LR, Petroni GR, Lothamer H, Faust W, Beumer JH, Christner SM, et al. A window-of-opportunity clinical trial of dasatinib in women with newly diagnosed endometrial cancer. Cancer Chemother Pharmacol. 2019 Mar 5;83(3):473–82.
77. Lin ZP, Zhu YL, Ratner ES. Targeting cyclin-dependent kinases for treatment of gynecologic cancers. Front Oncol. 2018 Aug 8;8(AUG):393371.
78. Lockhart AC, Bauer TM, Aggarwal C, Lee CB, Harvey RD, Cohen RB, et al. Phase Ib study of pevonedistat, a NEDD8-activating enzyme inhibitor, in combination with docetaxel, carboplatin and paclitaxel, or gemcitabine, in patients with advanced solid tumors. Invest New Drugs. 2019 Feb 15;37(1):87–97.
79. Erin N, Akman M, Aliyev E, Tanrıöver G, Korcum AF. Olvanil activates sensory nerve fibers, increases T cell response and decreases metastasis of breast carcinoma. Life Sci. 2022 Feb 15;291:120305.
80. Zubor P, Dankova Z, Kolkova Z, Holubekova V, Brany D, Mersakova S, et al. Rho GTPases in Gynecologic Cancers: In-Depth Analysis toward the Paradigm Change from Reactive to Predictive, Preventive, and Personalized Medical Approach Benefiting the Patient and Healthcare. Cancers (Basel). 2020 May 1;12(5):1292.
81. Aubry G, Panel P, Thiollier G, Huchon C, Fauconnier A. Measuring health-related quality of life in women with endometriosis: comparing the clinimetric properties of the Endometriosis Health Profile-5 (EHP-5) and the EuroQol-5D (EQ-5D). Human Reproduction. 2017 Jun 1;32(6):1258–69.
82. Acién P, Velasco I, Olsen J. Endometriosis: A Disease That Remains Enigmatic. Int Sch Res Notices. 2013 Jan 1;2013(1):242149.
83. Israr J, Alam S, kumar A. System biology approaches for drug repurposing. Prog Mol Biol Transl Sci. 2024 Jan 1;205:221–45.
84. Wingfield M, Macpherson A, Healy DL, Rogers PAW. Cell proliferation is increased in the endometrium of women with endometriosis. Fertil Steril. 1995 Aug 1;64(2):340–6.
85. Ye J, Peng H, Huang X, Qi X. The association between endometriosis and risk of endometrial cancer and breast cancer: a meta-analysis. BMC Womens Health. 2022 Dec 1;22(1):1–21.
86. Mogensen JB, Kjær SK, Mellemkjær L, Jensen A. Endometriosis and risks for ovarian, endometrial and breast cancers: A nationwide cohort study. Gynecol Oncol. 2016 Oct 1;143(1):87–92.
87. McKeage K, Keam SJ. Salmeterol fluticasone propionate: A review of its use in asthma. Drugs. 2009 Sep 17;69(13):1799–828. Available from: https://link.springer.com/article/10.2165/11202210-000000000-00000 88. Johnson M. The anti‐inflammatory profile of fluticasone propionate. Allergy. 1995;50:11–4.
89. Jiang L, Yan Y, Liu Z, Wang Y. Inflammation and endometriosis. Front Biosci (Landmark Ed). 2016;21(5):941–8.
90. Holliday SM, Faulds D, Sorkin EM. Inhaled Fluticasone Propionate: A Review of its Pharmacodynamic and Pharmacokinetic Properties, and Therapeutic Use in Asthma. Drugs. 1994 Oct 31;47(2):318–31.
91. Verona E, Petrov D, Cserhati E, Hofman J, Geppe N, Medley H, et al. Fluticasone propionate in asthma: a long term dose comparison study. Arch Dis Child. 2003 Jun 1;88(6):503–9.
92. Wilson T, Edeson JFB. Treatment of Acute Malaria with Pyrimethamine. Br Med J. 1953 Jan 31;1(4804):253.
93. Ben-Harari RR, Goodwin E, Casoy J. Adverse Event Profile of Pyrimethamine-Based Therapy in Toxoplasmosis: A Systematic Review. Drugs in R and D. 2017 Dec 1;17(4):523–44.
94. Ramchandani S, Mohan CD, Mistry JR, Su Q, Naz I, Rangappa KS, et al. The multifaceted antineoplastic role of pyrimethamine against human malignancies. IUBMB Life.
95. Loutfy MA, Aboul-Enein HY. Pyrimethamine. Analytical Profiles of Drug Substances and Excipients. 1983 Jan 1;12(C):463–82.
96. Liu Y, Zhou H, Yi T, Wang H. Pyrimethamine exerts significant antitumor effects on human ovarian cancer cells both in vitro and in vivo. Anticancer Drugs. 2019 Jul 1;30(6):571–8.
97. Yachida N, Yoshihara K, Yamaguchi M, Suda K, Tamura R, Enomoto T. How Does Endometriosis Lead to Ovarian Cancer? The Molecular Mechanism of Endometriosis-Associated Ovarian Cancer Development. Cancers 2021, Vol 13, Page 1439. 2021 Mar 22;13(6):1439.
98. Thiericke R, Zeeck A, Nakagawa A, Omura S, Herrold RE, Wu STS, et al. Biosynthesis of the Manumycin Group Antibiotics. J Am Chem Soc. 1990;112(10):3979–87.
99. Cecrdlova E, Petrickova K, Kolesar L, Petricek M, Sekerkova A, Svachova V, et al. Manumycin A downregulates release of proinflammatory cytokines from TNF alpha stimulated human monocytes. Immunol Lett. 2016 Jan 1;169:8–14.
100. Zhang J, Jiang H, Xie L, Hu J, Li L, Yang M, et al. Antitumor effect of manumycin on colorectal cancer cells by increasing the reactive oxygen species production and blocking PI3K-AKT pathway. Onco Targets Ther. 2016 May;2885.
101. Tuladhar A, Rein KS. Manumycin A Is a Potent Inhibitor of Mammalian Thioredoxin Reductase-1 (TrxR-1). ACS Med Chem Lett. 2018 Apr 12;9(4):318–22.
102. Orr NL, Albert A, Liu YD, Lum A, Hong JY, Ionescu CL, et al. KRAS mutations and endometriosis burden of disease. J Pathol Clin Res. 2023 Jul 1;9(4):302.
103. Worley MJ, Welch WR, Berkowitz RS, Ng SW. Endometriosis-Associated Ovarian Cancer: A Review of Pathogenesis. International Journal of Molecular Sciences 2013, Vol 14, Pages 5367-5379. 2013 Mar 6;14(3):5367–79.
104. Prašnikar E, Knez J, Kovačič B, Kunej T. Molecular signature of eutopic endometrium in endometriosis based on the multi-omics integrative synthesis. J Assist Reprod Genet. 2020 Jul 1;37(7):1593–611.
105. Goulielmos GN, Matalliotakis M, Matalliotaki C, Eliopoulos E, Matalliotakis I, Zervou MI. Endometriosis research in the -omics era. Gene. 2020 May 30;741:144545.
106. Oskotsky TT, Bhoja A, Bunis D, Le BL, Kosti I, Li C, et al. Applying a computational transcriptomics-based drug repositioning pipeline to identify therapeutic candidates for endometriosis. medRxiv. 2022 Dec 21;2022.12.20.22283736.
107. Hudson QJ, Perricos A, Wenzl R, Yotova I. Challenges in uncovering non-invasive biomarkers of endometriosis. Exp Biol Med. 2020 Mar 1;245(5):437.

From Gene Networks to Repurposed Drugs: A Systems Biomedicine Approach to Endometriosis Management

Yıl 2026, Cilt: 36 Sayı: 2026 , 1 - 13 , 30.03.2026

Fadime Dilşad Taş , Büşra Aydın

https://doi.org/10.54005/geneltip.1812858

https://izlik.org/JA43AZ72UN

Öz

Aim: Endometriosis is a widespread gynecological condition with no definitive cure, often managed through hormonal therapies, NSAIDs, and laparoscopy, which remains the gold standard for both diagnosis
and treatment. Its underlying pathogenesis remains unclear. The absence of effective treatment options for endometriosis underscores the urgent need for innovative approaches to alleviate patient pain and
improve quality of life. This study explores an alternative therapeutic strategy for endometriosis utilizing systems biomedicine approaches.
Materials and Methods: Gene expression data from six endometrial tissue datasets (GSE135485, GSE153740, GSE232713, GSE51981, GSE23339, and GSE25628) were retrieved from the publicly available database Gene Expression Omnibus (GEO) and analyzed via GEO2R to identify differentially expressed genes (DEGs). To assess the statistical significance, p-value ≤ 0.05, log2FC > 1, and log2FC <-1 cut-offs were applied. A three-layered biological network comprising transcription factor-gene interaction, protein– protein interactions, and microRNA-gene interactions was constructed using Cytoscape to identify keyhub genes. To assess the discriminatory capacity of the hub genes between healthy and diseased groups, principal component analysis (PCA) was conducted independently for each dataset. Key genes as the
primary contributors to group differentiation were further evaluated by survival analysis.
Results: The construction of a multi-layered network analysis revealed 25 hub molecules that were used for in silico drug repositioning, and among 50 candidate compounds, fluticasone propionate, pyrimethamine, and manumycin A emerged as promising therapies. Molecular docking analysis confirmed that candidate repurposed drugs exhibited stronger binding to their respective proteins compared with known inhibitors. Additionally, PCA analysis demonstrated good sensitivity (≥80%) and moderate specificity (≈50%) in distinguishing endometriosis patients from healthy controls. Survival analysis via KM-plotter revealed the diagnostic and prognostic power of the hub genes (CXADR, RELA, STXBP6, ANK3, and PDGFR), further supporting their therapeutic potential in endometriosis.
Conclusion: Fluticasone propionate has emerged as a promising candidate for the management of endometriosis based on systems biomedicine approaches.

Anahtar Kelimeler

systems biomedicine , drug repositioning , endometriosis , transcriptomics , fluticasone propionate , manumycin A

Etik Beyan

This study does not require ethical approval, as no human or animal subjects were involved. All datasets analyzed in this research are publicly available and can be freely reused under open-access terms. Therefore, permission to use the data was not required, and an ethics committee approval document is not applicable.

Destekleyen Kurum

Not available.

Proje Numarası

Not Available.

Teşekkür

Not available.

Kaynakça

1. Hegazy AA. A new look at the theoretical causes of endometriosis: Narrative review. Int J Reprod Biomed. 2024 May 1;22(5):343.
2. Sampson JA. Peritoneal endometriosis due to the menstrual dissemination of endometrial tissue into the peritoneal cavity. Am J Obstet Gynecol. 1927 Jan 1;14(4):422–69.
3. Johnson NP, Hummelshoj L, Adamson GD, Keckstein J, Taylor HS, Abrao MS, et al. World Endometriosis Society consensus on the classification of endometriosis. Hum Reprod. 2017 Feb 1;32(2):315–24.
4. Canis M, Donnez JG, Guzick DS, Halme JK, Rock JA, Schenken RS, et al. Revised American Society for Reproductive Medicine classification of endometriosis: 1996. Fertil Steril. 1997;67(5):817–21.
5. Tuttlies F, Keckstein J, Ulrich U, Possover M, Schweppe KW, Wustlich M, et al. ENZIAN-Score, eine klassifikation der tief infiltrierenden endometriose. Zentralbl Gynakol. 2005 Oct;127(5):275–81.
6. Haas D, Oppelt P, Shebl O, Shamiyeh A, Schimetta W, Mayer R. Enzian classification: does it correlate with clinical symptoms and the rASRM score? Acta Obstet Gynecol Scand. 2013 May 1;92(5):562–6.
7. Adamson GD, Pasta DJ. Endometriosis fertility index: the new, validated endometriosis staging system. Fertil Steril. 2010 Oct;94(5):1609–15.
8. Adamson GD. Endometriosis classification: an update. Curr Opin Obstet Gynecol. 2011 Aug;23(4):213–20.
9. Abrao MS, Andres MP, Miller CE, Gingold JA, Rius M, Neto JS, et al. AAGL 2021 Endometriosis Classification: An Anatomy-based Surgical Complexity Score. The Journal of Minimally Invasive Gynecology. 2021;28:1941-1950.e1.
10. Imperiale L, Nisolle M, Noël JC, Fastrez M. Three Types of Endometriosis: Pathogenesis, Diagnosis and Treatment. State of the Art. J Clin Med. 2023 Feb 1;12(3):994.
11. Zondervan KT, Becker CM, Missmer SA. Endometriosis. Longo DL, editor. New England Journal of Medicine. 2020 Mar 26;382(13):1244–56.
12. Lamceva J, Uljanovs R, Strumfa I. The Main Theories on the Pathogenesis of Endometriosis. Int J Mol Sci. 2023 Mar 1;24(5).
13. Parasar P, Ozcan P, Terry KL. Endometriosis: Epidemiology, Diagnosis and Clinical Management. Curr Obstet Gynecol Rep. 2017 Mar;6(1):34–41.
14. Vercellini P, Viganò P, Somigliana E, Fedele L. Endometriosis: pathogenesis and treatment. Nature Reviews Endocrinology 2013 10:5. 2013 Dec 24;10(5):261–75.
15. Chapron C, Marcellin L, Borghese B, Santulli P. Rethinking mechanisms, diagnosis and management of endometriosis. Nat Rev Endocrinol. 2019 Nov 1;15(11):666–82.
16. Vercellini P, Viganò P, Somigliana E, Fedele L. Endometriosis: Pathogenesis and treatment. Nat Rev Endocrinol. 2014;10(5):261–75.
17. Vercellini P, Crosignani PG, Abbiati A, Somigliana E, Viganò P, Fedele L. The effect of surgery for symptomatic endometriosis: The other side of the story. Hum Reprod Update. 2009;15(2):177–88.
18. Bulun SE, Yilmaz BD, Sison C, Miyazaki K, Bernardi L, Liu S, et al. Endometriosis. Endocr Rev. 2019 May 10;40(4):1048–79.
19. Samartzis EP, Labidi-Galy SI, Moschetta M, Uccello M, Kalaitzopoulos DR, Perez-Fidalgo JA, et al. Endometriosis-associated ovarian carcinomas: insights into pathogenesis, diagnostics, and therapeutic targets—a narrative review. Ann Transl Med. 2020 Dec;8(24):1712.
20. Edgar R, Domrachev M, Lash AE. Gene Expression Omnibus: NCBI gene expression and hybridization array data repository. Nucleic Acids Res. 2002 Jan 1;30(1):207–10.
21. Adamyan L, Aznaurova Y, Stepanian A, Nikitin D, Garazha A, Suntsova M, et al. Gene Expression Signature of Endometrial Samples from Women with and without Endometriosis. J Minim Invasive Gynecol. 2021 Oct 1;28(10):1774–85.
22. Bane K, Desouza J, Shetty D, Choudhary P, Kadam S, Katkam RR, et al. Endometrial DNA damage response is modulated in endometriosis. Hum Reprod. 2021 Jan 1;36(1):160–74.
23. Li X yan, Wang X, Gu Z yue, Sun T ting, Leng J hua, Yu Q. Combined proteomics and transcriptomics identifies serpin family C member 1 associated protein as a biomarker of endometriosis. Ann Med. 2023 Dec 12;55(2):2243825.
24. Tamaresis JS, Irwin JC, Goldfien GA, Rabban JT, Burney RO, Nezhat C, et al. Molecular classification of endometriosis and disease stage using high-dimensional genomic data. Endocrinology. 2014 Dec 1;155(12):4986–99.
25. Hawkins SM, Creighton CJ, Han DY, Zariff A, Anderson ML, Gunaratne PH, et al. Functional microRNA involved in endometriosis. Mol Endocrinol. 2011 May;25(5):821–32.
26. Crispi S, Piccolo MT, D’avino A, Donizetti A, Viceconte R, Spyrou M, et al. Transcriptional profiling of endometriosis tissues identifies genes related to organogenesis defects. J Cell Physiol. 2013 Sep;228(9):1927–34.
27. Bardou P, Mariette J, Escudié F, Djemiel C, Klopp C. Jvenn: An interactive Venn diagram viewer. BMC Bioinformatics. 2014 Aug 29;15(1).
28. Han H, Cho JW, Lee S, Yun A, Kim H, Bae D, et al. TRRUST v2: An expanded reference database of human and mouse transcriptional regulatory interactions. Nucleic Acids Res. 2018 Jan 1;46(D1):D380–6.
29. Oughtred R, Rust J, Chang C, Breitkreutz BJ, Stark C, Willems A, et al. The BioGRID database: A comprehensive biomedical resource of curated protein, genetic, and chemical interactions. Protein Science. 2021 Jan 1;30(1):187–200.
30. Huang HY, Lin YCD, Cui S, Huang Y, Tang Y, Xu J, et al. miRTarBase update 2022: an informative resource for experimentally validated miRNA–target interactions. Nucleic Acids Res. 2022 Jan 7;50(D1):D222–30.
31. Shannon P, Markiel A, Ozier O, Baliga NS, Wang JT, Ramage D, et al. Cytoscape: A software Environment for integrated models of biomolecular interaction networks. Genome Res. 2003 Nov;13(11):2498–504.
32. Chin CH, Chen SH, Wu HH, Ho CW, Ko MT, Lin CY. cytoHubba: Identifying hub objects and sub-networks from complex interactome. BMC Syst Biol. 2014 Dec 8;8(4):1–7.
33. Garcia-Moreno A, López-Domínguez R, Villatoro-García JA, Ramirez-Mena A, Aparicio-Puerta E, Hackenberg M, et al. Functional Enrichment Analysis of Regulatory Elements. Biomedicines. 2022 Mar 1;10(3).
34. Kanehisa M, Furumichi M, Sato Y, Matsuura Y, Ishiguro-Watanabe M. KEGG: biological systems database as a model of the real world. Nucleic Acids Res. 2025 Jan 6;53(D1):D672–7. Available from:
35. Carbon S, Douglass E, Dunn N, Good B, Harris NL, Lewis SE, et al. The Gene Ontology Resource: 20 years and still GOing strong. Nucleic Acids Res. 2019 Jan 8;47(D1):D330–8. Available from:
36. Duan Q, Reid SP, Clark NR, Wang Z, Fernandez NF, Rouillard AD, et al. L1000CDS2: LINCS L1000 characteristic direction signatures search engine. NPJ Syst Biol Appl. 2016 Aug 4;2(1):1–12.
37. Knox C, Wilson M, Klinger CM, Franklin M, Oler E, Wilson A, et al. DrugBank 6.0: the DrugBank Knowledgebase for 2024. Nucleic Acids Res. 2024 Jan 5;52(D1):D1265–75.
38. Kim S, Chen J, Cheng T, Gindulyte A, He J, He S, et al. PubChem 2025 update. Nucleic Acids Res. 2025 Jan 6;53(D1):D1516–25.
39. Burley SK, Berman HM, Bhikadiya C, Bi C, Chen L, Di Costanzo L, et al. Protein Data Bank: the single global archive for 3D macromolecular structure data. Nucleic Acids Res. 2019 Jan 8;47(D1):D520–8.
40. Davis AP, Wiegers TC, Johnson RJ, Sciaky D, Wiegers J, Mattingly CJ. Comparative Toxicogenomics Database (CTD): update 2023. Nucleic Acids Res. 2023 Jan 6;51(D1):D1257–62.
41. Liu Y, Yang X, Gan J, Chen S, Xiao ZX, Cao Y. CB-Dock2: improved protein-ligand blind docking by integrating cavity detection, docking and homologous template fitting. Nucleic Acids Res. 2022 Jul 5;50(W1):W159–64.
42. Tang D, Chen M, Huang X, Zhang G, Zeng L, Zhang G, et al. SRplot: A free online platform for data visualization and graphing. PLoS One. 2023 Nov 1;18(11 October).
43. Shreffler J, Huecker MR. Diagnostic Testing Accuracy: Sensitivity, Specificity, Predictive Values and Likelihood Ratios. StatPearls. 2023 Mar 6;
44. Lánczky A, Győrffy B. Web-based survival analysis tool tailored for medical research (KMplot): Development and implementation. J Med Internet Res. 2021 Jul 1;23(7).
45. Roshanzadeh G, Jahanian Sadatmahalleh S, Moini A, Mottaghi A, Rostami F. The relationship between dietary micronutrients and endometriosis: A case-control study. Int J Reprod Biomed. 2023 May 6;21(4):233–42.
46. Peters LL, John KM, Lu FM, Eicher EM, Higgins A, Yialamas M, et al. Ank3 (epithelial ankyrin), a widely distributed new member of the ankyrin gene family and the major ankyrin in kidney, is expressed in alternatively spliced forms, including forms that lack the repeat domain. Journal of Cell Biology. 1995 Jul 15;130(2):313–30.
47. Erickson JW, Cerione RA. Multiple roles for Cdc42 in cell regulation. Curr Opin Cell Biol. 2001 Apr 1;13(2):153–7.
48. Tao J, Chen Y, Bian X, Cai T, Song C, Liang C, et al. Prognostic and immunological implications of cathepsin Z overexpression in prostate cancer. Front Immunol. 2025 Jun 11;16:1618487.
49. Nilchian A. Role of Coxsackie-and Adenovirus Receptor (CXADR/CAR) in the regulation of cell plasticity in cancer and inflammation.
50. Chu Q, Han N, Yuan X, Nie X, Wu H, Chen Y, et al. DACH1 inhibits cyclin D1 expression, cellular proliferation and tumor growth of renal cancer cells. J Hematol Oncol. 2014 Oct 17;7(1):1–12.
51. Maussion G, Cruceanu C, Rosenfeld JA, Bell SC, Jollant F, Szatkiewicz J, et al. Implication of LRRC4C and DPP6 in neurodevelopmental disorders. Am J Med Genet A. 2017 Feb 1;173(2):395–406.
52. Kent LN, Leone G. The broken cycle: E2F dysfunction in cancer. Nature Reviews Cancer 2019 19:6. 2019 May 3;19(6):326–38.
53. Normanno N, De Luca A, Bianco C, Strizzi L, Mancino M, Maiello MR, et al. Epidermal growth factor receptor (EGFR) signaling in cancer. Gene. 2006 Jan 17;366(1):2–16.
54. Wang H, Liu H, Lu G, Tang X, Luo S, Du M, et al. Potentially functional variants of ERRFI1 in hypoxia-related genes predict survival of non-small cell lung cancer patients. Cancer Med. 2024 Aug 1;13(15):e70073.
55. Biadun M, Karelus R, Krowarsch D, Opalinski L, Zakrzewska M. FGF12: biology and function. Differentiation. 2024 Sep 1;139:100740.
56. Ohneda K, Yamamoto M. Roles of Hematopoietic Transcription Factors GATA-1 and GATA-2 in the Development of Red Blood Cell Lineage. Acta Haematol. 2002 Nov 1;108(4):237–45.
57. Fei T, Chen Y, Xiao T, Li W, Cato L, Zhang P, et al. Genome-wide CRISPR screen identifies HNRNPL as a prostate cancer dependency regulating RNA splicing. Proc Natl Acad Sci U S A. 2017 Jun 27;114(26):E5207–15.
58. Overby M, Serrano-Rodriguez A, Dadras S, Christiansen AK, Ozcelik G, Lichtenthaler SF, et al. Neuron-specific gene NSG1 binds to and positively regulates sortilin ectodomain shedding via a metalloproteinase-dependent mechanism. Journal of Biological Chemistry. 2023 Dec 1;299(12):105446.
59. Kawata K, Kubota S, Eguchi T, Aoyama E, Moritani NH, Oka M, et al. A Tumor Suppressor Gene Product, Platelet-Derived Growth Factor Receptor-Like Protein Controls Chondrocyte Proliferation and Differentiation. J Cell Biochem. 2017 Nov 1;118(11):4033–44.
60. Liu B, Zhang Y, Suo J. Increased Expression of PDK4 Was Displayed in Gastric Cancer and Exhibited an Association With Glucose Metabolism. Front Genet. 2021 Jun 17;12:689585.
61. Shi HB, Zhang CH, Zhao W, Luo J, Loor JJ. Peroxisome proliferator-activated receptor delta facilitates lipid secretion and catabolism of fatty acids in dairy goat mammary epithelial cells. J Dairy Sci. 2017 Jan 1;100(1):797–806.
62. Huang J, Xu Y, Chen Y, Shen J, Qiu Y, Li X, et al. Revisiting the role of pregnancy zone protein (PZP) as a cancer biomarker in the immunotherapy era. J Transl Med. 2024 Dec 1;22(1):1–5.
63. Steinbrecher KA, Harmel-Laws E, Sitcheran R, Baldwin AS. Loss of Epithelial RelA Results in Deregulated Intestinal Proliferative/Apoptotic Homeostasis and Susceptibility to Inflammation. The Journal of Immunology. 2008 Feb 15;180(4):2588–99.
64. Lindemann S, Gawaz M. SCUBE1 – A new scoop in vascular biology? Cardiovasc Res. 2006 Aug 1;71(3):414–5.
65. Zhao M, Mishra L, Deng CX. The role of TGF-β/SMAD4 signaling in cancer. Int J Biol Sci. 2018 Jan 12;14(2):111.
66. Lee G, Zheng Y, Cho S, Jang C, England C, Dempsey JM, et al. Post-transcriptional Regulation of De Novo Lipogenesis by mTORC1-S6K1-SRPK2 Signaling. Cell. 2017 Dec 14;171(7):1545-1558.e18.
67. Qi H, Wu Y, Zhang W, Yu N, Lu X, Liu J. The syntaxin-binding protein STXBP5 regulates progerin expression. Sci Rep. 2024 Dec 1;14(1):23376.
68. Christopoulou ME, Aletras AJ, Papakonstantinou E, Stolz D, Skandalis SS. WISP1 and Macrophage Migration Inhibitory Factor in Respiratory Inflammation: Novel Insights and Therapeutic Potentials for Asthma and COPD. International Journal of Molecular Sciences 2024, Vol 25, Page 10049. 2024 Sep 18;25(18):10049.
69. Hofman P, Calin GA, Wistuba II, Mani SA, Perez-Oquendo M, Gibbons DL. Regulation of ZEB1 Function and Molecular Associations in Tumor Progression and Metastasis. Cancers 2022, Vol 14, Page 1864. 2022 Apr 7;14(8):1864.
70. Fardi M, Alivand M, Baradaran B, Farshdousti Hagh M, Solali S. The crucial role of ZEB2: From development to epithelial-to-mesenchymal transition and cancer complexity. J Cell Physiol. 2019 Sep 1;234(9):14783–99.
71. Al-Badawi IA, Abu-Zaid A, Alomar O, Alsabban M, Alsehaimi SO, Alqarni SMS, et al. Association between Endometriosis and the Risk of Ovarian, Endometrial, Cervical, and Breast Cancer: A Population-Based Study from the U.S. National Inpatient Sample 2016–2019. Current Oncology. 2024 Jan 1;31(1):472–81.
72. Muss HB, Bundy BN, Adcock L. Teniposide (VM-26) in patients with advanced endometrial carcinoma: A phase II trial of the gynecologic oncology group. American Journal of Clinical Oncology: Cancer Clinical Trials. 1991;14(1):36–7.
73. Moghadasi AN, Salehizadeh S, Moghadasi AN, Salehizadeh S, Moghadasi AN, Salehizadeh S. Endometriosis in a Patient with Multiple Sclerosis Receiving Mitoxantrone: A Case Study. Archives of Neuroscience 2017 4:1. 2017 Sep 21;4(1).
74. Coleman RL, Sill MW, Thaker PH, Bender DP, Street D, McGuire WP, et al. A phase II evaluation of selumetinib (AZD6244, ARRY-142886), a selective MEK-1/2 inhibitor in the treatment of recurrent or persistent endometrial cancer: An NRG Oncology/Gynecologic Oncology Group study. Gynecol Oncol. 2015 Jul 1;138(1):30–5.
75. Quan Q, Gu H, Wang Y, Yu M. Immune micro-environment analysis and drug screening for ovarian endometriosis. Genes Genomics. 2024 Jul 1;46(7):803–15.
76. Duska LR, Petroni GR, Lothamer H, Faust W, Beumer JH, Christner SM, et al. A window-of-opportunity clinical trial of dasatinib in women with newly diagnosed endometrial cancer. Cancer Chemother Pharmacol. 2019 Mar 5;83(3):473–82.
77. Lin ZP, Zhu YL, Ratner ES. Targeting cyclin-dependent kinases for treatment of gynecologic cancers. Front Oncol. 2018 Aug 8;8(AUG):393371.
78. Lockhart AC, Bauer TM, Aggarwal C, Lee CB, Harvey RD, Cohen RB, et al. Phase Ib study of pevonedistat, a NEDD8-activating enzyme inhibitor, in combination with docetaxel, carboplatin and paclitaxel, or gemcitabine, in patients with advanced solid tumors. Invest New Drugs. 2019 Feb 15;37(1):87–97.
79. Erin N, Akman M, Aliyev E, Tanrıöver G, Korcum AF. Olvanil activates sensory nerve fibers, increases T cell response and decreases metastasis of breast carcinoma. Life Sci. 2022 Feb 15;291:120305.
80. Zubor P, Dankova Z, Kolkova Z, Holubekova V, Brany D, Mersakova S, et al. Rho GTPases in Gynecologic Cancers: In-Depth Analysis toward the Paradigm Change from Reactive to Predictive, Preventive, and Personalized Medical Approach Benefiting the Patient and Healthcare. Cancers (Basel). 2020 May 1;12(5):1292.
81. Aubry G, Panel P, Thiollier G, Huchon C, Fauconnier A. Measuring health-related quality of life in women with endometriosis: comparing the clinimetric properties of the Endometriosis Health Profile-5 (EHP-5) and the EuroQol-5D (EQ-5D). Human Reproduction. 2017 Jun 1;32(6):1258–69.
82. Acién P, Velasco I, Olsen J. Endometriosis: A Disease That Remains Enigmatic. Int Sch Res Notices. 2013 Jan 1;2013(1):242149.
83. Israr J, Alam S, kumar A. System biology approaches for drug repurposing. Prog Mol Biol Transl Sci. 2024 Jan 1;205:221–45.
84. Wingfield M, Macpherson A, Healy DL, Rogers PAW. Cell proliferation is increased in the endometrium of women with endometriosis. Fertil Steril. 1995 Aug 1;64(2):340–6.
85. Ye J, Peng H, Huang X, Qi X. The association between endometriosis and risk of endometrial cancer and breast cancer: a meta-analysis. BMC Womens Health. 2022 Dec 1;22(1):1–21.
86. Mogensen JB, Kjær SK, Mellemkjær L, Jensen A. Endometriosis and risks for ovarian, endometrial and breast cancers: A nationwide cohort study. Gynecol Oncol. 2016 Oct 1;143(1):87–92.
87. McKeage K, Keam SJ. Salmeterol fluticasone propionate: A review of its use in asthma. Drugs. 2009 Sep 17;69(13):1799–828. Available from: https://link.springer.com/article/10.2165/11202210-000000000-00000 88. Johnson M. The anti‐inflammatory profile of fluticasone propionate. Allergy. 1995;50:11–4.
89. Jiang L, Yan Y, Liu Z, Wang Y. Inflammation and endometriosis. Front Biosci (Landmark Ed). 2016;21(5):941–8.
90. Holliday SM, Faulds D, Sorkin EM. Inhaled Fluticasone Propionate: A Review of its Pharmacodynamic and Pharmacokinetic Properties, and Therapeutic Use in Asthma. Drugs. 1994 Oct 31;47(2):318–31.
91. Verona E, Petrov D, Cserhati E, Hofman J, Geppe N, Medley H, et al. Fluticasone propionate in asthma: a long term dose comparison study. Arch Dis Child. 2003 Jun 1;88(6):503–9.
92. Wilson T, Edeson JFB. Treatment of Acute Malaria with Pyrimethamine. Br Med J. 1953 Jan 31;1(4804):253.
93. Ben-Harari RR, Goodwin E, Casoy J. Adverse Event Profile of Pyrimethamine-Based Therapy in Toxoplasmosis: A Systematic Review. Drugs in R and D. 2017 Dec 1;17(4):523–44.
94. Ramchandani S, Mohan CD, Mistry JR, Su Q, Naz I, Rangappa KS, et al. The multifaceted antineoplastic role of pyrimethamine against human malignancies. IUBMB Life.
95. Loutfy MA, Aboul-Enein HY. Pyrimethamine. Analytical Profiles of Drug Substances and Excipients. 1983 Jan 1;12(C):463–82.
96. Liu Y, Zhou H, Yi T, Wang H. Pyrimethamine exerts significant antitumor effects on human ovarian cancer cells both in vitro and in vivo. Anticancer Drugs. 2019 Jul 1;30(6):571–8.
97. Yachida N, Yoshihara K, Yamaguchi M, Suda K, Tamura R, Enomoto T. How Does Endometriosis Lead to Ovarian Cancer? The Molecular Mechanism of Endometriosis-Associated Ovarian Cancer Development. Cancers 2021, Vol 13, Page 1439. 2021 Mar 22;13(6):1439.
98. Thiericke R, Zeeck A, Nakagawa A, Omura S, Herrold RE, Wu STS, et al. Biosynthesis of the Manumycin Group Antibiotics. J Am Chem Soc. 1990;112(10):3979–87.
99. Cecrdlova E, Petrickova K, Kolesar L, Petricek M, Sekerkova A, Svachova V, et al. Manumycin A downregulates release of proinflammatory cytokines from TNF alpha stimulated human monocytes. Immunol Lett. 2016 Jan 1;169:8–14.
100. Zhang J, Jiang H, Xie L, Hu J, Li L, Yang M, et al. Antitumor effect of manumycin on colorectal cancer cells by increasing the reactive oxygen species production and blocking PI3K-AKT pathway. Onco Targets Ther. 2016 May;2885.
101. Tuladhar A, Rein KS. Manumycin A Is a Potent Inhibitor of Mammalian Thioredoxin Reductase-1 (TrxR-1). ACS Med Chem Lett. 2018 Apr 12;9(4):318–22.
102. Orr NL, Albert A, Liu YD, Lum A, Hong JY, Ionescu CL, et al. KRAS mutations and endometriosis burden of disease. J Pathol Clin Res. 2023 Jul 1;9(4):302.
103. Worley MJ, Welch WR, Berkowitz RS, Ng SW. Endometriosis-Associated Ovarian Cancer: A Review of Pathogenesis. International Journal of Molecular Sciences 2013, Vol 14, Pages 5367-5379. 2013 Mar 6;14(3):5367–79.
104. Prašnikar E, Knez J, Kovačič B, Kunej T. Molecular signature of eutopic endometrium in endometriosis based on the multi-omics integrative synthesis. J Assist Reprod Genet. 2020 Jul 1;37(7):1593–611.
105. Goulielmos GN, Matalliotakis M, Matalliotaki C, Eliopoulos E, Matalliotakis I, Zervou MI. Endometriosis research in the -omics era. Gene. 2020 May 30;741:144545.
106. Oskotsky TT, Bhoja A, Bunis D, Le BL, Kosti I, Li C, et al. Applying a computational transcriptomics-based drug repositioning pipeline to identify therapeutic candidates for endometriosis. medRxiv. 2022 Dec 21;2022.12.20.22283736.
107. Hudson QJ, Perricos A, Wenzl R, Yotova I. Challenges in uncovering non-invasive biomarkers of endometriosis. Exp Biol Med. 2020 Mar 1;245(5):437.

Toplam 106 adet kaynakça vardır.

Ayrıntılar

Birincil Dil	İngilizce
Konular	Tıbbi Genetik (Kanser Genetiği hariç)
Bölüm	Araştırma Makalesi
Yazarlar	Fadime Dilşad Taş 0009-0003-1701-3860 Büşra Aydın 0000-0002-8832-8443
Proje Numarası	Not Available.
Gönderilme Tarihi	30 Ekim 2025
Kabul Tarihi	3 Şubat 2026
Yayımlanma Tarihi	30 Mart 2026
DOI	https://doi.org/10.54005/geneltip.1812858
IZ	https://izlik.org/JA43AZ72UN
Yayımlandığı Sayı	Yıl 2026 Cilt: 36 Sayı: 2026

Kaynak Göster

Vancouver	1.Fadime Dilşad Taş, Büşra Aydın. From Gene Networks to Repurposed Drugs: A Systems Biomedicine Approach to Endometriosis Management. Genel Tıp Derg. 01 Mart 2026;36(2026):1-13. doi:10.54005/geneltip.1812858

Amaç ve Kapsam

Yayın İçeriği
Genel Tıp Dergisi orijinal bilimsel yayınları içerir. Editöryal çalışmalar hariç yayımlanan tüm makaleler çift taraflı kör akran değerlendirmesi sürecine tabidir.

Amaç ve Kapsam
Derginin amacı, bilimsel öneme sahip yüksek kaliteli yayınlar yayınlayarak bilime katkıda bulunmaktır. Bu amaçla, sağlık bilimlerinde temel veya genişletilmiş klinik deneyimle ilgili tüm alanlarda özgün araştırma makaleleri, derlemeler, olgu sunumları ve editöre mektuplar yayınlanır. Genel Tıp Dergisi Tıp ve tüm alanlarında makaleler yayınlamayı amaçlayan, bağımsız, çift kör hakemli, açık erişimli ve çevrimiçi yayın yapan bir dergidir. Makaleler, daha önce yayınlanmamış veya başka bir yerde yayınlanmak üzere gönderilmemiş orijinal verileri açıklamalıdır. Genel Tıp Dergisi gönderim kurallarına ve dergi kapsamına uygun görülen yazılar alanında uzman en az iki hakeme bilimsel değerlendirme için gönderilir. Uygunluğunu tartışan Genel Tıp Dergisi Editör Kurulu üyeleri, daha sonra her bir gönderiye ilişkin hakemlerin yorumlarını dikkate alır. Gönderilen tüm yazılar için nihai karar Baş Editör'e aittir.

Konu Kategorisi: Sağlık Bilimleri
Bilim Alanı: TIP
Anahtar Kelimeler: TIP

Yayın Dili
Tam Metin Yayın Dili:
• Birincil Dil: İngilizce
İngilizce ve Latin Alfabesiyle Yazılan İçerik:
• Makale Başlığı: İngilizce & Türkçe
• Yazar Adı: Türkçe (Latin Alfabesinde)
• Yazar Adresi: İngilizce (Latin Alfabesinde)
• Anahtar Kelimeler: İngilizce & Türkçe
• Kaynakça: İngilizce (Latin Alfabesinde)
Tam Metin: İngilizce (Latin Alfabesinde)

Makale Başvuruları
Gönderilen makaleler derginin amaç ve kapsamına uygun olmalıdır. Orijinal, yayınlanmamış ve başka bir dergide değerlendirme sürecinde olmayan, her bir yazar tarafından içeriği ve gönderimi onaylanmış yazılar değerlendirmeye kabul edilir.

Okur Kitlesi
Hedef okuyucu kitlesi; sağlığın her alanı ile meslek mensupları, uzmanlar, araştırmacılar, uzmanlık ve doktora öğrencileri yanı sıra bu alanla ilgili öğrencileridir. Sürekli mesleki gelişim ve araştırma kültürünün yaygınlaşmasına katkı sağlamayı hedefler.

Ücret Politikası
Dergide makale yayını ve makale süreçlerinin yürütülmesi ücrete tabi değildir. Dergiye gönderilen ya da yayın için kabul edilen makaleler için hiçbir ad altında işleme ücreti ya da gönderim ücreti alınmaz. Genel Tıp Dergisi yayın politikaları gereği sponsorluk ve reklam da kabul etmemektedir. Genel Tıp Dergisinin tüm giderleri Selçuk Üniversitesi Yayınevi tarafından karşılanmaktadır.

Telif Hakkı
Genel Tıp Dergisinde yayımlanan çalışmaların telif hakları yazarlarına aittir. Yazarlar gönderdikleri fikri eserin, Genel Tıp Dergisi tarafından Creative Commons Atıf-GayrıTicari 4.0 Uluslararası (CC BY-NC 4.0) lisansı ile yayımlamasına izin verirler.

Makalelerin Özgünlüğü
Genel Tıp Dergisi daha önce başka bir yerde yayımlanan çalışmaları kabul etmez.

Yazım Kuralları

YAZIM İLKELERİ
Genel Tıp Dergisi'ne (GTD) gösterdiğiniz ilgi için teşekkür ederiz. GTD, alandaki çok çeşitli konularda makaleler yayınlayan uluslararası, kar amacı gütmeyen, Açık Erişim (AE) bir dergidir. YAZIM DİLİ İNGİLİZCEDİR. DERGİMİZ; TIP VE SAĞLIK BİLİMLERİ ALANINDA ORJİNAL MAKALE, DAVETLİ DERLEME, EDİTÖRE MEKTUP VE OLGU SUNUMU TÜRÜNDE ÇALIŞMALARI KABUL ETMEKTEDİR.
Lütfen göndermeden önce telif hakkıyla ilgili bölüm de dahil olmak üzere tüm Yazar Yönergelerini dikkatlice okuyun. Hızlı akran değerlendirmesi ve yayımı sağlamak için, aşağıdaki talimatlara uymayan makaleler, akran değerlendirmesine tabi tutulmadan önce teknik revizyon için ilgili yazara iade edilecektir.
Bu dergi, International Committee of Medical Journal Editors (ICMJE) https://www.icmje.org/icmje-recommendations.pdf tarafından formüle edilen Tıp Dergilerinde Akademik Çalışmaların Yürütülmesi, Raporlanması, Düzenlenmesi ve Yayınlanmasına ilişkin Önerilere uymasını önerir. Çalışmayı gönderen/ilgili yazar, geçerli ve kalıcı bir e-posta adresi sağlamaktan sorumludur ve redaksiyon prosedürünü geciktirmemek için e-postayı düzenli olarak kontrol etmelidir.

1 Eylül itibariyle, Genel Tıp Dergisi’ne gönderilen tüm makalelerin, gönderim öncesinde ana dili İngilizce olan ya da akıcı İngilizce bilen bir kişi tarafından profesyonel olarak dil bilgisi düzeltmesinden geçirilmiş olması beklenmektedir. Dilin açıklığı ve akademik kalitesinin sağlanabilmesi için, yazarların makaleleri ile birlikte İngilizce dil düzenlendiğine dair geçerli bir sertifikanın da yüklenmesi talep edilebilecektir. Sertifika sunmayan gönderiler, hakem değerlendirmesi öncesinde dergi editörlüğü tarafından düzeltme için yazarlara iade edilebilir. Ayrıca, profesyonel dil düzeltme hizmetlerinin Selçuk Üniversitesi Bilimsel Yayınlar Koordinatörlüğü tarafından da sağlandığını belirtmek isteriz.

MAKALE GÖNDERİM İLKELERİ
Gönderimin, içeriğin bilimsel bir toplantı veya sempozyumun bildiri kitaplarında kısa bir özet dışında başka bir yerde yayınlanmadığından veya yayınlanmak üzere gönderilmediğinden emin olun. Başvurunuzu Kılavuza uygun olarak hazırladıktan sonra, makaleler çevrimiçi olarak https://dergipark.org.tr/tr/journal/3567/submission/step/manuscript/new adresinden gönderilmelidir.
Başvurularda çalışmanın sorumlu yazarının hesabı kullanılmalıdır. Başvuru ile ilgili tüm yazışmalar dergi sistemi üzerinden gönderilen e-posta ile sorumlu yazara iletilir.

YAZIM KURALLARI
A-BAŞLIK SAYFASI
1. Tüm gönderilerle birlikte ayrı bir başlık sayfası sunulmalı ve bu sayfa şunları içermelidir (Başlık kısa ve bilgilendirici olmalı, içerikle ilgili önemli anahtar kelimeleri içermelidir. Başlık kısaltmalar içermemelidir): Türkçe ve İngilizce başlık, kısa başlık, tüm yazarların ad-soyad, nitelikleri (akademik derece), bağlı olduğu kurum (varsa ROR ID ekleyiniz), kurum adresleri, e-posta ve *ORCID .
2. Sorumlu yazarın adı, adresi, e-posta adresi ve telefon numarası başlık sayfasında ayrı ayrı açıkça belirtilmelidir.
3. Dergi, çift-kör hakemlik politikası uygular, bu nedenle lütfen kimlik bilgilerinin yalnızca başlık sayfası dosyasına dahil edildiğinden ve 'Ana Metin' dosyasının anonimleştirildiğinden emin olun.
4. Makale dosyasını yüklerken, çift-kör hakemlik süreci nedeniyle yazarın kimliğini deşifre edecek herhangi bir öğe (YAZAR ADI VE KURUM GİBİ) içermediğinden emin olun.
5. Yüklenmesi Gereken Dosyalar:
• TAM METIN DOSYASI
• BAŞLIK SAYFASI
• ETİK KURUL DOSYASI
• TABLO VE ŞEKİLLER
• TELİF HAKKI BİLDİRİM METNİ

6. Yazar Değişikliği: Yalnızca makale kabul edilmeden önce işlenir . Yazarların makalelerini göndermeden önce yazarların listesini ve sırasını dikkatlice gözden geçirmeleri ve orijinal gönderim sırasında kesin yazar listesini sağlamaları gerekmektedir.
7. Yazarların çalışmaya katkılarının BAŞLIK SAYFASINA eklenmesi gerekmektedir.

B-ANA METİN
1. Özgün yazılar şu şekilde bölümlere ayrılmalıdır: Öz, Giriş, Gereç ve Yöntemler, Bulgular, Tartışma, Kaynakça.
2. Makaleyi Microsoft Word dosyası (docx) olarak gönderiniz; 12 punto yazı tipi kullanılarak (Times New Roman); 1,5 satır aralığı olacak şekilde olmalıdır.
3. Sayfalar numaralandırılmalı ancak başka herhangi bir otomatik özellik (son notlar, üst bilgiler veya alt bilgiler gibi) veya bir yazının çeşitli taslaklarındaki değişiklikleri izlemek için herhangi bir mekanizma kullanılmamalıdır.
4. Birden ona kadar olan sayılar, ölçü birimi olarak kullanılmadıkça metin içinde kelime olarak yazılmalıdır; tablo ve şekillerde tüm sayılar rakam olarak yazılmalıdır.
5. Cümleyi başlatan tüm sayılar rakamla değil, yazıyla yazılmalıdır.
6. Metin içinde bölüm ve alt-bölüm başlıkları koyu olarak yazılmalıdır.
7. Yazı açık, basit ve doğrudan olmalıdır.
8. Tüm tablolar ayrı olarak yüklenmeli, bunun yanında ana metin içinde uygun yerde de bulunmalıdır.
9. Tabloda kullanılan kısaltmalar tablo altında açıklanmalıdır.
10. Tablo ve şekil başlıkları, tablo ve şekil açıklaması olarak eklenmelidir.

11. Fotoğraflar ve resimler ayrı JPG, JPEG veya TIFF dosyaları olarak (en az 300 dpi çözünürlükte) sunulur.

12. ÇALIŞMA SONUCUNDA ELDE EDİLEN EN ÖNEMLİ 3-5 BİLGİ, MADDELER HALİNE GETİRİLEREK VERİLMELİDİR.
13. TEŞEKKÜRLER KAYNAKLARDAN ÖNCE OLMALIDIR.

14.ÇIKAR ÇATIŞMASI VE FİNANS bilgileri yer almalıdır.

C-ÖZ & ANAHTAR KELİMELER
1. Tüm orijinal makaleler için yapılandırılmış özet gerekmektedir.
2.Uygun yerlerde aşağıdaki başlıklar kullanılmalıdır: Amaç, Gereç ve Yöntem, Bulgular ve Sonuç.
3.Lütfen özette çalışmanın amacının açıklandığından ve toplam kelime sayısının 300'ü geçmediğinden emin olun.
4.Tıbbi Konu Başlıklarından (MeSH) 4-8 anahtar kelime veya terim listesi https://www.nlm.nih.gov/mesh/MBrowser.html indekslemeye uygun terimler özet sayfasının alt kısmına yazılmalıdır.

D-REFERANSLAR
1. Kaynakların stili Vancouver sistemine uygun olmalıdır.
2. Kaynaklar metinde ilk geçtiği sıraya göre ardışık olarak numaralandırılmalıdır. Kaynakça EndNote ile hazırlandıysa sisteme yüklenmeden önce düz metne çevrilip her kaynak arasında "Enter" tuşu ile bir satır boşluk oluşturulmalıdır.

Lütfen referanslarınızı birer satır boşluk (ENTER) bırakarak giriniz.
Örnek Referans Ekleme
Referans1

Referans2

3. Metin içindeki atıfları köşeli parantez içinde Latin numaralandırma ile şu şekilde belirtiniz: "Kara [5] ile gösterildiği gibi":... iki yazarlı ise; "Yılmaz & Ulusoy [6]";... ikiden fazla yazarlı ise; "Türkdağı et al. [7]".
4. İki veya daha fazla kaynağa aynı anda atıf yapılırken her biri için virgülle ayrılmış bir sayı yazılır, örneğin [1, 2] veya [6, 12]
5.Ardışık olarak numaralandırılan ikiden fazla kaynağa atıf yapılırken virgül yerine tire kullanılır, örneğin [3-5]
6. Bir çalışmayı birden fazla kez kaynak göstermeniz gerektiğinde, her alıntı için aynı referans numarasını kullanabilirsiniz.
7. Dergi başlıklarının kısaltmaları için lütfen https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nlmcatalog/journals/ adresinde barındırılan Dergiler veritabanına başvurun
8. Bir kaynak, metin içinde atıfta bulunduğunuz kısa alıntının ayrıntılarını verir ve makalenizin sonunda gösterilir.
9. Bir referans, yazarları, başlıkları, basımları, yayıncı ayrıntılarını ve dergi ayrıntılarını içerecektir Çalışmanın altı veya daha az yazarı varsa, hepsini listeleyin.
10. Altıdan fazla yazar varsa, ilk altı yazarı ve ardından "et al." şeklinde yazılmalıdır.
11. Örnek referans listesi
• Brown RG, Robinson PJ. The level of depression in Parkinson's disease. Am J Psychiatry 1987; 149:122‐129
• Meakin CJ, King DA, White J, Scott JM, Handley H, Griffiths A, et al. Screening for depression in the medically ill. J Nerv Ment Dis 1991; 12: 45‐53
• Guy J. The view across the river: Harriette Colenso and the Zulu struggle against imperialism. Charlottesville, Virginia: University Press of Virginia; 2001.
• Sparkes V. Function of the spine. In Everett T, Kell C, editors. Human movement: an introductory text. 6th ed. Edinburgh: Churchill Livingston Elsevier; 2010. p. 191‐ 209.

(GTD EndNote çıktı stili için TIKLAYINIZ)

SON KONTROL LİSTESİ
Aşağıdaki öğelerin mevcut olduğundan emin olun:
1. BAŞLIK SAYFASINDA AŞAĞIDAKİ BİLGİLERİN TAM OLDUĞUNDAN EMİN OLUNUZ:

Yazarlara ait:

E-posta adresi
Yazarların kurum adresleri ve yazar katkıları
ORCID ve ROR ID bilgileri
Tam adres ve telefon numarası (sorumlu yazar için)

2. Tam metin başında Türkçe Öz ve İngilizce Abstract ile Türkçe ve İngilizce anahtar kelimeler yer almalıdır.
3. "Yazım denetimi" ve "gramer denetimi" yapılmalıdır.
4. Kaynaklar bölümünde belirtilen tüm kaynaklar metin içinde alıntı yapılmalıdır ve DERGİ YAZIM KURALLARINA UYGUNLUĞU KONTROL EDİLMELİDİR, dergi isimlerinin referans listesinde kısaltmaları ile yazılmalıdır.
5. Etik Kurul Onayı: Tüm çalışmaların etik kurul onay belgesi sisteme yüklenmelidir.

İNTİHAL
İntihal genellikle bir başkasının araştırmasını veya çalışmasını kendinizinmiş gibi “geçirmek” olarak anlaşılır. DERGİMİZE GÖNDERİLEN TÜM MAKALELER BENZERLİK VE ANORMALLİK AÇISINDAN TARANACAK VE KAYNAKLAR BÖLÜMÜ DIŞINDA BENZERLİĞİ %20'DAN FAZLA OLAN ÇALIŞMALAR KABUL EDİLMEYECEKTİR.

*ORCID
Tüm yazarların açık araştırmacı ve katılımcı kimliğinin (ORCID) verilmesini öneririz. ORCID için yazarlar https://orcid.org/register adresinde bulunan ORCID web sitesine kayıt yaptırmalıdır. Kayıt, dünyadaki her araştırmacı için ücretsizdir.

REVİZYON
Yazarlar makale revizyon dosyalarını gönderirken ana metinde yaptıkları değişiklikleri renkli olarak işaretlemelidirler. Hakemlere verilen cevaplar ayrı bir Word dosyasında belirtilmelidir.

Etik İlkeler ve Yayın Politikası

Yayın Etiği İlkeleri
Genel Tıp Dergisi, araştırma ve yayın etiği konusunda ulusal ve uluslararası standartlara bağlıdır. Basın Kanunu, Fikir ve Sanat Eserleri Kanunu ile Yükseköğretim Kurumları Bilimsel Araştırma ve Yayın Etiği Yönergesi’ne uymaktadır. Genel Tıp Dergisi Committee on Publication Ethics (COPE), Directory of Open Access Journals (DOAJ), Open Access Scholarly Publishers Association (OASPA), World Association of Medical Editors (WAME) ve International Committee of Medical Journal Editors (ICMJE) tarafından yayınlanan Uluslararası Etik Yayıncılık İlkeleri’ni benimsemiştir.
• Basın Kanunu (Ulusal Mevzuat)
• Fikir ve Sanat Eserleri Kanunu (Ulusal Mevzuat)
• Yükseköğretim Kurumları Bilimsel Araştırma ve Yayın Etiği Yönergesi (Ulusal Mevzuat)
• Akademik Yayıncılıkta Şeffaflık ve En İyi Uygulama İlkeleri (Uluslararası Kriterler)

Etik Kurul İzni
Etik kurul izni gerektiren, tüm bilim dallarında yapılan araştırmalar için etik kurul kararı alınmış olmalı ve karara ilişkin bilgi makale metinlerinde belirtilmelidir. Dergimiz etik kurul kararı bulunmayan çalışmaları değerlendirmeye almamaktadır.
Etik kurul izni gerektiren çalışmalarda, izinle ilgili bilgiler (kurul adı, tarih ve sayı no) makale metninde yer almalıdır. Olgu sunumlarında, bilgilendirilmiş gönüllü olur formunun imzalatıldığına dair bilgiye makalede yer verilmesi gereklidir.

Ulakbim TR Dizin tarafından alınan kararlar doğrultusunda 2020 yılından itibaren yayımlanacak çalışmalar için Etik Kurul İzni gerekmektedir.

Etik Kurul İzni Gerektiren Araştırmalar
Anket, mülakat, odak grup çalışması, gözlem, deney, görüşme teknikleri kullanılarak katılımcılardan veri toplanmasını gerektiren nitel ya da nicel yaklaşımlarla yürütülen her türlü araştırmalar,
İnsan ve hayvanların (materyal/veriler dahil) deneysel ya da diğer bilimsel amaçlarla kullanılması,
İnsanlar üzerinde yapılan klinik araştırmalar,

Tüm prospektif girişimsel klinik çalışmalar için kayıt gerekmektedir.

Hayvanlar üzerinde yapılan araştırmalar,
Kişisel verilerin korunması kanunu gereğince retrospektif çalışmalar.

Ayrıca;
Kullanılan fikir ve sanat eserleri için telif hakları düzenlemelerine uyulduğunun belirtilmesi
Başkalarına ait ölçek, anket, fotoğrafların kullanımı için sahiplerinden izin alınması ve belirtilmesi,
Olgu sunumlarında “Aydınlatılmış onam formu”nun alındığının belirtilmesi gerekmektedir.

İnsan, Hayvan ve Çevre Haklarının Korunması
• İnsanlar üzerinde gerçekleştirilen tüm araştırmalar Helsinki Bildirgesi ilkelerine göre yapılmalıdır (World Medical Association (WMA) Helsinki Declaration for Medical Research in Human Subject).
• İnsanlar veya insandan elde edilen örnekler üzerinde yapılan klinik araştırmalarda bilgilendirilmiş onam formu mutlaka alınmış olmalıdır ve makale ilk sayfasında belirtilmelidir. İnsan gönüllüleri ile yapılan araştırmalar için araştırma protokolüne uygun olarak hazırlanmış yazılı bilgilendirilmiş gönüllü onam formu alınmalıdır. Çocukların ve vesayet altındakilerin veya tasdiklenmiş akıl hastalığı bulunanların yasal vasisinin onayı alınmalıdır.
• Araştırma katılımcılarının sağladığı bilgilerin gizliliği ve yanıt verenlerin gizliliği sağlanmalıdır. Araştırma katılımcıların özerkliğini ve saygınlığını koruyacak şekilde tasarlanmalıdır. Araştırma, katılımcıları riske sokmayacak şekilde planlanmalıdır.
• Hayvanları içeren tüm deneyler ARRIVE ve ICLAS yönergelerine uygun olmalı ve etik kurul tarafından onaylanmalıdır.
• Yazarlar, hayvanlara etik muamelenin yanı sıra, acı ve ıstırabı önlemek için alınan tedbirler hakkında da bilgi vermelidir.
• Bitkileri içeren çalışmalara IUCN - Nesli Tükenme Tehlikesi Altında Olan Türleri İçeren Araştırmalara İlişkin Politika Beyanı ve Nesli Tehlike Altında Olan Yabani Hayvan ve Bitki Türlerinin Ticaretine İlişkin Sözleşmeye yazarlar tarafından uyulması gerekmektedir.
• Bitkiler üzerinde yapılan deneysel araştırmalar ve saha çalışmaları ile bitki materyali toplama, ilgili kurumsal, ulusal ve uluslararası normlara ve mevzuata uygun olmalıdır.
• Bitki veya tohum örneklerinin çıkarılması için gerekli izin ve/veya lisansları belirten bir açıklama makalelere dahil edilmelidir.

Kişisel Verilerinin Korunması
Dergimize gönderilen tüm kişisel veriler Kişisel Verilerin Korunması Kanunu kapsamında korunmaktadır. Yazar, Hakem ve diğer gerçek kişilere ait veriler üçüncü kişi ve kurumlarla paylaşılmaz.

Tekrar Yayın ve Aynı çalışmanın birden fazla dergiye gönderilmesi
Yazarlar tarafından birebir aynı veya büyük ölçüde birbirine benzeyen makalelerin birden fazla dergiye gönderilmesi dergimiz tarafından etik ihlal olarak kabul edilmektedir. Bu durum dergimiz tarafından tespit edildiğinde makale yazara iade edilir ve yazarın makalelerine editör tarafından belirlenecek süre kapsamında ambargo uygulanır.

İntihal Eylem Planı ve Derginin Önlemleri
Dergimiz, gönderilen tüm makalelere intihal taraması yapmaktadır. Dergiye gönderilen çalışmaların intihal durumları İntihal.net, yazılımı kullanılarak incelenir. Benzerlik oranının %20’den daha düşük olması beklenir. Bu oranı aşan yazılar hakem sürecine dahil edilmeden reddedilir. Editörler, gerekli olması halinde makaleyi değerlendirme sürecinin çeşitli aşamalarında intihal kontrolüne tabi tutabilirler.

Dergi, fikri mülkiyet haklarına büyük önem verir ve yazarların özgün çalışmalarını desteklemeyi ve korumayı amaçlar. İntihal, araştırma etiği ve yenilik standartlarına aykırı bir eylem olarak kabul edilir. Bu nedenle, dergiye makale gönderen tüm yazarlardan etik kurallara tam uyum göstermeleri ve herhangi bir intihal davranışından kaçınmaları beklenir.

Bir makale ile ilgili intihal şüphesi ortaya çıktığında, bu durum öncelikle dergimiz editörleri tarafından incelenir. Dergimiz, incelemeler sonucunda yazarla iletişime geçerek kendisinden iki hafta içinde bir açıklama yapmasını talep eder. Eğer belirtilen süre içinde herhangi bir yanıt alınmazsa, dergi yazarın bağlı olduğu üniversite ile iletişime geçerek resmi bir soruşturma başlatılmasını talep eder.
İntihal tespit edilen durumlarda dergimiz şu adımları izler:
Yazarın bağlı olduğu üniversiteye bildirimde bulunur ve resmi işlem başlatılması için iş birliği yapar.
İlgili makalenin PDF kopyası derginin web sitesinden kaldırılır ve makale bağlantıları devre dışı bırakılır. Ayrıca, makale başlığına "İntihal Yapılmış Makale" ifadesi eklenir.
İhlalden sorumlu yazarın hesabı kapatılır ve yazarın dergiye 3 yıl boyunca herhangi bir gönderim yapması engellenir.

Düzeltme, Geri Çekme, Endişe İfadesi
Yayınlanmış makalelerde bulgular, yorumlar ve sonuçları değiştirmeyen minör hatalar tespit edilirse editörler düzeltme yayınlayabilirler. Editörler, sonuçları ve bulgular değiştirecek kadar büyük hatalar/ihlaller tespit edilirse makaleyi geri çekmeyi düşünebilirler. Yazarların araştırma veya yayını kötüye kullanma durumu söz konusuysa; bulguların güvenilir olmadığına ve yazarların kurumlarının olayı soruşturmadığına dair kanıtlar var veya olası soruşturma haksız veya sonuçsuz görünüyor ise, editörler endişe ifadesi yayınlamayı düşünmelidir. Düzeltme, geri çekme veya endişe ifadesinde COPE yönergeleri dikkate alınır.

Çıkar Çatışmaları
1. Yazarlar başvuru sırasında herhangi bir (kurumsal, finansal, kişisel ve akademik) çıkar çatışması varsa beyan etmelidir.
2. Hakemler makaleyi değerlendirmelerini önleyen herhangi bir (kurumsal, finansal, kişisel ve akademik) çıkar çatışması olması durumunda dergi editörünü bilgilendirmeli ve makale sürecinden çekilmelidir.
3. Dergimiz makale değerlendirme sürecinde çıkar çatışmalarının önlenmesi adına hakem ve yazarların aynı kurumda görev almıyor olmalarına dikkat eder.
4. Kurul üyelerimiz (Editör, Yayın kurulu üyesi vb.) tarafından dergimize gönderilen makalelerin değerlendirme sürecinde çıkar çatışmalarının önlenmesi adına ilgili makalenin süreci tamamlanana kadar yazarların dergimizdeki rolleri askıya alınır ve süreci görmemeleri sağlanır.
5. Dergimiz editörleri, kendisinin veya aile üyeleri tarafından yazılmış makalelerle ilgili kararlarda yer almazlar.

Etik İhlal Bildirimleri
Okurlar, yayınlanan makaleler ile ilgili herhangi bir hata, yanlışlık, intihal, suistimal veya yinelenen makale benzeri bir durum fark ettiklerinde geneltip@selcuk.edu.tr adresine e-posta göndererek bilgilendirmede bulunabilir.
Dergimiz editörleri yapılan bildirimleri dikkatle inceler ve COPE ilkeleri kapsamında gerekli işlemleri gerçekleştirirler. İlgili COPE ilkelerine ulaşmak için tıklayınız.

Dergimize Yapılacak Şikayet ve İtirazlar
Dergimiz veya dergi kurullarımızda yer alan kurul üyelerinin sorumluluğunda olan içerik, prosedürler veya politikalarla ilgili şikayet ve itirazlarınızı geneltip@selcuk.edu.tr adresine e-posta ile iletebilirsiniz.
Dergimize iletilen şikayetler ve itirazlar dikkatle inceler COPE ilkeleri kapsamında değerlendirilir. İlgili COPE ilkesine ulaşmak için tıklayınız.

Bilimsel Araştırma ve Yayın Etiğine Aykırı Diğer Eylemler

Yükseköğretim Kurumları Bilimsel Araştırma ve Yayın Etiği Yönergesi (Yönergeye ulaşmak için tıklayınız)

Madde 4 - (1) Bilimsel araştırma ve yayın etiğine aykırı eylemler şunlardır:
a) İntihal: Başkalarının özgün fikirlerini, metotlarını, verilerini veya eserlerini bilimsel kurallara uygun biçimde atıf yapmadan kısmen veya tamamen kendi eseri gibi göstermek,
b) Sahtecilik: Bilimsel araştırmalarda gerçekte var olmayan veya tahrif edilmiş verileri kullanmak,
c) Çarpıtma: Araştırma kayıtları veya elde edilen verileri tahrif etmek, araştırmada kullanılmayan cihaz veya materyalleri kullanılmış gibi göstermek, destek alınan kişi ve kuruluşların çıkarları doğrultusunda araştırma sonuçlarını tahrif etmek veya şekillendirmek,
ç) Tekrar yayım: Mükerrer yayınlarını akademik atama ve yükselmelerde ayrı yayınlar olarak sunmak,
d) Dilimleme: Bir araştırmanın sonuçlarını, araştırmanın bütünlüğünü bozacak şekilde ve uygun olmayan biçimde parçalara ayırıp birden fazla sayıda yayımlayarak bu yayınları akademik atama ve yükselmelerde ayrı yayınlar olarak sunmak,
e) Haksız yazarlık: Aktif katkısı olmayan kişileri yazarlar arasına dâhil etmek veya olan kişileri dâhil etmemek, yazar sıralamasını gerekçesiz ve uygun olmayan bir biçimde değiştirmek, aktif katkısı olanların isimlerini sonraki baskılarda eserden çıkartmak, aktif katkısı olmadığı halde nüfuzunu kullanarak ismini yazarlar arasına dâhil ettirmek,

(2) Diğer etik ihlal türleri şunlardır:
a) Destek alınarak yürütülen araştırmalar sonucu yapılan yayınlarda destek veren kişi, kurum veya kuruluşlar ile bunların katkılarını belirtmemek,
b) Henüz sunulmamış veya savunularak kabul edilmemiş tez veya çalışmaları, sahibinin izni olmadan kaynak olarak kullanmak,
c) İnsan ve hayvanlar üzerinde yapılan araştırmalarda etik kurallara uymamak, yayınlarında hasta haklarına saygı göstermemek,
ç) İnsanlarla ilgili biyomedikal araştırmalarda ve diğer klinik araştırmalarda ilgili mevzuat hükümlerine aykırı davranmak,
d) İncelemek üzere görevlendirildiği bir eserde yer alan bilgileri eser sahibinin açık izni olmaksızın yayımlanmadan önce başkalarıyla paylaşmak,
e) Bilimsel araştırma için sağlanan veya ayrılan kaynakları, mekânları, imkânları ve cihazları amaç dışı kullanmak,
f) Dayanaksız, yersiz ve kasıtlı olarak etik ihlal isnadında bulunmak,
g) Bilimsel bir çalışma kapsamında yapılan anket ve tutum araştırmalarında katılımcıların açık rızasını almadan ya da araştırma bir kurumda yapılacaksa ayrıca kurumun iznini almadan elde edilen verileri yayımlamak,
h) Araştırma ve deneylerde, hayvan sağlığına ve ekolojik dengeye zarar vermek,
ı) Araştırma ve deneylerde, çalışmalara başlamadan önce alınması gereken izinleri yetkili birimlerden yazılı olarak almamak.
i) Araştırma ve deneylerde mevzuatın veya Türkiye'nin taraf olduğu uluslararası sözleşmelerin ilgili araştırma ve deneylere dair hükümlerine aykırı çalışmalarda bulunmak.
j) Araştırmacılar ve yetkililerce, yapılan bilimsel araştırma ile ilgili olarak muhtemel zararlı uygulamalar konusunda ilgilileri bilgilendirme ve uyarma yükümlüğüne uymamak,
k) Bilimsel çalışmalarda, diğer kişi ve kurumlardan temin edilen veri ve bilgileri, izin verildiği ölçüde ve şekilde kullanmamak, bu bilgilerin gizliliğine riayet etmemek ve korunmasını sağlamamak,
l) Akademik atama ve yükseltmelerde bilimsel araştırma ve yayınlara ilişkin yanlış veya yanıltıcı beyanda bulunmak,

Paydaşların Sorumlulukları

1-Yayıncının Sorumlulukları
Dürüstlük ve Tarafsızlık
• Yayın için gönderilen makaleler, akademik ve ilmî kıstaslara göre değerlendirilmelidir. Yazarların farklılıklarına (cinsiyet, din, ırk, siyasi düşünce vb.) bakılmaksızın makale değerlendirme süreci yürütülmesini sağlamak.
Gizlilik
• Dergiye gönderilen tüm kişisel veriler korunması ve üçüncü kişi ve kurumlarla paylaşılmamasını sağlamak.
Editoryal Yapı
• Editörlerin ve yayın kurulu üyelerinin atanması, bilgilerinin web sitesinde şeffaf bir şekilde paylaşılmasını sağlamak.
Editörlerin Bağımsızlığı
• Dergide görev alan editörlerin verdiği tüm kararlar yayıncıdan bağımsızdır. Editörler ile yayıncı arasındaki ilişki, editörlerin bağımsızlığı ilkesine dayanmaktadır.
Etik İlkelerin Sağlanması
• Hakem değerlendirme süreçlerinin şeffaf ve adil yürütülmesini sağlamak.
• Çıkar çatışması ve etik ihlalleri önlemek için gerekli tedbirleri almak.
Yayın Süreçlerinin Yönetimi
• Makale değerlendirme ve hakemlik süreçlerini denetlemek.
• Yayınlanan sayıların format ve içerik olarak doğru şekilde hazırlanmasını sağlamak.
Yayınlanan Makalelere İlişkin Sorumluluklar
• Yayınlanan makalelerin telif ve diğer haklarını dergi ve yazarlar adına korumak, yayınlanmamış her makalenin kaydını tutmak.

2-Editörlerin Sorumlulukları
Yayın Sürecinin Yönetimi
• Gönderilen makalelerin derginin amaç ve kapsamına uygun olup olmadığını kontrol etmek.
• Makalelerin uygun hakemlere yönlendirilmesini sağlamak ve hakemlik süreçlerini denetlemek.
Hakem Değerlendirme Süreci
• Hakem değerlendirme süreçlerinin şeffaf, adil ve objektif bir şekilde yürütülmesini sağlamak.
• Çıkar çatışmalarını önlemek ve etik ihlalleri kontrol etmek.
Etik İlkelerin Korunması
• Etik sorunları tespit etmek ve bu sorunları çözmek.
• İntihal ve bilimsel sahtecilik gibi etik ihlalleri önlemek için makaleleri incelemek veya yazılım kullanmak.
Bilimsel Kalitenin Sağlanması
• Derginin yayınladığı içeriklerin bilimsel kalitesini artırmak için çalışmak.
• Makalelerde dil ve gramer düzeltmeleri yapılmasını sağlamak.
Editöryal Ekip Yönetimi
• Dergi kurullarında görev alan ekip üyelerini organize etmek.
• Editöryal süreçlerdeki iş bölümlerini ve görev dağılımını planlamak.
İletişim ve Şeffaflık
• Yazarlarla, hakemlerle ve yayın kurulu üyeleriyle etkili iletişim kurmak.
• Hakemlik süreci ve diğer editoryal süreçlerle ilgili politikaların web sitesinde açıkça belirtilmesini sağlamak.
NOT: Editörler bu görevleri yerine getirirken tarafsızlık, şeffaflık ve bilimsel etik ilkeleri gözetirler.

3-Yazarların Sorumlulukları
Orijinal Araştırma Sunma
• Makalede sunulan araştırmanın orijinal ve bilimsel bir katkı sunduğundan emin olmak.
• İntihalden, veri manipülasyonundan veya sahtecilikten kaçınarak etik kurallara uygun çalışmak.
Etik Kurallara Uyum
• Araştırmayı yürütürken ve sunarken etik ilkelere riayet etmek.
• İnsan veya hayvan deneklerle ilgili çalışmalarda gerekli etik kurul onayını almak ve bu bilgiyi makalede belirtmek.
• Çıkar çatışması olmadığını beyan etmek ve varsa finansman kaynaklarını açıkça ifade etmek.
Doğru ve Şeffaf Veri Sunumu
• Araştırma bulgularını eksiksiz, doğru ve şeffaf bir şekilde raporlamak.
• Kullanılan yöntemlerin, analizlerin ve sonuçların tekrar üretilebilirliğini sağlamak için detaylı bilgi sunmak.
Yazım Kurallarına Uygunluk
• Derginin yazım kurallarına ve teknik gerekliliklerine uygun olarak makale hazırlamak.
• Derginin hedeflediği kapsam ve konu alanına uygun içerik sunmak.
Makale Sürecini Takip Etme
• Hakem ve editör önerilerini dikkate alarak gerekirse revizyon yapmak.
• Değerlendirme sürecinde belirtilen süreye uyum sağlayarak gerekli düzenlemeleri zamanında yapmak.
Doğru Yazar Listesi Belirleme
• Yazar listesini araştırmaya gerçek katkı sağlayan kişilerle sınırlandırmak.
• Yazar sıralamasını, çalışmaya katkı oranlarına uygun olarak belirlemek.
• Sorumlu yazarı doğru şekilde belirlemek ve iletişim bilgilerini güncel tutmak.
Çıkar Çatışmasını Beyan Etme
• Araştırma veya yayın sürecinde potansiyel çıkar çatışmalarını açıkça belirtmek.
• Makale finansal olarak desteklenmişse bunu beyan etmek.
Yayınlanmış Çalışmaları Referans Gösterme
• Çalışmada kullanılan tüm bilgi ve bulgular için doğru kaynak gösterimi yapmak.
• Kaynakça bölümünde, ilgili ve doğru alıntılarla önceki çalışmalara atıfta bulunmak.
Tekrarlı Yayından Kaçınma
• Aynı makaleyi birden fazla dergiye göndermemek.
• Daha önce yayınlanmış bir çalışmayı kopyalayıp yeniden sunmamak.
Sonradan Düzeltme Gerektiğinde İş birliği Yapma
• Yayınlandıktan sonra çalışmada önemli bir hata veya eksiklik fark edilirse bunu derhal editöre bildirmek ve gerekirse düzeltme yayınlamak.

4-Hakemlerin Sorumlulukları
Bilimsel Değerlendirme
• Makalelerin bilimsel değerini, özgünlüğünü ve alanındaki katkısını değerlendirmek.
• Çalışmanın amacını, yöntemlerini, sonuçlarını ve tartışmasını detaylı incelemek.
• Makalede yer alan hipotezlerin, bulguların ve sonuçların doğruluğunu ve güvenilirliğini kontrol etmek.
Etik Kontrol
• Makalelerde intihal, veri manipülasyonu, çıkar çatışmaları gibi etik ihlalleri tespit etmek.
• Araştırmanın etik kurallara uygun olarak yürütülüp yürütülmediğini değerlendirmek.
Hakemlik Sürecine Bağlılık
• Gönderilen makalelerle gizliliği korumak.
• Kendi alanına giren çalışmaları tarafsız ve objektif bir şekilde değerlendirmek.
• Değerlendirmeyi belirlenen süre içinde tamamlamak.
Makale Kalitesini Artırıcı Geri Bildirim
• Makale içeriğiyle ilgili yapıcı ve detaylı geri bildirimler sunmak.
• Gerekirse çalışmanın daha anlaşılır ve bilimsel bir formatta sunulması için önerilerde bulunmak.
Objektif ve Tarafsız Olmak
• Değerlendirme sürecinde kişisel görüşlerden ve önyargılardan uzak durmak.
• Yazar(lar) ile herhangi bir çıkar çatışması veya bağlantı olmadığını beyan etmek
Hakemlik Sistemi İlkelerine Uyma
• Derginin belirlediği hakemlik sistemine uygun hareket etmek.
• Hakemlik süreciyle ilgili derginin politikasına bağlı kalmak.

DERGİ YAYIN POLİTİKALARI

Genel İlkeler
• Gönderilen makaleler derginin amaç ve kapsamına uygun olmalı ve dergi web sitesinde yer alan kurallara uymalıdır.
• Yayınlanmak için gönderilen makalelerin daha önce yayınlanmamış olması, başka bir yerde yayına kabul edilmiş veya değerlendirme altında olmaması gerekir.
• Dergimiz İngilizce dilinde yer alan çalışmaları kabul eder.
• Dergimizde orjinal makale, davetli derleme, editöre mektup ve olgu sunumları yayımlamaktadır.
• Etik kurul izni gerektiren, tüm bilim dallarında yapılan araştırmalar için etik kurul kararı alınmış olmalı ve karara ilişkin bilgi makale metinlerinde belirtilmelidir. Dergimiz etik kurul kararı bulunmayan çalışmaları değerlendirmeye almamaktadır.

Makale Değerlendirme Süreci
• Dergimize gönderilen makalelerin hakem süreçleri çift taraflı kör hakemlik kapsamında yürütülür.
• Gönderilen çalışmalar; derginin yayın ilkelerine, akademik yazım kurallarına ve Vancouver Atıf Sistemi’ne uygunluk açısından editör tarafından incelenir ve İntihal.net yazılımı kullanılarak intihal taramasından geçirilir. Benzerlik oranının %20’den daha düşük olması beklenir. Bu oranı aşan yazılar hakem sürecine dahil edilmeden reddedilir.
• Ön İnceleme ve İntihal Taraması sonrasında uygun olan çalışmalar alan editörü tarafından incelenir ve sonrasında çift taraflı kör hakemlik kapsamında en az iki uzman hakeme iletilir. İki hakemden birisi olumsuz yanıt verirse üçüncü bir hakeme daha çalışma gönderilir. Dergimize gönderilen çalışmaların yayınlanabilmesi için en az iki hakemin yayımlanabilir kararı vermesi gerekmektedir.
• Çift taraflı kör hakemlik kapsamında değerlendirilen makalelerde süreç gizlilik içinde yürütülür. Hakem ve yazarların bilgileri gizlenir.
• Hakemlerin düzeltme yapılmasını istedikleri durumda, ilgili hakem değerlendirmeleri yazara gönderilir ve düzeltme istenir. Düzeltme yapılan metin ilk olarak alan editörü tarafından sonrasında hakem(ler) tarafından kontrol edilir.
• Yayımlanması kararlaştırılan çalışmaların dizgi ve mizanpajı yapılarak yayına hazır hale getirilir.
• Dizgi ve mizanpaj işlemleri tamamlanan makale dergide yayınlanır.
NOT: Makale Değerlendirme Sürecine ilişkin detaylı bilgi için tıklayınız.

Özel Sayı Yayımlama Politikası
Dergimizde yılda bir kere Yayın Kurulu'nun talebi üzerine özel sayı yayımlanabilir. Özel sayı için gönderilen makaleler önce Editoryal ön incelemeye alınır, yazım kurallarına uygunluğu incelenir ve intihal değerlendirmesi için benzerlik taraması yapılır. Bu aşamalar değerlendirildikten sonra da çift taraflı körleme modeli kullanılarak akran değerlendirmesi sürecine alınır. Hakem süreci tamamlanan makaleler dergimizde yayınlanan diğer makaleler gibi dil kontrol, dizgi ve mizanpaj gibi işlemlerin tamamlanmasıyla birlikte yayınlanır. Özel sayı olarak dergimize gönderilen makaleler dergimizin etik ilkelerine ve politikalarına uygun olmalıdır.

Telif Hakkı Politikası
Yazarlar, dergimizde yayınlanan çalışmalarının telif hakkına sahiptirler ve çalışmaları Creative Commons Atıf-GayrıTicari 4.0 Uluslararası (CC BY-NC 4.0) olarak lisanslıdır.
NOT: Dergimizin Telif Hakkı Politikasına ilişkin detaylı bilgi için tıklayınız.

Açık Erişim Politikası
Dergimizde yayımlanan makaleler, Creative Commons Atıf-Gayrı Ticari 4.0 Uluslararası (CC BY-NC 4.0) lisansı altında açık erişim olarak yayınlanır. Yayınlanan tüm makalenin tam metinlerine https://dergipark.org.tr/tr/pub/geneltip/archive adresinden herkes anında açık erişim görüntüleme yoluyla erişilebilir.
NOT: Dergimizin Açık Erişim Politikasına ilişkin detaylı bilgi için tıklayınız.

Arşiv Politikası
Dergimizde yayınlanan makaleler LOCKSS'ta dijital olarak arşivlenmektedir. Yayınlanan tüm makalenin tam metinlerine https://dergipark.org.tr/tr/pub/geneltip/archive adresinden herkes anında açık erişim görüntüleme yoluyla erişilebilir.
NOT: Dergimizin Arşiv Politikasına ilişkin detaylı bilgi için tıklayınız.

Ücret Politikası
Dergimiz açık erişimli bir dergidir, dergi için herhangi bir ücret talep edilmez. Dergiye gönderilen ya da yayın için kabul edilen makaleler için hiçbir ad altında işleme ücreti ya da gönderim ücreti alınmaz. Dergimiz yayın politikaları gereği sponsorluk ve reklam kabul etmemektedir. Dergimizin tüm giderleri yayıncı tarafından karşılanmaktadır.
NOT: Dergimizin Ücret Politikasına ilişkin detaylı bilgi için tıklayınız.

Ücret Politikası

Genel Tıp Dergisinin tüm giderleri Selçuk Üniversitesi Yayınları tarafından karşılanmaktadır. Dergide makale yayını ve makale süreçlerinin yürütülmesi ücrete tabi değildir. Dergiye gönderilen ya da yayın için kabul edilen makaleler için hiçbir ad altında işleme ücreti ya da gönderim ücreti alınmaz. Genel Tıp Dergisi yayın politikaları gereği sponsorluk ve reklam da kabul etmemektedir.

Dizinler

Atıf Dizinleri

	Scopus
	TR Dizin

Diğer Dizinler

	Scopus
	ProQuest \| Ulrich’s Periodicals Directory
	ERIH PLUS
	CAB Abstracts/Global Health
	DOAJ: Directory of Open Access Journals
	EBSCO - Academic Search Alumni Edition
	EBSCO - Academic Search Main Edition
	EBSCO - Academic Search Premier
	EBSCO - Academic Search Complete
	EBSCO - Academic Search Elite
	EBSCO - Academic Search Ultimate
	TR Dizin

Dergi Kurulları

Selçuk Üniversitesi Adına İmtiyaz Sahibi

Hüseyin YILMAZ

Genel Cerrahi

Baş Editör

Bahadir ÖZTÜRK

Analitik Biyokimya, Hücre Gelişimi, Proliferasyon ve Ölümü, Kanser Biyolojisi, Rejeneratif Tıp (kök hücreler dahil)

Editör Yardımcıları

Resul YILMAZ

Resul YILMAZ, MD, the Department of Pediatrics Division of Pediatric Critical Care at Selcuk University School of Medicine Dr. Yilmaz received his medical degree from Ankara University School of Medicine in 1998. He studied on Human Physiology at Ankara University School of Medicine . He completed his residency in pediatrics at the MoH Ankara Hospital (Ankara) between 1999 and 2004. Then, he worked as a pediatrician at the Dogubayazi State Hospital between 2004 and 2007 in Agri. He has worked in Gaziosmanpaşa University between 2007 and 2017 now he is a faculty of Selcuk University. Dr. Yilmaz is particularly interested in critical care medicine, nutrition of critically ill children, obesity and periodic fever syndromes. Dr. Yilmaz has published multiple refereed journal articles.

Çocuk Sağlığı ve Hastalıkları, Çocuk Yoğun Bakımı, İç Hastalıkları, Sağlık Bilimleri

Uğur ARSLAN

Bakteriyoloji, Mikrobiyal Genetik, Tıbbi Mikrobiyoloji

Hüseyin YILDIRAN

He completed his medical education at Akdeniz University and specialized in thoracic surgery at Selçuk University. His academic work and professional interests are focused on thoracic surgery. He conducts research on topics such as minimally invasive thoracic surgery, mediastinal pathologies, and chest wall deformities. He is also closely interested in subjects like postoperative pain management and care, the analysis of different surgical techniques, and clinical anatomy.

Göğüs Cerrahisi, Sağlık Bilimleri

ALAN EDİTÖRLERİ

Kemal EROL

Romatoloji ve Artrit

Hilal ARIKOĞLU

Hücre Metabolizması, Kanser Biyolojisi, Genetik

Tuba ÖZAYDIN

Sağlık Bilimleri, Halk Sağlığı, Sağlığın Geliştirilmesi, Hemşirelik, Halk Sağlığı Hemşireliği

Bilal Ersen KERMAN

Hücresel Sinir Sistemi, Merkezi Sinir Sistemi, Rejeneratif Tıp (kök hücreler dahil), Histoloji ve Embriyoloji

İlhan ÇİFTCİ

Çocuk Cerrahisi, Sağlık Bilimleri

Pınar KARABAĞLI

Patoloji , Kanser Genetiği, Duyusal Sistemler

Recai ERGÜN

Education:
M.D., Faculty of Medicine, Selçuk University, 1999
Pulmonology Residency, Dışkapı Training and Research Hospital, 2006
Subspecialty in Intensive Care Medicine, Dışkapı Training and Research Hospital, 2015
Assistant Professor, Faculty of Medicine, Selçuk University, 2018
Associate Professor, Faculty of Medicine, Selçuk University, 2019
Professor, Faculty of Medicine, Selçuk University, 2025
Work Experiences:
Pulmonologist, Dışkapı Training and Research Hospital, Ankara (2006–2015)
Intensive Care Specialist, Dışkapı Training and Research Hospital, Ankara (2015)
Asst. Prof., Department of Pulmonology and Intensive Care, Faculty of Medicine, Selçuk University (2018–2019)
Assoc. Prof., Department of Pulmonology and Intensive Care, Faculty of Medicine, Selçuk University (2019–2025)
Professor, Department of Pulmonology and Intensive Care, Faculty of Medicine, Selçuk University (2025–present)
Head of Intensive Care Division, Faculty of Medicine, Selçuk University (2024–present)
Biography:
Prof. Recai Ergün is a pulmonologist and intensive care specialist at Selçuk University Faculty of Medicine, where he currently serves as Head of the Intensive Care Division. He received his M.D. from Selçuk University in 1999 and completed his pulmonology residency at Dışkapı Training and Research Hospital in 2006. In 2015, he obtained subspecialty certification in intensive care medicine. His academic career progressed through appointments as Assistant Professor (2018), Associate Professor (2019), and Full Professor (2025). His clinical and research interests include ARDS, respiratory failure, mechanical ventilation, HFNO, multi-organ failure, pulmonary embolism, occupational lung diseases, pneumonia, COPD, asthma, interstitial lung diseases, lung cancer, and pleural malignancies.

Göğüs Hastalıkları, İş ve Meslek Hastalıkları, Yoğun Bakım

Abdullah TUNÇEZ

Kardiyoloji

Atilla CAN

Göğüs Cerrahisi

Muslu Kazım KÖREZ

Biyoistatistik, İstatistiksel Analiz, Uygulamalı İstatistik, Zootekni, Genetik ve Biyoistatistik

Melike EMİROĞLU

Çocuk Bulaşıcı Hastalıkları

Gökçe YILDIRAN

1986 yılında Ankara'da doğdu. 2011'de Ankara Üniversitesi Tıp Fakültesi'nden mezun oldu. Selçuk Üniversitesi Tıp Fakültesi'nde Plastik, Rekonstrüktif ve Estetik Cerrahi ihtisası ve El Cerrahisi üst ihtisasını tamamladı. Mayo Clinic, ABD'de ve çalıştı. Konya Şehir Hastanesi'nde mecburi hizmetini tamamladı. Selçuk Üniversitesi Tıp Fakültesi'nde 2023ten beri doçent olarak çalışmaktadır. İhtisas alanlarında pek çok makale, tebliğ, ulusal ve uluslararası kitap ve ödülleri mevcuttur. İki adet patent sahibidir. Hand and Microsurgery dergisi yardımcı editörü ve Genel Tıp Dergisi alan editörü olarak görev yapmaktadır. İkiz erkek çocuk sahibi olup Doç. Dr. Hüseyin Yıldıran ile evlidir.

El Cerrahisi, Plastik, Rekonstrüktif ve Estetik Cerrahi

Bahattin Kerem AYDIN

Cerrahi Onkoloji, Ortopedi, Sağlık Bilimleri

Kamil Hakan DOĞAN

Toksikoloji , Adli Tıp, Tıbbi Biyokimya ve Metabolomik, Tıbbi ve Sağlık Hukuku, Adli Kimya

Mehmet KULHAN

Kadın Hastalıkları ve Doğum

İlhan ECE

Cerrahi Onkoloji, Gastroenteroloji Cerrahisi, Genel Cerrahi

Hasan KARA

Acil Tıp

Mursel DUZOVA

Radyoterapi

Mert Can ONGUN

Farmakogenomik, Klinik Farmakoloji ve Terapötikler, Temel Farmakoloji, Tıbbi Farmakoloji

Fikret AKYÜREK

Analitik Biyokimya

Cem SELİM

Cem Selim
I was born in Ankara on 31.03.1987. I completed my primary education at Çayırhan Cumhuriyet Primary School and Atıfbey Middle School between 1993-2001. I graduated from Ankara Atatürk Anatolian High School in 2005. I graduated from Eskişehir Osmangazi Faculty of Medicine in 2011. I worked as a gynecology and obstetrics assistant at İzmir Atatürk Hospital for 3 months between September and November in 2012 and left. Apart from these 3 months, I worked as a general practitioner at Çankırı Orta District Hospital from September 2011 to September 2013. I worked as an internal medicine assistant at Dışkapı Hospital between March 2013 and March 2018. After working as an internal medicine specialist at Çankırı State Hospital between March 2018 and September 2018, I completed my hematology training at Adnan Menderes Faculty of Medicine, Department of Hematology between 2018-2021. I worked at Şanlıurfa Mehmet Akif İnan Training and Research Hospital between 2021 and 2024. I am married with two children. My foreign languages are English and German. I have earned a Turkish Hematology Association certificate by passing the European Hematology Association certificate and the Turkish Hematology Association 9th Hematology Proficiency Exam. I took the Turkish Hematology Association lymphoma master's class for eight months and successfully passed the exam. Thalassemia, hemophilia, and lymphoma are among my areas of interest in hematology, and I have ongoing research on these topics.I am currently working as an assistant professor in the Department of Hematology at Konya Selçuk University, Faculty of Medicine.

Hematoloji

Hakan KARABAĞLI

Beyin ve Sinir Cerrahisi (Nöroşirurji), Sağlık Bilimleri

Halil ÖZER

Radyoloji ve Organ Görüntüleme

Halil Haldun EMİROĞLU

Çocuk Gastroenterolojisi

Ender ERDOĞAN

Sinirbilim, Histoloji ve Embriyoloji, Sağlık Bilimleri

Rafiye CİFTCİLER

Selçuk Üniversitesi Tıp Fakültesi, Hematoloji Bilim Dalında Öğretim Üyesi olarak
çalışmaktadır.
 2010 yılında Hacettepe Üniversitesi Tıp Fakültesi’den (İngilizce) mezun olduktan
sonra, 2011-2015 yılları arasında Gazi Üniversitesi Tıp Fakültesi İç Hastalıkları Ana
Bilim Dalında ihtisas yapmıştır. 2016-2020 yılları arasında Hacettepe Üniversitesi Tıp
Fakültesi Hematoloji Bilim Dalı’nda yandal ihtisasını tamamlamıştır.
 44. Ulusal Hematoloji Kongresinde Genç Araştırmacı ödülü almıştır.
 3. Ulusal Kan ve Kemik İliği Nakli Kongresinde üçüncülük sözlü bildiri ödülü
almıştır.
 Türk Hematoloji Derneği 8. Hematoloji Yeterlilik Sınavı sertifikası almıştır.
 Eylül 2020 yılında Doçent ünvanı almıştır.
 Şu ana kadar 5 klinik araştırmada yardımcı araştırıcı olarak rol almıştır.
 Avrupa Hematoloji Derneği (EHA) hematoloji sertifikası almıştır.
 Probleme dayalı öğrenim teknikleri sertifikası almıştır.
 2024 başı itibariyle ulusal ve uluslararası dergilerde 120 yayın, ulusal ve uluslararası
150 civarı bilimsel tebliği vardır.

Hematoloji, İç Hastalıkları, Hematolojik Tümörler, Sağlık Bilimleri

Salih MAÇİN

Lisans: Çukurova Üniversitesi Tıp Fakültesi, 2008

Uzmanlık: Hacettepe Üniversitesi Tıp Fakültesi, Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim dalı, 2014

Klinik Mikrobiyoloji, Tıbbi Bakteriyoloji, Tıbbi Mikoloji, Tıbbi Parazitoloji, Sağlık Bilimleri

Fatih KARA

Koruyucu Sağlık Hizmetleri, Sağlığın Geliştirilmesi, Halk Sağlığı (Diğer)

Farise YILMAZ

Nükleer Tıp

Ömer Faruk ÇİÇEK

Kalp ve Damar Cerrahisi, Sağlık Bilimleri

Fatma TUNCEZ AKYUREK

Dermatoloji

Çağdaş ELSÜRER

Kulak Burun Boğaz

Nadire ÜNVER DOĞAN

Anatomi, Tıp Eğitimi

Mehmet KAYNAR

Üroloji

Kamile MARAKOĞLU

Aile Hekimliği

Şua SÜMER

Bulaşıcı Hastalıklar, Tıbbi Bakteriyoloji, Tıbbi Enfeksiyon Ajanları, Tıbbi Viroloji

Ebru MARZİOĞLU ÖZDEMİR

Epigenetik , Gen Haritalaması, Gen İfadesi, Tıbbi Genetik (Kanser Genetiği hariç), Kanser Genetiği, Sağlık Bilimleri

Hasan Ali GÜLER

2015 yılında Selçuk Üniversitesi Tıp Fakültesi'nden dönem birincisi olarak mezun oldum. Ardından girdiğim 2015 Eylül TUS'da Türkiye 19. olarak ilk tercihim olan Selçuk Üniversitesi Tıp Fakültesi Çocuk ve Ergen Ruh Sağlığı ve Hastalıkları Anabilim Dalı'nda uzmanlık eğitimime başladım. 2020-2022 yılları arasında Afyonkarahisar Devlet Hastanesi ve Konya Beyhekim Eğitim ve Araştırma Hastanesi'nde uzman hekim olarak çalıştım. 2022 yılından bu yana Selçuk Üniversitesi Tıp Fakültesi'nde öğretim üyesi olarak görev yapmaktayım.

Çocuk ve Ergen Ruh Sağlığı ve Hastalıkları

Memduha AYDIN

Psikiyatri

Gökhan GÜNGÖR

Gastroenteroloji ve Hepatoloji, İç Hastalıkları

Jalil Ibrahim ALEZZİ

Professor of Pediatrics University of Diyala ,college of medicine , & consultant pediatrician at Al-Batool Teaching Hospital for Obstetrics, Gynecology & Pediatrics , Diyala. Iraq

Çocuk Sağlığı ve Hastalıkları, Yenidoğan

Laman MAMEDOVA

Hayvan Sağlığı Ekonomisi ve İşletmeciliği

Haluk GÜMÜŞ

Nöroloji ve Nöromüsküler Hastalıklar

Nilsel OKUDAN

Tıbbi Fizyoloji, Sistem Fizyolojisi, Egzersiz Fizyolojisi

Abdullah BEYOĞLU

Göz Hastalıkları ve Göz Ölçümleri, Göz Hastalıkları

Mehmet Selçuk ULUER

Anesteziyoloji, Sağlık Bilimleri

Esra KARABULUT

Göz Hastalıkları

Sinan SARI

Çocuk Gastroenterolojisi

Pınar TUNÇ TUNA

Cerrahi Hastalıklar Hemşireliği

Ali Emrah BIYIKLI

Beslenme ve Diyetetik

Marco FALCONE

am involved since my early medical study in basic and clinical research in the field of sexual medicine. Particularly, my interest is focused on andrology and reconstructive genital surgery.
After the graduation, I completed the urology training in Turin (Molinette Hospital). In 2015 I have been trained as a clinical fellow at St.Peter's Andrology Center and The Institute of Urology - University College of London Hospital (UCLH) in London (UK). I had a full training in microsurgery, developing my surgical skills to perform penile reconstruction techniques (phalloplasty) in both gender and genetic male patients.
I developed a wide clinical and surgical experience in the treatment of Peyonie’s disease. I am involved in many research groups (Xiapex-Sliding technique).
I am currently a PhD fellow at the Unversity of Turin (Italy) developing a clinical project aiming to perform a penile transplant.

I am also a member of the panel of Sexual and Reprodxutive health European Association of Urology guidelines

My scientific profile is internationally acknowledged, as demonstrated by numerous contributions to international congresses and scientific publications in high profile peer-reviewed journals.

Üroloji

ETHICAL EDITOR | ETİK EDİTÖRÜ

Kamil Hakan DOĞAN

Tıbbi ve Sağlık Hukuku

STATISTICS EDITOR | İSTATİSTİK EDİTÖRÜ

Muslu Kazım KÖREZ

Biyoistatistik

Sosyal Medya Editörü

İrem AÇILAN

Analitik Biyokimya, Tıbbi Biyokimya - Amino Asitler ve Metabolitler

Makale Dosyaları

Tam Metin

Genel Tıp Dergisi Creative Commons Atıf-GayriTicari 4.0 Uluslararası Lisansı (CC BY NC) ile lisanslanmıştır.

Gen Ağlarından Yeniden Konumlandırılmış İlaçlara: Endometriozis Yönetiminde Sistem Biyotıbbı Yaklaşımı

Öz

Anahtar Kelimeler

Etik Beyan

Destekleyen Kurum

Proje Numarası

Teşekkür

Kaynakça

From Gene Networks to Repurposed Drugs: A Systems Biomedicine Approach to Endometriosis Management

Öz

Anahtar Kelimeler

Etik Beyan

Destekleyen Kurum

Proje Numarası

Teşekkür

Kaynakça

Ayrıntılar

Kaynak Göster

Amaç ve Kapsam

Yazım Kuralları

Etik İlkeler ve Yayın Politikası

Ücret Politikası

Dizinler

Atıf Dizinleri

Scopus

TR Dizin

Diğer Dizinler

Scopus

ProQuest | Ulrich’s Periodicals Directory

ERIH PLUS

CAB Abstracts/Global Health

DOAJ: Directory of Open Access Journals

EBSCO - Academic Search Alumni Edition

EBSCO - Academic Search Main Edition

EBSCO - Academic Search Premier

EBSCO - Academic Search Complete

EBSCO - Academic Search Elite

EBSCO - Academic Search Ultimate

TR Dizin

Dergi Kurulları

Selçuk Üniversitesi Adına İmtiyaz Sahibi

Baş Editör

Editör Yardımcıları

ALAN EDİTÖRLERİ

ETHICAL EDITOR | ETİK EDİTÖRÜ

STATISTICS EDITOR | İSTATİSTİK EDİTÖRÜ

Sosyal Medya Editörü