Giriş: CTLA-4 (sitotoksik T-lenfosit ilişkili antijen 4) geni, immünoglobulin gen süper ailesinin bir üyesidir ve T hücrelerine inhibe edici bir sinyal ileten proteini kodlamaktadır. Son günlerde immün kontrol noktası olan CTLA-4 geni araştırılan genler arasındadır. Bu çalışmada amaç; CTLA-4 geninde oluşan çeşitli polimorfizmlerin, CTLA-4 geni ile benzer genlerin Otoimmün Tiroid Hastalığı (OTH) patogenezine katkıda bulunabileceğini in silico olarak değerlendirmektir.
Gereç ve Yöntem: Çalışmamızda CTLA-4 geni ile benzer genleri bulmak için GeneMania ve STRING veri tabanları, tek nükleotid polimorfizmlerini (SNP’leri) bulmak için Polyphen2, Exome Variant Server ve SIFT veritabanları, mikro RNA’ları tespit etmek için; miRDB ve miRWalk veritabanları kullanıldı.
Bulgular: Çalışmamızdan elde ettiğimiz verilere göre; FYN geninin OTH’nın patogenezine katkıda bulunabileceğini, CTLA-4 geniyle ilişkili (rs201778935, rs138279736, rs369567630 ve rs376038796) şüpheli SNP’lerin olduğunu tespit ettik.
Sonuç: Çalışmamızda 31 miRNA’nın mesajcı RNA’ların protein üretmesini düzenleyici rol üstlendiğinden, terapötik açıdan önemli olduğunu düşünmekteyiz. Biyoinformatik yöntemlerle değerlendirdiğimiz bu çalışma, ilerde laboratuvar ortamında uygulanarak, birçok hastalığın patogenezinin aydınlatılmasına katkıda bulunabileceğini düşünmekteyiz.
Introduction: CTLA-4 (cytotoxic T-lymphocyte associated antigen-4) gene is a member of the immunoglobulin gene superfamily, encoding the protein that transmits an inhibiting signal to T cells. The CTLA-4 gene is an immune checkpoint among the genes being investigated nowadays. The aim of this study was to find various polymorphisms in the CTLA-4 gene may contribute to the pathogenesis of autoimmune thyroid disease (AITD) by investigating the genes that are similar to the CTLA-4 gene.
Material and Method: In our study, we used GeneMania and STRING databases to find similar genes with CTLA-4 gene, then we used Polyphen2, Exome Variant Server and SIFT databases to find single nucleotide polymorphisms (SNPs), miRDB and miRWalk databases were used to detect micro RNAs in the CTLA-4 gene. According to our results, we found that the FYN gene may contribute to the pathogenesis of AITD.
Results: We discovered SNPs (rs201778935, rs138279736, rs369567630 and rs376038796) that are associated with the CTLA-4 gene. In our study, we have thought that 31 miRNAs are therapeutically important, they play a regulatory role in the production of proteins by messenger RNAs.
Conclusion: We believe that this study, which we evaluated with bioinformatics methods, can contribute to the explanation of the pathogenesis of many disease by performing lab based experiments in the future.
Birincil Dil | Türkçe |
---|---|
Konular | Sağlık Kurumları Yönetimi |
Bölüm | Research Articles [en] Araştırma Makaleleri [tr] |
Yazarlar | |
Yayımlanma Tarihi | 21 Eylül 2020 |
Yayımlandığı Sayı | Yıl 2020 Cilt: 1 Sayı: 3 |
Dergimiz; TR-Dizin ULAKBİM, ICI World of Journal's, Index Copernicus, Directory of Research Journals Indexing (DRJI), General Impact Factor, Google Scholar, Researchgate, WorldCat (OCLC), CrossRef (DOI), ROAD, ASOS İndeks, Türk Medline İndeks, Eurasian Scientific Journal Index (ESJI) ve Türkiye Atıf Dizini'nde indekslenmektedir.
EBSCO, DOAJ, OAJI, ProQuest dizinlerine müracaat yapılmış olup, değerlendirme aşamasındadır.
Makaleler "Çift-Kör Hakem Değerlendirmesi”nden geçmektedir.
Üniversitelerarası Kurul (ÜAK) Eşdeğerliği: Ulakbim TR Dizin'de olan dergilerde yayımlanan makale [10 PUAN] ve 1a, b, c hariç uluslararası indekslerde (1d) olan dergilerde yayımlanan makale [5 PUAN].
Note: Our journal is not WOS indexed and therefore is not classified as Q.
You can download Council of Higher Education (CoHG) [Yüksek Öğretim Kurumu (YÖK)] Criteria) decisions about predatory/questionable journals and the author's clarification text and journal charge policy from your browser. About predatory/questionable journals and journal charge policy
Not: Dergimiz WOS indeksli değildir ve bu nedenle Q sınıflamasına dahil değildir.
Yağmacı/şüpheli dergilerle ilgili Yüksek Öğretim Kurumu (YÖK) kararları ve yazar açıklama metni ile dergi ücret politikası: Yağmacı/Şaibeli Dergiler ve Dergi Ücret Politikası