Balkan Araştırma Enstitüsü (BAE) Dergisi, 2017 yılından günümüze Web of Science - Emerging Sources Citation Index (ESCI) tarafından endekslenmekte ve 2014 yılından beri TÜBİTAK/ULAKBİM TR Dizin Sosyal ve Beşeri Bilimler Veri Tabanı'nda dizinlenmektedir. Ayrıca T.C. Başbakanlık Devlet Arşivleri Genel Müdürlüğü Veri Tabanı, Central and Eastern European Online Library (CEEOL), EBSCO, J-Gate, Modern Language Association (MLA) International Bibliography ve ProQuest tarafından taranmaktadır.