Yıl 2019, Cilt 34 , Sayı 2, Sayfalar 164 - 171 2019-06-25

Comparison of Gerze and village chicken populations in Sinop by eight polymorphic microsatellite loci
Saf Gerze tavuğu ve Sinop ili köy tavuğu popülasyonlarının sekiz polimorfik mikrosatellit lokusu bakımından karşılaştırılması

Levent Mercan [1] , Fatih Bilgi [2] , Merve BUDAK [3]


In this study, we aimed to identify the genetic relation between indigenous Gerze chicken population which is conserved in Gerze district of Sinop province and village chicken populations which are raised in Sinop. We used 8 highly polymorphic microsatellite loci for examinations. Animal materials of this study are total of 60 samples from 3 village chicken populations raised in Ayancık, Boyabat and Gerze districts, and 20 samples from Gerze chicken from the conserved population in Gerze district of Sinop province. Expected heterozygosity (He) values in Sinop Gerze Village, Sinop Gerze (Hacıkadı), Sinop Ayancık Village and Sinop Boyabat Village populations were calculated as 0.820, 0.755, 0.795 and 0.741, respectively. FIS values were predicted as -0.131, -0.195, -0.137 in LEI0166, MCW0034 ve MCW0069 loci and 0.178, 0.134, 0.766, 0.508, 0.433 in ADL0278, LEI0234, MCW0080, MCW0104, MCW0330 loci respectively. Principal coordinate and Structure analyses’ results showed that Gerze (Hacıkadın) population is genetically different from the other village populations. In the study, it was concluded that the chickens in the Gerze villages are not pure breed. Thus, pure breed raising is necessary to conserve this breed in the region.

Araştırma, Sinop ili Gerze ilçesinde bulunan koruma altındaki saf Gerze tavuğu popülasyonu ve aynı ilde yetiştiriciliği yapılan köy tavuğu popülasyonları arasındaki genetik ilişkinin belirlenmesi amacıyla yürütülmüştür. Çalışmada yüksek düzeyde polimorfizm gösteren 8 adet mikrosatellit lokusu kullanılmıştır. Çalışmanın hayvan materyalini, Sinop ili Ayancık, Boyabat ve Gerze ilçelerinde bulunan 3 köy tavuğu popülasyonuna ait 60 örnek ve Gerze ilçesinde koruma altında tutulan 20 adet saf Gerze tavuğu oluşturmuştur. Sinop Gerze Köy, Sinop Gerze (Hacıkadı), Sinop Ayancık Köy ve Sinop Boyabat Köy popülasyonlarında beklenen heterozigotluk (He) değerleri sırasıyla 0.820, 0.755, 0.795 ve 0.741 olarak hesaplanmıştır. Popülasyon ayrımı yapılmaksızın hesaplanan akrabalı yetiştirme katsayısı (FIS) değerleri LEI0166, MCW0034 ve MCW0069 lokuslarında -0.131, -0.195, -0.137 ve ADL0278, LEI0234, MCW0080, MCW0104, MCW0330 lokuslarında ise sırasıyla 0.178, 0.134, 0.766, 0.508 ve 0.433 olarak bulunmuştur. Temel koordinatlar ve Structure analizi sonuçları saf Gerze (Hacıkadı) popülasyonunun diğer köy popülasyonlarından genetik olarak farklı olduğunu ortaya koymuştur. Araştırmada, halk elinde yetiştiriciliği yapılan Gerze tavuklarının saf olmadığı, bu ırkın korunması için bölgede saf olarak yetiştirilmesinin gerekli olduğu sonucuna varılmıştır.

  • Abebe, A.S., Mikko, S., Johansson, A.M., 2015. Genetic diversity of five local swedish chicken breeds detected by microsatellite markers. Plos One, 10, 4: e0120580.
  • Anderson, M., Willis, T.J., 2003. Canonical analysis of principal coordinates: a useful method of constrained ordination for ecology. Ecology, 84, 2: 511-525.
  • Anmarkrud, J.A., Kleven, O., Bachmann, L., Lifjeld, J.T., 2008. Microsatellite evolution: Mutations, sequence variation and homoplasy in the hypervariable avian microsatellite locus HrU10. BMC Evolutionary Biology, 8: 138-147.
  • Bruford, M.W., Wayne, R.K., 1993. Microsatellites and their application to population genetic studies. Current Opinion in Genetics and Development, 3: 939-943.
  • Chatterjee, R.N., Bhattacharya, T.K., Dange, M., Dushyanth, K., Niranjan, M., Reddy, B.L.N., Rajkumar, U., 2014. Genetic heterogeneity among various indigenous and other chicken populations with microsatellite markers. Journal of Applied Animal Research, 43, 3: 266-271.
  • Chen, G., Bao, W., Shu, J., Ji, C., Wang, M., Eding, H., Muchadeyi, F., Weigend, S., 2008. Assessment of Population Structure and Genetic Diversity of 15 Chinese Indigenous Chicken Breeds Using Microsatellite Markers. Asian-Australasian Journal of Animal Sciences, 21, 3: 331 - 339.
  • Elmaci, N., Berry, R.S., 1999. Principal Coordinate Analysis on a Protein Model. Journal of Chemical Physics. 110, 21: 10606-10622.
  • Fadhıl, M., Mercan, L., 2017. Molecular Characterization of Mx Gene Polymorphism in Gerze Chicken Breed and Pure Line Chicken Breed. Animal Research International, 13, 3: 2540-2543.
  • FAO, 2007. The State of the World’s Animal Genetic Resources for Food and Agriculture.
  • FAO, 2017. FAOSTAT, http://www.fao.org/faostat/en/#data/QL.
  • Granevitze, Z., Hillel, J., Chen, G.H., Cuc, N.T.K., Feldman, M., Eding, H., Weigend, S., 2007. Genetic diversity within chicken populations from different continents and management histories. Animal Genetics, 38: 576-83.
  • Hillel, J., Granevitze, Z., Twito, T., Ben-Avraham, D., Blum, S., Lavi, U., David, L., Feldman, M.W., Cheng, H., Weigend, S., 2007. Molecular markers for assessment of chicken biodiversity. World Poultry Science Journal, 63: 33-45.
  • Mercan, L., Okumuş, A., 2015. Genetic diversity of village chickens in central black sea region and commercial chickens in Turkey by using microsatellite markers. Turkish Journal of Veterinary and Animal Sciences, 39: 134-140.
  • Notter, D. R., 1999. The importance of genetic diversity in livestock populations of the future. Journal of Animal Science, 77: 61-69.
  • Peakall, R., Smouse, P.E., 2012. GenAlEx 6.5: genetic analysis in Excel. Population genetic software for teaching and research-an update. Bioinformatics 28, 2537-2539.
  • Pritchard, J. K., Stephens, M., Donnelly, P., 2000. Inference of population structure using multilocus genotype data. Genetics, 155: 945-959.
  • Rohlf, F.J., 2000. Numeric Taxonomy System Version 2.11. NTSYSpc, East Setauket, New York, USA.
  • Romanov, M.N., Wezyk, S., Cywa-Benko, K., Sakhatsky, N.I., 1996. Poultry genetic resources in the countries of Eastern Europe history and current state. Poultry Avian Biology, 7: 1-29.
  • Romanov, M.N., Weigend, S., 2001. Analysis of genetic relationships between various populations of domestic and jungle fowl using microsatellite markers. Poultry Science, 80: 1057-1063.
  • Sarıca, M., Yamak, U.S., Boz, M.A., Uçar, A., 2014. Geriye Melezlemeyle Üretilen Etçi Genotiplerin Bir Ticari Etlik Piliç Genotipiyle Büyüme, Kesim ve Karkas Özellikleri Bakımından Karşılaştırılması. Tavukçuluk Araştırma Dergisi, 11, 1: 5-9.
  • Suh, S., Sharma, A., Lee, S., Cho, C.Y., Kim, J.H., Choi, S.B., Kim, H., Seong, H.H., Yeon, S.H., Kim, D.H., Ko, G.Y., 2014. Genetic diversity and relationships of Korean chicken breeds based on 30 microsatellite markers. Asian-Australasian Journal of Animal Sciences, 27, 10: 1399-1405.
  • Tadano, R., Nishibori, M., Imamura, Y., Matsuzaki, M., Kinoshita, K., Mizutani, M., Namikawa, T., Tsudzuki, M., 2007. High genetic divergence in miniature breeds of japanese native chickens compared to red junglefowl, as revealed by microsatellite analysis. Animal Genetics, 39: 71-78.
  • Wilkinson, S., Wiener, P., Teverson, D., Haleyand, C.S., Hocking, P.M., 2011. Characterization of the genetic diversity, structure and admixture of British chicken breeds. Animal Genetics, 43: 552-563.
  • Wright, S., 1951, The Genetical Structure of Populations. Annals of Eugenics, 15: 323-354.
  • Wright, S., 1969. Evolution and Genetics of Populations: The Theory of Gene Frequencies. Univ. Chicago Press, Chicago.
Birincil Dil tr
Konular Fen
Bölüm Tarımsal Biyoteknoloji
Yazarlar

Yazar: Levent Mercan (Sorumlu Yazar)
Kurum: ONDOKUZ MAYIS ÜNİVERSİTESİ, ZİRAAT FAKÜLTESİ
Ülke: Turkey


Yazar: Fatih Bilgi
Kurum: ONDOKUZ MAYIS ÜNİVERSİTESİ, ZİRAAT FAKÜLTESİ
Ülke: Turkey


Yazar: Merve BUDAK

Tarihler

Yayımlanma Tarihi : 25 Haziran 2019

Bibtex @araştırma makalesi { omuanajas480586, journal = {Anadolu Tarım Bilimleri Dergisi}, issn = {1308-8750}, eissn = {1308-8769}, address = {}, publisher = {Ondokuz Mayıs Üniversitesi}, year = {2019}, volume = {34}, pages = {164 - 171}, doi = {10.7161/omuanajas.480586}, title = {Saf Gerze tavuğu ve Sinop ili köy tavuğu popülasyonlarının sekiz polimorfik mikrosatellit lokusu bakımından karşılaştırılması}, key = {cite}, author = {Mercan, Levent and Bilgi, Fatih and BUDAK, Merve} }
APA Mercan, L , Bilgi, F , BUDAK, M . (2019). Saf Gerze tavuğu ve Sinop ili köy tavuğu popülasyonlarının sekiz polimorfik mikrosatellit lokusu bakımından karşılaştırılması. Anadolu Tarım Bilimleri Dergisi , 34 (2) , 164-171 . DOI: 10.7161/omuanajas.480586
MLA Mercan, L , Bilgi, F , BUDAK, M . "Saf Gerze tavuğu ve Sinop ili köy tavuğu popülasyonlarının sekiz polimorfik mikrosatellit lokusu bakımından karşılaştırılması". Anadolu Tarım Bilimleri Dergisi 34 (2019 ): 164-171 <https://dergipark.org.tr/tr/pub/omuanajas/issue/46215/480586>
Chicago Mercan, L , Bilgi, F , BUDAK, M . "Saf Gerze tavuğu ve Sinop ili köy tavuğu popülasyonlarının sekiz polimorfik mikrosatellit lokusu bakımından karşılaştırılması". Anadolu Tarım Bilimleri Dergisi 34 (2019 ): 164-171
RIS TY - JOUR T1 - Saf Gerze tavuğu ve Sinop ili köy tavuğu popülasyonlarının sekiz polimorfik mikrosatellit lokusu bakımından karşılaştırılması AU - Levent Mercan , Fatih Bilgi , Merve BUDAK Y1 - 2019 PY - 2019 N1 - doi: 10.7161/omuanajas.480586 DO - 10.7161/omuanajas.480586 T2 - Anadolu Tarım Bilimleri Dergisi JF - Journal JO - JOR SP - 164 EP - 171 VL - 34 IS - 2 SN - 1308-8750-1308-8769 M3 - doi: 10.7161/omuanajas.480586 UR - https://doi.org/10.7161/omuanajas.480586 Y2 - 2019 ER -
EndNote %0 Anadolu Tarım Bilimleri Dergisi Saf Gerze tavuğu ve Sinop ili köy tavuğu popülasyonlarının sekiz polimorfik mikrosatellit lokusu bakımından karşılaştırılması %A Levent Mercan , Fatih Bilgi , Merve BUDAK %T Saf Gerze tavuğu ve Sinop ili köy tavuğu popülasyonlarının sekiz polimorfik mikrosatellit lokusu bakımından karşılaştırılması %D 2019 %J Anadolu Tarım Bilimleri Dergisi %P 1308-8750-1308-8769 %V 34 %N 2 %R doi: 10.7161/omuanajas.480586 %U 10.7161/omuanajas.480586
ISNAD Mercan, Levent , Bilgi, Fatih , BUDAK, Merve . "Saf Gerze tavuğu ve Sinop ili köy tavuğu popülasyonlarının sekiz polimorfik mikrosatellit lokusu bakımından karşılaştırılması". Anadolu Tarım Bilimleri Dergisi 34 / 2 (Haziran 2019): 164-171 . https://doi.org/10.7161/omuanajas.480586
AMA Mercan L , Bilgi F , BUDAK M . Saf Gerze tavuğu ve Sinop ili köy tavuğu popülasyonlarının sekiz polimorfik mikrosatellit lokusu bakımından karşılaştırılması. Anadolu Journal of Agricultural Sciences. 2019; 34(2): 164-171.
Vancouver Mercan L , Bilgi F , BUDAK M . Saf Gerze tavuğu ve Sinop ili köy tavuğu popülasyonlarının sekiz polimorfik mikrosatellit lokusu bakımından karşılaştırılması. Anadolu Tarım Bilimleri Dergisi. 2019; 34(2): 171-164.