Yayın talebiyle Vakıflar Dergisi’ne gönderilen makaleler Yayın Kurulu tarafından ön incelemeye tabi tutulur ve uygun bulunan makaleler incelenmek üzere çift kör hakem sistemiyle alanında uzman en az iki akademisyene gönderilir. Hakem raporları ve Yayın Kurulu kararı ile Vakıflar Dergisi'nde yayımlanması kabul edilen yazıların telif hakkı Vakıflar Genel Müdürlüğü'ne devredilmiş sayılır, yayınlanan makalelere ilgili mevzuat gereği telif ücreti ödenir.