Vakıflar Dergisi, vakıf kurumu ve vakıf kurumu ile ilgili kültürel zenginlikleri, vakıf yolu ile teşekkül etmiş kültür varlıklarını, vakıfların tarihî ve güncel gerçeklerini bilimsel ölçüler içerisinde ortaya koymakta; Vakıflarla ilgili olarak, uluslararası düzeyde yapılan bilimsel çalışmaları kamuoyuna duyurmak amacıyla yayımlamaktadır. Vakıflar Dergisi'nde yayımlanması kabul edilen yazıların telif hakkı Vakıflar Genel Müdürlüğü'ne devredilmiş sayılır, yayınlanan makalelere ilgili mevzuat gereği telif ücreti ödenir.
Vakıflar Dergisi‘nde, sosyal bilimler alanında, vakıf tarihi, vakıf kültürü ve bu yolla meydana gelmiş eserleri ile vakıf kültürünün tarihî ve güncel problemlerini bilimsel bir bakış açısıyla ele alan, bu konuda çözüm önerileri getiren yazılara yer verilir.
Vakıflar Dergisi Vakıflar Genel Müdürlüğü'nün Haziran ve Aralık aylarında yayımlanan süreli ilmi yayınıdır. Yayın talebiyle Vakıflar Dergisi’ne gönderilen makaleler Yayın Kurulu tarafından ön incelemeye tabi tutulur ve uygun bulunan makaleler incelenmek üzere çift kör hakem sistemiyle alanında uzman en az iki akademisyene gönderilir. Hakem raporları ve Yayın Kurulu kararı ile Vakıflar Dergisi'nde yayımlanması kabul edilen yazıların telif hakkı Vakıflar Genel Müdürlüğü'ne devredilmiş sayılmakla birlikte yayımlanan makaleler ilgili okuyucular ve araştırmacılar tarafından kaynak gösterilmek koşuluyla kullanılabilir.