Araştırma Makalesi
PDF EndNote BibTex Kaynak Göster

Expression profi les of PIK3CA, RUNX3, COX-2 and DMBT1 genes in brain tumor prognosis: a preliminary study

Yıl 2010, Cilt , Sayı 3, 109 - 114, 01.10.2010

Öz

The two main subgroups of the important genes functioning in the development of cancer including brain tumors are tumor suppressor genes and oncogenes. The aim of this pilot study was to determine the expression profi les of tumor suppressor genes; RUNX3 (Runt-related transcription factor 3), DMBT1 (deleted in malignant brain tumors 1), and oncogenes PIK3CA (phosphoinositide-3-kinase, catalytic, alpha polypeptide) and COX–2(Cyclooxygenase-2) in brain tumors. Explant cell cultures were performed using brain tumor tissues from the 14 cases. Total RNA was isolated from the cultured cells. Relative ratio of expression profi les of the tumor suppressor genes and oncogenes were determined by using real-time online RT-PCR. U-87MG cell line was used as positive control. The mean relative ratios of DMBT1, RUNX3, COX-2 and PIK3CA genes were found; 72.2, 59.3, 0.119 and 48.5; respectively. COX-2 over-expression correlated with a signifi cantly reduced survival (Log- Rank, p= 0.049). Suppression of DMBT1 and RUNX3 is associated with decreased survive, however no signifi cant difference was determined between expressions of PIK3CA, DMBT1 and RUNX3 genes and overallsurvival. High COX-2 expression is found to be associated with clinically more aggressive brain tumors. Our preliminary data suggests that COX-2 gene may be used as a therapeutic target.

Beyin tümörü prognozunda PIK3CA, RUNX3, COX-2 ve DMBT1 genlerinin ekspresyon profilleri: ön çalışma

Yıl 2010, Cilt , Sayı 3, 109 - 114, 01.10.2010

Öz

Beyin tümörleri de dahil olmak üzere kanser gelişiminde önemli rol oynayan genlerin iki ana alt grubu onkogenler ve tümör baskılayıcı genlerdir. Bu ön çalışmanın amacı, tümör baskılayıcı genlerden RUNX3 (Runt-relatedtranscription factor 3), DMBT1 (Deleted in Malignant Brain Tumors 1) ve onkogenlerden PIK3CA (Fosfoinosid- 3-kinaz, katalitik, alfa polipeptid), COX–2 (Siklooksigenaz-2) genlerinin beyin tümörlerinde ifade düzeyinisaptamaktır. On dört olgunun beyin tümörü dokularından hücre kültürü ortamında çoğalması sağlandı. Kültüre edilmiş hücrelerden total RNA’lar izole edildi. Gerçek zamanlı RT-PCR metodu kullanılarak onkogen ve tümör baskılayıcı genlerin ekspresyon profi llerinin bağıl oranları saptandı. U87MG hücre hattı pozitif kontrol olarak kullanıldı. DMBT1, RUNX3, COX-2 ve PIK3CA genlerinin bağıl oranları ortalaması sırasıyla 72.2, 59.3, 0.119ve 48.5 bulundu. COX-2 aşırı ekspresyonu, anlamlı olarak azalmış sağkalım ile korelasyon gösterdi (Log-Rank,p= 0.049). DMBT1 ve RUNX3 genlerinin baskılanması azalmış sağkalımla ilişkili olduğu saptandı ancak PIK3CA, DMBT1 ve RUNX3 ekspresyonları arasında ve sağkalım üzerinde anlamlı bir farklılık saptanmadı. Yüksek COX-2 ekspresyonu klinik olarak fazla agresif beyin tümörleri ile ilişkili olduğu gösterildi. Elde ettiğimiz ön deney sonuçlarımız, COX-2 geninin terapötik hedef olarak kullanılabilir olabileceğini önermektedir.

Ayrıntılar

Birincil Dil İngilizce
Konular Tıp
Diğer ID JA65PC54PN
Bölüm Araştırma Makalesi
Yazarlar

Sunde YILMAZ Bu kişi benim


Çığır Biray AVCI Bu kişi benim


Z. Özlem Doğan ŞIĞVA Bu kişi benim


Yavuz DODURGA Bu kişi benim


Nezih OKTAR Bu kişi benim


Sinem NUMANOĞLU Bu kişi benim


Tayfun DALBASTI Bu kişi benim


Taner AKALIN Bu kişi benim


Cumhur GÜNDÜZ Bu kişi benim

Yayımlanma Tarihi 1 Ekim 2010
Kabul Tarihi
Yayınlandığı Sayı Yıl 2010, Cilt , Sayı 3

Kaynak Göster

Bibtex @araştırma makalesi { patd392630, journal = {Pamukkale Tıp Dergisi}, eissn = {1308-0865}, address = {Pamukkale Üniversitesi Tıp Fakültesi Eğitim Blokları Kınıklı kampüsü 20070 Kınıklı, Denizli}, publisher = {Pamukkale Üniversitesi}, year = {2010}, number = {3}, pages = {109 - 114}, title = {Expression profi les of PIK3CA, RUNX3, COX-2 and DMBT1 genes in brain tumor prognosis: a preliminary study}, key = {cite}, author = {Yılmaz, Sunde and Avcı, Çığır Biray and Şığva, Z. Özlem Doğan and Dodurga, Yavuz and Oktar, Nezih and Numanoğlu, Sinem and Dalbastı, Tayfun and Akalın, Taner and Gündüz, Cumhur} }
APA Yılmaz, S. , Avcı, Ç. B. , Şığva, Z. Ö. D. , Dodurga, Y. , Oktar, N. , Numanoğlu, S. , Dalbastı, T. , Akalın, T. & Gündüz, C. (2010). Expression profi les of PIK3CA, RUNX3, COX-2 and DMBT1 genes in brain tumor prognosis: a preliminary study . Pamukkale Tıp Dergisi , (3) , 109-114 . Retrieved from https://dergipark.org.tr/tr/pub/patd/issue/35364/392630
MLA Yılmaz, S. , Avcı, Ç. B. , Şığva, Z. Ö. D. , Dodurga, Y. , Oktar, N. , Numanoğlu, S. , Dalbastı, T. , Akalın, T. , Gündüz, C. "Expression profi les of PIK3CA, RUNX3, COX-2 and DMBT1 genes in brain tumor prognosis: a preliminary study" . Pamukkale Tıp Dergisi (2010 ): 109-114 <https://dergipark.org.tr/tr/pub/patd/issue/35364/392630>
Chicago Yılmaz, S. , Avcı, Ç. B. , Şığva, Z. Ö. D. , Dodurga, Y. , Oktar, N. , Numanoğlu, S. , Dalbastı, T. , Akalın, T. , Gündüz, C. "Expression profi les of PIK3CA, RUNX3, COX-2 and DMBT1 genes in brain tumor prognosis: a preliminary study". Pamukkale Tıp Dergisi (2010 ): 109-114
RIS TY - JOUR T1 - Expression profi les of PIK3CA, RUNX3, COX-2 and DMBT1 genes in brain tumor prognosis: a preliminary study AU - Sunde Yılmaz , Çığır Biray Avcı , Z. Özlem Doğan Şığva , Yavuz Dodurga , Nezih Oktar , Sinem Numanoğlu , Tayfun Dalbastı , Taner Akalın , Cumhur Gündüz Y1 - 2010 PY - 2010 N1 - DO - T2 - Pamukkale Tıp Dergisi JF - Journal JO - JOR SP - 109 EP - 114 VL - IS - 3 SN - -1308-0865 M3 - UR - Y2 - 2022 ER -
EndNote %0 Pamukkale Tıp Dergisi Expression profi les of PIK3CA, RUNX3, COX-2 and DMBT1 genes in brain tumor prognosis: a preliminary study %A Sunde Yılmaz , Çığır Biray Avcı , Z. Özlem Doğan Şığva , Yavuz Dodurga , Nezih Oktar , Sinem Numanoğlu , Tayfun Dalbastı , Taner Akalın , Cumhur Gündüz %T Expression profi les of PIK3CA, RUNX3, COX-2 and DMBT1 genes in brain tumor prognosis: a preliminary study %D 2010 %J Pamukkale Tıp Dergisi %P -1308-0865 %V %N 3 %R %U
ISNAD Yılmaz, Sunde , Avcı, Çığır Biray , Şığva, Z. Özlem Doğan , Dodurga, Yavuz , Oktar, Nezih , Numanoğlu, Sinem , Dalbastı, Tayfun , Akalın, Taner , Gündüz, Cumhur . "Expression profi les of PIK3CA, RUNX3, COX-2 and DMBT1 genes in brain tumor prognosis: a preliminary study". Pamukkale Tıp Dergisi / 3 (Ekim 2010): 109-114 .
AMA Yılmaz S. , Avcı Ç. B. , Şığva Z. Ö. D. , Dodurga Y. , Oktar N. , Numanoğlu S. , Dalbastı T. , Akalın T. , Gündüz C. Expression profi les of PIK3CA, RUNX3, COX-2 and DMBT1 genes in brain tumor prognosis: a preliminary study. Pam Tıp Derg. 2010; (3): 109-114.
Vancouver Yılmaz S. , Avcı Ç. B. , Şığva Z. Ö. D. , Dodurga Y. , Oktar N. , Numanoğlu S. , Dalbastı T. , Akalın T. , Gündüz C. Expression profi les of PIK3CA, RUNX3, COX-2 and DMBT1 genes in brain tumor prognosis: a preliminary study. Pamukkale Tıp Dergisi. 2010; (3): 109-114.
IEEE S. Yılmaz , Ç. B. Avcı , Z. Ö. D. Şığva , Y. Dodurga , N. Oktar , S. Numanoğlu , T. Dalbastı , T. Akalın ve C. Gündüz , "Expression profi les of PIK3CA, RUNX3, COX-2 and DMBT1 genes in brain tumor prognosis: a preliminary study", Pamukkale Tıp Dergisi, sayı. 3, ss. 109-114, Eki. 2010
Creative Commons Lisansı
Pamukkale Tıp Dergisi, Creative Commons Atıf-GayriTicari 4.0 Uluslararası Lisansı ile lisanslanmıştır